View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7337_high_28 (Length: 492)

Name: NF7337_high_28
Description: NF7337
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7337_high_28
NF7337_high_28
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-475)||(1503702-1504165)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (12-448)||(2923579-2924018)
chr8 (12-449)||(37798432-37798869)
chr8 (12-457)||(3009390-3009838)
chr8 (18-453)||(2949574-2950012)
chr8 (18-457)||(2932935-2933377)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-470)||(28027108-28027569)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-457)||(4913504-4913949)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 475
Target Start/End: Original strand, 1503702 - 1504165
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1503702 atggatatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 1503801  T
Q  112 aaagaatatatatggtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1503802 aaagaatatatatggtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactgtcaagc 1503901  T
Q  212 attcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatcta 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1503902 attcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccgtaactgccgtatcta 1504001  T
Q  312 tttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504002 tttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatg 1504101  T
Q  412 cagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaag 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504102 cagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaag 1504165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 12 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 2924018 - 2923579
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2924018 atggatatcagataaggttcaatgagaagccttgtccacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacat 2923919  T
Q  112 aaagaatatatatggtgcttgtaa---ttcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatca 208  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||| | |  | ||||| || ||| |||| |||||| |||||||||| ||  | || |||    
T  2923918 aaagaagatatatggcgctggtaaaggttcccttcgaactacaacaattgtcttacctctgaagtcggataaggtcgaacctgttaaacagaagctctca 2923819  T
Q  209 agcattcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtat 308  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||  ||||||  || |    
T  2923818 agctttcatccagaagtccttctgttccttacgaaaatcagacacctttctgtcagggaagttagtgagaatcccaaacagaacactgtaactgatgtgt 2923719  T
Q  309 ctatttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaagga 408  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || || ||||||||||| || | ||||||    
T  2923718 ctatttcaagtgagattaacttcgtgactagaaaaaacatgaatgctgaatcctacacaatccatctctctgcagaagaaaatagtgatgctgagaagga 2923619  T
Q  409 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcagg 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2923618 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcagg 2923579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 37798869 - 37798432
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||    
T  37798869 atggatatcagataaggttcaatgagaagccttgtccacattgcagtcttgggtatacagttcctgaatgggttgaggagaagccaaccattgtcgagat 37798770  T
Q  112 aaagaatatatatggtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagc 211  Q
    |||| | |||||||||| | ||||   |||||||| |||||   |  | ||||| || |||||||| |||||| | |||||||| || || || ||||||    
T  37798769 aaagcagatatatggtgttggtaaagaccttccaaatacaaccattgtcttacccctaaagccggataaggtcgaccctgttaaacagcagctttcaagc 37798670  T
Q  212 attcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatcta 311  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||  | |||| |||||| || |||||||| |||||||    
T  37798669 gttcatccagaagtcctgttgtttcttacaaaaataagacacctttcagtcagagaagttgctgaaaatcccacacagaacactataactgctgtatcta 37798570  T
Q  312 tttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatg 411  Q
    |||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| | || | ||| || ||    
T  37798569 tttcaagcgaaataaacttcgtgacgaggaaaaacatgaatgctgagtcttacacactgcatctctctgcagaggaaaatagtaatgctgagaaagagtg 37798470  T
Q  412 cagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggt 449  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37798469 cagctactacatgtggaagcaaaaatttccggtcaggt 37798432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 457
Target Start/End: Original strand, 3009390 - 3009838
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 111  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3009390 atggatatcatataaggttcaatgagaggccttgtccacattgcagaattgggtatgtagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacat 3009489  T
Q  112 aaagaatatatatggtgcttgta---attcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatca 208  Q
    | |||| |||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||   |  | || ||  | ||  | || |||||| |||||||||| || ||||||||     
T  3009490 acagaagatatatggagctggtaaagattcccttccaactacaacgattgtgttgcctttgaaatcagacaaggtcaaacctgttaaacaacaactatct 3009589  T
Q  209 agcattcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtat 308  Q
    || ||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||  ||| ||||| ||   |||| | ||||    
T  3009590 agtattcacccggaagttctgttgtttctttcgaaaattagacacctttctgtaagagaaggtaataaggacttcaaccagaacactgcaacttctgtat 3009689  T
Q  309 ctatttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaagga 408  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||  | |  |||| ||||   |     |||||    
T  3009690 ctatttcaagcgagattaactttgtgacaaggaaaaacatgaatgctaagtcatacacaatccatctatctacgggagaaagtagtagggataaaaagga 3009789  T
Q  409 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaat 457  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||    
T  3009790 gtgcagttactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagctggaaaat 3009838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 2950012 - 2949574
Alignment:
Q  18 atcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaa 117  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  2950012 atcagatcaggttcaacgagaggccttgtccacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacatacagaa 2949913  T
Q  118 tatatatggtgcttgta---attcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcatt 214  Q
     |||||||||||| |||   |||||||||||| ||||||| |  | |||||||| |||||||| | |||      ||| || || ||||| ||||||||     
T  2949912 aatatatggtgctggtaaagattcccttccaaatacaataattgtcttaccactgaagccggacagggtaaggtttgtgaaccagcaactctcaagcatc 2949813  T
Q  215 catccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctattt 314  Q
    || || |||||  |  | || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||| |||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||    
T  2949812 cacccggaagttttactcttcctttcaaaaatcagacgcctttctgtcagagaaaatagtgaggatcccaaagagaacactttaactgctgtatctattt 2949713  T
Q  315 caagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcag 414  Q
    |||||||||| || |||| ||| || | ||||||  ||||||| ||||||||| ||||| | || || | |||||| | | | | ||   ||||||||||    
T  2949712 caagcgagatcaactttgagacaagtagaaacatggatgctgaatcttacacaatccatttatctgcgggggaaaacaataatgacgaacaggaatgcag 2949613  T
Q  415 ctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttgga 453  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  2949612 ctactacatatggaagcaaaagtttcctgtcaagttgga 2949574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 2933377 - 2932935
Alignment:
Q  18 atcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaa 117  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |    
T  2933377 atcagataaggttcagtgagaggccctgtacacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaagccttcttgacataaagca 2933278  T
Q  118 tatatatggtgcttgta---attcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcatt 214  Q
     ||||| |||||| |||   ||||||||||||| |||||| |  | || || |||||||  || |||||| ||||||| || || || || || ||| ||    
T  2933277 gatatacggtgctggtaaagattcccttccaacgacaataattgtcttgcctcttaagctagacaaggtcgaacctgtgaaacagcagctctcgagcgtt 2933178  T
Q  215 catccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctattt 314  Q
     | || |||||  |  |||| |||   ||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||| |||| ||  ||||| | ||||||||||    
T  2933177 aacccggaagttttactgttccttttaaaaatcagacatctttctgtcagagaagacaacgaggatcccaaaaagaacactgtaacttctgtatctattt 2933078  T
Q  315 caagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcag 414  Q
    ||||||||||  | |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| || |||| || || | |||||| |||   | ||  ||| ||||| |    
T  2933077 caagcgagatcgactttgtgacaaggaaaaacatggatgctgaatcttacacaatcaatctatctgcaggggaaaagagtagtgacgaaaagaaatgctg 2932978  T
Q  415 ctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaat 457  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||    
T  2932977 ctattacatgtggaaacaaaagtttcctgtcaagttgcaaaat 2932935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 12 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 28027569 - 28027108
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacat 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28027569 atggatatcagataaggttcaatgagatgccttgtccacattgcagtcttggatatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacat 28027470  T
Q  112 aaagaatatat---atggtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatca 208  Q
    |||| | ||||   | |||||| ||||  | |||||||||||||   |  | || || || |||||||| |||||| | || || || || || || |||    
T  28027469 aaagcagatatacgacggtgctggtaaagctcttccaactacaacgattgtcttgcccctaaagccggataaggtcaacccggtcaaacagcagctttca 28027370  T
Q  209 agcattcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtat 308  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  | ||   |||||  |   ||||||| ||||    
T  28027369 agcgttcatccagaagttcttttgtttcttacaaaaatcagacacctttctgtacgagaagtaaatgaaaatcctggacagagcatggtaactgctgtat 28027270  T
Q  309 ctatttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaagga 408  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |    | ||||||    
T  28027269 ctatttcaagcgagattaacttcgtgacaaggaaaaacatgaatgctgagtcttacacactatatctctccgcagaggaaaatagtaataatgagaagga 28027170  T
Q  409 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaa 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | | ||||||||||    
T  28027169 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggtcagaaagtgtggtcgaaagaa 28027108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 457
Target Start/End: Original strand, 4913504 - 4913949
Alignment:
Q  12 atggacatcagataaggttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaac---ccttgctga 108  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||  |||    
T  4913504 atggatatcagataagcttcaatgagaatccttgtccacaatgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccgccttcttga 4913603  T
Q  109 cataaagaatatatatggtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatca 208  Q
    ||||||| | ||||||||   |    |||||||||||||||||| | |  | ||||| || ||| |||| ||| |  |  |||| || || || || |||    
T  4913604 cataaagcagatatatgg---taaagattcccttccaactacaacacttgtcttacctctgaaggcggacaagataaattctgtgaaacagcagctctca 4913700  T
Q  209 agcattcatccagaagtgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtat 308  Q
    |||||||| |||||| |  | | ||| ||| | || |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |  |  ||||| | ||||    
T  4913701 agcattcacccagaaattttatcgttcctttcaaagatcagagacttttctgtcagagaagataatgaggaccccaaaatggaatctgtaactactgtat 4913800  T
Q  309 ctatttcaagcgagattaattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaagga 408  Q
    ||||||||||||||||||| | || | | |  |||||| | |||||||||||||||||  ||||| | || || | ||||||| || | |  |  || |     
T  4913801 ctatttcaagcgagattaactctgcggcaaaaaaaaacttgaatgctgagtcttacactatccatttatctgcgggggaaaatggtaatgatgaaaaagt 4913900  T
Q  409 atgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaat 457  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4913901 atgcagctactacatgtgaaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaat 4913949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University