View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7399_low_1 (Length: 731)

Name: NF7399_low_1
Description: NF7399
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7399_low_1
NF7399_low_1
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (349-723)||(31158676-31159050)
chr7 (351-723)||(10346706-10347078)
chr7 (351-723)||(23794483-23794855)
chr7 (351-723)||(12183255-12183627)
chr7 (351-723)||(2630810-2631161)
chr7 (351-705)||(22322323-22322656)
chr7 (351-639)||(7143047-7143315)
chr7 (351-595)||(19472790-19473032)
chr7 (351-595)||(22817828-22818070)
chr7 (351-595)||(31878011-31878255)
chr7 (351-553)||(45501201-45501404)
chr7 (351-560)||(2798104-2798313)
chr7 (351-514)||(2477070-2477233)
chr7 (545-723)||(22322200-22322379)
chr7 (351-435)||(31001376-31001460)
chr7 (351-436)||(8139848-8139933)
chr7 (351-514)||(24169334-24169488)
chr7 (350-433)||(31665265-31665348)
chr7 (351-500)||(20403075-20403224)
chr7 (350-486)||(29863915-29864050)
chr7 (649-682)||(2631253-2631286)
chr7 (545-594)||(2797986-2798035)
chr7 (649-682)||(10346581-10346614)
chr7 (649-682)||(22322075-22322108)
chr7 (649-682)||(23794947-23794980)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (350-723)||(3538436-3538809)
chr6 (351-718)||(34005894-34006261)
chr6 (350-705)||(26510920-26511274)
chr6 (350-705)||(26516036-26516390)
chr6 (351-715)||(24161653-24161996)
chr6 (351-540)||(9934570-9934757)
chr6 (358-511)||(26603622-26603774)
chr6 (351-539)||(15641714-15641899)
chr6 (351-512)||(31131276-31131436)
chr6 (538-718)||(26510697-26510878)
chr6 (538-718)||(26515813-26515994)
chr6 (545-705)||(26510815-26510976)
chr6 (545-705)||(26515931-26516092)
chr6 (349-514)||(5671646-5671810)
chr6 (352-443)||(2298287-2298378)
chr6 (350-500)||(24878405-24878554)
chr6 (351-514)||(6868761-6868923)
chr6 (389-443)||(18751341-18751395)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (351-723)||(11766145-11766517)
chr5 (348-723)||(14343878-14344253)
chr5 (351-723)||(11723676-11724048)
chr5 (351-705)||(30607600-30607953)
chr5 (351-723)||(7314374-7314726)
chr5 (351-705)||(34455583-34455956)
chr5 (350-684)||(9403708-9404021)
chr5 (351-595)||(24835148-24835390)
chr5 (351-595)||(33433996-33434238)
chr5 (348-560)||(6269302-6269515)
chr5 (363-514)||(30422191-30422341)
chr5 (355-513)||(34870280-34870437)
chr5 (545-723)||(34455900-34456079)
chr5 (545-718)||(9404006-9404180)
chr5 (545-723)||(30607477-30607656)
chr5 (668-723)||(6269595-6269650)
chr5 (389-443)||(42748256-42748310)
chr5 (649-682)||(7314818-7314851)
chr5 (649-682)||(9404277-9404310)
chr5 (649-682)||(30607352-30607385)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (351-723)||(3298191-3298563)
chr8 (351-723)||(28926544-28926916)
chr8 (351-723)||(27347436-27347808)
chr8 (351-716)||(9068574-9068939)
chr8 (351-723)||(27353516-27353868)
chr8 (350-680)||(22179898-22180227)
chr8 (351-705)||(8743807-8744140)
chr8 (351-560)||(36737426-36737632)
chr8 (605-724)||(22180256-22180375)
chr8 (479-662)||(28369650-28369813)
chr8 (542-723)||(8743684-8743866)
chr8 (353-490)||(1606594-1606730)
chr8 (351-426)||(16957897-16957972)
chr8 (669-723)||(28369800-28369854)
chr8 (351-408)||(28369585-28369642)
chr8 (351-467)||(24040002-24040117)
chr8 (351-434)||(4435537-4435620)
chr8 (350-434)||(21687377-21687462)
chr8 (350-434)||(21691701-21691786)
chr8 (649-682)||(8743559-8743592)
chr8 (649-682)||(9068442-9068475)
chr8 (649-682)||(27353960-27353993)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (351-723)||(3587789-3588161)
chr3 (351-723)||(7653621-7653992)
chr3 (351-693)||(27031218-27031559)
chr3 (351-723)||(4755259-4755630)
chr3 (351-723)||(8614914-8615265)
chr3 (351-560)||(52045446-52045655)
chr3 (348-595)||(52308523-52308768)
chr3 (351-682)||(36469873-36470201)
chr3 (351-484)||(10407589-10407722)
chr3 (48-178)||(32375592-32375722)
chr3 (233-334)||(32375373-32375474)
chr3 (363-460)||(11263597-11263694)
chr3 (351-513)||(33247298-33247458)
chr3 (545-723)||(27031083-27031262)
chr3 (480-595)||(10386597-10386710)
chr3 (565-664)||(52045362-52045461)
chr3 (65-152)||(32363889-32363976)
chr3 (669-723)||(52045323-52045377)
chr3 (454-530)||(11260392-11260469)
chr3 (352-434)||(25804503-25804585)
chr3 (648-682)||(36469870-36469904)
chr3 (649-682)||(8615357-8615390)
[»] scaffold1494 (2 HSPs)
scaffold1494 (351-723)||(955-1326)
scaffold1494 (649-682)||(1418-1451)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (351-723)||(4839537-4839909)
chr4 (351-705)||(5274055-5274408)
chr4 (351-633)||(42533436-42533718)
chr4 (351-692)||(46692571-46692910)
chr4 (346-595)||(44432556-44432803)
chr4 (351-703)||(55326163-55326515)
chr4 (351-531)||(22047136-22047316)
chr4 (600-723)||(22047319-22047442)
chr4 (545-723)||(5273932-5274111)
chr4 (351-513)||(26069070-26069231)
chr4 (351-475)||(6639357-6639481)
chr4 (546-702)||(46692457-46692613)
chr4 (351-514)||(8894226-8894388)
chr4 (351-513)||(19248394-19248555)
chr4 (349-467)||(35417446-35417563)
chr4 (351-467)||(40996292-40996408)
chr4 (352-431)||(9417916-9417999)
chr4 (398-511)||(30219043-30219155)
chr4 (545-594)||(42533299-42533348)
chr4 (646-723)||(42533368-42533445)
chr4 (545-595)||(42533392-42533442)
chr4 (648-703)||(42533294-42533349)
chr4 (649-682)||(4839412-4839445)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (351-723)||(33492595-33492967)
chr1 (351-698)||(38122463-38122809)
chr1 (349-723)||(16833150-16833524)
chr1 (351-662)||(12168637-12168948)
chr1 (351-723)||(13218435-13218807)
chr1 (348-514)||(39453343-39453508)
chr1 (349-514)||(13829592-13829756)
chr1 (545-723)||(38122333-38122512)
chr1 (351-467)||(16129000-16129115)
chr1 (350-473)||(25242405-25242528)
chr1 (669-723)||(12168596-12168650)
chr1 (351-431)||(432869-432949)
chr1 (351-509)||(6243536-6243693)
chr1 (389-468)||(7062711-7062789)
chr1 (389-443)||(13249909-13249963)
chr1 (545-590)||(21717856-21717901)
chr1 (649-682)||(38122208-38122241)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (351-659)||(185192-185500)
scaffold0015 (351-541)||(174034-174224)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (350-581)||(354282-354513)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (351-599)||(8683964-8684213)
chr2 (351-595)||(29223103-29223345)
chr2 (351-595)||(29336402-29336644)
chr2 (351-595)||(32522384-32522619)
chr2 (351-513)||(36668450-36668611)
chr2 (351-416)||(29226729-29226794)
chr2 (351-416)||(29340028-29340093)
chr2 (646-723)||(8688062-8688139)
chr2 (351-434)||(31757714-31757798)
chr2 (351-475)||(27256909-27257032)
chr2 (353-434)||(40199500-40199582)
chr2 (357-416)||(29792577-29792636)
chr2 (545-590)||(270798-270843)
chr2 (382-514)||(5784998-5785130)
[»] scaffold0019 (3 HSPs)
scaffold0019 (351-560)||(117194-117403)
scaffold0019 (565-698)||(117076-117209)
scaffold0019 (545-723)||(116947-117125)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (351-639)||(16960-17245)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (351-673)||(79709-80012)
scaffold0014 (669-714)||(76836-76881)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (351-557)||(1847-2050)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (348-514)||(10166-10331)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (351-432)||(4327-4408)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 349 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31159050 - 31158676
Alignment:
Q  349 tgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31159050 tgtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgca 31158951  T
Q  449 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttc 548  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31158950 attttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttc 31158851  T
Q  549 gcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatca 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||    
T  31158850 gcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtca 31158751  T
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31158750 gttcgcttaagcgaaccatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 31158676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 10347078 - 10346706
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  10347078 tgataagtgctcaaaagtaacatttttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 10346979  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10346978 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 10346879  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  10346878 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 10346779  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10346778 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 10346706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 23794483 - 23794855
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  23794483 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 23794582  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23794583 tttaccatttattctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggttcgttcgc 23794682  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  23794683 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttatgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 23794782  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23794783 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 23794855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 12183255 - 12183627
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12183255 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttatgtaaattagtgacctgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 12183354  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12183355 tttaccatttatgcttcacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtcagttcgc 12183454  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||   | | |||||    
T  12183455 ttaagcgaacccctgttcgcttaagtgaacaagttccagagagcaaccagcctgttcgcttaaaggcacgccttcagttcgctcatgagaaaagttcagt 12183554  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12183555 tcgcttaagtgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgctcacaagttc 12183627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 2630810 - 2631161
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  2630810 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 2630909  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630910 tttaccatttatgcttt-catgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagaaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 2631008  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||                    ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  2631009 ttaag--------------------cgaaccaattacagagagcaaccgttttgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 2631088  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2631089 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 2631161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 351 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 22322656 - 22322323
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22322656 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagcgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 22322557  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22322556 tttaccatttatgctttacatacctaattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcgc 22322457  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    ||||||                    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | |||||    
T  22322456 ttaagc--------------------gaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagctcagt 22322378  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  22322377 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagaactccagga 22322323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 351 - 639
Target Start/End: Original strand, 7143047 - 7143315
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7143047 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggaaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 7143146  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  7143147 attaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtc------- 7143239  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaa 639  Q
                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  7143240 -------------tgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatgaa 7143315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 19473032 - 19472790
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19473032 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaatttaggcaaattagtgacttattttgcaagttatctaaggaaaagctaccttttgagtgtatt 19472933  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    | ||||    
T  19472932 tttaccatttatgctttacatgcctaattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacctcctgaaccaagagatggtcgc 19472835  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19472834 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaaccagttccagagagca 19472790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 22817828 - 22818070
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22817828 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcaggtgttaacttaggcaaaatagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 22817927  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| ||| |||||||||    | ||||    
T  22817928 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggac--caagaaagaacctcttgaaccaagagatggtcgc 22818025  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22818026 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaaccagttccagagagca 22818070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 31878011 - 31878255
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||  |||| || |||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  31878011 tgataagtgcttaaagttaatatattttatgtgttaatataggtaatttagtgacttatcctgcaagttatctagggaaaagctatcatttgagtgtatt 31878110  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |    
T  31878111 tataccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgtaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagcttctgaatcaaggtcagttcac 31878210  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
     ||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  31878211 gtaagcggcctcctgttcgcttaagcgaacacgttccagagagca 31878255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 351 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 45501404 - 45501201
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgactt-gttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45501404 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgctaatctaggcaatttagtgacttagttttgaaatttatctaaggaaaagctatcatttgagtgtat 45501305  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  45501304 ttataccatttatgttttacatgcctgattctacccaatttatgcagtaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcatgaaccaaggtctgttcg 45501205  T
Q  550 ctta 553  Q
    ||||    
T  45501204 ctta 45501201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 351 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 2798313 - 2798104
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  2798313 tgataagtgttcaaaaataacatattttatgtgttaatctaggcaatttagtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaaacaatcatttgagtgtatt 2798214  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  2798213 tataccatttatgctttacatacctgattctatccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgagtcaaggtcagttcgc 2798114  T
Q  551 ttaagcgaac 560  Q
    ||||||||||    
T  2798113 ttaagcgaac 2798104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 351 - 514
Target Start/End: Original strand, 2477070 - 2477233
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  2477070 tgataagtgatcaaaagtaacatattttatgcgttaacctaggcattttagtgacttgttttgcaacttatctaagaaaaagctactaattgagtgtatt 2477169  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  2477170 tttaccatttatgttttacatgcctgattctacctaatttatgcaggaaatgacaagcaaggac 2477233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 22322379 - 22322200
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||| |  |     | ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |      
T  22322379 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagaactccaggattcttcacttactagcacgcttccagttccctcatgaagaaaa 22322280  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22322279 ggtcatttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 22322200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 351 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 31001460 - 31001376
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagcta 435  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  31001460 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttctccaagttatctaagaaaaagcta 31001376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 351 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8139933 - 8139848
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctac 436  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||  |||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8139933 tgataagtgttgtaaagtaatatatttcatgtgttattttaggcactttagtgacttattttgcaggttatctaaggaaaagctac 8139848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 24169488 - 24169334
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||  |||||||  ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||           
T  24169488 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcatgtattattttaggcactttagtgatttgttttgcaagttacttaaggaaaagttacaatttga------- 24169396  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
      | | ||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||    
T  24169395 --tgcaatttatgctttaggtgccttattctacccaatttgtgcaggaaagtacaagcaaggac 24169334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 31665348 - 31665265
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagc 433  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31665348 gtgataagtgctcaaaagtaatatatttcatgtgttaaaatatgcattacagtgacttgttatgcaagttatctaaggaaaagc 31665265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 500
Target Start/End: Original strand, 20403075 - 20403224
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaa-ggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||| || |     
T  20403075 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcttgtgttaatttaggcactttagtgatttgttttgcaaattacttaagggaaaagctacaatttga-tgcaa 20403173  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccattta-tgcaggaaa 500  Q
    || | || |||||||||||  ||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  20403174 ttatgccgtttatgcttta-gtgccttattctaccccttttagtgcaggaaa 20403224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 350 - 486
Target Start/End: Original strand, 29863915 - 29864050
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaa-ggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||| |||| |||||| | ||||||| |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||| |  |    
T  29863915 gtgataaatgctcaaaagtgatatatttcttgtgttaatttaggcactttagtgatttgttttgcaaattacttaagggaaaagctacaatttga-taca 29864013  T
Q  449 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctacccc 486  Q
     || | |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  29864014 attatgccatttatgcttta-atgccttattctacccc 29864050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 2631253 - 2631286
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2631253 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 2631286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 545 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 2798035 - 2797986
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagc 594  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  2798035 gttcgcttaagcgacctcatgttcacttaagtgaaccagttccagagagc 2797986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 10346614 - 10346581
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10346614 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 10346581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 22322108 - 22322075
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22322108 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 22322075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 23794947 - 23794980
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23794947 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 23794980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 350 - 723
Target Start/End: Original strand, 3538436 - 3538809
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  3538436 gtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgactcgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaa 3538535  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3538536 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 3538635  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  3538636 cttaagcgaactcctgttagcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcag 3538735  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3538736 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 3538809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 351 - 718
Target Start/End: Original strand, 34005894 - 34006261
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  34005894 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaatgctaccatttgagtgcaat 34005993  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34005994 tttaccatttatgctttacatgcctgattctatccaatttatgcataaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaatgtccgttcgc 34006093  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |    
T  34006094 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcatt 34006193  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcaca 718  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34006194 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcaca 34006261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 350 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 26511274 - 26510920
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  26511274 gtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtataa 26511175  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26511174 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 26511075  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | ||||    
T  26511074 cttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaactgttctgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagctcag 26510976  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||||| |||| ||||||    
T  26510975 ttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagtgaaccagttccagagagcaccagga 26510920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 350 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 26516390 - 26516036
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  26516390 gtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtataa 26516291  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26516290 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 26516191  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | ||||    
T  26516190 cttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaactgttctgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagctcag 26516092  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||||| |||| ||||||    
T  26516091 ttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagtgaaccagttccagagagcaccagga 26516036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 351 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 24161996 - 24161653
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24161996 tgataagtgctcaaaagtaacatttt--atgtgttaacttaggcaaattagagacttgttttgcaagttatataaggaaaagctaccatttgagtgtatt 24161899  T
Q  451 ttt-accatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24161898 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctatccaatttatgtaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtcagttcg 24161799  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    |||||||                    |||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   | | |||     
T  24161798 cttaagc--------------------gaacaagttccagagagcaaccagcatgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatgagaaaagttcaa 24161719  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctc 715  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  24161718 ttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttctagagagctccaggaaagttcgctc 24161653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 351 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 9934757 - 9934570
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9934757 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggtaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaaactaccatttgagtgtatt 9934658  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaag 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    
T  9934657 tttaccatttatgctttacatgcctgattctatccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacctcctgaaccaag 9934570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 358 - 511
Target Start/End: Original strand, 26603622 - 26603774
Alignment:
Q  358 tgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttttacca 457  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  |||| ||||||||    
T  26603622 tgctcaaaagtgatatatttcatgtgttaatttaggcattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaatgtaccaattg-ttgtacttttacca 26603720  T
Q  458 tttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaag 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||    
T  26603721 tttatgctttacatgcctgattctactcaatttgtgcaggaaatgacaagcaag 26603774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 351 - 539
Target Start/End: Original strand, 15641714 - 15641899
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||  || ||| | |||||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  15641714 tgataagtgctcaaaagtaatttaattcttatgttaaattaggtattttagtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaagctaccaattgt-tgtact 15641812  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaa 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||| ||||||||    
T  15641813 tttaccatttatgctttacatgcctgattccaacccttttatgctggaaatgacaagcaagga--acaagaaagaagctcatgaaccaa 15641899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 351 - 512
Target Start/End: Original strand, 31131276 - 31131436
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||  ||||||    
T  31131276 tgataagtgcttaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaatctatcaattg-ttgtatt 31131374  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagg 512  Q
    | ||||||||||||||||  || || ||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  31131375 tataccatttatgctttatgtgtctaattctgcccaatttatgcagaaaatgacaagcaagg 31131436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 538 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 26510878 - 26510697
Alignment:
Q  538 aaggtccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatg 637  Q
    |||||| |||||||||||||| ||   |||| ||||||||||| ||||  |||||||| |     | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26510878 aaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcccttaagcgaacaagttctagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagtttgctcatg 26510779  T
Q  638 aagtac-gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcaca 718  Q
    ||| |  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26510778 aagaaaaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgctcaca 26510697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 538 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 26515994 - 26515813
Alignment:
Q  538 aaggtccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatg 637  Q
    |||||| |||||||||||||| ||   |||| ||||||||||| ||||  |||||||| |     | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26515994 aaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcccttaagcgaacaagttctagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagtttgctcatg 26515895  T
Q  638 aagtac-gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcaca 718  Q
    ||| |  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26515894 aagaaaaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgctcaca 26515813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 545 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 26510976 - 26510815
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  26510976 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagtgaaccagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 26510877  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| ||||||    
T  26510876 ggtcagttcgcttaagcgacctatggttcccttaagcgaacaagttctagagagcaccagga 26510815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 545 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 26516092 - 26515931
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  26516092 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagtgaaccagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 26515993  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| ||||||    
T  26515992 ggtcagttcgcttaagcgacctatggttcccttaagcgaacaagttctagagagcaccagga 26515931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 349 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 5671810 - 5671646
Alignment:
Q  349 tgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||| | || |    
T  5671810 tgtgataagtgctcaaaagtgatatatttcttatgttaatttaggcattttagtgacttgttctacaagttatctatggaaaagctccaatttta-tgca 5671712  T
Q  449 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    |||  ||||||||||||| | |||||| | |||||||  ||| |||||||||  |||||| |||||    
T  5671711 tttacaccatttatgcttcatatgccttactctaccctttttgtgcaggaaaatacaagccaggac 5671646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 352 - 443
Target Start/End: Original strand, 2298287 - 2298378
Alignment:
Q  352 gataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttga 443  Q
    |||||||| | |||||| | |||||||||||||||  |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  2298287 gataagtgttcaaaagtgatatatttcatgtgttattttagacactttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaaactacaatttga 2298378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 350 - 500
Target Start/End: Original strand, 24878405 - 24878554
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||  |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||| | || ||    
T  24878405 gtgataagtgctcaaaagtgatatatttcttatgttagtttaggcattttagtgacttgttctacaagttatctatggaaaagctccaatttta-tgcat 24878503  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaa 500  Q
    ||  ||||||||||||| | |||||| | |||||||  ||| |||||||||    
T  24878504 ttacaccatttatgcttcatatgccttactctaccctttttgtgcaggaaa 24878554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6868923 - 6868761
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||| | |||||| | |||||||   |||||| |||||||  ||||||| |||||||| ||||||  | || |||||||||  ||||| || | |    
T  6868923 tgataagtgttgaaaagtgatatatttctcatgttaatttaggcactttagtgatttgttttgtaagttacttcagaaaaagctacattttga-tgcaat 6868825  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||| |||||| || |||| |||| ||||  | ||||||||||    
T  6868824 tttgccatttatgctttaggtgccttattctatccaatttgtgcaagaaaataaaagcaaggac 6868761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 389 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 18751395 - 18751341
Alignment:
Q  389 ttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttga 443  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  18751395 ttaggcactttagttacttgttttgcaagttatttaaggaaaaactacaatttga 18751341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 11766145 - 11766517
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  11766145 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgactcgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 11766244  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11766245 tttaccatttatgctttacatgtctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 11766344  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  11766345 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 11766444  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766445 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 11766517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 348 - 723
Target Start/End: Original strand, 14343878 - 14344253
Alignment:
Q  348 atgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 447  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14343878 atgtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgc 14343977  T
Q  448 atttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgtt 547  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14343978 aattttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggttcgtt 14344077  T
Q  548 cgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  14344078 cgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtc 14344177  T
Q  648 agttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14344178 agttcccttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 14344253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 11724048 - 11723676
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  11724048 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 11723949  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11723948 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaatgaccaaaagaaggaagctcatgaaccaaggtccgttcgc 11723849  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  11723848 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttttgttcgcttacaggcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 11723749  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11723748 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 11723676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 351 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 30607953 - 30607600
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30607953 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 30607854  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30607853 attaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcgc 30607754  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | |||||    
T  30607753 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-ataaagctcagt 30607655  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  30607654 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagcaccagga 30607600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 7314374 - 7314726
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  7314374 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 7314473  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7314474 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccaaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 7314573  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||                    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||    
T  7314574 ttaag--------------------cgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcactcatgaagaaaggtcagt 7314653  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7314654 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 7314726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 351 - 705
Target Start/End: Original strand, 34455583 - 34455956
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34455583 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 34455682  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggt-------- 542  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||            
T  34455683 attaccatttatgctttacatgcccgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcgc 34455782  T
Q  543 ------------ccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttc 630  Q
                | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||    
T  34455783 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacaccttcagttc 34455882  T
Q  631 gctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    ||||||| |  | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||    
T  34455883 gctcatg-acaaagctcagttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccagga 34455956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 350 - 684
Target Start/End: Original strand, 9403708 - 9404021
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9403708 gtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaa 9403807  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9403808 tattactatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcg 9403907  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    ||||||                    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| | |  | | || |    
T  9403908 cttaag--------------------cgaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctca-ggacaaagctccg 9403986  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgacc 684  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9403987 ttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgacc 9404021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 24835148 - 24835390
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24835148 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 24835247  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||   ||||| ||| |||||||||||||    | ||||    
T  24835248 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaagac--caagaaagaacctcctgaaccaagagatggtcgc 24835345  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  24835346 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaagcagctccagagagca 24835390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 33433996 - 33434238
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33433996 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagttaccatttgagtgtatt 33434095  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    | ||||    
T  33434096 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacctcctgaaccaagagatggtcgc 33434193  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  33434194 ttaagcgacctcttgttcgcttaagcggaccagatccagagagca 33434238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 348 - 560
Target Start/End: Original strand, 6269302 - 6269515
Alignment:
Q  348 atgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 447  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6269302 atgtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacctaggcaatttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaatctaccatttgagtgt 6269401  T
Q  448 a-tttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgt 546  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  6269402 attttttaccatttatgctttacatgtctgattctacccaatttatacagaaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcttgaaccaaggtcact 6269501  T
Q  547 tcgcttaagcgaac 560  Q
    ||||||||||||||    
T  6269502 tcgcttaagcgaac 6269515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 363 - 514
Target Start/End: Original strand, 30422191 - 30422341
Alignment:
Q  363 aaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttttaccatttat 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||| ||||||||    
T  30422191 aaaagtaatatatttcatgtgttaatttaggcattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaaactaccattt-atcgtaattttgccatttat 30422289  T
Q  463 gctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    |||||||||| || | ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30422290 gctttacatgtcttactctactcaatttgtgcaggaaatgacaagcaaggac 30422341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 355 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 34870437 - 34870280
Alignment:
Q  355 aagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtattttta 454  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||  || |||||||    
T  34870437 aagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtggcttgttttgcaagttatctaaggaaaaactatcaattg-ttgcattttta 34870339  T
Q  455 ccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagga 513  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  34870338 ccatttatgctttacatgtctgattttgcccaatttatgcaggaaaatacaagccagga 34870280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Original strand, 34455900 - 34456079
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  34455900 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccaggatttttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 34455999  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | | || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34456000 ggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaaccacttacagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 34456079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 545 - 718
Target Start/End: Original strand, 9404006 - 9404180
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |      
T  9404006 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgtttccagttcgctcatgaagaaaa 9404105  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcaca 718  Q
    | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9404106 ggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaaccagttacagagagctccaggaaagttcgctcaca 9404180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 30607656 - 30607477
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||||||| |||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  30607656 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 30607557  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30607556 ggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaactagttacagagagctccaagaaagttcgctcacacgttc 30607477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 668 - 723
Target Start/End: Original strand, 6269595 - 6269650
Alignment:
Q  668 ggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  6269595 ggttcgcttaagcgaacaagttcgagagagctccagtaaagttcgctcacaagttc 6269650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 389 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 42748310 - 42748256
Alignment:
Q  389 ttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttga 443  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  42748310 ttaggcactttagttacttgttttgcaagttatttaaggaaaagctacaatttga 42748256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 7314818 - 7314851
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7314818 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 7314851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 9404277 - 9404310
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9404277 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 9404310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 30607385 - 30607352
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30607385 gttcgcttaagcgaactatgattcgcttaagcga 30607352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 3298191 - 3298563
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3298191 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtttatt 3298290  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3298291 tttaccatttatgctttacatgtctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 3298390  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |    
T  3298391 ttaagcgaactactgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcatt 3298490  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  3298491 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagaaaagttcgctcacatgttc 3298563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 28926916 - 28926544
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  28926916 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgactttttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 28926817  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28926816 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 28926717  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||    
T  28926716 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaacaaaggtcagt 28926617  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926616 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 28926544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 27347436 - 27347808
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27347436 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 27347535  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27347536 tttaccatttatgctttacatgcctgattctatccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcttgaaccaaggtccgttcgc 27347635  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  27347636 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaccgaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcatgcttccagttcgctcatgaaggaaggtcagt 27347735  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27347736 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 27347808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 351 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 9068939 - 9068574
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |      
T  9068939 tgataagtgcccaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatccaaggaaaagctaccatttgagtgcaac 9068840  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9068839 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagtaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 9068740  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  9068739 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 9068640  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctca 716  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9068639 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctacaggaaagttcgctca 9068574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 27353516 - 27353868
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  27353516 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctatcatttgagtgcaat 27353615  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27353616 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcttgaaccaaggtccgttcgc 27353715  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    ||||||                || ||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  27353716 ttaagc----------------aaccgaa----ttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcatgcttccagttcgctcatgaaggaaggtcagt 27353795  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353796 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 27353868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 350 - 680
Target Start/End: Original strand, 22179898 - 22180227
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  22179898 gtgataagtgctcaaaagtaacatattttatgcgttaacttaggcaaattagtgacttgtttcgcaagttatctaaggaaaatctaccatttgagtgtaa 22179997  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22179998 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctactcaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 22180097  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | ||||    
T  22180098 cttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaatcagttccagagagcaatcgttctgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagttcag 22180196  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagc 680  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22180197 ttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagc 22180227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 351 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 8744140 - 8743807
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8744140 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattattgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 8744041  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8744040 attattatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcttgaaccaaggtctgttcgc 8743941  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    ||||||                    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| | |  | | || ||    
T  8743940 ttaagc--------------------gaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctca-ggacaaagctccgt 8743862  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||    
T  8743861 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccagga 8743807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 351 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 36737632 - 36737426
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||  |||||     
T  36737632 tgataagtgctaaaaagtaccatattttatgtgttaatctaggcattttggtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaggctatcaattgt-tgtatc 36737534  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  36737533 tataccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggac--caagaaagaagctcctgaaccaaggtcagttcgc 36737436  T
Q  551 ttaagcgaac 560  Q
    ||||||||||    
T  36737435 ttaagcgaac 36737426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 605 - 724
Target Start/End: Original strand, 22180256 - 22180375
Alignment:
Q  605 ttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagg 704  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  22180256 ttcgcttaccagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccagc 22180355  T
Q  705 aaagttcgctcacaggttct 724  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  22180356 aaagttcgctcacaagttct 22180375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 479 - 662
Target Start/End: Original strand, 28369650 - 28369813
Alignment:
Q  479 tctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcga 578  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||||||||    
T  28369650 tctacccaatttatgcaggaaatgacacgcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttc--------------------gcttaagcga 28369729  T
Q  579 accagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcga 662  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  28369730 accatttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagttcgcttaagcga 28369813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 542 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 8743866 - 8743684
Alignment:
Q  542 tccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagt 641  Q
    ||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  8743866 tccgttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccatttcgctcatgaaga 8743767  T
Q  642 ac-gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |  | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8743766 aaaggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaaccagttacagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 8743684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 353 - 490
Target Start/End: Original strand, 1606594 - 1606730
Alignment:
Q  353 ataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttt 452  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  || |||  |||| |||    
T  1606594 ataagtgctcaaaagtaatatatttcatgtgttaatttaggcattttagtgacttgttctgcaagttatctaagaaaaagctttcaattg-ttgtacttt 1606692  T
Q  453 taccatttatgctttacatgcctgattctaccccattt 490  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  1606693 taccatttatgttttacatgtctgattctacccaattt 1606730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 351 - 426
Target Start/End: Original strand, 16957897 - 16957972
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaag 426  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16957897 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgcgttaatctaggcatattagtgacttgttttgcaagttatctaag 16957972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 669 - 723
Target Start/End: Original strand, 28369800 - 28369854
Alignment:
Q  669 gttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369800 gttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 28369854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 351 - 408
Target Start/End: Original strand, 28369585 - 28369642
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttg 408  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28369585 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggtaaattagtgacttg 28369642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 351 - 467
Target Start/End: Original strand, 24040002 - 24040117
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||  |||| |    
T  24040002 tgataagtgctcaaaagtattatctttcatgtgttaaaataggcattttagtgacttgttttgtaagttatataaggaaaagcaatcatttg-ttgtaat 24040100  T
Q  451 tttaccatttatgcttt 467  Q
    || ||||||||||||||    
T  24040101 ttgaccatttatgcttt 24040117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 351 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4435620 - 4435537
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagct 434  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4435620 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcttgtgttaatttaggcactttagtgatttgttttgcaagttatctatggaaaagct 4435537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 350 - 434
Target Start/End: Original strand, 21687377 - 21687462
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaag-ttatctaaggaaaagct 434  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21687377 gtgataagtgctcaaaagtgatatatttcatgtgttagtttaggcattttagtgacttgttttgcaagattatctatggaaaagct 21687462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 350 - 434
Target Start/End: Original strand, 21691701 - 21691786
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaag-ttatctaaggaaaagct 434  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21691701 gtgataagtgctcaaaagtgatatatttcatgtgttagtttaggcattttagtgacttgttttgcaagattatctatggaaaagct 21691786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 8743592 - 8743559
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8743592 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 8743559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 9068475 - 9068442
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9068475 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 9068442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 27353960 - 27353993
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27353960 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 27353993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 3587789 - 3588161
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  3587789 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 3587888  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3587889 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagtaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 3587988  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  3587989 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 3588088  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3588089 tcgcttaagcgacctatggttcacttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 3588161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 7653992 - 7653621
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  7653992 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 7653893  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653892 tttaccatttatgcttt-catgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagaaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 7653794  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  7653793 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 7653694  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7653693 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 7653621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 351 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 27031559 - 27031218
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27031559 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 27031460  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27031459 attaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaagaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggcctgttcgc 27031360  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | || ||    
T  27031359 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagctctgt 27031261  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccag 693  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27031260 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccag 27031218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 4755630 - 4755259
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4755630 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaaattaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagttaccatttgagtgtatt 4755531  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || || |||||||||||| ||||||    
T  4755530 tttaccatttatgccttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaagaccaaaagaagggagatcttgaaccaaggtcagttcgc 4755431  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |  ||||    
T  4755430 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaacctgttacagagagcaccggattagttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggccagt 4755331  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||   |||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4755330 tcgcttaagcgacctcaagttcgcttaagcgaaccagttccagagagctccagg-aagttcgctcacaagttc 4755259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 8614914 - 8615265
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  8614914 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttt-gcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 8615012  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8615013 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaggaaggaagcttctgaaccaaggtccgttcgc 8615112  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||                    ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  8615113 ttaag--------------------cgaacctattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaagatcagt 8615192  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8615193 tcgcttaagcgacctacgattcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 8615265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 351 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 52045655 - 52045446
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52045655 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaatttgtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 52045556  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52045555 tttaccatttatgctttacatgcctgattctagccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagcttctgaaccaaggtccgttcgc 52045456  T
Q  551 ttaagcgaac 560  Q
    ||||| ||||    
T  52045455 ttaagtgaac 52045446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 348 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 52308768 - 52308523
Alignment:
Q  348 atgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 447  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52308768 atgtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgctttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 52308669  T
Q  448 atttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgtt 547  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    | |    
T  52308668 aattttaccatttatgctttacatgtctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacctcctgaaccaagagatggt 52308571  T
Q  548 cgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  52308570 cgcttaagcgaccttctgttcgcttaagcgaaccagatccagagagca 52308523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 351 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 36470201 - 36469873
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36470201 tgataagtgctcaaaagtaccatatttaatgtgttaatctaggcaatttagtgatttgttttgcaagttatccaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 36470102  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||   ||||||    
T  36470101 tataccaattatgctttacatgcctgattcta-ccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaatgatgctcctgaaccaaggggagttcgc 36470003  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| || || |||||||||| ||||||| ||| |||| ||||  | ||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||  |  | ||||    
T  36470002 ttaagcgaac-cccgtacgcttaagcgtaccagttccagtgagc-accagccagttcgcttacaagtacgctcccaggacgctcatgaaaaatcaacagt 36469905  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  36469904 tcgcttaagcgtaccatagttcgcttaagcga 36469873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 351 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 10407722 - 10407589
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10407722 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 10407623  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10407622 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacc 10407589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 32375722 - 32375592
Alignment:
Q  48 aaattgtccacatgggtaaatttctaagtgatacacaaaagttaatttggactccatgtacaaatttgctcgcgtggcaaacttttattgtttatcggac 147  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  32375722 aaattgtccacataggtaaatttctaagtgatacacaaaagttaattttgactccatttacaaatttgcttgcgtggcaaacttttattgtttgtcgtac 32375623  T
Q  148 aagttaaccataattctttaaaaaacaatgt 178  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  32375622 aagttatccataattcttcaaaaaacaatgt 32375592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 233 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 32375474 - 32375373
Alignment:
Q  233 cattcgaagtttaaaaatgtgtgttttcctttggaacatggaaaacacgtgctggtcatgtatgatcaagtcgacaaagtttattatagttgaggtgact 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32375474 cattcgaagtttaaaaatgtgtgttttcctttggaacatggaaaacacgtgctggtcatgtatgatcaagtcgacaaagtttattatagtcgaggtgact 32375375  T
Q  333 ac 334  Q
    ||    
T  32375374 ac 32375373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 363 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 11263694 - 11263597
Alignment:
Q  363 aaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttttaccattt 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11263694 aaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggtaacgctagcatttgagtgtatttttaccattt 11263597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 351 - 513
Target Start/End: Original strand, 33247298 - 33247458
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  |    
T  33247298 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaagctactaaat-tgtgttct 33247396  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  33247397 tttaccatttatgctttacatgcctga-tattcaccttttatgcaggaaacgacaagcaagga 33247458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 27031262 - 27031083
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacg 644  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||| || |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  27031262 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagaacaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 27031163  T
Q  645 a-tcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27031162 tgtcatttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttacagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 27031083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 480 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 10386710 - 10386597
Alignment:
Q  480 ctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaa 579  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||  ||||||||||||    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10386710 ctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggaccaa--gaaagaacttcctgaaccaagagatggtcgcttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaa 10386613  T
Q  580 ccagttacagagagca 595  Q
    |||| | |||||||||    
T  10386612 ccagctccagagagca 10386597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 565 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 52045461 - 52045362
Alignment:
Q  565 gttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcgaac 664  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||    
T  52045461 gttcgcttaagtgaaccagttccagagagcaaccagcttgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatgagaaaagttcagttcgcttaagcgaac 52045362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 32363976 - 32363889
Alignment:
Q  65 aaatttctaagtgatacacaaaagttaatttggactccatgtacaaatttgctcgcgtggcaaacttttattgtttatcggacaagtt 152  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||| || ||||||||||| ||||| |||||    
T  32363976 aaatttataagtggtacacacaagttaatttggactccatttaaaaatttgtttgcgtggctaatttttattgtttgtcggataagtt 32363889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 669 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 52045377 - 52045323
Alignment:
Q  669 gttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52045377 gttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgctcacaagttc 52045323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 454 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 11260469 - 11260392
Alignment:
Q  454 accatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac-gaaaagaaggaagctc 530  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  11260469 accatttatgttttacatgtttgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaatgacacaaaagaaggaagctc 11260392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 434
Target Start/End: Original strand, 25804503 - 25804585
Alignment:
Q  352 gataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagct 434  Q
    ||||||| || |||||| | |||||||||||||||| |||  ||  | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25804503 gataagtactcaaaagtgatatatttcatgtgttaatttaaacatttgaatgacttgttttgcaagttatctatggaaaagct 25804585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 648 - 682
Target Start/End: Original strand, 36469870 - 36469904
Alignment:
Q  648 agttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36469870 agttcgcttaagcgaactatggtacgcttaagcga 36469904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 8615357 - 8615390
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8615357 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 8615390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 2)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Original strand, 955 - 1326
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  955 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttt-gcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 1053  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1054 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 1153  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  1154 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaagatcagt 1253  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1254 tcgcttaagcgacctacgattcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 1326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Original strand, 1418 - 1451
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1418 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 1451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 4839909 - 4839537
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  4839909 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcgaattagtgatttgttttgcaagttatctgaggaaaagctaccatttgagtgcaat 4839810  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4839809 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 4839710  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  4839709 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccaattacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 4839610  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4839609 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 4839537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 351 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 5274408 - 5274055
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5274408 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 5274309  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  5274308 attaccatttatgctttacatgcctgattctacgcaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtttgttcgc 5274209  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||  | | |||||    
T  5274208 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcaaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcat-aacaaagctcagt 5274110  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccagga 705  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||    
T  5274109 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccagga 5274055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 351 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 42533718 - 42533436
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533718 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgctaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 42533619  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||    
T  42533618 tttaccatttatgctttacatgcctgattctatccattttatgcaggaaatgacaagtaaggaccaaaagaaggaagctcatgagccaaggtcagtttgc 42533519  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgct 633  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  42533518 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaacaagttccagagagcaaccagtttgttcgcttacaagcacactctcagttcgct 42533436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 351 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 46692910 - 46692571
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46692910 tgataagtgctcaaa-gtaatatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctatcatttgagtgtatt 46692812  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||      
T  46692811 tataccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgtcaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaagttacgttcat 46692712  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcat-gaagtacgatcag 649  Q
    ||||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||  | | |||     
T  46692711 ttaagtgaactttggttcgcttaagcgaacaagttccagaaagcaaccagtttgttcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatagaa--aagttcaa 46692614  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttcca 692  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  46692613 ttcgcttaagcaacctattgttcgcttaagcgaacaagttcca 46692571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 346 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 44432803 - 44432556
Alignment:
Q  346 gaatgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagt 445  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432803 gaatctgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagt 44432704  T
Q  446 gtatttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    |    
T  44432703 gtatttttaccatttatgctttacatgtctgattctacccaatttatgcaggatacgacaagcaaggac--caagaaagaacctcctgaaccaagagatg 44432606  T
Q  546 ttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  44432605 gtcgcttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaaccagctccagagagca 44432556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 351 - 703
Target Start/End: Original strand, 55326163 - 55326515
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  55326163 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtattaatctaggaagtttagtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaaactaccatttgagtgtatt 55326262  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  55326263 tgtaccatttacgctttacatgcctgattctacccaatttatacaggaaatgacaagcgaggaccaaaacaaggaagctcctaaaccaaggtcagttcgc 55326362  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaag-tacgatcag 649  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||   |  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||  | | ||||    
T  55326363 ttgagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttccagagag-taccagaatagtcgcttactagcacgctttctgttcgctcatgaagaaaagttcag 55326461  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccag 703  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||    
T  55326462 ttcgcttaagcgacctcatgttcgcttaagcgatccagttccagaaagctccag 55326515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 351 - 531
Target Start/End: Original strand, 22047136 - 22047316
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  22047136 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgatttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 22047235  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcc 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22047236 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcc 22047316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 600 - 723
Target Start/End: Original strand, 22047319 - 22047442
Alignment:
Q  600 ttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagct 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22047319 ttctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcttgaagaaaggtcagttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagct 22047418  T
Q  700 ccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  22047419 ccaggaaagttcgctcacatgttc 22047442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 5274111 - 5273932
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| |     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  5274111 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccaggattcttcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaa 5274012  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274011 ggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaaccagttccagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 5273932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 351 - 513
Target Start/End: Original strand, 26069070 - 26069231
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctacc-atttgagtgtat 449  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||  ||||      
T  26069070 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttctgcaagttatctaagaaaaagctacctaatt--gtgtta 26069167  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctg-attctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  26069168 ttttaccatttatgctttacatgcctgaattct-tcccttttatgcaggaaatgacaagcaagga 26069231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 351 - 475
Target Start/End: Original strand, 6639357 - 6639481
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||| |    
T  6639357 tgataagtgctcaagagtaatatatttcatgtgttaatttaggcattttggtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccaacttgttgtaat 6639456  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcct 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  6639457 tttaccatttatgctttacatgcct 6639481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 546 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 46692613 - 46692457
Alignment:
Q  546 ttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacga 645  Q
    ||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||   | |     
T  46692613 ttcgcttaagcaacctattgttcgcttaagcgaacaagttccaaagagcaaccagtctgttcgcttacaagcacaccttcagttcgctcatgagaaaagt 46692514  T
Q  646 tcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctcca 702  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  46692513 tcagttcgtttaagcgacctattgttcgcttaagcgaacaagttccagagagctcca 46692457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 351 - 514
Target Start/End: Original strand, 8894226 - 8894388
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |    
T  8894226 tgataagtgctcaaaactgatatatttcatgtgttaatttaggcattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggtaaagctacaatttga-tgtaat 8894324  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||| |||| |||||||||   |||||||||||    
T  8894325 tatgccatttatgctttatgtgccttattgtacccaatttgtgcaggaaaatgcaagcaaggac 8894388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 351 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 19248555 - 19248394
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||  || |||    
T  19248555 tgataagtgctcaaaagcaacacattttatgtgttaatctaggcactttagtggcttgttttgcaagttatctaaggaaaatctatcaattg-ttgcatt 19248457  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  19248456 tttaccatttatgctttacatgcctgattttgtccaatttatgcaggaaaatacaagccagga 19248394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 349 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35417563 - 35417446
Alignment:
Q  349 tgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||  ||||    
T  35417563 tgtgataagtgctcaaaagtactatctttcatgtgttaaataaggcattttagtgacttgttttgcaaattatctaaggaaaagcaatcatttg-ttgta 35417465  T
Q  449 tttttaccatttatgcttt 467  Q
     ||| ||||||||||||||    
T  35417464 atttgaccatttatgcttt 35417446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 351 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 40996408 - 40996292
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttg-caagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  |||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| | ||||     
T  40996408 tgataagtgctcaaaagtattatctttcatgtgttaaaataggtattttagtgacttgttttgtcaagttatctaaggaaaagcaatcattt-attgtaa 40996310  T
Q  450 ttttaccatttatgcttt 467  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  40996309 tttgaccatttatgcttt 40996292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 9417999 - 9417916
Alignment:
Q  352 gataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggca---aattagtgacttgttttgcaag-ttatctaaggaaaa 431  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  9417999 gataagtgcttaaaagtgatatatttcatgtgttaatttaggcattttattagtgacttgttttgcaagattatctatggaaaa 9417916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 398 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 30219155 - 30219043
Alignment:
Q  398 ttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcagg 497  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | || |||  |||| ||| || ||||||||||||||||||| | || || | | || ||||||    
T  30219155 ttagtgacttgttctgcaagttatctaaggaaaaacaatcaattg-ttgtaatttcacaatttatgctttacatgcctcactccactcaacttgtgcagg 30219057  T
Q  498 aaacgacaagcaag 511  Q
    ||| ||||||||||    
T  30219056 aaatgacaagcaag 30219043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 545 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 42533348 - 42533299
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagc 594  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  42533348 gttcgcttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaacaagttccagagagc 42533299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 646 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42533445 - 42533368
Alignment:
Q  646 tcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||| |||| |||| |  ||||||||||| ||||    
T  42533445 tcagttcgcttaagcgacctattgttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaccagaattgttcgctcacaagttc 42533368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 545 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 42533442 - 42533392
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42533442 gttcgcttaagcgacctattgttcgcttaagcgaaccagttccagagagca 42533392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 648 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 42533349 - 42533294
Alignment:
Q  648 agttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccag 703  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  42533349 agttcgcttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccag 42533294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 4839445 - 4839412
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4839445 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 4839412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 33492967 - 33492595
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  33492967 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 33492868  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33492867 tttaccatttatgcttt-catgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagaaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 33492769  T
Q  551 ttaagcgaact-cctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    |||||||||||    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||    
T  33492768 ttaagcgaactgggagttcgattaagcgaaccaattacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacacttccagttcgctcatgaagaaaggtcag 33492669  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33492668 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 33492595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 351 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 38122809 - 38122463
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38122809 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaat 38122710  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38122709 attaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcgc 38122610  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | | |||||    
T  38122609 ttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaactgttctattcgcttacaagcacgccttcagttcgctcatg-acaaagctcagt 38122511  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagc 698  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  38122510 tcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagc 38122463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 349 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 16833524 - 16833150
Alignment:
Q  349 tgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16833524 tgtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgattgta 16833425  T
Q  449 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttc 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  16833424 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctatccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaggctcctgaaccaaggtcagctc 16833325  T
Q  549 gcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatca 648  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||   |   |||    
T  16833324 gcttaagcaaacccctgttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaaccatcatgttctcttacaagcacgccttcggttcgctcatgagaaaaattca 16833225  T
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  16833224 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaatttcgctcacatgttc 16833150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 351 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 12168948 - 12168637
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  12168948 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgatttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 12168849  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12168848 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 12168749  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  12168748 ttaagcgaactcctgttcaattaagcgaactaattacagagagcaaccattatgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 12168649  T
Q  651 tcgcttaagcga 662  Q
    ||||||||||||    
T  12168648 tcgcttaagcga 12168637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 351 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 13218807 - 13218435
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13218807 tgataactgctcaaaactaacatatttcatgtgttaatctaggtaatttagtgacttgttttgaaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 13218708  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13218707 tataccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgataagcaagaaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtcagttcgc 13218608  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattct-gttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcag 649  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||   | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |  |||    
T  13218607 ttaagcgaacccttgttctcttaagcgaacaagttccagagagc-accagaatggttcacttactagcacgcttctagttcgctcatgaagaaaggccag 13218509  T
Q  650 ttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  13218508 ttcgcttaagcgacctcatgttcgcttaagcgaacaagttccagagagcttcaggaaagttcgctcacaagttc 13218435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 348 - 514
Target Start/End: Original strand, 39453343 - 39453508
Alignment:
Q  348 atgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 447  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  39453343 atgtgataagtgctcaaaagtaatatatgttatgtgttaatttaggtattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaaactaccatttg-ttgt 39453441  T
Q  448 atttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    | |||| ||||||||||||||  ||||| | ||||| | |||| || |||||| |||||||||||||    
T  39453442 aattttgccatttatgctttatgtgccttactctactcaatttgtgtaggaaatgacaagcaaggac 39453508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 349 - 514
Target Start/End: Original strand, 13829592 - 13829756
Alignment:
Q  349 tgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgta 448  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||  | |||||||||| |||||||||||||| || | ||||    
T  13829592 tgtgataagtgctcaaaggtaatatatttcatgtgttaaattatgcattttagtaacttgtcctacaagttatctgaggaaaagctaccaatt-attgta 13829690  T
Q  449 tttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  13829691 cttttactatttgtgctttacatgcctgattctactcaatttgtgcaggaaatgacaagcaaggac 13829756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 38122512 - 38122333
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca--accattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagta 642  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||||||| |||| |||||||||  |  |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  38122512 gttcgcttaagcgacctatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagcacaaggattct--tcgcttactagcacgcttccagttcgctcatgaagaa 38122415  T
Q  643 c-gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
      | ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38122414 aaggtcatttcgcttaagcgacctacggttcgcttaagcgaaccagttacagagagctccaggaaagttcgctcacacgttc 38122333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 351 - 467
Target Start/End: Original strand, 16129000 - 16129115
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||| |    
T  16129000 tgataagtgctcaaaagtaccatctttcatgtgttaaaataggcattttaatgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagcaatcatttg-ttgtaat 16129098  T
Q  451 tttaccatttatgcttt 467  Q
    || ||||||||||||||    
T  16129099 ttgaccatttatgcttt 16129115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 350 - 473
Target Start/End: Original strand, 25242405 - 25242528
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||   |  | |    
T  25242405 gtgataagtgctcaaaactaacatattctatgtgttaatttaggcattttaatgacttgttctgcaagttatctaaggaaaagctactattgttgcattt 25242504  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgc 473  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  25242505 ttttaccatttatgctttaaatgc 25242528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 669 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 12168650 - 12168596
Alignment:
Q  669 gttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12168650 gttcgcttaagcgacaaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacatgttc 12168596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 432949 - 432869
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaa 431  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  432949 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcttatgttaatttaggcattttagtgacttgttctacaagttatctatggaaaa 432869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 509
Target Start/End: Original strand, 6243536 - 6243693
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaa-ggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    ||||||||| | |||||| | ||||||| |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||| |||| |||||| || |     
T  6243536 tgataagtgttcaaaagtgatatatttcttgtgttaatttaggcactttagtgatttgttttgcaaattacttaagggaaaaactacaatttga-tgcaa 6243634  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagca 509  Q
    || |  |||||||||||||  | ||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  6243635 ttgtgtcatttatgctttagtttccttactcta-cccatttatgcaggaaaatacaagca 6243693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 468
Target Start/End: Original strand, 7062711 - 7062789
Alignment:
Q  389 ttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatttttaccatttatgcttta 468  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| || ||   ||||||||||||||||    
T  7062711 ttaggcactttagttacttgttttgcaagttatctaaagaaaaactacaatttga-tgaataaataccatttatgcttta 7062789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 389 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 13249963 - 13249909
Alignment:
Q  389 ttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttga 443  Q
    |||||||  ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13249963 ttaggcactttagttacttgttttacaagttatttaaggaaaagctacaatttga 13249909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 545 - 590
Target Start/End: Original strand, 21717856 - 21717901
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacaga 590  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21717856 gttcgcttaagcgacctcatgttcgcttaagcgaacaagttccaga 21717901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 649 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 38122241 - 38122208
Alignment:
Q  649 gttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcga 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38122241 gttcgcttaagcgaactatgcttcgcttaagcga 38122208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 351 - 659
Target Start/End: Original strand, 185192 - 185500
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |    
T  185192 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggaaaattaatgacttgttttgcaagttatataaggaaaagctaccatttgagtgcaat 185291  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  185292 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaagggccgttcgc 185391  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  185392 ttaagcaaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccgttctgttcgcttacaaacacgcttccagttcgctcatgaagaaaggtcagt 185491  T
Q  651 tcgcttaag 659  Q
    |||||||||    
T  185492 tcgcttaag 185500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 541
Target Start/End: Original strand, 174034 - 174224
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  174034 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgcaat 174133  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaagg 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  174134 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaagg 174224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 350 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 354513 - 354282
Alignment:
Q  350 gtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtat 449  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  354513 gtgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttagacaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtaa 354414  T
Q  450 ttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  354413 tattaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtctgttcg 354314  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaacc 581  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  354313 cttaagcgaacccctgttcgcttaagcgaacc 354282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 351 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 8684213 - 8683964
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8684213 tgataagtgctcaaaagtaaaatatttcatgtgttaacttaggaaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccgtttgagtgtatt 8684114  T
Q  451 ttt-accatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcg 549  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  8684113 ttttaccatttatgctttacatacctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggaccaaaagaaggaggctcctgaaccaaggtcagtttg 8684014  T
Q  550 cttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaacca 599  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8684013 cttaagccaacccctgttcgcttaagcgaaccagttccagagagcaacca 8683964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 29223103 - 29223345
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29223103 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 29223202  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||  ||||||||||||    | ||||    
T  29223203 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacttcctgaaccaagagatggtcgc 29223300  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  29223301 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaaccagctccagagagca 29223345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 29336402 - 29336644
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29336402 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 29336501  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||  ||||||||||||    | ||||    
T  29336502 tttaccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttatgcaggaaacgacaagcaaggac--caagaaagaacttcctgaaccaagagatggtcgc 29336599  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  29336600 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaaccagctccagagagca 29336644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 351 - 595
Target Start/End: Original strand, 32522384 - 32522619
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32522384 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatttag---------tgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctatcatttgagtgtatt 32522474  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  32522475 tataccatttatgctttacatgcctgattctacccaatttacgcaggaaatgacaagcaaggaccaatagaaggaagctcatgaatcaaggtcagttcgc 32522574  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagca 595  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  32522575 ttaagcgacctcctgttcgcttaagcgaacaagttctagagagca 32522619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 351 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 36668611 - 36668450
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  || |||    
T  36668611 tgataagtgctcaaaagcaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtggcttgttttgcaagttatctaaggaaaagctatcaattg-ttgcatt 36668513  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaagga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  36668512 tttaccatttatgctttacatgcctgattttgcccaatttatgcaggaaaatacaagccagga 36668450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 351 - 416
Target Start/End: Original strand, 29226729 - 29226794
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaa 416  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226729 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaa 29226794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 351 - 416
Target Start/End: Original strand, 29340028 - 29340093
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaa 416  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29340028 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaa 29340093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 646 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 8688139 - 8688062
Alignment:
Q  646 tcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8688139 tcagtttgcttaagcgaccaatggttcgcttaagcgaacaagttccagagagctctaggaaagttcgctcacaagttc 8688062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 351 - 434
Target Start/End: Original strand, 31757714 - 31757798
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaag-ttatctaaggaaaagct 434  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  31757714 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcatgtgttagtttaggcattttagtgacttgttttgcaagattatctatggaaaagct 31757798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 351 - 475
Target Start/End: Original strand, 27256909 - 27257032
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||| | || |||    
T  27256909 tgataagtgctcaaaagtgatatatttcttatgttaatttaggcattttagtgacttgttctacaagttatctatggaaaagctccaatttta-tgcatt 27257007  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcct 475  Q
    |  ||||||||||||| | ||||||    
T  27257008 tacaccatttatgcttcatatgcct 27257032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 434
Target Start/End: Original strand, 40199500 - 40199582
Alignment:
Q  353 ataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaag-ttatctaaggaaaagct 434  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  40199500 ataagtgctcaaaagtgatatatttcatgtgttagtttaggcattttagtgccttgttttgcaagattatctatggcaaagct 40199582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 416
Target Start/End: Original strand, 29792577 - 29792636
Alignment:
Q  357 gtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaa 416  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||||||||| |||||    
T  29792577 gtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatctaggcattttagtgacttgttctgcaa 29792636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 545 - 590
Target Start/End: Original strand, 270798 - 270843
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacaga 590  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  270798 gttcgcttaagcgacctcatgttcgcttaagcgaacgagttccaga 270843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 382 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 5785130 - 5784998
Alignment:
Q  382 tgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaa-gctaccatttgagtgtatttttaccatttatgctttacatgcctgattc 480  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| | |||| | || ||||  ||||||||||||| | |||||| | ||    
T  5785130 tgttaatttaggcattttagtgacttgttctacaagttatctatggaaaaagctccaatttta-tgcatttacaccatttatgcttcatatgccttactc 5785032  T
Q  481 taccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    |||||  ||| |||||||||  |||||| |||||    
T  5785031 taccctttttgtgcaggaaaatacaagccaggac 5784998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 3)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 351 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 117403 - 117194
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  117403 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaatctaggcaatttagtgacttgttttgaaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtgtt 117304  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  117303 tataccatttatgctttacatgtctgattctacccaatttatgcaggaaatgacaaacaaggaccaaaagaaggaagctcatgaaccaaggtccgttcgc 117204  T
Q  551 ttaagcgaac 560  Q
    ||||||||||    
T  117203 ttaagcgaac 117194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 565 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 117209 - 117076
Alignment:
Q  565 gttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagttcgcttaagcgaac 664  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||   | | |  |||||||||||||| |    
T  117209 gttcgcttaagcgaacaagttccagagagcaaccaatatgttcgctgacaagcacactctcagttcgctcatgagaaaagttatgttcgcttaagcgacc 117110  T
Q  665 tatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagc 698  Q
    ||| ||| |||||||||| | |||||||| ||||    
T  117109 tattgtttgcttaagcgaaccagttccagagagc 117076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 545 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 117125 - 116947
Alignment:
Q  545 gttcgcttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtac- 643  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||   ||||||||||| || |||||| ||||| |||| ||||| |      
T  117125 gttcgcttaagcgacctattgtttgcttaagcgaaccagttccagagagcc-ccaaaatgttcgcttaccagtacgctttcagtttgctcctgaagaaaa 117027  T
Q  644 gatcagttcgcttaagcgaactatggttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgctcacaggttc 723  Q
    | ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | |||||| ||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||    
T  117026 gttcagttcgcttaagcgacctcttgttcgcttaagcaaacaagtttcaaagagctccagaattgttcgctcacaagttc 116947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 150; Significance: 6e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 351 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 17245 - 16960
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| ||||||    
T  17245 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaacctaggcttgttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagccactaagtgattgtatt 17146  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||    
T  17145 tgtaccatttatgctttacgtgcttgattctacccaatttatgcaggaaatgacaagcaaggac--caagaaagaagctcctgagccaaagtttgttcgc 17048  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaa 639  Q
    |||||||| || | | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17047 ttaagcgacct-cagctcgcttaagcgaaccagttccagggagcaacccatctgttcgcttacaagcacgcttcctgttcgctcatgaa 16960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 141; Significance: 2e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 351 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 80012 - 79709
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  80012 tgataagtgctcaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatt---------- 79923  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
             |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  79922 ---------tatgctttacatgccttattctacccaatttatgtaggaaatgacaagcaaagaccaaaagaaggaggctcttgaaccaaggtcggttcgc 79832  T
Q  551 ttaagcgaactcctgttcgcttaagcgaaccagttacagagagcaaccattctgttcgcttacaagcacgcttccagttcgctcatgaagtacgatcagt 650  Q
    |||||| ||| ||| || | ||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||   |   |||||    
T  79831 ttaagcaaacccctatttggttaagtgaaccagttccagagagcaaccagcctgttcgcttacaagcacgccttcggttcgctcatgataaaaattcagt 79732  T
Q  651 tcgcttaagcgaactatggttcg 673  Q
    || ||||||||| ||||||||||    
T  79731 tcacttaagcgacctatggttcg 79709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 669 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 76881 - 76836
Alignment:
Q  669 gttcgcttaagcgaccaagttccagtgagctccaggaaagttcgct 714  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  76881 gttcgcttaagcgaacaagttccagagagctccaggaaagttcgct 76836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 351 - 557
Target Start/End: Original strand, 1847 - 2050
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgtatt 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  ||||  |    
T  1847 tgataagtgctcaaaagtaacatattttatgtgttaatttaggcattttagttacttgttctgcaagttatctaaggaaaagctaccaaat-tgtgttct 1945  T
Q  451 tttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggacgaaaagaaggaagctcctgaaccaaggtccgttcgc 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    ||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||| ||| || |||    
T  1946 tttaccatttatgctttacatgcctgatttcctcccttttatgcaggaaatgacaagcaagga--acaagaaagaagctcatgaaccaaagtcagtacgc 2043  T
Q  551 ttaagcg 557  Q
    |||||||    
T  2044 ttaagcg 2050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 348 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 10331 - 10166
Alignment:
Q  348 atgtgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaagctaccatttgagtgt 447  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  10331 atgtgataagtgctcaaaagtaatatatgttatgtgttaatttaggtattttagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaaactaccatttg-ttgt 10233  T
Q  448 atttttaccatttatgctttacatgcctgattctaccccatttatgcaggaaacgacaagcaaggac 514  Q
    | |||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| | |||| || |||||| |||||||||||||    
T  10232 aattttgccatttatgctttatgtgccttattctactcaatttgtgtaggaaatgacaagcaaggac 10166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 351 - 432
Target Start/End: Original strand, 4327 - 4408
Alignment:
Q  351 tgataagtgcttaaaagtaacatatttcatgtgttaacttaggcaaattagtgacttgttttgcaagttatctaaggaaaag 432  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  4327 tgataagtgctcaaaagtgatagatttcatgtgttagcttaggcattttagtgactgattttacaagttatctatggaaaag 4408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University