View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7363_low_3 (Length: 426)

Name: NF7363_low_3
Description: NF7363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7363_low_3
NF7363_low_3
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-426)||(2004689-2005096)
chr8 (19-426)||(1968539-1968946)
chr8 (19-426)||(2008069-2008476)
chr8 (19-426)||(2011684-2012091)
chr8 (110-426)||(1964694-1965010)
chr8 (163-426)||(1963083-1963346)
chr8 (163-426)||(2015083-2015346)
chr8 (290-426)||(2018466-2018602)
chr8 (157-354)||(2432966-2433163)
chr8 (384-425)||(2436704-2436745)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (309-426)||(5902402-5902519)
chr1 (320-426)||(5905897-5906003)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (346-426)||(22055-22135)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2005096 - 2004689
Alignment:
Q  19 atgtgagtatggagatataccagagcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2005096 atgtgagtatggagatataccagtgcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaa 2004997  T
Q  119 gcttataaacaattcctcgcacttcttaaacttttaatttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaa 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  2004996 gcttacaaacaattcctcgcacttcttaaacttttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatggagatgggtcctataagtgcaa 2004897  T
Q  219 tgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttggacccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtct 318  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2004896 tgaaagatgaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttggacccatcatcccgacgatagaaagttccggtgatgctaatcatgggttggaatgtct 2004797  T
Q  319 aacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004796 aacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggt 2004697  T
Q  419 ttggaatt 426  Q
    ||||||||    
T  2004696 ttggaatt 2004689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 1968539 - 1968946
Alignment:
Q  19 atgtgagtatggagatataccagagcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| |||||||||    
T  1968539 atgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaa 1968638  T
Q  119 gcttataaacaattcctcgcacttcttaaacttttaatttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaa 218  Q
    | ||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  1968639 gtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgcaa 1968738  T
Q  219 tgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttggacccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtct 318  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||  |  |||||| ||||||| |  | |||| ||||| |||||    
T  1968739 tgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtct 1968838  T
Q  319 aacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggt 418  Q
      | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1968839 ggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctggctttaggt 1968938  T
Q  419 ttggaatt 426  Q
    ||||||||    
T  1968939 ttggaatt 1968946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2008476 - 2008069
Alignment:
Q  19 atgtgagtatggagatataccagagcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | |||||||||| |||||||||    
T  2008476 atgtgagtatagagatatactagagcctataaaaataccaggttgtgtaccactccatggcagggatttcttgagcatagctcaagatagatcaagtcaa 2008377  T
Q  119 gcttataaacaattcctcgcacttcttaaacttttaatttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaa 218  Q
    ||||| ||||| |||||| || || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  2008376 gcttacaaacacttcctcccatttgttaaacttttaagttctgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatagagatgggtcctctaagtgcaa 2008277  T
Q  219 tgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttggacccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtct 318  Q
    ||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||   |||  |  ||  || ||||||| |  | |||| ||||| |||||    
T  2008276 tgaaagaggagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaaaatctggtgatgatgctaatggcttggagtgtct 2008177  T
Q  319 aacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggt 418  Q
      | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  2008176 ggcctggttggataaacagcaaccttgttcggttttgtatgtatcttttgggagtggaggtacactttcacaggagcaaattgtggagctagctttgggt 2008077  T
Q  419 ttggaatt 426  Q
    ||||||||    
T  2008076 ttggaatt 2008069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2012091 - 2011684
Alignment:
Q  19 atgtgagtatggagatataccagagcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaa 118  Q
    |||||||||  ||||| | ||||||||||| ||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||| ||| |  |  ||||||||| |||||||||    
T  2012091 atgtgagtacagagatctcccagagcctatcaaagtaccgggctgcgtaccactccatggcagggatctcttgaccatagttcaagatagatcaagtcaa 2011992  T
Q  119 gcttataaacaattcctcgcacttcttaaacttttaatttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaa 218  Q
    ||||| ||| | |||||   || | |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||  |||     
T  2011991 gcttacaaatacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacctataaatgcat 2011892  T
Q  219 tgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttggacccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtct 318  Q
    ||| ||| ||||||||||  |||||| | || |||||||||||||||||||||| |||| ||  | |||| | ||||| |  | |||| ||||| |||||    
T  2011891 tgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacaggttctgttgatgatgctaatggtttggagtgtct 2011792  T
Q  319 aacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggt 418  Q
      ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2011791 gtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttgagctggctttgggt 2011692  T
Q  419 ttggaatt 426  Q
    ||||||||    
T  2011691 ttggaatt 2011684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 426
Target Start/End: Original strand, 1964694 - 1965010
Alignment:
Q  110 tcaagtcaagcttataaacaattcctcgcacttcttaaacttttaatttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtccta 209  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||   || | |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||    
T  1964694 tcaagtcaagattacaaacacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggaccta 1964793  T
Q  210 taagagcaatgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttggacccatcatcccgacaatagaaagttc---cggtgatgctaatgatgg 306  Q
    ||| ||||  || ||| ||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||   ||| ||  | ||||   | |||||||||   ||||    
T  1964794 taaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttggacccatcatcgatacagtaacatgttctgaccgtgatgcta---atgg 1964890  T
Q  307 gttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgag 406  Q
     ||||| |||||  ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  1964891 tttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttcag 1964990  T
Q  407 ctggctttgggtttggaatt 426  Q
    |||||| |||| || |||||    
T  1964991 ctggctctggggttagaatt 1965010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 163 - 426
Target Start/End: Original strand, 1963083 - 1963346
Alignment:
Q  163 tgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaatgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttgga 262  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| || || || | ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||    
T  1963083 tgatggtgttcttattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 1963182  T
Q  263 cccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgt 362  Q
    ||||| ||||  ||| ||  ||  || ||||||| |  | ||  ||| || ||||| ||||||||||| |||||    |||||||||||||||||||| |    
T  1963183 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgacatggttggacaaacaatgtccttgttcagttttgtatgttt 1963282  T
Q  363 cttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaatt 426  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  1963283 cttttggtagtggtggcacactttcgcaagaacaaattgatgagttggctttgggtttggaatt 1963346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2015346 - 2015083
Alignment:
Q  163 tgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaatgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcctgttgga 262  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||| |||| || || |  |||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||    
T  2015346 tgatggtattcttattaatagtttcatagaaatcgaaaacggtcctatagaagcactgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 2015247  T
Q  263 cccatcatcccgacaatagaaagttccggtgatgctaatgatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgt 362  Q
    ||||| ||||  ||| ||  ||  || ||||||| |  | ||  ||| ||||||||  |||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||||||    
T  2015246 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgaatgtctggcatggttggacaaacaacggccttgttcagttctgtatgtgt 2015147  T
Q  363 cttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaatt 426  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2015146 ctttcgggagtggtggaacactttcgcaagaacaaattaatgagctggctttgggtttggaatt 2015083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 290 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 2018602 - 2018466
Alignment:
Q  290 ggtgatgctaatgatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcac 389  Q
    ||||||| | || |||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |    
T  2018602 ggtgatgatgataatgggttgaagtgtctggcatggttggacaaacagcaaacttgttcagttttgtatgtttcttttgggagtggtggcacactttcgc 2018503  T
Q  390 aagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaatt 426  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2018502 aagaacaaattaatgagctggctttgggtttggaatt 2018466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 157 - 354
Target Start/End: Original strand, 2432966 - 2433163
Alignment:
Q  157 ttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagatatggagatgggtcctataagagcaatgaaagacgaaggaagtgaaaaccctcccgtgtatcct 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  2432966 ttttgttgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaaggggtcctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaatcctcttgtgtatcct 2433065  T
Q  257 gttggacccatcatcccgacaatagaaagttc---cggtgatgctaatgatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttt 353  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||||   || |||||||||| ||  |||||| |||||  ||||||||||| | || |||||||| |||||||    
T  2433066 gttggacccatcatccagacaataacaagttctgacgatgatgctaat-at--gttggagtgtctgtcatggttggatgaccaacaaccttgctcagttt 2433162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 384 - 425
Target Start/End: Original strand, 2436704 - 2436745
Alignment:
Q  384 tttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaat 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2436704 tttcacaagaacaaattgttgagctggctttcggtctggaat 2436745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 309 - 426
Target Start/End: Original strand, 5902402 - 5902519
Alignment:
Q  309 tggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagct 408  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |    
T  5902402 tggagtgtctgacatggttacataaacaacaaccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggtgcactttcacaagaacaaattgatgagtt 5902501  T
Q  409 ggctttgggtttggaatt 426  Q
    |||| | |||||||||||    
T  5902502 ggctattggtttggaatt 5902519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 320 - 426
Target Start/End: Original strand, 5905897 - 5906003
Alignment:
Q  320 acatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtt 419  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||||||| || |||||| ||| | ||||    
T  5905897 acatggttagataaacagcagccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagcggtggtgcactttcacaagaacaaactgatgagctagctattggtt 5905996  T
Q  420 tggaatt 426  Q
    |||||||    
T  5905997 tggaatt 5906003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 426
Target Start/End: Original strand, 22055 - 22135
Alignment:
Q  346 ttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaatt 426  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||  ||||||   |||||| ||||| |||||||||||    
T  22055 ttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggaacactttctcaaacacaaatcaatgagctagcttttggtttggaatt 22135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University