View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7398_low_2 (Length: 892)

Name: NF7398_low_2
Description: NF7398
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7398_low_2
NF7398_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-886)||(6623060-6623928)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 6623928 - 6623060
Alignment:
Q  18 gttccagggtttgtccacatgtgattctcttatgcgtgcgaatccgtatggagaacttgatttgcttcgaggaatggagttgaatgtgccactccgatgc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623928 gttccagggtttgtccacatgtgattctcttatgcgtgcgaatccgtatggagaacttgatttgcttcgaggaatggagttgaatgtgccactccgatgc 6623829  T
Q  118 gcgtgtccaacatatcatcagaaaacaaatggcaccaagtacttactcacatattctgtgacctggggtgataacatttcaaatatcgctacaagattca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6623828 gcgtgtccaacatatcatcagaaaacaaatggcaccaagtacttactcacatattctgtgacctggggtgataacatttcaaatattgctacaagattca 6623729  T
Q  218 atgtaccagtgggtaatctaattgatgccaatggtttttccacacaaactgaactcctttttccattcactactgttctgattcctttggcaagcgaacc 317  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623728 atataccagtgggtaatctaattgatgccaatggtttttccacacaaactgaactcctttttccattcactactgttctgattcctttggcaagcgaacc 6623629  T
Q  318 agtgagtttaacaactatagttgctaatgatccaccaaaccctcttggttgcagcttcaaaaagtgcaagtcaaacacaaaagtactcctcattgcttta 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623628 agtgagtttaacaactatagttgctaatgatccaccaacccctcttggttgcagcttcaaaaagtgcaagtcaaacacaaaagtactcctcattgcttta 6623529  T
Q  418 accacctcactgctggttctgtgtgttttcttgtttgtgctgtttctgattcggtttctactcagaaagagatcagcaaggtttgttaagcgatgtttgg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623528 accacctcactgctggttctgtgtgttttcttgtttgtgctgtttctgattcggtttctactcagaaagagatcagcaaggtttgttaagcgatgtttgg 6623429  T
Q  518 aagttaacaataaaaatggtgtattttcagaagagatccgtgaggagatagcaatcattgaacatctctccaaagtgtatagctttgaggaaataaaaga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623428 aagttaacaataaaaatggtgtattttcagaagagatccgtgaggagatagcaatcattgaacatctctccaaagtgtatagctttgaggaaataaaaga 6623329  T
Q  618 agcaactgagaattttagttcaaagaatagaatcaaaggttctttatttcgcggcatattcaacaatggcaaggaagtattggctgttaaaagaatgaga 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6623328 agcaactgagaattttagttcaaagaatagaatcaaagattctttatttcgcggcatattcaacaatggcaaggaagtgttggctgttaaaagaatgaga 6623229  T
Q  718 ggagatgcttccaaagaagtcaatttgctgaaaaggatcaatcatttcaacctgataaagctgcaaggttactgtgaaaacgatgcttgcatctatcttg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623228 ggagatgcttccaaagaagtcaatttgctgaaaaggatcaatcatttcaacctgataaagctgcaaggttactgtgaaaacgatgcttgcatctatcttg 6623129  T
Q  818 tttatgaatacatggaaaatgggtctttaagggaatggctttgcaaggataattcaattgaacaccaaa 886  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623128 tttatgaatacatggaaaatgggtctttaagggaatggctttgcaaggataattcaattgaacaccaaa 6623060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University