View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7358_high_1 (Length: 857)

Name: NF7358_high_1
Description: NF7358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7358_high_1
NF7358_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-842)||(39783881-39784700)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 39784700 - 39783881
Alignment:
Q  15 tatataatagccagagcttgatggggaatgtgagagcatattagcagagttttcatcaaattttaaaaaggttgtccctcaagnnnnnnngaaaagatta 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  39784700 tatataatagccagagcttgatggggaatgtgagagcatattagcagagttttcatcaaattttaaaaaggttgtccctcaagtttttttgaaaagatta 39784601  T
Q  115 aggaagagtttcttgctttttcttcagagatcttcttgttctgttgttttcttgttcagcagaaaattgtgatatatacttcaattcttacaaggttaga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39784600 aggaagagtttcttgctttttcttcagagatcttcttgttctgttgttttcttgttctgcagaaaattgtgatatatacttcaattcttacaaggttaga 39784501  T
Q  215 acctatatttcatttctttcttctaccttatgctatggaattatgttatgtgctttcttattttctaacttgacttttgttacatgttttgctttaaatt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39784500 acctatatttcatttctttcttctaccttatgctatggaattatgttatgtgctttcttattttctaacttgacttttgtttcatgttttgctttaaatt 39784401  T
Q  315 tttcacagttatatcatgccatttgtgtgatagttttgttttgtttcatgcatgatgaatctggtttggcatgatgcaatgtcaatgcctagaatctaaa 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39784400 tttcacagttatatcatgtcatttgtgtgatagttttgttttgtttcatgcatgatgaatatggtttggcatgatgcaatgtcaatgcctagaatctaaa 39784301  T
Q  415 aaactatacaaaattgcattgtataaaactctc-tatccgtttaaaactttagagtaatagaaaaggttgtctgcactagtctaacaaagtagaaattca 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  39784300 aaactatacaaaattgcattgtataaaactctcttatccttttaaaactttagagtaatagaaaaggttgtctgc----gtctaacaaagtagaaattca 39784205  T
Q  514 tcatgaagagctgcaaaattaaattaaattaaataatataatgtatcagatgccaagaatgagagagaatataactataatgatgttgcatcttcaagca 613  Q
    |||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39784204 tcatgaagagctgca-----aaattaaattaaataatataatgtatcagatgccaagaatgagagagaatataactataatgatgttgcatcttcaagca 39784110  T
Q  614 tcctttttaaattgagtatatgaaaagaagagaaaaatgttgtcttgtgatcatacattcaaatatttcaataattgaaagaatagtttgagaaatgaca 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39784109 tcctttttaaattgagtatatgaaaagaagagaaaaatgttgccttgtgatcatacattcaaatatttcaataattgaaagaatagtttgagaaatgaca 39784010  T
Q  714 tcatatacacataagagaagctattattatggtaggaaaatactaacaggtaaagttgtcgggagatannnnnnnnnnnnnngatgagtttcattcaaat 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||    
T  39784009 tcatatacacataagagaagctattattatggtaggaaaatactaacaggtaaagttgtcgggagatattttttatttttttgatgagtttcattcaaat 39783910  T
Q  814 gtggtccaaagtattggaaggagacaaat 842  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783909 gtggtccaaagtattggaaggagacaaat 39783881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University