View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7350_low_23 (Length: 365)

Name: NF7350_low_23
Description: NF7350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7350_low_23
NF7350_low_23
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (16-350)||(9466484-9466818)
chr1 (19-350)||(9300117-9300448)
chr1 (13-350)||(9257252-9257593)
chr1 (10-350)||(9364420-9364760)
chr1 (10-350)||(9337561-9337901)
chr1 (10-350)||(9242284-9242624)
chr1 (28-328)||(8939422-8939722)
chr1 (28-328)||(8926996-8927296)
chr1 (19-328)||(8962349-8962658)
chr1 (16-262)||(9236158-9236404)
chr1 (25-262)||(9377829-9378066)
chr1 (19-315)||(9420439-9420735)
chr1 (19-315)||(9437522-9437818)
chr1 (160-231)||(9125273-9125344)
chr1 (211-289)||(10992839-10992917)
chr1 (196-289)||(9495362-9495455)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-325)||(9171551-9171860)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (10-329)||(1650-1969)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-329)||(15910137-15910456)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-275)||(27696131-27696387)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 350
Target Start/End: Original strand, 9466484 - 9466818
Alignment:
Q  16 ataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466484 ataccataactatatatatcagacttatatgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtca 9466583  T
Q  116 tagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466584 tagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgat 9466683  T
Q  216 gtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466684 gtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaattccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaa 9466783  T
Q  316 gcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466784 gcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 9466818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9300448 - 9300117
Alignment:
Q  19 ccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatag 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9300448 ccataactatatatatcggacttataagagacattcccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctttggccgcggtcatag 9300349  T
Q  119 acactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtc 218  Q
    | |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  9300348 atatagtactttgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtc 9300249  T
Q  219 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||  |    
T  9300248 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactctattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttatcccatccaaggaaacta 9300149  T
Q  319 tctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    ||||||||| | || |||||||  ||||||||    
T  9300148 tctttgttgctaggaggagaaatgaatttctg 9300117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 13 - 350
Target Start/End: Original strand, 9257252 - 9257593
Alignment:
Q  13 aatataccataactatatatatcagacttatac----gagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggct 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||    
T  9257252 aatataccatagctatatatatcagacttataattaagagacattaccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctcgct 9257351  T
Q  109 gcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgag 208  Q
    || |||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  9257352 gcagtcatagatatagtactttgattttttgagcacatcttagccaaaccaaaatttgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacattatgag 9257451  T
Q  209 gattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  9257452 gattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaactttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatcc 9257551  T
Q  309 aagaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    ||| |||  ||||| |||| | || |||||||  ||||||||    
T  9257552 aaggaaactatcttcgttgctaggaggagaaatgaatttctg 9257593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9364760 - 9364420
Alignment:
Q  10 aataatataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctg 109  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  9364760 aataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctg 9364661  T
Q  110 cggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgagg 209  Q
    | ||||| || ||  ||||| ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9364660 cagtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgagg 9364561  T
Q  210 attgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcca 309  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||    
T  9364560 attgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaattttttgcaacttatcccatcca 9364461  T
Q  310 agaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    || ||| |||||||| |||| |  |||||||  ||||||||    
T  9364460 aggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctg 9364420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 10 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9337901 - 9337561
Alignment:
Q  10 aataatataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctg 109  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  9337901 aataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctg 9337802  T
Q  110 cggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgagg 209  Q
    | ||||| || ||   |||| ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9337801 cagtcatggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgagg 9337702  T
Q  210 attgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcca 309  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||    
T  9337701 attgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaattttttgcaacttatcccatcca 9337602  T
Q  310 agaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    || ||| |||||||| |||| |  |||||||  ||||||||    
T  9337601 aggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctg 9337561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 350
Target Start/End: Original strand, 9242284 - 9242624
Alignment:
Q  10 aataatataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctg 109  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| || || |    
T  9242284 aataacataccgtaactgtatacatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctactgttcccttagccg 9242383  T
Q  110 cggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgagg 209  Q
    | ||||| || ||  ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  9242384 cagtcatggatacaatactttgatttttcgaacacatcttggccaaaccaaaatctgtaatttggggaatgaaattgtcatctaacaagacattattagg 9242483  T
Q  210 attgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcca 309  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | | |||||||||    
T  9242484 attgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattggctatacctagagcaattttttgcaacttatcccatcca 9242583  T
Q  310 agaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctg 350  Q
    || ||| |||||||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  9242584 aggaaatcatctttgttgtttggggaagaaatgaatttctg 9242624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 28 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 8939722 - 8939422
Alignment:
Q  28 tatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtac 127  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||    
T  8939722 tatatatcagacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaccctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtac 8939623  T
Q  128 ttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaag 227  Q
    || ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| |||  |||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  8939622 tttgatttttggagcacagcttagctaaaccgaagtctgatatttttggaacgaaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaag 8939523  T
Q  228 aattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagcatctttgttg 327  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||    |||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  8939522 aattctatgatcacagccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccaagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttg 8939423  T
Q  328 t 328  Q
    |    
T  8939422 t 8939422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 28 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 8927296 - 8926996
Alignment:
Q  28 tatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtac 127  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||| || || || |    
T  8927296 tatatatcagacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaacctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgc 8927197  T
Q  128 ttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaag 227  Q
    |  ||||||| ||||||| ||| || ||||||||||| |  ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  8927196 tatgatttttagagcacagcttcgctaaaccgaagtccgatatttttggaatgaaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaag 8927097  T
Q  228 aattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagcatctttgttg 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    |||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  8927096 aattctatgatcacaaccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgcctagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttg 8926997  T
Q  328 t 328  Q
    |    
T  8926996 t 8926996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 8962658 - 8962349
Alignment:
Q  19 ccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatag 118  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||  | || || ||||| |    
T  8962658 ccatagctgtatatatcagatttataagagacattcccaaagtttcgagaaaatacttcaggtgccatgtatcctaatgttcccctagccgcagtcatcg 8962559  T
Q  119 acactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtc 218  Q
    | ||  || || ||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||    
T  8962558 atacaatagtttgatttttggagcacaacttggctaaaccaaagtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatc 8962459  T
Q  219 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagca 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    |||||| ||||| ||| ||    
T  8962458 aaaatgaagaattctttgatcacagccctggtgaagatactcaattccattggcaatgcctagagcaatctgttgcaataagtcccaaccaaggaaaaca 8962359  T
Q  319 tctttgttgt 328  Q
    || |||||||    
T  8962358 tccttgttgt 8962349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 262
Target Start/End: Original strand, 9236158 - 9236404
Alignment:
Q  16 ataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtca 115  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| | ||||| ||||    
T  9236158 ataccgtagctataaatatcagacttataagaaacatttccgaagtttctcgagaaaacttcaggtgcaatgtatcccaaggttcctctcgctgcagtca 9236257  T
Q  116 tagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgat 215  Q
    |||||||||| ||| | |||||||  ||||  ||||| |  || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||||  || ||||| || ||||||||    
T  9236258 tagacactgtgctttggtttttcggacacaatttagcaagtccaaagtcggttattttgggactcaaattatcatctattaacacattgtgtggattgat 9236357  T
Q  216 gtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaa 262  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||    
T  9236358 atcaaagtgaagtattctatgatcacaaccaatatgaagatactcaa 9236404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9378066 - 9377829
Alignment:
Q  25 ctatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactg 124  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||| | |||||||| |||||||| |    
T  9378066 ctataaatatcagacttgtaagaaacatttccgaagtttcttgagaaaacttcaggtgcaatgtagcccaatgttcctctagctgcggttatagacaccg 9377967  T
Q  125 tacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtg 224  Q
    ||||| ||||||| |  ||||  ||||| |  || ||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||  || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  9377966 tactttgatttttgggacacagtttagcaagtccaaagtcagtaattttaggactcaaattatcatctattaacacattgtgtggattgatatcaaagtg 9377867  T
Q  225 aagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaa 262  Q
    ||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||    
T  9377866 aagtattctatgatcacaaccaatatgaagatactcaa 9377829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 9420439 - 9420735
Alignment:
Q  19 ccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatag 118  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  ||| | || || || |  |    
T  9420439 ccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcaggtgcaatgtaacctaaagcccctcttgcagcagttactg 9420538  T
Q  119 acactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtc 218  Q
    ||||| | ||| ||||||| |||||||  || |||||||| || || |||||||| |||   || || |||||||| || || ||||  ||||| || ||    
T  9420539 acactttgctttgatttttagagcacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaacaaacttgtcatctaataacacgttatagggattaatatc 9420638  T
Q  219 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaa 315  Q
     ||||||||||||   ||||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  9420639 gaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttgtagcttctcccatccgagaaaa 9420735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 9437522 - 9437818
Alignment:
Q  19 ccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatag 118  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || ||| | || || || |  |    
T  9437522 ccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcaggtgcaatgtaacctaaagtccctcttgcggcagttactg 9437621  T
Q  119 acactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtc 218  Q
    ||||| | ||| ||||||| || ||||  || |||||||| || || |||||||| |||   || || |||||||| |  || ||||| ||||| || ||    
T  9437622 acactttgctttgatttttagaacacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaacaaacttgtcatctaatagcacgttatggggattaatatc 9437721  T
Q  219 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaa 315  Q
     ||||||||||||   ||||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  9437722 gaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttgtagcttctcccatccgagaaaa 9437818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 231
Target Start/End: Original strand, 9125273 - 9125344
Alignment:
Q  160 aagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaatt 231  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  9125273 aagtctgaaatttttggagtgaaggtgtcatctagcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaatt 9125344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 10992917 - 10992839
Alignment:
Q  211 ttgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaattt 289  Q
    ||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||    
T  10992917 ttgatatcaaaatgaaggatgcgttgatcacaaccttgatgaagatactcaactcctttagctatacctaaagcaattt 10992839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9495455 - 9495362
Alignment:
Q  196 aagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaattt 289  Q
    |||| ||||||||| || || ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||| ||| || ||||| || || |||||||    
T  9495455 aagatattatgaggttttatatcaaagtgaagtatcctctggtcacatccttgatgaagatactcaattcctttcgctattccaagcgcaattt 9495362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 9171860 - 9171551
Alignment:
Q  16 ataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtca 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||    
T  9171860 ataccatagctatatatatcagacttataagagacattcccaaaatttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtca 9171761  T
Q  116 tagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgat 215  Q
    | || |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||    
T  9171760 ttgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaat 9171661  T
Q  216 gtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaa 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||    
T  9171660 gtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaa 9171561  T
Q  316 gcatctttgt 325  Q
      ||||||||    
T  9171560 ctatctttgt 9171551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1969 - 1650
Alignment:
Q  10 aataatataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctg 109  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  1969 aataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctg 1870  T
Q  110 cggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgagg 209  Q
      ||||| || ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  1869 tagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgagg 1770  T
Q  210 attgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcca 309  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  1769 attgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatcca 1670  T
Q  310 agaaaagcatctttgttgtt 329  Q
    || ||| |||||||||||||    
T  1669 aggaaatcatctttgttgtt 1650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 329
Target Start/End: Original strand, 15910137 - 15910456
Alignment:
Q  10 aataatataccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctg 109  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||     
T  15910137 aataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagcta 15910236  T
Q  110 cggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgagg 209  Q
    | ||||| || ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  15910237 cagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgagg 15910336  T
Q  210 attgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtcccatcca 309  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  15910337 attgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgttgcaatttatcccatcca 15910436  T
Q  310 agaaaagcatctttgttgtt 329  Q
    || ||| |||||||||||||    
T  15910437 aggaaatcatctttgttgtt 15910456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 27696387 - 27696131
Alignment:
Q  19 ccataactatatatatcagacttatacgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatag 118  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| || ||| | || |||||||||||||| || || || || |||||||| || |||||  | || | |||||| |    
T  27696387 ccataactataaacatctgacttataggatacaatgccaaagtttctagaaaatacctctggcgcaatgtagcccaaagttcccctagccgtggtcattg 27696288  T
Q  119 acactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtc 218  Q
    ||||  ||||||  | ||| || || |  || |||||||| || || | ||||||||| |||||||| || |||| ||| || |||||||| ||||| ||    
T  27696287 acacaatacttctttctttggaacaaagttttgccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatc 27696188  T
Q  219 aaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctat 275  Q
    ||| || ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||    
T  27696187 aaaatggagaattcgtttatcacaaccttgatgaagatactcaattcccttcgctat 27696131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University