View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7330_low_30 (Length: 218)

Name: NF7330_low_30
Description: NF7330
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7330_low_30
NF7330_low_30
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-216)||(5490248-5490463)
chr3 (1-218)||(5503059-5503276)
chr3 (2-204)||(5446521-5446723)
chr3 (4-218)||(5484852-5485066)
chr3 (1-216)||(5455071-5455286)
chr3 (4-218)||(5525896-5526113)
chr3 (1-218)||(5802296-5802513)
chr3 (1-218)||(5853994-5854211)
chr3 (43-218)||(5828006-5828181)
chr3 (7-218)||(5848699-5848910)
chr3 (43-218)||(20343689-20343864)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-204)||(25809089-25809291)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (82-218)||(34194296-34194432)
chr2 (159-218)||(34217221-34217280)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5490463 - 5490248
Alignment:
Q  1 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5490463 tcatcaaattggtctggtggatgtctaagaaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacat 5490364  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5490363 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaattcagatatcaaaga 5490264  T
Q  201 tggtgggagtggctgc 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  5490263 tggtgggagtggctgc 5490248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5503276 - 5503059
Alignment:
Q  1 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  5503276 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgt 5503177  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    || |||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503176 caacatcttggtatgacaggagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 5503077  T
Q  201 tggtgggagtggctgctt 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5503076 tggtgggagtggctgctt 5503059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 5446723 - 5446521
Alignment:
Q  2 catcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatc 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  5446723 catcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatc 5446624  T
Q  102 atcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagat 201  Q
    |||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||| ||    
T  5446623 atcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatat 5446524  T
Q  202 ggt 204  Q
    |||    
T  5446523 ggt 5446521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5485066 - 5484852
Alignment:
Q  4 tcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatcat 103  Q
    |||||| ||| |||||||||  |||||||||| | ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  5485066 tcaaataggtttggtgggtgtgtaaggaaaacgcatttaaattgtcccgatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcag 5484967  T
Q  104 catcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatgg 203  Q
    ||||||  | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5484966 catcgtggtttgacaagagcttgagccttaaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatgg 5484867  T
Q  204 tgggagtggctgctt 218  Q
    |||||||||||||||    
T  5484866 tgggagtggctgctt 5484852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5455286 - 5455071
Alignment:
Q  1 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  5455286 tcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgt 5455187  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    || ||||||  | | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  5455186 cagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagaga 5455087  T
Q  201 tggtgggagtggctgc 216  Q
    || |||||||||||||    
T  5455086 tgatgggagtggctgc 5455071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5526113 - 5525896
Alignment:
Q  4 tcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctcca---tggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    ||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |   ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  5526113 tcaaattgggctagtgggtgtgtaaggaaaacacctttaaattgtctcgacgatggggatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgt 5526014  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    || |||| |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5526013 caacatcttggtatgacaagagcttgagcctcgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaattgttcttgcactgcatatgcaaattcagatgtcagaga 5525914  T
Q  201 tggtgggagtggctgctt 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5525913 tggtgggagtggctgctt 5525896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 5802296 - 5802513
Alignment:
Q  1 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | |||| ||||   || ||||||||| |||| ||||| |||||   |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  5802296 tcatcagattggtctggtgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggtgatggctttttgaagtacacaaacatgaagttaccagatacat 5802395  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  5802396 catcatcgtattataacaagagctttagccttgaagaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcaccgcatatgcaaattcagatatcaggga 5802495  T
Q  201 tggtgggagtggctgctt 218  Q
    |||||| |||||||||||    
T  5802496 tggtggtagtggctgctt 5802513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 5853994 - 5854211
Alignment:
Q  1 tcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |    
T  5853994 tcatcaaattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacaagtttaaattgtgtctatggagatgggtttttaccatacgcaaacatgaagttaccagacacgt 5854093  T
Q  101 catcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagaga 200  Q
    || ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  5854094 cagcatcgtggtttgacaagagcttgagccttgaggaatgtatgacagtgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagata 5854193  T
Q  201 tggtgggagtggctgctt 218  Q
    || ||| |||||||||||    
T  5854194 tgttggaagtggctgctt 5854211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 218
Target Start/End: Original strand, 5828006 - 5828181
Alignment:
Q  43 aattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgta 142  Q
    ||||| ||| |||| ||||| |||||   |||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||| |  ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  5828006 aattgcctcaatggtgatggctttttgaagtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagaacttgagccttgaggaatgta 5828105  T
Q  143 agacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828106 agacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcattgcatatgcaaattctgatatcagagatggtgggagtggctgctt 5828181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 218
Target Start/End: Original strand, 5848699 - 5848910
Alignment:
Q  7 aattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatcatcat 106  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||||   || ||||||| |  ||| ||||| ||| |   |||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||    
T  5848699 aattggtctggtgggtgcctcaggagaacaaaattgaattgtcacactggggatggctttctgaagtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacat 5848798  T
Q  107 cgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgg 206  Q
    | |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5848799 cttggtatgacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacactgtgcttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgg 5848898  T
Q  207 gagtggctgctt 218  Q
    ||||||||||||    
T  5848899 gagtggctgctt 5848910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 20343864 - 20343689
Alignment:
Q  43 aattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgta 142  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| || ||  |||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  20343864 aattgtctcaatggagatggatttttgaagtacacaaacatgaagttgccagacacgtcggcatcatggtatgacaagagcttgagccttcaggaatgta 20343765  T
Q  143 agacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctt 218  Q
    |||| | |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20343764 agacgacgtgtttgaaaaattgtaattgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggttgctt 20343689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Original strand, 25809089 - 25809291
Alignment:
Q  2 catcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatggatttttaccgtacgcaaacatgaagttgccagatacatc 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25809089 catcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatc 25809188  T
Q  102 atcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagat 201  Q
    |||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||| ||    
T  25809189 atcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatat 25809288  T
Q  202 ggt 204  Q
    |||    
T  25809289 ggt 25809291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 34194432 - 34194296
Alignment:
Q  82 atgaagttgccagatacatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatg 181  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |  | ||| |||||| ||| ||| || |||||| ||  | | ||| | | |||||||||||| || |||||||    
T  34194432 atgaagttgccagatacatcaaaatcttggtttaataagagcatgaacctcgaagaatgtgagcgattctgtatcagaaactgttcttgtacagcatatg 34194333  T
Q  182 caaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctt 218  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  34194332 caaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgctt 34194296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 159 - 218
Target Start/End: Original strand, 34217221 - 34217280
Alignment:
Q  159 aaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctt 218  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  34217221 aaactgttcttgtacagcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgctt 34217280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University