View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7332_high_3 (Length: 695)

Name: NF7332_high_3
Description: NF7332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7332_high_3
NF7332_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-678)||(12833509-12834187)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 613; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 613; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 12834187 - 12833509
Alignment:
Q  1 gctgcagatcttgagtcagatttatatacctgcaattagaaagaaaaatggcaagataaataagtgataacactagacattaataatctgatattaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12834187 gctgcagatcttgagtcagatttatatacctgcaattagaaagaaaaatggcaagataaataagtgataacactagacattaataatctgatattaaaga 12834088  T
Q  101 gaaaaggttggaaattagagatggtggaggccttaggaagccaccacagacgatggaaaacatgggattacaagcttcagaagttaactcaatatggacc 200  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12834087 gaaaaggttggaact-agagatggtggaggccttaggaagccaccacagacgatggaaaacatggtattacaagcttcagaagttaactcaatatggacc 12833989  T
Q  201 gtaacgtataatacaaaggttttttatgtct--ataactataacatcgttgtaatttaagtggcagctgtatctaacagcagttatccgcattattaaag 298  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12833988 gtaacgtataatacaaaggatttttatgtctctataactataacatcgttgtaatttaagtggcagctgtatctaacagcagttatctgcattattaaag 12833889  T
Q  299 atcaaaacttaattgtgacttaaaaccttgtcattgactgactagattatcatggattaatagatgaactatccaagtaccattttgttatgaaattaaa 398  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12833888 atcacaacttaattgtgatttaaaaccttgtcattgactgactagattatcatggattaatagatgaactatccaagtaccattttgttatgaaattaaa 12833789  T
Q  399 aacattcctgatgactgattgcagcagaattgaaattgagcagcaggaataaggaaatcagaaggaacacacggattatcaaggttatgagcaattgaac 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12833788 aacattcctgatgactgattgcagcagagttgaaattgagcagcaggaataaggaaatcagaaggaacacacggattatcaaggttatgagcaattgaac 12833689  T
Q  499 tcttacgtcctcgctgatgtagctttctattctagatcaatcaaaggcagaggtacaagattttctaaaccttagagcatatgctctctctactcacttg 598  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12833688 tcttatgtcctagctgatgtagctttctattctagatcaatcaaaggcagaggtacaagattttctaaaccttagagcatatgctctctctactcacttg 12833589  T
Q  599 ctagatttgatcacagaaactctcacaattgttatgctcctacacaactatgatgctaagactaagacatagggcctatt 678  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12833588 atagatttgatcacagaaactcacacaattgttatgctcctacacaaatatgatgctaagactaagacatagggcctatt 12833509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University