View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7354_low_10 (Length: 319)

Name: NF7354_low_10
Description: NF7354
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7354_low_10
NF7354_low_10
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (12-302)||(4785022-4785312)
chr7 (12-302)||(4817451-4817741)
chr7 (12-300)||(4862530-4862818)
chr7 (9-300)||(4698374-4698665)
chr7 (15-299)||(4713256-4713540)
chr7 (12-302)||(4854623-4854913)
chr7 (8-282)||(4629568-4629842)
chr7 (12-282)||(4665594-4665864)
chr7 (12-131)||(4652330-4652449)
chr7 (12-294)||(4660448-4660730)
chr7 (12-295)||(4635503-4635786)
chr7 (12-295)||(4642350-4642633)
chr7 (12-301)||(4671280-4671569)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 302
Target Start/End: Original strand, 4785022 - 4785312
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4785022 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 4785121  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
4785122 atgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgttt 4785221  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagt 302  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
4785222 gcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagt 4785312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 12 - 302
Target Start/End: Original strand, 4817451 - 4817741
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4817451 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 4817550  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
4817551 atgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgttt 4817650  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagt 302  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
4817651 gcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagt 4817741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 4862818 - 4862530
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||    
4862818 ggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttaca 4862719  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4862718 atgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 4862619  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
4862618 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaagata 4862530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 9 - 300
Target Start/End: Original strand, 4698374 - 4698665
Alignment:
9 tttggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgtt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||| |||| |||||    
4698374 tttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgtt 4698473  T
109 acaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttg 208  Q
    |||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||    
4698474 acaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttg 4698573  T
209 tttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggata 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
4698574 tttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagataagtgaggaggata 4698665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 299
Target Start/End: Original strand, 4713256 - 4713540
Alignment:
15 gttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| |||||||||||    
4713256 gttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatg 4713355  T
115 aaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgca 214  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||    
4713356 aaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgca 4713455  T
215 tgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggat 299  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| |||||||    
4713456 tggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggat 4713540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 302
Target Start/End: Original strand, 4854623 - 4854913
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||    
4854623 ggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttaca 4854722  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    ||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
4854723 atgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaattttattgtcaaatggtgttgagttgttt 4854822  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagt 302  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| |||| |||||    
4854823 gcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggagaatagt 4854913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 4629842 - 4629568
Alignment:
8 gtttggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgt 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||||||| |||     
4629842 gtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgc 4629743  T
108 tacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagtt 207  Q
     | |||||||||||||  |||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||  |  |||  |||||||    
4629742 cataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattctatcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagtt 4629643  T
208 gtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 282  Q
    | |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
4629642 gcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 4665864 - 4665594
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||| ||| |||||||     
4665864 ggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacg 4665765  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    |||||||||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||  ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| ||    
4665764 atgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagtacttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgctt 4665665  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 282  Q
    |||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
4665664 gcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 4652449 - 4652330
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| |||     
4652449 ggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacg 4652350  T
112 atgaaggtgtggtaattgaa 131  Q
    |||||||||||| |||||||    
4652349 atgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 4660730 - 4660448
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||      
4660730 ggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatg 4660631  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    ||||||||||||  |||||| | || ||||| || | | ||||||||||||| ||   |||||||||| ||| ||||||  |  |||  |||||||||||    
4660630 atgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattctatcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgttt 4660531  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagg 294  Q
    |||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||    
4660530 gcatgatgatgggactcaacgaccttcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4635786 - 4635503
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||  ||| ||| |||     
4635786 ggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacg 4635687  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    | ||||||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||  |||||||||||    
4635686 aagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggcgttaagttgttt 4635587  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 295  Q
    |||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
4635586 gcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4642633 - 4642350
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||  ||| ||| |||     
4642633 ggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacg 4642534  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    | ||||||||||  |||||| | || ||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| ||||||  |  |||  |||||||||||    
4642533 aagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgtttagaatattattgcaagttggcgttaagttgttt 4642434  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 295  Q
    |||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||    
4642433 gcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4671569 - 4671280
Alignment:
12 ggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttaca 111  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| |||     
4671569 ggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacg 4671470  T
112 atgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgttt 211  Q
    ||||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| ||    
4671469 atgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgctt 4671370  T
212 gcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatag 301  Q
    |||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||| |||||    
4671369 gcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University