View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7386_low_20 (Length: 218)

Name: NF7386_low_20
Description: NF7386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7386_low_20
NF7386_low_20
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-218)||(35540955-35541172)
chr1 (1-218)||(6050509-6050726)
chr1 (1-218)||(51052386-51052603)
chr1 (1-218)||(11909122-11909339)
chr1 (1-202)||(37191243-37191444)
chr1 (144-201)||(47623111-47623168)
chr1 (106-202)||(16917842-16917938)
chr1 (143-202)||(43388415-43388474)
chr1 (3-35)||(6259725-6259757)
chr1 (162-202)||(28351781-28351821)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-218)||(2364183-2364400)
chr3 (1-218)||(10323588-10323805)
chr3 (1-218)||(7312682-7312899)
chr3 (1-218)||(19920246-19920463)
chr3 (1-218)||(34332832-34333049)
chr3 (3-199)||(40930564-40930760)
chr3 (131-202)||(29523778-29523849)
chr3 (131-202)||(11203855-11203926)
chr3 (131-201)||(33496583-33496653)
chr3 (1-202)||(19890584-19890785)
chr3 (131-202)||(12342259-12342329)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (1-218)||(105860-106077)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (1-218)||(7924292-7924509)
chr8 (1-218)||(8299709-8299926)
chr8 (7-215)||(172015-172223)
chr8 (1-218)||(13396294-13396511)
chr8 (1-214)||(32266470-32266683)
chr8 (1-218)||(41665386-41665603)
chr8 (3-198)||(9922509-9922704)
chr8 (1-63)||(20496990-20497052)
chr8 (1-202)||(13200029-13200230)
chr8 (106-202)||(20824307-20824403)
chr8 (131-202)||(17699518-17699589)
chr8 (18-156)||(2529809-2529947)
chr8 (81-202)||(2170328-2170449)
chr8 (1-202)||(37434038-37434239)
chr8 (1-202)||(43270356-43270557)
chr8 (1-46)||(2170246-2170291)
chr8 (102-187)||(34137011-34137096)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-218)||(4938145-4938362)
chr7 (1-217)||(11277270-11277486)
chr7 (1-218)||(47876889-47877106)
chr7 (1-119)||(31177421-31177539)
chr7 (3-217)||(29967883-29968097)
chr7 (1-218)||(37919450-37919667)
chr7 (3-198)||(17720543-17720738)
chr7 (3-218)||(235454-235671)
chr7 (1-202)||(25619365-25619566)
chr7 (81-202)||(18532614-18532735)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-218)||(23642608-23642825)
chr4 (1-218)||(47418710-47418927)
chr4 (1-218)||(13270908-13271125)
chr4 (1-218)||(47685912-47686129)
chr4 (3-218)||(1828557-1828772)
chr4 (3-218)||(15740129-15740344)
chr4 (1-218)||(19755170-19755390)
chr4 (1-218)||(19784416-19784636)
chr4 (1-84)||(159842-159925)
chr4 (3-218)||(7403821-7404036)
chr4 (99-202)||(55725719-55725822)
chr4 (131-202)||(12697849-12697920)
chr4 (131-202)||(45472742-45472813)
chr4 (102-200)||(11587233-11587331)
chr4 (134-202)||(8361139-8361207)
chr4 (81-202)||(20002711-20002832)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (1-218)||(42513626-42513843)
chr5 (1-218)||(12825105-12825322)
chr5 (1-218)||(30732331-30732548)
chr5 (1-215)||(27117181-27117395)
chr5 (1-149)||(12820035-12820183)
chr5 (1-217)||(23238290-23238506)
chr5 (1-93)||(3418689-3418781)
chr5 (1-217)||(8227932-8228148)
chr5 (3-214)||(28535696-28535907)
chr5 (3-214)||(35983812-35984023)
chr5 (92-202)||(19255155-19255265)
chr5 (3-218)||(42928039-42928254)
chr5 (96-199)||(31641513-31641615)
chr5 (1-201)||(10776670-10776870)
chr5 (106-202)||(25857457-25857553)
chr5 (116-202)||(27767063-27767149)
chr5 (1-202)||(33385407-33385608)
chr5 (106-202)||(8300215-8300311)
chr5 (53-198)||(18089798-18089943)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-218)||(4552075-4552292)
chr2 (3-202)||(41206924-41207123)
chr2 (1-202)||(12645442-12645643)
chr2 (6-202)||(15917565-15917761)
chr2 (131-200)||(28252756-28252825)
chr2 (131-202)||(17764995-17765066)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (1-216)||(11224-11439)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-210)||(12734031-12734240)
chr6 (1-218)||(2553543-2553760)
chr6 (3-218)||(24767441-24767656)
chr6 (96-218)||(18651251-18651373)
chr6 (141-218)||(21168245-21168322)
chr6 (1-202)||(20883066-20883267)
chr6 (106-202)||(17579114-17579210)
chr6 (131-202)||(17606367-17606438)
chr6 (116-202)||(21630140-21630226)
chr6 (3-200)||(14373026-14373223)
chr6 (106-202)||(17573688-17573784)
chr6 (3-63)||(21168133-21168193)
chr6 (131-202)||(10577282-10577353)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (1-213)||(3158-3370)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35540955 - 35541172
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35540955 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 35541054  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35541055 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 35541154  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35541155 ttatggtgtaactggggc 35541172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 6050509 - 6050726
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||     
T  6050509 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccaca 6050608  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6050609 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 6050708  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  6050709 ttatggtgtaactggggc 6050726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 51052386 - 51052603
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  51052386 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 51052485  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51052486 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccata 51052585  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  51052586 ttatggtgtaactggggc 51052603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11909339 - 11909122
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  11909339 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacatagccgctcctccacagatagaatgccacg 11909240  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11909239 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccata 11909140  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11909139 ttatggtgtaactggggc 11909122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 37191444 - 37191243
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||| | |||||||| |||  ||||||||| |  || || ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  37191444 atgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacg 37191345  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    || |||||| ||   ||| || ||||| | ||| ||||  || ||||||||||||| | | ||||| | | | ||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  37191344 atctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctcaacagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccata 37191245  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  37191244 tt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 47623168 - 47623111
Alignment:
Q  144 cgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatat 201  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  47623168 cgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 202
Target Start/End: Original strand, 43388415 - 43388474
Alignment:
Q  143 tcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43388415 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 35
Target Start/End: Original strand, 6259725 - 6259757
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatga 35  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6259725 gcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatga 6259757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 202
Target Start/End: Original strand, 28351781 - 28351821
Alignment:
Q  162 actttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  28351781 actttcagagggaccggtttatgccaaattaactccatatt 28351821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 2364183 - 2364400
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2364183 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 2364282  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364283 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 2364382  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2364383 ttatggtgtaactggggc 2364400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10323805 - 10323588
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  10323805 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacg 10323706  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    | ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10323705 agttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 10323606  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
     |||||||||||||||||    
T  10323605 ctatggtgtaactggggc 10323588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 7312682 - 7312899
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  7312682 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacg 7312781  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7312782 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccata 7312881  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7312882 ttatggtgtaactggggc 7312899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19920463 - 19920246
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  19920463 atgcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcg 19920364  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19920363 atttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccata 19920264  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    | ||||||||||||||||    
T  19920263 tgatggtgtaactggggc 19920246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 34333049 - 34332832
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  34333049 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 34332950  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||| | ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  34332949 gtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 34332850  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  34332849 ttatgatgtaactggggc 34332832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 40930760 - 40930564
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |||| ||| || || ||  |||||| || || || |||||| |    
T  40930760 gcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattgacatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggt 40930661  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccat 199  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  40930660 ttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccat 40930564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29523849 - 29523778
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29523849 atccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Original strand, 11203855 - 11203926
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11203855 atccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 131 - 201
Target Start/End: Original strand, 33496583 - 33496653
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatat 201  Q
    ||||||||  ||||||||||||| || ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  33496583 atccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 19890584 - 19890785
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||   |||||| |||  ||||||||| |  ||||| | ||| ||||||||| ||  |||||||||    
T  19890584 atgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgagtcgtatcttcaacatgcccacatcctgtgacgcaaattcgatcctccacaaatgtaatgccacg 19890683  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    || |||||| ||   ||| || ||||| | ||||||||  |  ||| | |||||||  || ||||| | ||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19890684 atctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccata 19890783  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  19890784 tt 19890785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 12342329 - 12342259
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12342329 atccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaga-acctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 106077 - 105860
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  106077 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 105978  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  105977 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 105878  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  105877 ttatggtgtaactggggc 105860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 7924292 - 7924509
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  7924292 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 7924391  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7924392 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 7924491  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7924492 ttatggtgtaactggggc 7924509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 8299709 - 8299926
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8299709 atgcaccaaaagttgcacaggacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataatcgctcctccacagatagaatgccacg 8299808  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8299809 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaa 8299908  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  8299909 ttatggtgtaattggggc 8299926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 215
Target Start/End: Original strand, 172015 - 172223
Alignment:
Q  7 caaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||| |||| ||| |    
T  172015 caaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttac 172114  T
Q  107 caaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatgg 206  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  172115 caaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatgg 172214  T
Q  207 tgtaactgg 215  Q
    |||||||||    
T  172215 tgtaactgg 172223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 13396294 - 13396511
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  13396294 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 13396393  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  13396394 gtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccata 13396493  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    | ||| ||||| ||||||    
T  13396494 tgatgatgtaattggggc 13396511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 32266470 - 32266683
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  32266470 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 32266569  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||  ||| || ||||||| ||| ||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  32266570 gtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaa 32266669  T
Q  201 ttatggtgtaactg 214  Q
    ||||||||||||||    
T  32266670 ttatggtgtaactg 32266683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 41665603 - 41665386
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||| || |    
T  41665603 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatg 41665504  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||||  ||| || || | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  41665503 gtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 41665404  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    | ||| ||||| ||||||    
T  41665403 tgatgatgtaattggggc 41665386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 198
Target Start/End: Original strand, 9922509 - 9922704
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |  ||  |||||| || || ||||||||| |    
T  9922509 gcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattgacatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggt 9922608  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcca 198  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  9922609 ttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactcca 9922704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 20496990 - 20497052
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 63  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20496990 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 20497052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 13200029 - 13200230
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||| |||||| |||  ||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||||| |||| ||| || || ||  |||||| || |||||| |  ||    
T  13200029 atgcgccaaaaattgggcaagacaaaaacatatgagtcacatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcg 13200128  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     | ||||||||| | |||||| ||||| | |||||||| |||  ||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13200129 ctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctcaatagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccata 13200228  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  13200229 tt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Original strand, 17699518 - 17699589
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17699518 atccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 2529809 - 2529947
Alignment:
Q  18 caagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgtt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||| || | ||| || || ||  |||||| |  |||||| ||||||| | ||||||| | ||    
T  2529809 caagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtatt 2529908  T
Q  118 ttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaagga 156  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||    
T  2529909 ttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaagga 2529947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  81 tccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtt 180  Q
    |||||||||||||| ||||| | | |||||||   ||| || ||||| | ||||||||   ||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  181 tatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||| ||||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 37434038 - 37434239
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | |||||||| ||   ||| ||||| |  || || || || |  |||||||||| ||| |||||    
T  37434038 atgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagatataatcccacg 37434137  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     |   |||||||   ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  37434138 ttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccata 37434237  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  37434238 tt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 43270356 - 43270557
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   |||||| || |  || || || ||  | ||||||||||||||  ||||    
T  43270356 atgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacaacccgttacacaaaaccgagcttccacagatagaatctcacg 43270455  T
Q  101 atttgccaaattatgtttt-gtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccat 199  Q
     | | ||||||| |||||| || || || | |||| |||  |||||||||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||| || || |||||    
T  43270456 ttctaccaaatt-tgttttagtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagatgaactccat 43270554  T
Q  200 att 202  Q
    |||    
T  43270555 att 43270557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Original strand, 2170246 - 2170291
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttc 46  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2170246 atgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 2170291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 102 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  102 tttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgcca 187  Q
    ||||||||||| | ||| || ||||| | |||| |||  || ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4938362 - 4938145
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  4938362 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 4938263  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4938262 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 4938163  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4938162 ttatggtgtaactggggc 4938145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 11277486 - 11277270
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  11277486 atgcactaaaatttacacaagactaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 11277387  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| ||| || ||||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  11277386 gtttgccaaattatttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 11277287  T
Q  201 ttatggtgtaactgggg 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  11277286 ttatggtgtaactgggg 11277270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 47876889 - 47877106
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  47876889 atgcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 47876988  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||||  ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  47876989 gtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactcccta 47877088  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    || || ||||||||||||    
T  47877089 ttttgatgtaactggggc 47877106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 31177539 - 31177421
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  31177539 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacg 31177440  T
Q  101 atttgccaaattatgtttt 119  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  31177439 atttgtcaaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 29967883 - 29968097
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || ||||||| | |    
T  29967883 gcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggt 29967982  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||  ||| || ||||||| ||| ||||  ||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29967983 ttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatact 29968082  T
Q  203 atggtgtaactgggg 217  Q
    |||||||||||||||    
T  29968083 atggtgtaactgggg 29968097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 37919450 - 37919667
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||||| | || ||| || || ||  |||||| || || ||||| |||    
T  37919450 atgcactaaaagttacacaagacaaaaataaatgattaacatcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacg 37919549  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||    
T  37919550 gtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcata 37919649  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    | ||| ||||| ||||||    
T  37919650 tgatgatgtaattggggc 37919667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 198
Target Start/End: Original strand, 17720543 - 17720738
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||| | || ||| || |  ||  |||||| || || ||||||||| |    
T  17720543 gcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggt 17720642  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcca 198  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  17720643 ttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactcca 17720738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 235671 - 235454
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || | || |||| ||| || || ||  |||||| || || ||||||||| |    
T  235671 gcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttctcgcaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggt 235572  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtg--ggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||| || |||| ||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  235571 ttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccata 235472  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    || || ||||||||||||    
T  235471 ttttgatgtaactggggc 235454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 25619365 - 25619566
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||| | |||||||| |||  ||||||||| |  || || ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  25619365 atgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacg 25619464  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    || |||||| ||   ||| || ||||| |  |||||||  |  ||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  25619465 atctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctcaacaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccata 25619564  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  25619565 tt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Original strand, 18532614 - 18532735
Alignment:
Q  81 tccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtt 180  Q
    |||||||||||||| ||||| | | ||||| |   ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| | | ||||| | ||| |||||||    
T  18532614 tccacagatagaattccacgttctaccaaaattgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtt 18532713  T
Q  181 tatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||| | ||||| ||||||||    
T  18532714 tatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 23642825 - 23642608
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  23642825 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 23642726  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23642725 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 23642626  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  23642625 ttatggtgtaactggggc 23642608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 47418710 - 47418927
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  47418710 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcataaccgctcctccccagatagaatgccacg 47418809  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    | ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418810 agttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 47418909  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
     |||||||||||||||||    
T  47418910 ctatggtgtaactggggc 47418927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13271125 - 13270908
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13271125 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaatgccacg 13271026  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13271025 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 13270926  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13270925 ttatggtgtaactggggc 13270908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 47686129 - 47685912
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  47686129 atgcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagataaaatgccacg 47686030  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  47686029 gtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccaga 47685930  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  47685929 ttatggtgtaacttgggc 47685912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1828772 - 1828557
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||| |||| ||| || || ||  |||||| || || ||||||||| |    
T  1828772 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggt 1828673  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||| ||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1828672 ttgccaaattagtttttgtaggtaacctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 1828573  T
Q  203 atggtgtaactggggc 218  Q
    ||| ||||||||||||    
T  1828572 atgatgtaactggggc 1828557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 15740129 - 15740344
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||| |||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||      
T  15740129 gcaccaaaagttagacaagacaaaaacaaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggc 15740228  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||| |||||||| |||||| ||||||| ||| | ||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15740229 ttgtcaaattattttttgtaggtaaccgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 15740328  T
Q  203 atggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||    
T  15740329 atggtgtaactggggc 15740344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 19755170 - 19755390
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacag---atagaatgcc 97  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| ||   ||| |||| |    
T  19755170 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtc 19755269  T
Q  98 acgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcc 197  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  19755270 acggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactcc 19755369  T
Q  198 atattatggtgtaactggggc 218  Q
    |||| ||| || || ||||||    
T  19755370 atatgatgatgaaattggggc 19755390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19784636 - 19784416
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacag---atagaatgcc 97  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| ||   ||| |||| |    
T  19784636 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtc 19784537  T
Q  98 acgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcc 197  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  19784536 acggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactcc 19784437  T
Q  198 atattatggtgtaactggggc 218  Q
    |||| ||| || || ||||||    
T  19784436 atatgatgatgaaattggggc 19784416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 159925 - 159842
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctcca 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  159925 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 7403821 - 7404036
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||  |||| |||||||  || || || ||  |||||| |  || ||||||||| |    
T  7403821 gcactaaaagttggacaagacaaaaacaaatgattgacatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggt 7403920  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| | | || ||||||||||||||||| | ||||||    
T  7403921 ttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatatt 7404020  T
Q  203 atggtgtaactggggc 218  Q
     || ||||||||||||    
T  7404021 ttgatgtaactggggc 7404036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 99 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  99 cgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcca 198  Q
    |||| ||||||||| | |||||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||  || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  199 tatt 202  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Original strand, 12697849 - 12697920
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12697849 atccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 45472813 - 45472742
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45472813 atccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  102 tttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||| | ||| || ||||| | || |||||| || ||||||||||| | ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 202
Target Start/End: Original strand, 8361139 - 8361207
Alignment:
Q  134 cctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8361139 cctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Original strand, 20002711 - 20002832
Alignment:
Q  81 tccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtt 180  Q
    |||||||||  ||||||||| | |||||| ||   ||| || ||||| | ||||||||  || |||||||||| || ||| ||||| | | | |||||||    
T  20002711 tccacagatgtaatgccacggtctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtt 20002810  T
Q  181 tatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  20002811 tatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 174; Significance: 9e-94; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 42513626 - 42513843
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  42513626 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaaaaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacg 42513725  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42513726 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaca 42513825  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  42513826 ttatggtgtaactggggc 42513843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 12825105 - 12825322
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  12825105 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 12825204  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  12825205 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccata 12825304  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  12825305 ttatggtgtaactggggc 12825322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30732548 - 30732331
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  30732548 atgcaccaaaagttgtacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 30732449  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30732448 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccata 30732349  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  30732348 ttatggtgtaactggggc 30732331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 27117395 - 27117181
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  27117395 atgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgccacg 27117296  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27117295 gtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccata 27117196  T
Q  201 ttatggtgtaactgg 215  Q
    |||||||||||||||    
T  27117195 ttatggtgtaactgg 27117181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 12820183 - 12820035
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  12820183 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 12820084  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaa 149  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||    
T  12820083 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 23238290 - 23238506
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||||||||    
T  23238290 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacg 23238389  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||  ||| || ||||||| ||| ||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  23238390 gtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccata 23238489  T
Q  201 ttatggtgtaactgggg 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  23238490 ttatggtgtaactgggg 23238506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 93
Target Start/End: Original strand, 3418689 - 3418781
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaa 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3418689 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 8227932 - 8228148
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || ||||||||| ||| || || ||  |||||| || || |||| ||||    
T  8227932 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacg 8228031  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||  ||| || ||||||| ||| ||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8228032 gtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccata 8228131  T
Q  201 ttatggtgtaactgggg 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  8228132 ttatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28535907 - 28535696
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |   |  |||||| || || ||||||||| |    
T  28535907 gcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgatcgacatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggt 28535808  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  28535807 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgtt 28535708  T
Q  203 atggtgtaactg 214  Q
     || ||||||||    
T  28535707 ttgatgtaactg 28535696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35984023 - 35983812
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||| ||||||| |||  ||| || || ||  |||||| || || |||| || | |    
T  35984023 gcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattgacaacttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggt 35983924  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| ||    
T  35983923 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgtt 35983824  T
Q  203 atggtgtaactg 214  Q
     || ||||||||    
T  35983823 ttgatgtaactg 35983812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  92 aatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaatt 191  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  192 aagtccatatt 202  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Original strand, 42928039 - 42928254
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||  |||| |||||||  || || || ||  ||||||  | || ||||||||  |    
T  42928039 gcactaaaagttggacatgacaagaacaaatgattgacatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagt 42928138  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  42928139 ttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctcagaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatt 42928238  T
Q  203 atggtgtaactggggc 218  Q
      | ||||||||||||    
T  42928239 tggatgtaactggggc 42928254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 199
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641615
Alignment:
Q  96 ccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagt 195  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  196 ccat 199  Q
    ||||    
T  31641612 ccat 31641615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 10776670 - 10776870
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || || || |  |||||||||| ||| |||||    
T  10776670 atgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacttgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatataatcccacg 10776769  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
         |||||||   ||| || ||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10776770 tgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccata 10776869  T
Q  201 t 201  Q
    |    
T  10776870 t 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 202
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  116 ttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||| ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| | | ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 33385608 - 33385407
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || || || |  |||||||||| ||| |||||    
T  33385608 atgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatataattccacg 33385509  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
         |||||||   ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  33385508 tgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccata 33385409  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  33385408 tt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  ||||||||| |||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 53 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 18089943 - 18089798
Alignment:
Q  53 cccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagca 152  Q
    |||||||||||| |  |||||||||   |||| ||| | ||| ||||||||||||||||| ||  | || ||||| | ||| |||| |||||| ||||||    
T  18089943 cccacatccagctaaacataatcgtgaatccatagagacaatcccacgatttgccaaattttgcctagtaggtaaacgatctctcaatagtcgtcaagca 18089844  T
Q  153 aggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcca 198  Q
    | || ||| ||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  18089843 aagatagagactttcaacggtacctgtttgtgccaaattaactcca 18089798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 4552075 - 4552292
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  4552075 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 4552174  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  4552175 atttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccata 4552274  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4552275 ttatggtgtaactggggc 4552292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 202
Target Start/End: Original strand, 41206924 - 41207123
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||| ||   ||| |||||||  || || || ||  ||||||  |  | |||||||||||    
T  41206924 gcaccaaaagttggacaagacaagaacaaatgattgacatcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcctccaagggaataatgccacgat 41207023  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41207024 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 12645442 - 12645643
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||| |||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||| || | ||| || || ||  |||||| || |||||| |  ||    
T  12645442 atgcgccaaaaattgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaggtagaattctgcg 12645541  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    || || |||||| | |||||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||  || ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12645542 atctgtcaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccata 12645641  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  12645642 tt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 15917565 - 15917761
Alignment:
Q  6 ccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttg 105  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||| |||  |||||| ||||  || || || ||  | |||| ||  | ||| ||||||||||    
T  15917565 ccaaaagttggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacaaccagtgacacacaaccgcacttccaaaggaataataccacgatttg 15917664  T
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| | | ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| || |||||    
T  15917665 ccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaactcaatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 200
Target Start/End: Original strand, 28252756 - 28252825
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  28252756 atccctcaaaagccgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17765066 - 17764995
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  17765066 atccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaactccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11439 - 11224
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11439 atgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacg 11340  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  11339 gtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccaga 11240  T
Q  201 ttatggtgtaactggg 216  Q
    |||||||||| |||||    
T  11239 ttatggtgtagctggg 11224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 12734031 - 12734240
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  12734031 atgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctagaaacacataaccgctcctccagagatagaatgccacg 12734130  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
      || |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12734131 ggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccata 12734230  T
Q  201 ttatggtgta 210  Q
    ||||| ||||    
T  12734231 ttatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 2553543 - 2553760
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || ||  |  |||||| || || |||||||||    
T  2553543 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacg 2553642  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  2553643 gtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 2553742  T
Q  201 ttatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2553743 ttatggtgtaactggggc 2553760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24767656 - 24767441
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||  |||| || |||  ||| || || ||  |||||| || || |||||||||||    
T  24767656 gcactaaaagttggacaagacaaaaacaaattattaacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgat 24767557  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  24767556 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctaagaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatatt 24767457  T
Q  203 atggtgtaactggggc 218  Q
     || ||||||| ||||    
T  24767456 ttgatgtaactagggc 24767441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18651373 - 18651251
Alignment:
Q  96 ccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagt 195  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  18651373 ccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaact 18651274  T
Q  196 ccatattatggtgtaactggggc 218  Q
    ||||||| || | ||||||||||    
T  18651273 ccatattttgatctaactggggc 18651251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 218
Target Start/End: Original strand, 21168245 - 21168322
Alignment:
Q  141 agtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggc 218  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21168245 agtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggc 21168322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 20883267 - 20883066
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||| | | |||||| |||  ||||||||| |  || || || ||  |||||||||||| |||||||||    
T  20883267 atgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcatatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacg 20883168  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    || | |||| ||   ||| || ||||| ||||||||||  || ||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  20883167 atctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccata 20883068  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  20883067 tt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17606438 - 17606367
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17606438 atccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  116 ttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    |||||| ||||| | |||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 14373223 - 14373026
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgat 102  Q
    |||||||||  || ||||||||||||||||||| | ||||||||  ||  |||| | || | ||| || || ||  |||||| ||| | ||||||||| |    
T  14373223 gcaccaaaaaatggacaagacaaaaacaaatgatttacatcttcatcatgcccataaccggaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggt 14373124  T
Q  103 ttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
    ||||||||||   ||| || ||||| |  | |||||  ||  |||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14373123 ttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  106 ccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| |||  |||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 63
Target Start/End: Original strand, 21168133 - 21168193
Alignment:
Q  3 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 63  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  21168133 gcaccaaaagttacacaagacaaaaacatatgattaacatcttcaacattcccacacccag 21168193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10577353 - 10577282
Alignment:
Q  131 atccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatatt 202  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| | | ||||| | ||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  10577353 atccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 3158 - 3370
Alignment:
Q  1 atgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacg 100  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||  |||||| || || ||||||| |    
T  3158 atgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatg 3257  T
Q  101 atttgccaaattatgttttgtgggtaaccaatccctcagtagtcgccaagcaaggacagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 200  Q
     |||||||||||   ||| || ||||||| ||| ||||  |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3258 gtttgccaaattgcttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 3357  T
Q  201 ttatggtgtaact 213  Q
    |||||||||||||    
T  3358 ttatggtgtaact 3370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University