View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7347_low_1 (Length: 1349)

Name: NF7347_low_1
Description: NF7347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7347_low_1
NF7347_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-1337)||(13777399-13778720)
chr6 (929-1033)||(10752217-10752322)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (819-1337)||(10289480-10289994)
chr7 (819-1337)||(48654528-48655038)
chr7 (460-545)||(18453624-18453709)
chr7 (60-161)||(18454009-18454110)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (819-1337)||(32735592-32736111)
chr2 (832-897)||(35671159-35671223)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (819-1337)||(21264890-21265404)
chr1 (58-161)||(22507849-22507952)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1046-1337)||(7337383-7337675)
[»] scaffold0183 (2 HSPs)
scaffold0183 (185-816)||(14515-15142)
scaffold0183 (34-190)||(12781-12937)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (48-700)||(24969908-24970556)
chr8 (45-261)||(24969692-24969892)
chr8 (729-812)||(24970552-24970635)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (951-1043)||(8210-8302)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (37-162)||(23659978-23660103)
chr5 (37-162)||(23798467-23798592)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1202; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1202; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 13778720 - 13777399
Alignment:
Q  17 caccaccatcgatgagcactttgttaatcccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13778720 caccaccatcgatgagcactttgttaatcccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctc 13778621  T
Q  117 aaacattgcctgttcaccttcgacacaaccactatccataacataagagcacagtggtttgtgaaccgccatctcttcagtgaaatctccctcgtcctca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13778620 aaacattgcctgttcaccttcgacacaaccactatccataacataatagcacagtggtttgtgaaccgccatctcttgagtgaaatctccctcgtcctca 13778521  T
Q  217 gtaatttctgatgttacatcatattcgactaggagaattgacacaacgcaaataacatcaatatcagctccagaactgtcaaagttcgatgtcatttcgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13778520 gtaatttctgatgttacatcatattcgactaggagaattgacacaacgcaaataacatcaatatcagctccagaactgtcaaagttcgatgtcatttcgg 13778421  T
Q  317 catcgacttttgtgaagttttctttaactacagaaagaggacgaaaaatcctttcagtggcatgttttcttatcacttcaaaagcagccacttgtgtttc 416  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13778420 catccacttttgtgaagttttctttaactacagaaagaggacgaaaaatcctttcagtggcatgttttcttatcacttcaaaagcagccacttgcgtttc 13778321  T
Q  417 ctttcctttctcagtattagtaacgtccttcaaaacatcggtcttttatgacgttgggatctacgcaatttagtcttagaaatggggtttttccctttgt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13778320 ctttcctttctcagtattagtaacgtccttcaaaacatcggtcttttatgacgttgggatctacgcaatttagtcttagaaatggggtttttccctttgt 13778221  T
Q  517 aattgttgctataggcaaacttctttgaattggacatttatttctgagcattagtactagtaatcctcttcacccattttgtaggtggagcattgtaatt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13778220 aattgttgctataggcaaacttctttgaattggacatttatt--tgagcattagtactagtaatcctcttcacccattttgtaggttgagcattgtaatt 13778123  T
Q  617 agactttcttccaccagagaagatccatttttcaat-gaggactttggaggtggagaaaaagtcttcatctgatttttctttaaaaaagtcttttgagtt 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13778122 agactttcttccaccagagaagatccatttttcagtgggggactttgaaggtggagaaaaagtcttcatctgacttttctttaaaaaagtcttttgagtt 13778023  T
Q  716 gaagccttataagttaaatcacttctattaaaatcaagcttaggttttctatcaacccactttcctttccactttgactgaggtttgaagccttcaatgt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13778022 gaagccttataagttaaatcacttctattaaaatcaagcttaggttttctatcaacccactttcctttccactttgactgaggtttgaagccttcaattt 13777923  T
Q  816 tcttctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaac 915  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13777922 ttttctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagtcataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaac 13777823  T
Q  916 attcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttc 1015  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13777822 attcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatggctcacacttacttatattctaacttaacatttc 13777723  T
Q  1016 cttag--tatataggcattagtctctcataggccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacc 1113  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13777722 cttagtatatataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacc 13777623  T
Q  1114 taggagtgggttttccacctattataattttcaacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttata 1213  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13777622 taggagtgggttttccacctatagtaattttccacaaacaccgcatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttata 13777523  T
Q  1214 attcattttcctcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggag 1313  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13777522 attcattttcgtcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacttttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggag 13777423  T
Q  1314 agttagtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  13777422 agttagtggagcgaggaatgatgt 13777399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 929 - 1033
Target Start/End: Complemental strand, 10752322 - 10752217
Alignment:
Q  929 tatttctcccaattcttctaa-gtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttccttagtatatag 1027  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||  | |||||||||||| |    
T  10752322 tatttctcccaattcctctaaagtggtaaccgccatccatacacttattgtatgactcaaacttaactatattctcacttaatttctccttagtatatcg 10752223  T
Q  1028 gcatta 1033  Q
    ||||||    
T  10752222 gcatta 10752217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 819 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 10289994 - 10289480
Alignment:
Q  819 tctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 918  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289994 tctcaaatttcattgcatcagttttggtaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 10289895  T
Q  919 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttcctt 1018  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  10289894 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttat----attctaacttaacatttcctt 10289799  T
Q  1019 agtatataggcattagtctctcataggccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 1118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289798 agtatataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 10289699  T
Q  1119 gtgggttttccacctattataattttcaacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattca 1218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10289698 gtgggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattca 10289599  T
Q  1219 ttttcctcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagagtta 1318  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10289598 ttttcgtcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagtta 10289499  T
Q  1319 gtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10289498 gtggagcgaggaatgatgt 10289480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 819 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 48655038 - 48654528
Alignment:
Q  819 tctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 918  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48655038 tctcaaatttcattgcatcaattttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatccgcatgaattcacttcccattgtcaaacatt 48654939  T
Q  919 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttcctt 1018  Q
    | |||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  48654938 cgaccactcttatttctcc-----attctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttacttatattctaacttaacatttcct- 48654845  T
Q  1019 agtatataggcattagtctctcataggccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 1118  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48654844 --tatataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 48654747  T
Q  1119 gtgggttttccacctattataattttcaacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattca 1218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48654746 gtgggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgtcgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattca 48654647  T
Q  1219 ttttcctcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagagtta 1318  Q
    ||||| ||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48654646 ttttcgtcaatattttccttgaatttcatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagtta 48654547  T
Q  1319 gtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  48654546 gtggagtgaggaatgatgt 48654528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 18453709 - 18453624
Alignment:
Q  460 ttttatgacgttgggatctacgcaatttagtcttagaaatggggtttttccctttgtaattgttgctataggcaaacttctttgaa 545  Q
    |||| ||||||||| |||||||| | | ||| || |  ||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  18453709 ttttctgacgttggaatctacgccactaagttttggtcatgggatttttacccttgtaattgttgttataggcaaatttctttgaa 18453624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 60 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 18454110 - 18454009
Alignment:
Q  60 tttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcaccttcgacacaaccactatccataaca 159  Q
    |||||| | |||||||| ||| || |||||| | ||||| || | |||| || |||||||||| || ||||  ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  18454110 tttagccttgataaacagaggtttgagatgaatcttcatatggtaatcaggtctctcaaacatagcatgttggccttcgacacaaccattattcataaca 18454011  T
Q  160 ta 161  Q
    ||    
T  18454010 ta 18454009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 819 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 32736111 - 32735592
Alignment:
Q  819 tctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 918  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32736111 tctcaaatttcattacatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagtcataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 32736012  T
Q  919 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttcctt 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32736011 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtacgactcacacttacttatattctaacttaacatttcctt 32735912  T
Q  1019 agtatataggcattagtctctcataggccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 1118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32735911 agtatataggcattagtctctcatagaccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 32735812  T
Q  1119 gtgggttttccacctattataattttcaacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattca 1218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32735811 gtgggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaacccatcgacttatatcttggtcacaacttataattca 32735712  T
Q  1219 ttttcctcaata-ttttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagagtt 1317  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32735711 ttttcttcaatatttttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagtt 32735612  T
Q  1318 agtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32735611 agtggagcgaggaatgatgt 32735592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 832 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 35671223 - 35671159
Alignment:
Q  832 tgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaatt 897  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  35671223 tgcatcagttttgt-atttaaccaacaatttacactagccatctcatataattctctgcatgaatt 35671159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 819 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 21265404 - 21264890
Alignment:
Q  819 tctcaaatttcactgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataattatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 918  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21265404 tctcaaatttcattgcatcagttttgttaattaaccaacaatttatactagccataccatataatcatctgcatgaattcacttccctttgtcaaacatt 21265305  T
Q  919 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttcctt 1018  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  21265304 caaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttat----attctaacttaacatttcctt 21265209  T
Q  1019 agtatataggcattagtctctcataggccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 1118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21265208 agtatataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagga 21265109  T
Q  1119 gtgggttttccacctattataattttcaacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattca 1218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21265108 gtgggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtctcaacttataattca 21265009  T
Q  1219 ttttcctcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagagtta 1318  Q
    ||||| ||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21265008 ttttcgtcaatattttccttgaatttcatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttatcgttgtcttggccaattggagtcgaggagagtta 21264909  T
Q  1319 gtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21264908 gtggagcgaggaatgatgt 21264890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 161
Target Start/End: Original strand, 22507849 - 22507952
Alignment:
Q  58 attttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcaccttcgacacaaccactatccataa 157  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||| || |||| ||||| || ||||  ||||||||||| | | ||| |||||    
T  22507849 attttggcttggataaacagaggtttgagatgactattcatatgataatcaggtctctcgaacatagcatgttggccttcgacacatcaattattcataa 22507948  T
Q  158 cata 161  Q
    ||||    
T  22507949 cata 22507952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 245; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1046 - 1337
Target Start/End: Complemental strand, 7337675 - 7337383
Alignment:
Q  1046 ccatttaccacacggtttagaaaaaggcaatcaaacactctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattataattttc 1145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7337675 ccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattgtaattttc 7337576  T
Q  1146 aacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattcattttcctcaata-ttttcctggaaccc 1244  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7337575 cacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaacccatcgacttatatcttggtcacaacttataattcattttcttcaatatttttcctggaaccc 7337476  T
Q  1245 catatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagagttagtggagcgaggaatgatgt 1337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7337475 catatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtggagcgaggaatgatgt 7337383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 182; Significance: 1e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 185 - 816
Target Start/End: Original strand, 14515 - 15142
Alignment:
Q  185 ccatctcttcagtgaaatctccctcgtcctcagtaatttctgatgttacatcatattcgactaggagaattgacacaacgcaaataacatcaatatcagc 284  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |     
T  14515 ccatctctttagtgaaatctccctcgtcttcagtaatttatgatgttagatcatactcgacttggataattgacacaacgcaaataacatcgaaatctgg 14614  T
Q  285 tccagaactgtcaaagttcgatgtcatttcggcatcgacttttgtgaagttttctttaactacagaaagaggacgaaaaatcctttcagtggcatgtttt 384  Q
    | ||||||| |  |||||||||||||| ||  || |  ||||||| ||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||    
T  14615 ttcagaactattgaagttcgatgtcatgtcatcaccctcttttgtaaagttttcttttattacagaaagatgaggaaaaatccttttagtggtaggtttt 14714  T
Q  385 cttatcacttcaaaagcagccacttgtgtttcctttcctttctcagtattagtaacgtccttcaaaacatcggtctttt-atgacgttgggatctacgca 483  Q
    ||||| ||||||||| || ||| |||  ||||||| |||     |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||  |||||||     
T  14715 cttattacttcaaaatcaaccaattgcttttcctt-cct-----agtattggtaatgtccttcaaaacatcagcctttttatggcgttggagtctacgcc 14808  T
Q  484 atttagtcttagaaatggggtttttccctttgtaattgttgctataggcaaacttctttgaattggacatttatttctgagcattagtactagtaatcct 583  Q
    ||| | ||||||  ||| | ||| ||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||  ||| |||  || ||||| |||||||||||||   |    
T  14809 attgaatcttagtcatgagatttctccctttgtaattgttgttgtaggcgaatttctttgaatcagacgtttccttttgagcgttagtactagtaacttt 14908  T
Q  584 cttcacccattttgtaggtggagcattgtaattagactttcttccaccagagaagatccatttttcaatgagg-actttggaggtggagaaaaagtcttc 682  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | || | ||||||||||  | || || ||| |||||||| |||| || ||    
T  14909 cttcacccactttacaggtggagtattgtaatttgactttcttcccccaaaaaacacccatttttcagcgggggaccttgaaggtggagtaaaattcctc 15008  T
Q  683 atctgatttttctttaaaaaagtcttttgagttgaagccttataagttaaatcacttctattaaaatcaagcttaggttttctatcaacccactttcctt 782  Q
    |||||| ||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | || || || | |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  15009 atctgactttgctttgaaaatgtattttgagtcgaagccttgtaagttaaatcgcttttgttgaagtcgaacttaggatttctatcaactcattttcctt 15108  T
Q  783 tccactttgactgaggtttgaagccttcaatgtt 816  Q
    ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  15109 tcctcttcgactgaggtctgaagccttcaatgtt 15142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Original strand, 12781 - 12937
Alignment:
Q  34 actttgttaatcccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcac 133  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  12781 actttgttgatcccaatatcattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtaatgatcaggtttctcaaacattgcatgttcac 12880  T
Q  134 cttcgacacaaccactatccataacataagagcacagtggtttgtgaaccgccatct 190  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  12881 ctttgacacaaccgttatccataacataatagcatagtggtttgtgaaccgccatct 12937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 2e-71; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 48 - 700
Target Start/End: Original strand, 24969908 - 24970556
Alignment:
Q  48 aacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcaccttcgacacaacca 147  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  24969908 aacattgttgattttagcttggataaacatgggcttgagatgacttttcatgtgatgattaggtttcttaaacatggcttgttcaccttcgacacaacca 24970007  T
Q  148 ctatccataacataagagcacagtggtttgtgaaccgccatctcttcagtgaaatctccctcgtcctcagtaatttctgatgttacatcatattcgacta 247  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||     
T  24970008 ttgtccataacgtaatagcacagtggtttatgaacagtcatttcctcagtgaaatctcccttgtctttagtgatttctgatgttacgtcatattcaactg 24970107  T
Q  248 ggagaattgacacaacgcaaataacatcaatatcagctccagaactgtcaaagttcgatgtcatttcggcatcgacttttgtgaagttttctttaactac 347  Q
    |||||||||||| | |||| || || || | ||||||| | |||||   ||||||||| ||||||||| ||||  ||||||  |  |  ||||| |||||    
T  24970108 ggagaattgacagagcgcagatgacgtcgaaatcagcttctgaactagtaaagttcgacgtcatttcgacatcatcttttgctagatcctcttttactac 24970207  T
Q  348 agaaagaggacgaaaaatcctttcagtggcatgttttcttatcacttcaaaagcagccacttgtgtttcctttcctttctcagtattagtaacgtccttc 447  Q
     ||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| | ||  || |||| |||||||||| |||  |||||     ||||||| ||||  ||||||    
T  24970208 ggaaagaggaggataaattctttcagtggcaggttttctcaccatctcgaaagtagccacttgtttttattttcc-----cagtattcgtaatatccttc 24970302  T
Q  448 aaaacatcggtc-ttttatgacgttgggatctacgcaatttagtcttagaaatggggtttttccctttgtaattgttgctataggcaaacttctttgaat 546  Q
    ||| ||||   | |||||||||||||   ||| ||| |||  |||      |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  24970303 aaagcatcaacctttttatgacgttgaagtctgcgccatt--gtc------atgggagttttccctttgtaattattgctataggcgaatttctttgaat 24970394  T
Q  547 tggacatttat-------ttctgagcattagtactagtaatcctcttcacccattttgtaggtggagcattgtaattagactttcttccaccagagaaga 639  Q
       |  ||| |       ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  | | ||||||| |||||  | ||||||||||| |    
T  24970395 catatgtttttttttttcttctgagcattagtactggtaactctcttcacccattttgtaggtgttgaaatgtaattggacttcttcccaccagagaata 24970494  T
Q  640 tccatttttcaat-gaggactttggaggtggagaaaaagtcttcatctgatttttctttaaa 700  Q
     |||||||||| | | ||| |||| |||||| | ||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  24970495 cccatttttcagtaggggattttgaaggtggtgtaaaagtcctcatttgacttttctttaaa 24970556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 45 - 261
Target Start/End: Original strand, 24969692 - 24969892
Alignment:
Q  45 cccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcaccttcgacacaa 144  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||   | || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||                | |||||||    
T  24969692 cccaacattgttgattttagcttggataaacatgagtttgagatgacttttcatgtgatgattaggtttctcaaa----------------tggacacaa 24969775  T
Q  145 ccactatccataacataagagcacagtggtttgtgaaccgccatctcttcagtgaaatctccctcgtcctcagtaatttctgatgttacatcatattcga 244  Q
    ||| | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||| |||| |||||||| |    
T  24969776 ccattgtccataacgtaatagcacagtggtttatgaacagtcatttcctcagtgaaatctcccttgtctttagtgatttctgattttacgtcatattcaa 24969875  T
Q  245 ctaggagaattgacaca 261  Q
     | ||||||||||||||    
T  24969876 ttgggagaattgacaca 24969892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 729 - 812
Target Start/End: Original strand, 24970552 - 24970635
Alignment:
Q  729 ttaaatcacttctattaaaatcaagcttaggttttctatcaacccactttcctttccactttgactgaggtttgaagccttcaa 812  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||   |||||| |||| ||||||| ||| || ||||||||||||| |||||    
T  24970552 ttaaatcacttctattaaaatcaaacttaggcctttggtcaacctacttccctttcctcttcgattgaggtttgaagcgttcaa 24970635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 951 - 1043
Target Start/End: Original strand, 8210 - 8302
Alignment:
Q  951 tggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatttatattctaacttaacatttccttagtatataggcattagtctctcata 1043  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  8210 tggtaaccgccatccatacacttattgtatgactcaaacttaactatattctcacttaatttctccttagtatatcggcattaatatctcata 8302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 23660103 - 23659978
Alignment:
Q  37 ttgttaatcccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcacctt 136  Q
    ||||| || ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| || |||  || |||||||| |||| || | || ||||| ||||| |  ||||    
T  23660103 ttgtttattccaacatcatcaattttagcttggatgaacaaaggcttgaggtgatgttgcatgtgataatcaggtctttcgaacatagcctgctggcctt 23660004  T
Q  137 cgacacaaccactatccataacataa 162  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||    
T  23660003 caacacaaccattatccatcacataa 23659978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 162
Target Start/End: Original strand, 23798467 - 23798592
Alignment:
Q  37 ttgttaatcccaacattattgattttagcttggataaacaaaggcttaagatgacttttcatgtgatgatcaagtttctcaaacattgcctgttcacctt 136  Q
    ||||| || ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| || |||  || |||||||| |||| || | || ||||| ||||| |  ||||    
T  23798467 ttgtttattccaacatcatcaattttagcttggatgaacaaaggcttgaggtgatgttgcatgtgataatcaggtctttcgaacatagcctgctggcctt 23798566  T
Q  137 cgacacaaccactatccataacataa 162  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||    
T  23798567 caacacaaccattatccatcacataa 23798592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University