View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7339_low_1 (Length: 1068)

Name: NF7339_low_1
Description: NF7339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7339_low_1
NF7339_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-1060)||(10598818-10599858)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1060
Target Start/End: Original strand, 10598818 - 10599858
Alignment:
Q  14 gacatcattaggtttcacacctgttttgagcatatcatagaacaattctagtgcttttgtagcaaacccatgttttgcaaaaccatttatgatagaggtc 113  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10598818 gacatcattaggcttcacacctgtttcaagcatattatagaacaattctagtgcttttgaagcaaatccatgttttgcaaaaccatttatgatagaggtc 10598917  T
Q  114 caagttatgacattgcgatcttccatgtcattaaagacctgtaaagcagcttctttgtttccacacttagaatacatagagatcaaagcattattaacac 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10598918 caagttatgacattgcaatcttccatgtcattaaagacctgtaaagcagcttctttgtttccacacttggaatacatagagatcaaagcattattaacac 10599017  T
Q  214 ttaggtcagtccgaaatcccatcttcaccaccatggcatgaatttgttcacccttacctattgtaccaatacaagcagcaccactcaacaggctagcata 313  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10599018 ttaagtcagtccgaaatccaatcttaaccaccatggcatgaatttgttcacccttaccaattgtaccaatacaagcagcaccactcaagaggctagcata 10599117  T
Q  314 taaaaacgaactaactttgctactaccagtgtattcaatttcagggtttatgtcttgttcagaatttaaattcgaatctttcacacttgcatcaccaacg 413  Q
    |  |||||||||||||   | |||||||   ||||||| |||| |||  | ||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||| |||| ||||     
T  10599118 tgtaaacgaactaact---ccactaccaacatattcaacttcacggtccaagtcttgttcagaattcaaattaaaatctttcacatttgtatcatcaaca 10599214  T
Q  414 atcccactacccgaaaccaaattcttctcaaacaaaacatcaaaacacttgcgagcaccttccattctcccagaccttgcatacacactaacaagaccat 513  Q
    |   |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10599215 a---ctgtctccgaaaccaaattcttctcaaacaaaacatcaaaacacttgcgagcagattccattcttccagactttgcatacacactaacaagaccat 10599311  T
Q  514 tccctacacaatcaatcgcagaaagacctaatttaatcgtttgcccgtgaacttgttcaccaaaatcaaaattaggaagactcgcacaagccttaagaac 613  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10599312 tccctacacaatcaattgcagaaagacctaatttaatcgtttgcccatgaacctgttcaccaaaatcaaaatcaggaagactcgcacaagccttaagaac 10599411  T
Q  614 accagaaaacgtaaagcaatttggcgcaacacaaccctgaagcaacatatcgctaaacaatctcatagcttcccgttcatatccaccaccgcctcttaca 713  Q
    ||| || ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10599412 accggagaacgtaaagcagttcggcgcaacaccaccctgaagcaacatattactaaacattctcatagcttcccgttcatatccaccaccgcctcgtaca 10599511  T
Q  714 tatccattaataagtgccgtccacgacatcacattatgctctctcataccatcaaacactttcctagcctctcgcaccaatccacatttcgcatacatat 813  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10599512 tatccattaacaagagccgtccacgacatcacattatgctccctcataccatcaaacactttcctagcctcttgcaccaatccacatttcgcatacatat 10599611  T
Q  814 caaccaaactacacctaacacacaaatccaaaaccaaacccgacctaataacccacgaatgcaactccttcccaagcgacaaaaactgaatctcagcaca 913  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599612 caaccaaactacacccaacacacaaatccaaaaccaaacccgacctaataacccacgaatgcaactccttcccaagcgacaaaaactgaatctcagcaca 10599711  T
Q  914 cacagatatcaacccagttaacgtaaacctatccggaacatacccactactcaccaacatctccaaaaacaaatcaatcgcatcatcattataaccatat 1013  Q
     || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10599712 aaccgatatcaacccagtcaacgtaaatctatccggcacatacccactactcaccaacatttccaaaaacaaatcaatcgcttcatcattataaccatat 10599811  T
Q  1014 tgagctaacctagtaatcatcaaagtccacgtaacaacattcttctc 1060  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599812 tgagctaacctagtaatcatcaaagtccacgtaacaacattcttctc 10599858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University