View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7350_low_3 (Length: 731)

Name: NF7350_low_3
Description: NF7350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7350_low_3
NF7350_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-717)||(34065116-34065845)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 34065845 - 34065116
Alignment:
Q  1 tccaaacacttcgacgggaattaacttaaatttcannnnnnnctttctgtggatgtactcaatccttcttgttgtgtagacgtcattgttaatataatcg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065845 tccaaacacttcgatgggaattaacttaaatttcatttttttctttctgtggatgtactcaatcctccttgttgtgtagacgtcattgttaatataatcg 34065746  T
Q  101 atgattcaatcttttgactaagacctt--------------agttatccattgtagagtacaagtgcgacaatcgtacagatcaagtaccttgtttactg 186  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065745 atgattcaatcttttaactaagaccttttaactaagaccttagttatccattgtagagtacaagtgcgacaatcgtacagatcaagtaccttgtttactg 34065646  T
Q  187 tttggagaatggtatatttaatctaagttccagacaagaacaaatggtttggctaattgattttcaagggtggagcacatcgtgcatatcagtaaaggtc 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065645 tttggagaatggtatatttaatttaagttccacacaagaacaaatggtttggctaattgattttcaagggtggagcacatcgtgcatatcagtaaaggtc 34065546  T
Q  287 tcccgagatgctgctcaagtcttgcagaatcattaccctgaaaggttgggccttgcagtcttctacaatccgccaaaattgtttgagtcattttggacgg 386  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065545 acccgagatgctgctcaagtcttgcagaatcattaccctgaaaggttgggccttgcagtcttctacaatccgccaaaattgtttgagtcattttggacgg 34065446  T
Q  387 tacgatatcataatatatcccctctttataaccannnnnnnccccgcttttgtgtgtggtggtggggggtggattttattatatgagacgtatctgcatg 486  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065445 tacgatatcataatctatcccctctttataacca-ttttttccccgcttttgtgtgtggtggtggggggtggattttattatatgagacgtatctgcatg 34065347  T
Q  487 atgaaacaggagacagttgcttatcctgcaaatgtcactttagtgaaaccatttcttgtgagacaggagatgtactgctcaagttataggatttattttt 586  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065346 atgaaacaggagacatttgcttatcctgcaaatgtcactttagtgaaaccatttcttgtgagacaggagacgtactgctcaagttataggatttattttt 34065247  T
Q  587 ctgtgtttgataagtttgcattctttggaacagatggtgaaaccatttcttgaacccaagacttacagaaaggtgacatttgcttatcctgacaaccaaa 686  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065246 ctgtgtttgataagtgtgcattctttggaacagatggtgaaaccatttcttgaacccaagacttacagaaaggtgacatttgcttatcctgacaaccaaa 34065147  T
Q  687 ggagccgaacgatgatggaagaactctttga 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34065146 ggagccgaacgatgatggaagaactctttga 34065116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University