View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7336_low_1 (Length: 940)

Name: NF7336_low_1
Description: NF7336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7336_low_1
NF7336_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-925)||(40233213-40234117)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 925
Target Start/End: Complemental strand, 40234117 - 40233213
Alignment:
Q  21 tatggtcatttacgtggatccaacagcgtcgtgatgaaaattaatttattaaaaatcaacttttgtaaccatagaaccaaattcgtaccaagtgactgtt 120  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40234117 tatggttagttacgtgaatccaacagcgtcgtgatgaaaattaatttattaaaaatcaacttttgtaaccatagaaccaaattcgtaccaagtgactgtt 40234018  T
Q  121 tgtttatggagtgaaacctaatgtctaacactcatcacaattgaaacaaattgtagcttgtgaaaatcatgatcaaatatgcatttggaagcagctttag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40234017 tgtttatggagtgaaacctaatgtctaacgctcatcacagttgaaacaaattgtagcttgtgaaaatcatgatcaaatatgcatttggaagcagctttag 40233918  T
Q  221 tctt-gaaaaagctaaatcaaacataaactaaaacttagattagccttctacaaaggatgaaataatagaaaataatccataatcattattcacatttta 319  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233917 tctttgaaaaagctaaatcaaacataagctaaaacttagattagccttctacaaaggatgaaataatagaaaataatccataatcattattcacatttta 40233818  T
Q  320 aatatcatgcnnnnnnnngtatatatctaccaagttaacaattaaaactacaagtacactagccactcaatcacaaaaaagaacaacactgatcagtggt 419  Q
    |||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233817 aatatcgtgcttttttt-gtatatatctaccaagttaacaattaaaacaacaagtacactagccactcaatcacaaaaaagaacaacactgatcagtggt 40233719  T
Q  420 caccacataacaaggtgcccacacccatataagaactcaatttagttcaccagtaaattttagaataaagctgaatacaaacatgctaagtttcacagtc 519  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233718 caccacataacaaggtgcccatacccatataagaactcaatttagttcaccagtaaattttagaataaagctgaatacaaacatgctaagtttcacagtc 40233619  T
Q  520 acaatcatccttttctgcactttccttgctcaaaactataatcacataaatcaaaattctaaattttcaagcaagaattctatccaatagaagaaaagat 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233618 acaatcatccttttctgcactttccttgctcaaaactataatcacataaatcaaaattttaaattttcaagcaagaattctatccaatagaagaaaagat 40233519  T
Q  620 aattgtcatgatttaatttatgctataataaagatggcactaaagtctagtgcttttacatgatacataacaacagactttccaattcctgaaacttaac 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40233518 aattgtcatgatttaatttatgctataataaagatgacactaaagtctagtgcttttacatgatacataacaacagactttccaactcctgaaacttaac 40233419  T
Q  720 agaatcacaaaaatcatcattccatcaaactcactaggctactttacaaatgtcttcatattccacggctttaagcaccctaccatcataggcacctttc 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233418 agaatcacaaaaatcatcattccatcaaactcactaggctactttacaaatgtcttcatattccacggctttaagcaccctaccatcataggcacctttc 40233319  T
Q  820 tctatctgcaccttagcacaaaaccgatctgtatccacccccagcagcctagcaagtgatccgcgataagccccgttgactatttttacacggcccccaa 919  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40233318 tctatctgcaccttagcacaaaaacgatctgtatccacccccagcagcctagcaagtgatccgcgataagccccgttgactatttttacacggcccccaa 40233219  T
Q  920 cctgtg 925  Q
    ||||||    
T  40233218 cctgtg 40233213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University