View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7369_low_3 (Length: 579)

Name: NF7369_low_3
Description: NF7369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7369_low_3
NF7369_low_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-562)||(32604582-32605130)
chr1 (411-560)||(6578824-6578973)
chr1 (134-244)||(38318435-38318544)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (14-562)||(21022648-21023196)
chr2 (155-496)||(7230748-7231089)
chr2 (155-409)||(7230422-7230676)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (24-562)||(24956489-24957027)
chr8 (24-562)||(18176084-18176622)
chr8 (155-496)||(29564540-29564881)
chr8 (131-433)||(44506507-44506805)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-382)||(19607103-19607474)
chr3 (131-496)||(9787331-9787696)
chr3 (131-496)||(3590099-3590464)
chr3 (155-501)||(4576406-4576755)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (342-554)||(10154167-10154379)
chr4 (155-496)||(14641247-14641588)
chr4 (153-496)||(10012199-10012541)
chr4 (153-496)||(10019340-10019682)
chr4 (155-286)||(26110691-26110822)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (418-562)||(34962236-34962380)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (155-496)||(175704-176045)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (155-496)||(131180-131521)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 562
Target Start/End: Original strand, 32604582 - 32605130
Alignment:
Q  14 atggacatcagctttgggtgtgccattagaatctaatgacaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgat 113  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32604582 atggacaccggctttgggtgtgccattagaatctaatggcaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgat 32604681  T
Q  114 attggtgaccactttaaccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaagg 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32604682 attggtgaccactttagccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaagg 32604781  T
Q  214 ttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctca 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32604782 ttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttaaagcagatgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctca 32604881  T
Q  314 tgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32604882 tgtccatggagagtactctattccagaatgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggataatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaa 32604981  T
Q  414 atgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaac 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32604982 atgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttctatacaactatgttgataagaaac 32605081  T
Q  514 catctaatatttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatttg 562  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  32605082 catctaatatttaggttaagattggcgttgggttttttagttatatttg 32605130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 411 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6578973 - 6578824
Alignment:
Q  411 gaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataaga 510  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || |||||||||||||| || |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||| | ||||||    
T  6578973 gaaatgcttaaagatgaataaaattgagtcatactaataaccttaaaagattccaaagaagttttggtaaagtggattctgtacaactatgctaataaga 6578874  T
Q  511 aaccatctaatatttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatt 560  Q
     | ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||    
T  6578873 gatcatctaatatttaggttaagattggtgttggatttgctagttatatt 6578824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 134 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 38318544 - 38318435
Alignment:
Q  134 tgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatg 233  Q
    ||||||||| ||||||   ||||| ||||||| |||||| |||||||| |  |||||||  | |||| | ||||||||||||| || | || ||||||||    
T  38318544 tgtggaaaacactcaataaaaaaataaaagaatggtttcgccaaatatggatgagaaagcaaaaaagagtaaggcaaaggttgtgata-caccaactatg 38318446  T
Q  234 agaaaaacatt 244  Q
    |||||||||||    
T  38318445 agaaaaacatt 38318435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 21023196 - 21022648
Alignment:
Q  14 atggacatcagctttgggtgtgccattagaatctaatgacaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgat 113  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21023196 atggacaccggctttgggtgtgccattagaatctaatggcaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttaat 21023097  T
Q  114 attggtgaccactttaaccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaagg 213  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21023096 attggtgaccactttagccctatggaatatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaagg 21022997  T
Q  214 ttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctca 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21022996 ttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggttagtttaagcagttgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctca 21022897  T
Q  314 tgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21022896 tgtccatggagagtactctattccagtttgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaa 21022797  T
Q  414 atgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaac 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21022796 atgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttctatacaactatgttgataagaaac 21022697  T
Q  514 catctaatatttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatttg 562  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  21022696 catctaatatttaggttaagattggcattgggttttctagttatatttg 21022648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 155 - 496
Target Start/End: Original strand, 7230748 - 7231089
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  7230748 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgatta 7230847  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| ||||| | ||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |||| | |||    
T  7230848 gttcaagcatcagaatgtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 7230947  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacctt 454  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || ||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||| | ||| || || |||||||| ||||    
T  7230948 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatactttggtgatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcctt 7231047  T
Q  455 aaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  7231048 aaaagattctatggatgctttggtagactggattctatacaa 7231089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 409
Target Start/End: Original strand, 7230422 - 7230676
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  7230422 aaagaaaaaaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgatta 7230521  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| ||||| | ||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |||| | |||    
T  7230522 gttcaagcatcagaatgtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 7230621  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgcttt 409  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||| |||||    
T  7230622 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgcttt 7230676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 562
Target Start/End: Original strand, 24956489 - 24957027
Alignment:
Q  24 gctttgggtgtgccattagaatctaatgacaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgatattggtgacc 123  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24956489 gctttgggtgtaccatttgaatctagtgacaaaaatactactacagatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgatattggtgacc 24956588  T
Q  124 actttaaccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagc 223  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  24956589 actttagccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccatatattggagtgaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacttc 24956688  T
Q  224 aacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatgga 323  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24956689 aacaattatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatgga 24956788  T
Q  324 gagtactctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaag 423  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24956789 gagtactctattccagattgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggattatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaag 24956888  T
Q  424 atgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaaccatctaatat 523  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24956889 atgaacaaaatcgagtcctactaataaccttaaaagattcgaaggaagatttggttgagtggattctatacaactatgttgataagaaaccatctaatat 24956988  T
Q  524 ttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatttg 562  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  24956989 ttaggttaagatttgtgttgggttttctagttatatttg 24957027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 18176622 - 18176084
Alignment:
Q  24 gctttgggtgtgccattagaatctaatgacaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgatattggtgacc 123  Q
    ||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18176622 gctttgggtgtgccatttgattgtagtggcaaaaatactactacagatgtgccacaagaaataattgactccgatgatagtgaatttgatattggtgacc 18176523  T
Q  124 actttaaccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagc 223  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18176522 actttagccctatggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaagtttcaccagctattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaac 18176423  T
Q  224 aacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatgga 323  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18176422 aacaactatgagaagaacatttgagcggttagttgaagcagccgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcagccacctctcatgtccatgga 18176323  T
Q  324 gagtactctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaag 423  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18176322 gagtactctattctagattgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagtcatgctttagaaatgcttaaag 18176223  T
Q  424 atgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaaccatctaatat 523  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18176222 atgaacaaaatcgagtcctactagtaaccttaaaagattcgaaggatgatttggtggagtggattctatacaactatgatgataagaaaccatctaatat 18176123  T
Q  524 ttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatttg 562  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  18176122 ttaggttaagattggcgttggggtttctagttatatttg 18176084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 155 - 496
Target Start/End: Original strand, 29564540 - 29564881
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  29564540 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaacaaggttgggactgcaacaacaatgagaaacacatttgagcgatta 29564639  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| ||||| | ||| |||||||| || |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |||| | |||    
T  29564640 gttcaagcaacagaaagtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 29564739  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacctt 454  Q
    |||||||| | ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||| || || |||||||| ||||    
T  29564740 tgaaaagtacgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcgtactgatgtcctt 29564839  T
Q  455 aaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  29564840 aaaagattctatggatgctttggtagactggattctatacaa 29564881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 131 - 433
Target Start/End: Original strand, 44506507 - 44506805
Alignment:
Q  131 ccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaact 230  Q
    |||| ||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||  ||    |||||||  |||||| | ||||||||||||||||| ||| || ||    
T  44506507 ccctatggaaaacactcaatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaaggat----gagaaagcaacaaagagtaaggcaaaggttgggactgcaccagct 44506602  T
Q  231 atgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtact 330  Q
    |||||||||||||| || || |||||  ||| ||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||||  || || ||||||||| ||||| | || |    
T  44506603 atgagaaaaacattagaacgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatatt 44506702  T
Q  331 ctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaaca 430  Q
    ||||||||   || |||  | |||| |||||||||||||| || ||  ||||| ||||  || |||||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||    
T  44506703 ctattccaacatgtgttgcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatggaaaataatttagttatgctttagaaatagttaaggatgagca 44506802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 14 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 19607474 - 19607103
Alignment:
Q  14 atggacatcagctttgggtgtgccattagaatctaatgacaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgat 113  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19607474 atggacatcaactttaagtgtgccatttgaatttaatggcaaaaatactactacaaatgtgccacaagaaataattgactctgatgatagtgaatttgat 19607375  T
Q  114 attggtgaccactttaaccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattg---gagagaaagtgacaaagggaaaggcaa 210  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19607374 attggtgaccaatttatccctctggaaaatactaaacccaaaaagtaaagaaaggtttcaccagatattaattgagagaaagtgacaaagggaaaggcaa 19607275  T
Q  211 aggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctc 310  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  19607274 aggttgggacgacaacaactatgagaaacacatttgagcggttaactgaagcatctgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggtcacctc 19607175  T
Q  311 tcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggtttttt 382  Q
    | ||||||||| | | ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19607174 taatgtccatgtacaatactctattccagactacattaaattattgaaaagtgcaaaggaggatggtttttt 19607103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 131 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 9787696 - 9787331
Alignment:
Q  131 ccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaact 230  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  |||||| | ||| ||||||||||||| ||| || ||    
T  9787696 ccctgtggaaaacactcaatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaagagtaagacaaaggttgggactgcaccagct 9787597  T
Q  231 atgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtact 330  Q
    |||||||||||||| || || |||||  ||| ||| |||  |||||||||| ||||||| ||| ||||||  || || ||||||||| ||||| | || |    
T  9787596 atgagaaaaacattagaacgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaacttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatatt 9787497  T
Q  331 ctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaaca 430  Q
    ||||||||   || |||  | |||| |||||||||||||| || ||  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||    
T  9787496 ctattccaacatgtgtttcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatgagca 9787397  T
Q  431 aaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    |||  ||||| |||| |||||| | |||||||| | | | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  9787396 aaacagagtcttactaatgaccctgaaagattccatgaaggatttgatagagtgggttctatacaa 9787331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 131 - 496
Target Start/End: Original strand, 3590099 - 3590464
Alignment:
Q  131 ccctgtggaaaatactcaacccaaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaact 230  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||| |  |||||||  |||||  | ||||||||||||||||| ||| || ||    
T  3590099 ccctgtggaaaacactcaatcaaaaaatataagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaataggaaggcaaaggttgggactgcaccagct 3590198  T
Q  231 atgagaaaaacatttgagcggttagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtact 330  Q
    |||||||||||||| || || |||||  ||| ||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||||  || || ||||||||| ||||| | || |    
T  3590199 atgagaaaaacattagaacgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatatt 3590298  T
Q  331 ctattccagtctgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaaca 430  Q
    ||||| ||   || |||  | |||| |||||||||||||| || ||  ||||| ||||  ||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||| ||    
T  3590299 ctatttcaacatgtgttgcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttatttatgctttagaaatggttaaggatgagca 3590398  T
Q  431 aaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    |||  ||||| |||| |||||  | |||||||| | | | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  3590399 aaacagagtcttactaatgactctgaaagattctatgaaggatttgatagagtgggttctatacaa 3590464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4576755 - 4576406
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| || | |||||| |||||||| ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  4576755 aaagaaaagaaatgtttcaccagatatgggtgtgaaagttacaaagggtaagacaaaggctgggactacaacaactatgagaatcacatttgagcgatta 4576656  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcg---ttaaat 351  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |   ||| |     
T  4576655 gttcaagcagcagaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttattacaa 4576556  T
Q  352 tattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgac 451  Q
    |||||||| |||| ||||| || ||   ||||||| ||| |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||| | ||| || |  |||||||| |    
T  4576555 tattgaaatgtgcgaaggaggaaggacatttgaatagtcgacaatttagttatgctttggagaagcttaaagatgaagataatagaattttactgatgtc 4576456  T
Q  452 cttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatg 501  Q
    ||||||| |||| | ||| | ||||||||| ||| ||| |||||| ||||    
T  4576455 cttaaaatattctatggatgctttggtagactggattctatacaagtatg 4576406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 342 - 554
Target Start/End: Original strand, 10154167 - 10154379
Alignment:
Q  342 tgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcc 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10154167 tgcgttaaattattgaaaagtgcaaaggatgatggatttttgaatggttaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcc 10154266  T
Q  442 tactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaaccatctaatatttaggttaagattagcgt 541  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  10154267 tactgataaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgagttctatacaactatattgataagaaaccatttaatatttaggttaagattgacgt 10154366  T
Q  542 tgggttttctagt 554  Q
    |||||||||||||    
T  10154367 tgggttttctagt 10154379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 155 - 496
Target Start/End: Original strand, 14641247 - 14641588
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  14641247 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgatta 14641346  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| || |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |||| | |||    
T  14641347 gttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 14641446  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacctt 454  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||| || || |||||||| ||||    
T  14641447 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcctt 14641546  T
Q  455 aaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  14641547 aaaagattctatggatgctttggtagactggattctatacaa 14641588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 153 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 10012541 - 10012199
Alignment:
Q  153 aaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggt 252  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |    
T  10012541 aaaaataaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgat 10012442  T
Q  253 tagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaatt 352  Q
    || |  ||| ||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||||  || || ||||||||| ||||| | || |||||||||   ||  ||  | |    
T  10012441 taatccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatg-tttgcaat 10012343  T
Q  353 attgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacc 452  Q
    ||| |||||||||||||| || ||  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||| |||| ||||||    
T  10012342 attaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatgagcaaaacagagtcttactaatgacc 10012243  T
Q  453 ttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
     | |||||||| | | | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  10012242 ctgaaagattctatgaaggatttgatagagtgggttctatacaa 10012199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 153 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 10019682 - 10019340
Alignment:
Q  153 aaaaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggt 252  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |    
T  10019682 aaaaataaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgat 10019583  T
Q  253 tagttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaatt 352  Q
    || |  ||| ||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||||  || || ||||||||| ||||| | || |||||||||   ||  ||  | |    
T  10019582 taatccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatg-tttgcaat 10019484  T
Q  353 attgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacc 452  Q
    ||| |||||||||||||| || ||  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||| |||| ||||||    
T  10019483 attaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatgagcaaaacagagtcttactaatgacc 10019384  T
Q  453 ttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
     | |||||||| | | | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  10019383 ctgaaagattctatgaaggatttgatagagtgggttctatacaa 10019340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 286
Target Start/End: Original strand, 26110691 - 26110822
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  26110691 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagatcaaggttgggactgcaacaacgatgagaaacacatttgagcgatta 26110790  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttga 286  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  26110791 gttcaagcagcagaaggtcataatgaaattga 26110822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 418 - 562
Target Start/End: Original strand, 34962236 - 34962380
Alignment:
Q  418 ttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaactatgttgataagaaaccatc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34962236 ttaaagatgaacaaaatcgagtcctactaataaccttaaaagattcgaaggaagatttggtagagtggattctatacaactatgttgataagaaaccatc 34962335  T
Q  518 taatatttaggttaagattagcgttgggttttctagttatatttg 562  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  34962336 taatatttaggttaagattggtgttgggttttctagttatatttg 34962380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 155 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 176045 - 175704
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  176045 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgatta 175946  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| || |||| || ||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| |  || |||| | |||    
T  175945 gttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 175846  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacctt 454  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||| || || |||||||| ||||    
T  175845 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcctt 175746  T
Q  455 aaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  175745 aaaagattctatggatgctttggtagactggattctatacaa 175704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 155 - 496
Target Start/End: Original strand, 131180 - 131521
Alignment:
Q  155 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacagcaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 254  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  131180 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagtgtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgatta 131279  T
Q  255 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaagctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtctgcgttaaattat 354  Q
    ||| |||||||  |||||||||||||| || | ||   | ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||  |  || |||| | |||    
T  131280 gttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattaagaagaatgaaattgcagcaacatctaatgttcgtggacaatattcaattcttgattgtgttacaatat 131379  T
Q  355 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttacgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatgacctt 454  Q
    |||||||| | ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||| || || |||||||| | ||    
T  131380 tgaaaagtacgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcatt 131479  T
Q  455 aaaagattcgaaggaagatttggtagagtgggttccatacaa 496  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  131480 aaaagattctatggatgctttggtagactggattctatacaa 131521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University