View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7361_low_1 (Length: 968)

Name: NF7361_low_1
Description: NF7361
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7361_low_1
NF7361_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-950)||(49561252-49562199)
chr4 (776-914)||(49907482-49907623)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 867; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 867; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 49562199 - 49561252
Alignment:
Q  1 tgcatatagtgtaccttaaaattcgtacctggcaattgttcttcgattatgtggaacaaatggataatgaaattcatgttgtttcattatataataacta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49562199 tgcatatagtgtaccttaaaattcgtacctggcaattgttcttcgattatgtggaacaaatggataatgaaattcatgttgtttcattatataataacta 49562100  T
Q  101 tatgttgctaaaaattatatgggctgaagcacacatatttggcacaatagtgttctgcttagcattgagtgttaggctatacagatccaataggaaaata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49562099 tatgttgctaaaaattatatgggctgaagcacacatatttggcacaatagtgttctgcttagcattgagtgttaggctatacagatccaataggaaaata 49562000  T
Q  201 aatttattttcacaaagagtagaaggttatgacaagcgtttaatgttgacagtatgatgaagagtggttacactttcacgatacaatacatgattaaaaa 300  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49561999 aatttattttcaca--gagtagaaggttatgacaagcgtataattttgacagtatgatgaagagtggttacactttcacgatacaatacatgattaaaaa 49561902  T
Q  301 tttataattatcagccggaaaattgaggtcgctctacttgtagaaaaggagatacaaatttttctaaggtggcttgggtatgtgcagagaagtcccgtgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49561901 tttataattatcagccggaaaattgaggtcgctctacttgtagaaaaggtgatacaaatttttctaaggtggcttgggtatgtgcagagaagtcctgtgg 49561802  T
Q  401 aagcactgccgagagtgactgaccagattgaaaaatttctgattattagctgtagagagagaccacaaaaaaccattcagttgaattattgagagagatt 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  49561801 aagcactgccgagagtgattgaccagattgaaaaatttctgattattagctgtagagagagaccacaaaaaaccattcagttgaattattgagaga--tt 49561704  T
Q  501 tagagggaaacagtctatctgataagcctgtcacgcctgtatgtacaagaggggtggatggaggggagagagaga--cagaaagagggaataacaagagt 598  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  49561703 tacagggaaacagtctatctgataagcctgtcacgcctgtatgtacaagaggggtgaatggaggggagagagagagacagaaagagggaataacaagagt 49561604  T
Q  599 ggacatgtgtgagaatgagaatggtggagagggatgctagaatgatgcatggagaggtaaatatagtgacatatttttatagcaaacaagggcaccgtga 698  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49561603 ggacatgtatgagaatgagaatggtggagagggatgctagaatgatgcatggagaggtaaatattgtgagatatttttatagcaaacaagggcaccgtga 49561504  T
Q  699 gatgtatgaaagaacgagatgtatcttttggctgggcaactctgaaaaaggggtgtagggttccaattcaattttttaatataccctgcagcaaaattca 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49561503 gatgtatgaaagaacgagatgtatcttttggctgggcaactctgaaaaaggggtgtagggttccaattcaattttttaatataccctgcaacaaaattca 49561404  T
Q  799 tctttctagttcagtgattttagtatcaatgcaattcacttttccttttcatattttggttcctatcactatccttagactttattcatgataggacatt 898  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49561403 tctttctagttcagtgattttagtatcaatgcaattcacttttccttttcatattttggttcctatcactatccttagactttattcatgataggacatt 49561304  T
Q  899 atgatctggtttgacttgtatagccgcttcgtccatcgtggaacaaaaggct 950  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  49561303 atgatctggtttgacttgtatagccgtgtcgtccatcgtggaacaaaaggct 49561252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 776 - 914
Target Start/End: Original strand, 49907482 - 49907623
Alignment:
Q  776 aatataccctgcagcaaaattcatctttctagttcagtgattttagtatcaatgcaattcacttttccttttcatattttggttcctatc----actatc 871  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||| ||||| | |||  || |||| |||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||    | | ||    
T  49907482 aatataccctgtaacagaattcatctttctggttcactaattc-agaatcattgcagttcagttttcctttacatattttgggtcctatccatcagtttc 49907580  T
Q  872 cttagactttattcatgataggacattatgatctggtttgact 914  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49907581 cttaaacttaattcatgataggacattatgatctggtttgact 49907623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University