View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7369_low_2 (Length: 600)

Name: NF7369_low_2
Description: NF7369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7369_low_2
NF7369_low_2
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (17-594)||(22839598-22840172)
chr7 (17-560)||(22814573-22815113)
chr7 (17-562)||(22888844-22889380)
chr7 (19-594)||(22875476-22876036)
chr7 (17-525)||(22880138-22880642)
chr7 (17-562)||(22830577-22831119)
chr7 (20-594)||(22893502-22894064)
chr7 (165-591)||(22809335-22809761)
chr7 (17-594)||(22897815-22898383)
chr7 (154-562)||(22858142-22858550)
chr7 (17-435)||(22825804-22826210)
chr7 (172-444)||(22805019-22805279)
chr7 (172-582)||(22913375-22913776)
chr7 (154-384)||(22885308-22885535)
chr7 (20-142)||(22809169-22809291)
chr7 (20-142)||(22804885-22805007)
chr7 (433-562)||(22885556-22885682)
chr7 (17-134)||(22885149-22885265)
chr7 (17-142)||(22857984-22858109)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-562)||(21150626-21151168)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (524-561)||(3741523-3741560)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (506-559)||(15628278-15628331)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 594
Target Start/End: Original strand, 22839598 - 22840172
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  22839598 tcatgttcccaatcttcaagaacctcaacaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatgatgaataccaaacttagcaatatcaaag 22839697  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||        ||||||||||||| ||    ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |    
T  22839698 gcaaccgaacagttaaaaatttggacttttttttctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccat 22839797  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||    
T  22839798 aaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttg 22839897  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| |||||||   ||| |||||||||||  |    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839898 gtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac---taaaaccaacactaaatggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaa 22839994  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839995 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 22840094  T
Q  517 attgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaa 594  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  22840095 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcaagttcaacaccaaa 22840172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 17 - 560
Target Start/End: Original strand, 22814573 - 22815113
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22814573 tcatgttcccaatcttcaagaatctcagcaaacatcttccgtttgatataatatataacccctaaagttatcatgaatagcaaacttagcaaaatcaaag 22814672  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||        |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  22814673 gcaacccaacagttaaaaatttagacttttttacctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaacctt 22814772  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  22814773 aaaactccacccaagaatataatgagaagctacaagtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttg 22814872  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||  |    ||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22814873 gtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac---tagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaa 22814969  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22814970 tccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaata 22815069  T
Q  517 attgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaact 560  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22815070 attgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaact 22815113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 17 - 562
Target Start/End: Original strand, 22888844 - 22889380
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  22888844 tcatgttcccaatcttcaagaacctcatcaaacttcttcaatttgacataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttaggaaaatcaatg 22888943  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||        ||| |||      | ||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  22888944 gcaatccaacagttaaaaatttcgacttttttttctctgca------ggtagtttaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaacctt 22889037  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  22889038 aaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttg 22889137  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||  |    ||  ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22889138 gtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac---tagcaccaacactcattggtgctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaa 22889234  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22889235 tccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataaccatcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatc 22889334  T
Q  517 attgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  22889335 attgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactca 22889380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 594
Target Start/End: Original strand, 22875476 - 22876036
Alignment:
Q  19 atgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaaggc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875476 atgttcccaatcttcaagaacctcatcaaacttcttcaatttgacataatacataatccctatagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaaggc 22875575  T
Q  119 aacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaa 218  Q
    || ||||||||||||| ||| |||        ||| |||      | ||| | |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22875576 aatccaacagttaaaaatttcgacttttttttctctgca------ggtagtttaggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaa 22875669  T
Q  219 aactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggt 318  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  22875670 aactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggt 22875769  T
Q  319 cattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatc 418  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||      |||  | || |    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  22875770 caatgataacaaaggttgtgttggttta------ttactagcatct---attggagctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatc 22875860  T
Q  419 catacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcat 518  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  22875861 catacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcat 22875960  T
Q  519 tgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaa 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | | || || ||||||||||||||||||    
T  22875961 tgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaa 22876036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 525
Target Start/End: Original strand, 22880138 - 22880642
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880138 tcatgtttccaatcttcaagaacttcatcaaacttcttcaatttgagataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 22880237  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    | |||||||||||||||| |||||||         |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  22880238 gtaacccaacagttaaaaattttgactttttttg-tcagcaaatactattggctcatgaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaacctt 22880336  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  22880337 aaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataatccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttg 22880436  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||   |  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22880437 gtcaatgacaacaaatgtcgtgttggttt---attattaaaaccaacactaatcggagctaatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaa 22880533  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||    
T  22880534 tccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcatcataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatc 22880633  T
Q  517 attgatatc 525  Q
    |||||||||    
T  22880634 attgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 17 - 562
Target Start/End: Original strand, 22830577 - 22831119
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  22830577 tcatgttcccaatcttcaagaacctcatcaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatgatgaataccaaacttagcaatatcaaag 22830676  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||        ||||||||||||| ||    ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |    
T  22830677 gcaaccgaacagttaaaaatttggacttttttttctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccat 22830776  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||    
T  22830777 aaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttg 22830876  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| |||||||   ||| |||||||||||  |    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22830877 gtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac---taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaa 22830973  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||| ||  |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830974 tccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 22831073  T
Q  517 attgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactca 562  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22831074 attgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactca 22831119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 20 - 594
Target Start/End: Original strand, 22893502 - 22894064
Alignment:
Q  20 tgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaaggca 119  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  22893502 tgttcccaatcttcaagaatctcagcaaacttcttccgtctgatataatacataacccctaaagttatcatgaatatcaaacttatcaaaattaaaggca 22893601  T
Q  120 acccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaa 219  Q
    |||||||||||||||  |||||         |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22893602 acccaacagttaaaaaatttgatttcgttttctcagctaatactggtaactcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaa 22893701  T
Q  220 actccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtc 319  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||| || || |  ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  22893702 actccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtc 22893801  T
Q  320 attgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatcc 419  Q
    | ||||||||||||| || |||||||||||||||            ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | | ||||||||||||||    
T  22893802 aatgataacaaaggttgttttggtttaacaacat------------taattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatcc 22893889  T
Q  420 atacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcatt 519  Q
    |||| ||||||||||| ||||||   |||  || || | ||||||||  ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893890 atacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccattaccatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcatt 22893989  T
Q  520 gatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaa 594  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||    
T  22893990 gatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaatagtatcaagttcaacaccaaa 22894064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 165 - 591
Target Start/End: Original strand, 22809335 - 22809761
Alignment:
Q  165 ttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttga 264  Q
    ||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  22809335 ttagctcaggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttga 22809434  T
Q  265 agatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaaca 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22809435 agatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaaca 22809534  T
Q  365 ctaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatt 464  Q
     ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||   | || | ||||||    
T  22809535 ttaattggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaatt 22809634  T
Q  465 gattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcact 564  Q
    ||  ||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22809635 gaccattactatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcact 22809734  T
Q  565 actaataatagtatcaagttcaacacc 591  Q
    ||| | || |||||| |||||||||||    
T  22809735 acttagaagagtatctagttcaacacc 22809761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 17 - 594
Target Start/End: Original strand, 22897815 - 22898383
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttctt---caatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatca 113  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||  ||||||||||   |  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  22897815 tcatgctcccaatcttcaagcaactcagcaaacttctttctccttttgatataataaataacccctaaggttatcatgaaaaccaaacttagcaaaacca 22897914  T
Q  114 aaggcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaac 213  Q
    ||||||| |||||||||||||   | |||        |||| |||||  || ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  22897915 aaggcaatccaacagttaaaaacatggactcttttttctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaac 22898014  T
Q  214 cttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatct 313  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||  | || ||| || || |  ||||| |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  22898015 cttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatct 22898114  T
Q  314 ttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatatt 413  Q
     |||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||            |||||||||||||||| ||||||||||||||  | | ||||||||    
T  22898115 ctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaa------------ttggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatatt 22898202  T
Q  414 caatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaa 513  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||  |||| | ||| ||||  ||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22898203 caatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaa 22898302  T
Q  514 atcattgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaa 594  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898303 atcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaa 22898383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 154 - 562
Target Start/End: Original strand, 22858142 - 22858550
Alignment:
Q  154 agcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataatt 253  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||    
T  22858142 agcaaatattcttagctcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaatt 22858241  T
Q  254 gaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacat 353  Q
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22858242 accccggttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacat 22858341  T
Q  354 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataa 453  Q
    || |||||| | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22858342 tacaaccaaaattaattggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataa 22858441  T
Q  454 atccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcattgatatca 553  Q
     ||  ||||| ||  |    |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  22858442 gtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatca 22858541  T
Q  554 ttaaactca 562  Q
    | |||||||    
T  22858542 tcaaactca 22858550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 435
Target Start/End: Original strand, 22825804 - 22826210
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | | |    
T  22825804 tcatgttcccaatcttcaagaacctcatcaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagatatcatgaataccaaacttaggaaaacccatg 22825903  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||        |||| |||||  |  ||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  22825904 gcaacccaacagttaaaaatttggactcttttttctcaccaaatcttcgtagtttaggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagctt 22826003  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||  | || ||| || || |  |||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||| ||    
T  22826004 aaaacttcaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgagaatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctg 22826103  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||            ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | | ||||||||| |    
T  22826104 gtcaatgaaaacaaaggttgttttggtttaacaacat------------taattggagctaaagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattcta 22826191  T
Q  417 tccatacttgcataggata 435  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  22826192 tccatacctgcataggata 22826210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 172 - 444
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805279
Alignment:
Q  172 aggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgag 271  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  || | |||||||||||||||||    
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  272 aatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattg 371  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||          ||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacat--aaac----------tg 22805206  T
Q  372 gagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactgga 444  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  22805207 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactgga 22805279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 172 - 582
Target Start/End: Original strand, 22913375 - 22913776
Alignment:
Q  172 aggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgag 271  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  22913375 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 22913474  T
Q  272 aatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattg 371  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||            ||||||    
T  22913475 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacat------------taattg 22913562  T
Q  372 gagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattata 471  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||| ||  | |||||  | |||   |||| | |||| | ||||      
T  22913563 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattacc 22913662  T
Q  472 ttc---atcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactcactacta 568  Q
     ||   ||| ||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || |     
T  22913663 atcaatatcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattc 22913762  T
Q  569 ataatagtatcaag 582  Q
    ||||||||||||||    
T  22913763 ataatagtatcaag 22913776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 154 - 384
Target Start/End: Original strand, 22885308 - 22885535
Alignment:
Q  154 agcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaactaagaacataatgagaagatataatt 253  Q
    |||||||| | || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||    
T  22885308 agcaaatattcttggctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaatt 22885407  T
Q  254 gaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttggtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacat 353  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||   | ||     
T  22885408 aaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttt---atcac 22885504  T
Q  354 taaaaccaacactaattggagctaaagtaac 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885505 taaaaccaacactaattggagctaaagtaac 22885535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 142
Target Start/End: Original strand, 22809169 - 22809291
Alignment:
Q  20 tgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaaggca 119  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  22809169 tgttcccaatcttcaagaatctcagcaaacttcttccatttgatataatacataatccctaaggttatcatgaataacaaacttagcaaactcaaaggca 22809268  T
Q  120 acccaacagttaaaagttttgac 142  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  22809269 acccaacagttaaaatttttgac 22809291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 142
Target Start/End: Original strand, 22804885 - 22805007
Alignment:
Q  20 tgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaaggca 119  Q
    ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22804885 tgttcccaatcttcaagaatctcagaaaacttcttccgtttgatataataaataacccctaaagttatcatgaataccaaacttaggaaaattaaaggca 22804984  T
Q  120 acccaacagttaaaagttttgac 142  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  22804985 acccaacagttgaaatttttgac 22805007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 433 - 562
Target Start/End: Original strand, 22885556 - 22885682
Alignment:
Q  433 atatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattcca 532  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||  || ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22885556 atatccactggaaagggataaattcctgaatccataat---catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaatacca 22885652  T
Q  533 acatggttatcattgatatcattaaactca 562  Q
    | ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  22885653 atatggttatcattgatttcatcaaactca 22885682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 134
Target Start/End: Original strand, 22885149 - 22885265
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  22885149 tcatgttcccaatcttcaagaatctcagcaaacatcttccgtttgatataatatataaccc-taaagttatcatgaatagcgaactaagcaaaatcaaag 22885247  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaa 134  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22885248 gcaacccaacagttaaaa 22885265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 142
Target Start/End: Original strand, 22857984 - 22858109
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||  || ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22857984 tcatgttcccaatcttcaagaaccttagcaaacttcttctgttcgatatgatacataatccttaaagctattatgaatagcaaacttaggaaaatcaaag 22858083  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgac 142  Q
    |||||||||||||||||  |||||||    
T  22858084 gcaacccaacagttaaagtttttgac 22858109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 21151168 - 21150626
Alignment:
Q  17 tcatgttcccaatcttcaagaacctctccaaacttcttcaatttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaacttagcaaaatcaaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21151168 tcatgttcccaatcttcaagaatctcagaaaacttcttccgtttgatataatacataacccctaaagttatcatgaataccaaactaagcaaaatcaaag 21151069  T
Q  117 gcaacccaacagttaaaagttttgacnnnnnnnnctcagcaaatactgttagctcaggaagttcagagattactaggttttgagcttgaccattaacctt 216  Q
    |||| | || |||||||| ||| ||         ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||    
T  21151068 gcaaactaatagttaaaaatttggatttttttttctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaacctt 21150969  T
Q  217 aaaactccaactaagaacataatgagaagatataattgaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattttgaagaattggagaaagatctttg 316  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  21150968 aaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttg 21150869  T
Q  317 gtcattgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacactaattggagctaaagtaacttcaatctttttcttcactctatcatattcaa 416  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||   |   |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||  | | |||||||||||    
T  21150868 gtcaatgataacaaaggtcttgctggtttttta---ttaaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaa 21150772  T
Q  417 tccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaattgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatc 516  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||  || ||  ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  21150771 tccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatc 21150672  T
Q  517 attgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactca 562  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  21150671 attgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactca 21150626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 524 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 3741560 - 3741523
Alignment:
Q  524 tcaattccaacatggttatcattgatatcattaaactc 561  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3741560 tcaattccaacatggttagcattgatatcattaaactc 3741523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 559
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628331
Alignment:
Q  506 gatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcattgatatcattaaac 559  Q
    ||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaac 15628331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University