View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7370_low_9 (Length: 360)

Name: NF7370_low_9
Description: NF7370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7370_low_9
NF7370_low_9
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (21-349)||(11780102-11780431)
chr1 (55-227)||(10424593-10424765)
chr1 (14-225)||(1624797-1625008)
chr1 (79-138)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-344)||(17158511-17158845)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-344)||(12101765-12102093)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (14-341)||(14977507-14977837)
chr6 (170-341)||(11776308-11776482)
chr6 (170-226)||(9352421-9352477)
chr6 (170-218)||(24353638-24353686)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (14-341)||(5781861-5782191)
chr5 (14-341)||(19069379-19069709)
chr5 (67-164)||(17763963-17764060)
chr5 (170-227)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (60-227)||(16311632-16311799)
chr3 (60-227)||(18488416-18488583)
chr3 (60-227)||(18492626-18492793)
chr3 (75-238)||(19829018-19829181)
chr3 (89-227)||(16314023-16314161)
chr3 (89-227)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (71-227)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 21 - 349
Target Start/End: Original strand, 11780102 - 11780431
Alignment:
Q  21 agatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatga 120  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11780102 agatacctcatgtacatcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatga 11780201  T
Q  121 ttatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11780202 ttatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcag 11780301  T
Q  221 aatgcacttcatcatgcaa-ccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaa 319  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  11780302 aatgcatttcatcatgcaatcggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaa 11780401  T
Q  320 agctgaaagatgttgacgacaatgatgtcc 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780402 agctgaaagatgttgacgacaatgatgtcc 11780431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  55 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 154  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  155 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 225
Target Start/End: Original strand, 1624797 - 1625008
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||   ||||||| |   ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | ||||     
T  1624797 attctacagacacctcatgcacctcaatgtgctcaataggggatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggct 1624896  T
Q  114 cgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccact 213  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| ||||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || |||    
T  1624897 cgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtgacatcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctact 1624996  T
Q  214 ctctcagaatgc 225  Q
    |||||| |||||    
T  1624997 ctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  79 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 344
Target Start/End: Original strand, 17158511 - 17158845
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| |    
T  17158511 attccagagatacctcatgcacgtcattgtgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtg 17158610  T
Q  114 cgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-ac 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  17158611 cgaatgattatgctccacatcatccgagagtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccac 17158710  T
Q  213 tctctcagaatgcacttcatcatgc---aaccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgtta 309  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17158711 tctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaaactaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgtta 17158810  T
Q  310 tgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatga 344  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17158811 tgtagtggaaagctgaaaggtgttgacgacaatga 17158845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 12102093 - 12101765
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||    
T  12102093 attccacagaaacctcatgcacgtcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcg 12101994  T
Q  114 cgaatgat----tatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctc 209  Q
    ||||||||    ||||||||||||         |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||    
T  12101993 cgaatgattatatatgttccacat---------gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctc 12101903  T
Q  210 cactctctcagaatgcacttcatcatgc---aaccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacg 306  Q
    | ||||||||| |||||| ||||| |||   |   |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  12101902 cgctctctcaggatgcacgtcatcgtgcacaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacg 12101803  T
Q  307 ttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatga 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12101802 ttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatga 12101765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 14977837 - 14977507
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||      
T  14977837 attccacagatacatcatgcatgtcatcatgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggt 14977738  T
Q  114 cgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccact 213  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14977737 cgaatgattatgttccacatcataagatagcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccact 14977638  T
Q  214 ctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttat 310  Q
    ||||| |||||||| ||||| |  |||||  |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| |    
T  14977637 ctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaactggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgt 14977538  T
Q  311 gcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 341  Q
    | | ||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  14977537 gtaatgggaagctaaaagatgttgatgacaa 14977507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 170 - 341
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  170 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  267 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 341  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 226
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  170 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 226  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 218
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  170 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 341
Target Start/End: Original strand, 5781861 - 5782191
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||   ||||||| ||  |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||      
T  5781861 attctacagatacctcatgcacctcaaaatgctcaataagggatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggat 5781960  T
Q  114 cgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccact 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || ||   ||||||||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  5781961 cgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctct 5782060  T
Q  214 ctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttat 310  Q
    |||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||  || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || |    
T  5782061 ctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaacctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgt 5782160  T
Q  311 gcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 341  Q
    | | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782161 gtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 341
Target Start/End: Original strand, 19069379 - 19069709
Alignment:
Q  14 attccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcg 113  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||   ||||||| |   |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||      
T  19069379 attctacagacacctcatgcacctcaaaatgctcaataggggatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggat 19069478  T
Q  114 cgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccact 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||  || || ||   ||||||||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||    
T  19069479 cgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaacatcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctct 19069578  T
Q  214 ctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttat 310  Q
    |||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||  || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || |    
T  19069579 ctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataacctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgt 19069678  T
Q  311 gcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 341  Q
    | | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069679 gtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  67 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 164  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  170 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  60 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 159  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  160 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  60 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 159  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  160 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  60 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 159  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  160 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 238
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  75 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 174  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  175 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 238  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  89 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 188  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  189 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  89 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 188  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  189 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 71 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  71 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 170  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  171 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 227  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University