View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7365_low_1 (Length: 648)

Name: NF7365_low_1
Description: NF7365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7365_low_1
NF7365_low_1
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (19-640)||(2996703-2997322)
chr6 (38-626)||(2937608-2938194)
chr6 (39-591)||(2927309-2927861)
chr6 (49-640)||(2929468-2930059)
chr6 (50-639)||(2934759-2935349)
chr6 (28-564)||(3003188-3003724)
chr6 (38-625)||(2974155-2974740)
chr6 (38-640)||(2964657-2965280)
chr6 (39-564)||(2952082-2952610)
chr6 (32-626)||(2658311-2658927)
chr6 (51-631)||(2983024-2983605)
chr6 (191-461)||(2979192-2979450)
chr6 (51-194)||(2978408-2978550)
chr6 (534-640)||(2954726-2954829)
chr6 (411-474)||(2954662-2954725)
chr6 (255-333)||(2985693-2985771)
chr6 (579-632)||(2986421-2986472)
chr6 (594-625)||(2952658-2952689)
chr6 (95-176)||(2954546-2954627)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (38-639)||(34573-35172)
scaffold0024 (95-367)||(44532-44804)
scaffold0024 (51-99)||(45120-45168)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (45-639)||(3339180-3339775)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (39-582)||(49613585-49614128)
chr3 (55-581)||(49618589-49619102)
chr3 (446-576)||(49617639-49617763)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 2997322 - 2996703
Alignment:
Q  19 aacatcggtgaatggatgttacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgact 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997322 aacatcggtgaatggatgttacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgact 2997223  T
Q  119 tgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcatta 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997222 tgaggttttcgggagaagttcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcatta 2997123  T
Q  219 cactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997122 cactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaa 2997023  T
Q  319 aattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997022 aattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgca 2996923  T
Q  419 aggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996922 aggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgc 2996823  T
Q  519 tggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2996822 tggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcat 2996725  T
Q  619 aattattgctattagtattatc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2996724 aattattgctattagtattatc 2996703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 626
Target Start/End: Original strand, 2937608 - 2938194
Alignment:
Q  38 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2937608 tacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcaggaggagt 2937707  T
Q  138 tcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 237  Q
    |||||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||    
T  2937708 tcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtcatatatt 2937807  T
Q  238 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 337  Q
     |||||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  | ||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937808 gctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtg 2937907  T
Q  338 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 437  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  2937908 attctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaatgctttctg 2938007  T
Q  438 taggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgtt 537  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||    
T  2938008 cagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactacttatt 2938107  T
Q  538 ctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattg 626  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2938108 ctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattattg 2938194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 591
Target Start/End: Original strand, 2927309 - 2927861
Alignment:
Q  39 acatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagtt 138  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927309 acatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagtt 2927408  T
Q  139 cttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatta 238  Q
    ||||||||||||   |||| |||| |||||  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  | | ||||||||    
T  2927409 cttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatta 2927508  T
Q  239 ctgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtga 338  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  2927509 ctgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtga 2927608  T
Q  339 ttctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgt 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  || | | |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2927609 ttctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgcttattgt 2927708  T
Q  439 aggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttc 538  Q
    | ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  2927709 aagaatccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatcttactacttgttc 2927808  T
Q  539 tcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctag 591  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927809 tcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctag 2927861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 640
Target Start/End: Original strand, 2929468 - 2930059
Alignment:
Q  49 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattc 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  2929468 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattc 2929567  T
Q  149 cttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 248  Q
    ||   |||| |||||  ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |  ||| |||||||  |||||||||    
T  2929568 ctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgt 2929667  T
Q  249 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 348  Q
    | || || ||||||  |||||||| ||||||||||| |  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  2929668 tactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggct 2929767  T
Q  349 aacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatcctt 448  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | || || ||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  2929768 aacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatcctt 2929867  T
Q  449 ggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttat 548  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||  |    
T  2929868 ggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttttctcactttact 2929967  T
Q  549 tcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattatc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  2929968 tcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattattgttattcttattatc 2930059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 50 - 639
Target Start/End: Original strand, 2934759 - 2935349
Alignment:
Q  50 gtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 149  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934759 gtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 2934858  T
Q  150 ttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtt 249  Q
    |   ||||  ||||| ||| |||| |||  ||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |  | | |||||| ||||||||||||    
T  2934859 tcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgtt 2934958  T
Q  250 tctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggcta 349  Q
     ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||||||| | |||  |||||  || ||||||||||||||||    
T  2934959 gctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggcta 2935058  T
Q  350 acttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttg 449  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||  |||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2935059 acttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttg 2935158  T
Q  450 gcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttatt 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||  ||    
T  2935159 gcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttactt 2935258  T
Q  550 caatcagtttgttctgtcttgcaagttgt---acaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattat 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2935259 caatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattatttctattagtattat 2935349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 28 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 3003724 - 3003188
Alignment:
Q  28 gaatggatgttacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggtttt 127  Q
    |||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3003724 gaatggatgaaacatccaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggtttt 3003625  T
Q  128 cgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  |    
T  3003624 cgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatga 3003525  T
Q  228 gttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggctt 327  Q
     | ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||  ||||    
T  3003524 ttcatatattaccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgctt 3003425  T
Q  328 ggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || || ||| | | |  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3003424 ggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaa 3003325  T
Q  428 atgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgt 527  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  |    
T  3003324 atgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatctt 3003225  T
Q  528 actacttgttctcacttttattcaatcagtttgttct 564  Q
    ||| |||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  3003224 actccttgctctcactttacttcaaacagtttgttct 3003188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 38 - 625
Target Start/End: Original strand, 2974155 - 2974740
Alignment:
Q  38 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2974155 tacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggagt 2974254  T
Q  138 tcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 237  Q
    |||||||||||||   |||| |||| | ||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||    
T  2974255 tcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatatt 2974354  T
Q  238 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 337  Q
    | |||||||  || | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2974355 attgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagtg 2974454  T
Q  338 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 437  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||| |   |||| ||  | || | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |||    
T  2974455 attctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattg 2974554  T
Q  438 taggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgtt 537  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  2974555 taggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatttttctacttgtt 2974654  T
Q  538 ctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattatt 625  Q
    |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974655 ctcactataattcaaagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattatt 2974740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 38 - 640
Target Start/End: Original strand, 2964657 - 2965280
Alignment:
Q  38 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2964657 tacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 2964756  T
Q  138 tcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 237  Q
    |||||||||||||   ||||||| | | ||| ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |  ||| |||||||    
T  2964757 tcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcatatatt 2964856  T
Q  238 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 337  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  2964857 actgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtg 2964956  T
Q  338 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  2964957 attctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttg 2965056  T
Q  438 taggaatccttggc--------at----------aagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgct 519  Q
    | ||||||||||||        ||          ||||||||| | ||||| | |||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965057 tgggaatccttggcgccagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgct 2965156  T
Q  520 ggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaa---------gcctcctagcttgatttctttcattgtt 610  Q
    |||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    |||||||||| ||||||         || ||||||  |||||||||||||||||    
T  2965157 ggaatcttactacttgttctcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctag--tgatttctttcattgtt 2965250  T
Q  611 gagttcataattattgctattagtattatc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965251 gagttcataattattgctattagtattatc 2965280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 39 - 564
Target Start/End: Original strand, 2952082 - 2952610
Alignment:
Q  39 acatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagtt 138  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2952082 acatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggagtt 2952181  T
Q  139 cttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatta 238  Q
    ||||||||||||   |||| |||| |||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||     
T  2952182 cttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatattg 2952281  T
Q  239 ctgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggaga---cag 335  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||  |  || ||||| || |||  |||||||||    ||    
T  2952282 ctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagtag 2952381  T
Q  336 tgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttt 435  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || |||| ||  ||||||| |||    
T  2952382 tgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaatgcattt 2952481  T
Q  436 tgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttg 535  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  2952482 tgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcgtactccttg 2952581  T
Q  536 ttctcacttttattcaatcagtttgttct 564  Q
     |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  2952582 ctctcactttacttcaaacagtttgttct 2952610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 32 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2658927 - 2658311
Alignment:
Q  32 ggatgttacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcg-- 129  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       
T  2658927 ggatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaa 2658828  T
Q  130 ----ggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaac 225  Q
        |||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||| |||| |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || |     
T  2658827 atcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttat 2658728  T
Q  226 aagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggc 325  Q
     ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||    
T  2658727 gagtcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggc 2658628  T
Q  326 ttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggactt 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||   |||| |||| |||| ||| ||||||||||  | |||||    
T  2658627 ttggagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagactt 2658528  T
Q  426 aaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaag------------gctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcc 513  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||            |  ||||| |||||||||||| |||  ||||||||| |||||| |||||||    
T  2658527 aaaagatttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcc 2658428  T
Q  514 tttgctggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaa------gcctcctagcttgatttctttcatt 607  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||      | |||||||  ||||||||||||||    
T  2658427 tttgctggaatcttactacttattctcactataattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctag--tgatttctttcatt 2658330  T
Q  608 gttgagttcataattattg 626  Q
    |||  ||||||||||||||    
T  2658329 gttcggttcataattattg 2658311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 51 - 631
Target Start/End: Original strand, 2983024 - 2983605
Alignment:
Q  51 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 150  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983024 tgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2983123  T
Q  151 tcgttaatagttgaggatcggac---cgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatg 247  Q
       ||||||||| | ||||||||   ||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| || |  ||| |||||||  ||||||||    
T  2983124 caattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatg 2983223  T
Q  248 tttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggc 347  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||| |||| ||  ||||||| ||||| | |||||||||| || | ||| ||||    
T  2983224 ttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggc 2983323  T
Q  348 taacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatcct 447  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||| |  | ||  |||||| ||| |||   | ||||| ||| || ||  ||||||||||||  ||||||    
T  2983324 tatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcct 2983423  T
Q  448 tggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttta 547  Q
     || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| | |    
T  2983424 aggaataagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataa 2983523  T
Q  548 ttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctatt 631  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2983524 ttcaaacagtttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctag--tcatttctttcattgttgagttcataattattgttatt 2983605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 191 - 461
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979450
Alignment:
Q  191 atatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttga 290  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||   || || |||||||||||||| || |||| |||||| ||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgtt---gtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  291 tatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaat 390  Q
    |||||||||||  |   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| |||||||  |||||||         |||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgtt---------aat 2979379  T
Q  391 atcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaa 461  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  2979380 atcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaa 2979450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 51 - 194
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  51 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 150  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  151 tcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatat 194  Q
       |||| |||||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 534 - 640
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954829
Alignment:
Q  534 tgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctattag 633  Q
    |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctag--tgatttctttcaatgttgagttcat-attattgctattag 2954822  T
Q  634 tattatc 640  Q
    |||||||    
T  2954823 tattatc 2954829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 411 - 474
Target Start/End: Original strand, 2954662 - 2954725
Alignment:
Q  411 tctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcagg 474  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2954662 tctttgcaaagaattaaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactctcagg 2954725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 333
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985771
Alignment:
Q  255 tttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagac 333  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || |||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttcagaaccaaatactggaaaattggtttcgagac 2985771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 579 - 632
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986472
Alignment:
Q  579 acaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 632  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2986421 acaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattattgttatta 2986472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 594 - 625
Target Start/End: Original strand, 2952658 - 2952689
Alignment:
Q  594 tgatttctttcattgttgagttcataattatt 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952658 tgatttctttcattgttgagttcataattatt 2952689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 176
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954627
Alignment:
Q  95 ctaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccga 176  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||   |||| |||||| |||| ||||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccga 2954627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 35172 - 34573
Alignment:
Q  38 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 137  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35172 tacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcggaaggagt 35073  T
Q  138 tcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 237  Q
     ||||||||||||   |||  |||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||    
T  35072 gcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatatt 34973  T
Q  238 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 337  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  34972 actgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtg 34873  T
Q  338 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 437  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  34872 attctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaatgcattttg 34773  T
Q  438 taggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgtt 537  Q
    ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34772 tagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaattttactacttgtt 34673  T
Q  538 ctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtatt 637  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34672 ctcactttgcttcaatcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtatt 34575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 95 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44532
Alignment:
Q  95 ctaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatat 194  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||   |||| || ||| ||||   | |||  ||| ||| | |||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatat 44705  T
Q  195 ggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatata 294  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  | | |||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  44704 ggttgctatggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatata 44605  T
Q  295 cttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttt 367  Q
    | |||||  |   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  44604 catgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatcttt 44532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45120
Alignment:
Q  51 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaa 99  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccactaaa 45120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 639
Target Start/End: Original strand, 3339180 - 3339775
Alignment:
Q  45 accaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaa 144  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339180 accaagcgcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaa 3339279  T
Q  145 attccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgatt 244  Q
    ||||||   |||| |||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||| |||||    
T  3339280 attcctcaattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgatt 3339379  T
Q  245 atgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgt 344  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| | |  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3339380 atgttgcttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgt 3339479  T
Q  345 ggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaat 444  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | | | | |||||||| ||| ||| |||| |||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  3339480 ggctaaattgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaat 3339579  T
Q  445 ccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactt 544  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339580 ccttggcataggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactt 3339679  T
Q  545 ttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttctttcattgttgagt---tcataattattgctattagtattat 639  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  3339680 tacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctag--tgatttctttctttgttgagttcatcataattattgctcttagtattat 3339775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 39 - 582
Target Start/End: Original strand, 49613585 - 49614128
Alignment:
Q  39 acatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagtt 138  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||    
T  49613585 acatctacagagtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggtt 49613684  T
Q  139 cttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatta 238  Q
    ||||||||||||   || | |||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||   |||  || ||||    
T  49613685 cttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacatta 49613784  T
Q  239 ctgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtga 338  Q
    | ||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||  ||||||||||| || |||||    
T  49613785 cggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtga 49613884  T
Q  339 ttctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgt 438  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||    || |||||||||| | ||||||||| ||  | ||||| |||| |||||||    
T  49613885 ttctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgt 49613984  T
Q  439 aggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttc 538  Q
        ||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  49613985 catgatccttggcatagattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttattc 49614084  T
Q  539 tcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaa 582  Q
    || ||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  49614085 tctctttacttcaatcagtttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 55 - 581
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49619102
Alignment:
Q  55 actgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   |    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  155 taatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgt 254  Q
    ||| ||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||           |||||| || |  | |  ||||||  ||||||| |||||||    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt-----------cattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  255 tttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttg 354  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| |||||  |||||||||||||| | || ||||| ||| |||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttg 49618876  T
Q  355 tttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcata 454  Q
    | |||||||||||| | |||||||  |||||  ||| |||||||||| |||| | |||||   || ||||| | || ||||||||  |||||||||||||    
T  49618877 tataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcata 49618975  T
Q  455 agttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttattcaatc 554  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||    
T  49618976 aactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaatc 49619075  T
Q  555 agtttgttctgtcttgcaagttgtaca 581  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||    
T  49619076 agtttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 446 - 576
Target Start/End: Original strand, 49617639 - 49617763
Alignment:
Q  446 cttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttt 545  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||   ||  ||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||  |||    
T  49617639 cttggcttaaattgaaggctactctcaggcatgatttttgca---ctagttggcaa-cagctgcttctgttgctggaattttactacttattctc--ttt 49617732  T
Q  546 tattcaatcagtttgttctgtcttgcaagtt 576  Q
      |||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  49617733 acttcaatcagtttattctgtcttgcgagtt 49617763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University