View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7332_high_1 (Length: 1142)

Name: NF7332_high_1
Description: NF7332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7332_high_1
NF7332_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-1134)||(9125902-9127009)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 1134
Target Start/End: Original strand, 9125902 - 9127009
Alignment:
Q  23 taacatgataattattcttaggtgtgtacaaatgcctcatacattgtattatcaggttccctttgagagacgagaatatcatgcaatgcaaatatcaaag 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||    
T  9125902 taacatgataattattcttaggtgtgtacaaatgcctcatacattgtattatcagattccctttgagagacgagaagat---gcaatgcaaatatcaaag 9125998  T
Q  123 ttgcgcgtgaacattgtcatattattacattgtaaggtataaaccagctgtcaagtaaccttgcctcaacaggcaattgtcatccttgtttgtatttcaa 222  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  9125999 ttgagcgtgaacattgtcat--tattacattgtaaggtataaacgaactgtcaagtaaccttgccacaacatgcaattgtcatcgttgtttttatttcaa 9126096  T
Q  223 tatggacgattccttttcccggttaaatctttcatttttctttatctacctcagagaaaacttcatgcttggtattcaagcactttatttataaatcaac 322  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9126097 tatagacgatttcttttcccggttaaatctttcatttttctttatctacctcggagaaaacttcatgcttgatattcaagcactttattaataaatcaac 9126196  T
Q  323 atactttatatatggggtgtttgtcatccttacttcctctgatcaaacatgagcctcgctcctccttcaaattttaatattttagacttcgtagtaaata 422  Q
    ||                  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126197 at------------------ttgacatccttacttcctctgatcaaacatgagcctcgctcctccttcaaattttaatattttagacttcgtagtaaata 9126278  T
Q  423 catcaagcctcaagttacttaaaatttctttctattggacatcatttcctcaatcataacacttcaatgtggataagaggcgagactttacattcctatt 522  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126279 catcaagcctcaagttacttaaaaattctttctattggacatcattttctcaatcataacacttcaatgtggataagaggcgagactttacattcctatt 9126378  T
Q  523 catgtcgagttaaatcatcatccctttcattctttctttcacgctttgactttctcgaccaacaataagtctttcagggaaaataggctaatcctcggca 622  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  9126379 catgtcgagttaaatcatcatccatttcattctttctttcacactttgactttctcgaccaacaataagtctttcagggaaaacaggctaatcctcggta 9126478  T
Q  623 tttgtctcactgctcctttgcctcatccaacccctagtgaagatgtattatcattatgaggttttctcttcatgtagatcttcaaagaaggatccacata 722  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126479 tctgtctcactgctcctttgcctcatccaaaccctagtgaagatgtattatcattatgaggttttctcttcatgtagatcttcaaagaaggatccacata 9126578  T
Q  723 cgattttatttccttttctcgcaaaatcaactagatagctgaccttgtggctatccattttaatttgaacataatggaactttttgttttgatgcacaat 822  Q
    | |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126579 caattttatttctttttctcgtaaaattaactagatagctgaccttgtggttatccattttaatttgaacataatggaactttttgttttgatgcacaat 9126678  T
Q  823 gttttgttttcagcttatgctcattttgcattcgctggttggtatgttcttttatcatgaaacatgtaacacaggtgagccagtgtagatagaaaagttt 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9126679 gttttgttttcagcttatgctcattttgcattcgctagttggtatgttcttttatcatgaaacatgtaacacaggtgagccaatgtagatagaaaagttt 9126778  T
Q  923 atatagtcacgtggaact-------------------tatgaaaacttggtcccacatgcatgatgaacaaatagtcgcccctttgattaatatgtaaat 1003  Q
    ||||||| || | |||||                   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  9126779 atatagttacttagaacttttatacccccacttatcctatgaaaacttggtcccacatgcatgatgatcaaatggtcgcccctttgattaatatgtgaat 9126878  T
Q  1004 atatttcaatctaaatacaaaaggaaatcactaacagctcttcaagaaaacaaaagacaactaatatttcatttgtctaataaaatatatcttctgtcaa 1103  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9126879 agatttcaatctaaatacaaaaggaaatcactaacagatcttcaagaaaacaaaagacaactaatatttcatttgtctaataaaatatatcttttgtcaa 9126978  T
Q  1104 agtcatcagagtctttgtcactcgtctctgc 1134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126979 agtcatcagagtctttgtcactcgtctctgc 9127009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University