View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7355_low_2 (Length: 432)

Name: NF7355_low_2
Description: NF7355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7355_low_2
NF7355_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-428)||(20075364-20075776)
chr5 (74-425)||(9401074-9401425)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (16-428)||(8916168-8916583)
chr4 (16-428)||(8905324-8905739)
chr4 (17-428)||(8930015-8930423)
chr4 (17-428)||(8975698-8976109)
chr4 (33-428)||(9002021-9002413)
chr4 (66-426)||(9027452-9027812)
chr4 (225-426)||(8972148-8972349)
chr4 (65-424)||(8952613-8952972)
chr4 (66-134)||(8971989-8972057)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Original strand, 20075364 - 20075776
Alignment:
Q  16 ctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20075364 ctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctcttcatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactc 20075463  T
Q  116 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgtt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20075464 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgcgcacgaagtccagatagtttatcaatccaacccgtgaatggaatataatcagaaataaagaaagctgtt 20075563  T
Q  216 atcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtac 315  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20075564 atcatggcctcaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtacctcctaccgaaagcaatcctacaaattattgtac 20075663  T
Q  316 tggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  20075664 tggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagcttgattagaaatattttttatcatttgtttcacctcaaactttcttat 20075763  T
Q  416 agaagaataatat 428  Q
    |||||||||||||    
T  20075764 agaagaataatat 20075776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 425
Target Start/End: Original strand, 9401074 - 9401425
Alignment:
Q  74 atttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||| | ||| || |||||||  || |||||  ||   |  ||   |||||||||||||    
T  9401074 atttggatccaaatgttcatcaataatttcttggtagaattcatcaaactctttgaaatttctatcaagacgaccatgcaaccctcttagtttatcaatc 9401173  T
Q  174 caacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctct-tagttccttca 272  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  9401174 caacccataaatggaatataatcagaaacaaagaaagctgtcaacatggcctcaaactcatgcaacattccatggaatttactactctctag-tccttca 9401272  T
Q  273 tcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaag-cagattga 371  Q
    || || ||||| || || ||||||| ||||||||||||| |||| || |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||     
T  9401273 tcttcatacctcctcccaaaagcaaccctacaaattattttacttgagagagaaattaataattcactcaaatttgtaacaactgaagaagtaacattg- 9401371  T
Q  372 ttagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataa 425  Q
    |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  9401372 ttagaaatttttttgatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataa 9401425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Original strand, 8916168 - 8916583
Alignment:
Q  16 ctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactc 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8916168 ctttcttcaattgtagcaagacatcaacaatgacctcttcatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcctggtaaaactc 8916267  T
Q  116 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  8916268 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacgaaggccagatagtttatcaatccaacccgtaaatggaatataatcagaaataaagagagctgtc 8916367  T
Q  216 atcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctc---ttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattg 312  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8916368 aacatggcctcaaactcatgcaacattccatggaatttactcctcttattagttccttcatcttcataactcctaccgaaagcaatcctacaaattattg 8916467  T
Q  313 tactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctct 412  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8916468 tactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttct 8916567  T
Q  413 tatagaagaataatat 428  Q
    ||||||||||||||||    
T  8916568 tatagaagaataatat 8916583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Original strand, 8905324 - 8905739
Alignment:
Q  16 ctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactc 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8905324 ctttcttcaattgtagcaagacatcaacaatgacctcttcatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcctggtaaaactc 8905423  T
Q  116 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  8905424 atccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacgaaggccagatagtttatcaatccaacccgtaaatggaatataatcagaaataaagagagctgtc 8905523  T
Q  216 atcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctc---ttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattg 312  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8905524 aacatggcctcaaactcacgcaacattccatggaatttactcctcttattagttccttcatcttcataactcctaccgaaagcaatcctacaaattattg 8905623  T
Q  313 tactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctct 412  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8905624 tactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacatttgaagaagtagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttct 8905723  T
Q  413 tatagaagaataatat 428  Q
    ||||||||||||||||    
T  8905724 tatagaagaataatat 8905739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 17 - 428
Target Start/End: Original strand, 8930015 - 8930423
Alignment:
Q  17 tttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactca 116  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||| | ||||    |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  8930015 tttcatcaattcgagtaagacatcaacaataaactctc---catctgtattttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaatgca 8930111  T
Q  117 tccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgtta 216  Q
    ||||||||||| |||||||  || |||||  ||   | |||    |||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  8930112 tccatctccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccctaagtttatcaatccaactcatgaatgtaatataatcagaaacaaagaaagctgtca 8930211  T
Q  217 tcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtact 316  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||  |||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8930212 tcaaggcctcaaactcatgcaacattccatggaatttactcctctcaatcccttgttcctcgtacctcttcccaaaagcaatcctacaaatcattgtact 8930311  T
Q  317 ggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttata 416  Q
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8930312 atatagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacatttgaagaagcagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttcttata 8930411  T
Q  417 gaagaataatat 428  Q
    ||||||||||||    
T  8930412 gaagaataatat 8930423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8976109 - 8975698
Alignment:
Q  17 tttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactca 116  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||| |||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  8976109 tttcttcaattggagtaagatatcaacaataacttcttcatctgtaatttgttctctatttggatccaaatgttcatcaataatctcttgataaaattca 8976010  T
Q  117 tccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgtta 216  Q
    || | |||||| |||||||  || |||||  ||   | |||    |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| |   |||  |    
T  8976009 tcaaactccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccctaagtttatcaatccaactcatgaatggaatataatcagaaacaaatatttctgcaa 8975910  T
Q  217 tcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtact 316  Q
      |  || |||||||||||||||||||| || ||  |||| || | ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  8975909 gtaaagcttgaaactcatgcaacattccatgaaacctacttctttcagttccttcatcctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtact 8975810  T
Q  317 ggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttata 416  Q
     || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||    |||||  |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  8975809 tgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaatcaacatgccctgaaattcttttgatcattttcttcacctcaaactttcttata 8975710  T
Q  417 gaagaataatat 428  Q
    || |||||||||    
T  8975709 gaggaataatat 8975698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 428
Target Start/End: Original strand, 9002021 - 9002413
Alignment:
Q  33 aagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaat 132  Q
    |||||||||||||| |||||||   |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| | |||||| ||||    
T  9002021 aagacatcaacaataacctctt---catctgtatgttttctatttggatccaaatgttcatctataatctcttgataaaaatcatcaaactccttgaaat 9002117  T
Q  133 ttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactc 232  Q
    |||  || |||||  ||   | |||    |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| |   |||  | ||  || ||| ||||    
T  9002118 ttctatcaagacgaccatgcaatcccctaagtttatcaatccaactcatgaatggaatataatcagaaacaaatatttctgccagcaaagcttgacactc 9002217  T
Q  233 atgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaat 332  Q
    ||| |||||||| || ||  |||| |||| |||||||||||| || || ||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||  | |||    
T  9002218 atgaaacattccttgaaacctacttctctcagttccttcatcttcatagcttctcccaaaaacaatcctgcaaattatcgtacttgaaagagatatcaat 9002317  T
Q  333 atctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataatat 428  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||||||  |   ||    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9002318 atctcactcatatttgaaacacttgaagaactaacatgccctgaaattttttttatcattttcttcacctcaaaatttcttatagaagaataatat 9002413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 66 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 9027812 - 9027452
Alignment:
Q  66 tgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtt 165  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || |||||  ||   | |||    ||||    
T  9027812 tgttctctatttggatccaaatgtacatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccctaagtt 9027713  T
Q  166 tatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagt 265  Q
    |||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| ||| |   |||  |  |  || |||||||||||||||||||| || ||  |||| || | |||    
T  9027712 tatcaatccaactcatgaagggaatataatcagaaacaaatatttctgcaagtaaagcttgaaactcatgcaacattccatgaaacctacttctttcagt 9027613  T
Q  266 tccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagca 365  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |    
T  9027612 tccttcatcctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaacta 9027513  T
Q  366 gattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 426  Q
    |  ||    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9027512 gcatgccctgaaatttttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatagatgaataat 9027452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 225 - 426
Target Start/End: Original strand, 8972148 - 8972349
Alignment:
Q  225 tgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagag 324  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||  ||| |||||| |||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  8972148 tgaaactcatgcaacatttcatgaaatctacttttctcagttccatcattctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagag 8972247  T
Q  325 aagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaata 424  Q
    || | || | ||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  8972248 aaatcaacacctcactcaaatttgtaacacttgaagaatcaacatgccctgaaatttttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatggaggaata 8972347  T
Q  425 at 426  Q
    ||    
T  8972348 at 8972349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 8952972 - 8952613
Alignment:
Q  65 atgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagt 164  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || | |||  ||   | |||    ||     
T  8952972 atgttctctatttggatccaaatgttcatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaatttctatcaacacgaccatgcaatcctctgagc 8952873  T
Q  165 ttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttag 264  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||   | ||  | ||  || |||||||||||||||| ||| || ||  ||||| ||| |     
T  8952872 ttatcaatccatcccgtgaatggaatataatcagaaaaaaagcttgttgcaagcaaagcttgaaactcatgcaacaatccatgaaacctactcttctcaa 8952773  T
Q  265 ttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagc 364  Q
    || | ||||| || || ||| | || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  8952772 tttcatcatcttcatagcttttcccaaaagcaattctacaaattatagtacttgagagtgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaatc 8952673  T
Q  365 agattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaata 424  Q
    ||  ||    ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||    
T  8952672 agcatgccctgaaattttttcgatcattttcttcacctcaaatattcttatagaagaata 8952613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 8971989 - 8972057
Alignment:
Q  66 tgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaattt 134  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||    
T  8971989 tgttctctatttggatccaaatgctcatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaattt 8972057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University