View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7337_low_34 (Length: 460)

Name: NF7337_low_34
Description: NF7337
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7337_low_34
NF7337_low_34
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (13-442)||(2051944-2052373)
chr8 (13-442)||(2055801-2056244)
chr8 (13-200)||(2059005-2059192)
chr8 (51-234)||(10769496-10769679)
chr8 (13-203)||(2029811-2030001)
chr8 (13-224)||(1948011-1948222)
chr8 (13-222)||(2034729-2034940)
chr8 (51-222)||(2048088-2048259)
chr8 (13-222)||(2038807-2039018)
chr8 (315-360)||(2035057-2035102)
chr8 (315-360)||(2048359-2048404)
chr8 (315-356)||(2059358-2059399)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (56-213)||(48904799-48904959)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (13-199)||(28734842-28735028)
chr2 (58-146)||(28742028-28742116)
chr2 (58-145)||(28699396-28699483)
chr2 (87-146)||(28782848-28782907)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 442
Target Start/End: Original strand, 2051944 - 2052373
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2051944 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 2052043  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtg 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2052044 agagaaacttctgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtg 2052143  T
Q  213 gcagaaaaaatataagctcataaataattgacagatctttgtgagttggtatcatctttgtgattgtgatatttactcataaatatgatgtgnnnnnnnn 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||            
T  2052144 gcagaaaaaatattagctcataaataattgacagatctttgtgagttggtatcatctttgtaattgtgatatgaactcataaatatgatgtgtttttttt 2052243  T
Q  313 ncttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttattgaatacagatattttatttatcataaccctccagtttcgagagaaaggttccatt 412  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2052244 tcttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttattgaacacagatattttatttatcataaccctccagtttcgagagaaaggttccatt 2052343  T
Q  413 aataattcagagttcggttggaaggtaagt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2052344 aataattcagagttcggttggaaggtaagt 2052373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 13 - 442
Target Start/End: Original strand, 2055801 - 2056244
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2055801 aatatctgttgcatgctttttctcgacgggacttaaagcatcctcaaagctctatggaccaatgaaggaactgttatcagaagacaatcctcctaaatac 2055900  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagc---ctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaat 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2055901 aaagaaactactgttgctgattatgtagcctactactttcgagcaaaaggagtagatggtacttctgcacttgaacattacaaaatttgaactgagcaat 2056000  T
Q  210 gtggcagaaaaaatataagctc--ataaataattgacagatctttgtgagttggtatcatc-----------tttgtga--ttgtgatatttactcataa 294  Q
    |||| |||||||| || |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||            ||||||  |||||||||  ||||||||    
T  2056001 gtggtagaaaaaacattagctcgtataaataattgtcagatctttgtgagttggtttcatcaattccacttgattgtgaatttgtgatatgaactcataa 2056100  T
Q  295 atatgatgtgnnnnnnnnncttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttattgaatacagatattttatttatcataaccctccagttt 394  Q
    | ||||||||          ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  2056101 acatgatgtggtttttat--ttcatccaatggatgaattacaatgtataaacattcacttattgaaca-aaatgttttatttatcataaccctccagttt 2056197  T
Q  395 cgagagaaaggttccattaataattcagagttcggttggaaggtaagt 442  Q
     ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  2056198 ggagagaaaggttcca-tagtaattcagagttcagttgagaggtaagt 2056244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Original strand, 2059005 - 2059192
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2059005 aatatctgttgcatgctttttctccacaggactcaaagcatcttcaaaactctatggaccaatgaaggaactattatcagaagacaatcctcccaaatac 2059104  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2059105 agagaaacttctgttgctgattatgtagcctgctttcgagcaaaaagactagatggtacttctgctcttacacatcacatgatttgaa 2059192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 51 - 234
Target Start/End: Original strand, 10769496 - 10769679
Alignment:
Q  51 catcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcg 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| |||      
T  10769496 catcctcaaagctctatggacctataaaggaactattatcagaagacaatcctcccatatacagagaaacctcagttgctgactatgtagcctattttga 10769595  T
Q  151 agcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtggcagaaaaaatataagctcata 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10769596 agcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtggaagaaaaaatattagctcata 10769679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 203
Target Start/End: Original strand, 2029811 - 2030001
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  2029811 aatatctgttgcatgctttttctccacaggccttaggccatcgtcaaagctctatggacctatgaaggaactattatcagaaaacaatcctcccaaatac 2029910  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaacta 203  Q
    |||||||| || |||||||||| || ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2029911 agagaaaccacagttgctgattttgcagcctactttaatgcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaacta 2030001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1948222 - 1948011
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||  ||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||| |||||||     
T  1948222 aatatctgttgcatgctttttttcaacaggtcttaggccatcgtcaaagctctatggacctatgaaggaactattatcagaaaagaatccttccaaatat 1948123  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtg 212  Q
    |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  1948122 agagaaaccacagttgctgattatgcagcctactttaaagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaggcagtgtg 1948023  T
Q  213 gcagaaaaaata 224  Q
    | ||||||||||    
T  1948022 gaagaaaaaata 1948011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 222
Target Start/End: Original strand, 2034729 - 2034940
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||   |||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2034729 aatatctgtggcatgctttttctgcacaggtattaggtcatcctcaaagctctatggacctataaaggaactattatcagaagacaatcctcctaaatac 2034828  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaa--ctaagcaatg 210  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||||    
T  2034829 agagaaacaacggtttctgattatgtagcttactttgaaaaaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgacacccaggcaatg 2034928  T
Q  211 tggcagaaaaaa 222  Q
    ||||||||||||    
T  2034929 tggcagaaaaaa 2034940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 222
Target Start/End: Original strand, 2048088 - 2048259
Alignment:
Q  51 catcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcg 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||||      
T  2048088 catcttcaaagctctatggacctatgaaagaactattatcagaagacaatcctcctaaatacagagaaaccacagttgcagactatgtaacctactttgt 2048187  T
Q  151 agcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtggcagaaaaaa 222  Q
    |  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  2048188 aaaaaaaggattggatggtacttctgctcttacacattacaggatttgaactggacaatgtggaagaaaaaa 2048259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 222
Target Start/End: Original strand, 2038807 - 2039018
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  | |    |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2038807 aatatctgtagcatgctttttctccacaggtcattggtcatcctcaaagctctatggaccaataaaggatctattatcagaagacaatcctcctaaatac 2038906  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttg--aactaagcaatg 210  Q
    |||||||| || |||||||| ||| |||| ||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || |||    
T  2038907 agagaaaccacagttgctgactatctagcgtactttgtagaaaaaggattagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgacacctaggctatg 2039006  T
Q  211 tggcagaaaaaa 222  Q
    ||||||||||||    
T  2039007 tggcagaaaaaa 2039018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 360
Target Start/End: Original strand, 2035057 - 2035102
Alignment:
Q  315 ttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttattgaa 360  Q
    ||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2035057 ttcatgctatggatgaattaaaaagtataaacattcacttattgaa 2035102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 360
Target Start/End: Original strand, 2048359 - 2048404
Alignment:
Q  315 ttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttattgaa 360  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  2048359 ttcatgctatggatgaattacaaagtataaacattcacctattgaa 2048404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 356
Target Start/End: Original strand, 2059358 - 2059399
Alignment:
Q  315 ttcatgcaatagatgaattacaaggtataaacattcacttat 356  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2059358 ttcatgctatggatgaattacaaagtataaacattcacttat 2059399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 56 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 48904959 - 48904799
Alignment:
Q  56 tcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctactttc---gag 152  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||  || |||| || ||||| ||    ||    
T  48904959 tcaaggctctatggacctataaaggaactattatctgaagacaatcctcccaaatacagagaaaccacaattggagactatgcagtctactctccagcag 48904860  T
Q  153 caaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttgaactaagcaatgtgg 213  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48904859 caaaaagactaggttgtacttctgttctttcacattacaaaatttgaactaagcaatgtgg 48904799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 13 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 28735028 - 28734842
Alignment:
Q  13 aatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatac 112  Q
    |||||| |||||||||||||||    ||| ||||| ||||  |  |||||| ||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||| ||||||| |||     
T  28735028 aatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatat 28734929  T
Q  113 agagaaactactgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 199  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||||| ||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  28734928 agagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggcacttctgttcttcaacatttcaagctttga 28734842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 28742116 - 28742028
Alignment:
Q  58 aaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctact 146  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |  ||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||| || | |||| |||||||||||    
T  28742116 aaagctctatggacctataaaagaaattttatcagaagacaaccctccaagatatagagaaaccacttttacagattttgtagcctact 28742028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 28699483 - 28699396
Alignment:
Q  58 aaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctac 145  Q
    |||||| ||||||||||| |  ||| |  |||||||| |||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  28699483 aaagctttatggacctataacagaattattatcagaaaacaaccctcccagatacaaagaaaccactgttgctgattttatagcctac 28699396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 28782907 - 28782848
Alignment:
Q  87 tatcagaagacaatcctcccaaatacagagaaactactgttgctgattatgtagcctact 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || | || |||||||||||||    
T  28782907 tatcagaagacaatcctcccaaatacaaagaaataactatttcagaatatgtagcctact 28782848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University