View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7402_low_2 (Length: 632)

Name: NF7402_low_2
Description: NF7402
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7402_low_2
NF7402_low_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-616)||(5401246-5401861)
chr1 (1-528)||(5395187-5395714)
chr1 (1-521)||(5391383-5391904)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (342-409)||(47349558-47349625)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 5401861 - 5401246
Alignment:
Q  1 aattcaaggaagcaccacgaaacgtccaaaatgtagcattgattataggcgtaacaggaattgtgggaaatagtctagcagagatcctacctctaaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401861 aattcaaggaagcaccacgaaacgtccaaaatgtagcattgattataggcgtaacaggaattgtgggaaatagtctagcagagatcctacctctaaaaga 5401762  T
Q  101 cacaccaggtggaccatggaaggtttatggcgtggctcgccgtccacgaccaatgtggaatgttgataaccctgttcactatattcagtgtgatgtctcc 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401761 cacaccagttggaccatggaaggtttatggcgtggctcgccgtccacgaccaatgtggaatgttgataaccctgttcactatattcagtgtgatgtctcc 5401662  T
Q  201 aatcaaaacgatgttgaattgaagctatcccctttaacagacgtgacccatatattctatgtctcgtggaccagcagacccacggaggctcaaaattgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401661 aatcaaaacgatgttgaattgaagctatcccctttaacagacgtgacccatatattctatgtctcgtggaccagcagacccacggaggctcaaaattgtg 5401562  T
Q  301 aggtgaatggtgccatgttgaggaacgtccttcaagccctaatcccaaatgctccaaatctttcccatgtgtctcttcagactggtgccaagcactatgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401561 aggtgaatggtgccatgttgaggaacgtccttcaagccctaatcccaaatgctccaaatctttcccatgtgtctcttcagactggtgccaagcactatgt 5401462  T
Q  401 aggaccctttgaaatcatcggtaagatcaaacctcacgagtcccccttcacagagaacgtgccacgtctcgacacacccaatttctattacacattagag 500  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401461 aggacccttcgaaatcatcggtaagatcaaacctcatgagtcccccttcacagaggatgtgccacgcctcgacacacccaatttctattacacattagag 5401362  T
Q  501 gatatcttgttcgaagaggttagtgcattacacattattctcattagccttttatttcaatggtaatatacaaaataccctaagaagctcacatttgtcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5401361 gatatcttgttcgaagaggttagtgcattacacattattctcattagccttttatttcaatggtaatatacaaaataccctaagaagctcacatttgtcc 5401262  T
Q  601 acttttttcctttcat 616  Q
    ||||||||||||||||    
T  5401261 acttttttcctttcat 5401246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 5395714 - 5395187
Alignment:
Q  1 aattcaaggaagcaccacgaaacgtccaaaatgtagcattgattataggcgtaacaggaattgtgggaaatagtctagcagagatcctacctctaaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||    
T  5395714 aattcaaggaagcaccaggaagcttccaaaatgtagcattgattataggcgtgacgggaattgtgggaaatagcctagcagagattctacctctcgacga 5395615  T
Q  101 cacaccaggtggaccatggaaggtttatggcgtggctcgccgtccacgaccaatgtggaatgttgataaccctgttcactatattcagtgtgatgtctcc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||     
T  5395614 cacaccaggtggtccatggaaggtttatggtgtggctcgccgtccacaaccaacgtggaacgctgataagtatgttcactacattcaatgcgatgtctct 5395515  T
Q  201 aatcaaaacgatgttgaattgaagctatcccctttaacagacgtgacccatatattctatgtctcgtggaccagcagacccacggaggctcaaaattgtg 300  Q
     | ||||| || || ||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||| || |    
T  5395514 gaccaaaaagacgtcgaattgaagctctctcccttaactgatgtgacacatattttctatgtctcgtggaccagcatgcctacagaggctcaaaactgcg 5395415  T
Q  301 aggtgaatggtgccatgttgaggaacgtccttcaagccctaatcccaaatgctccaaatctttcccatgtgtctcttcagactggtgccaagcactatgt 400  Q
    | || || ||| | ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||||| ||||| || ||  | ||||||||  |    
T  5395414 aagttaacggttcaatgttaaggaacgtccttcgagccctcatcccaaatactctcaatctttgccatgtgtcccttcaaacaggaactaagcactacct 5395315  T
Q  401 aggaccctttgaaatcatcggtaagatcaaacctcacgagtcccccttcacagagaacgtgccacgtctcgacacacccaatttctattacacattagag 500  Q
    |||| |||| ||||  ||||||||||||||  | || |||||||||||||| ||| | |||||||| || | ||||||||||||||||||||||   |||    
T  5395314 aggatccttcgaaacgatcggtaagatcaaggcccatgagtcccccttcacggaggatgtgccacgccttgtcacacccaatttctattacacacaggag 5395215  T
Q  501 gatatcttgttcgaagaggttagtgcat 528  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5395214 gatatcttgttagaagaggttggtgcat 5395187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 5391904 - 5391383
Alignment:
Q  1 aattcaaggaagcaccacgaaacgtccaaaatgtagcattgattataggcgtaacaggaattgtgggaaatagtctagcagagatcctacctctaaaaga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||  | ||    
T  5391904 aattcaaggaatcaccacgaagcttccaaaatgtagcattaattataggcgtgacgggaattgtgggaaatagcctagcagagattttacctctcgacga 5391805  T
Q  101 cacaccaggtggaccatggaaggtttatggcgtggctcgccgtccacgaccaat-gtggaatgttgataaccctgttcactatattcagtgtgatgtctc 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||   ||||||   |||| |||| ||||| || ||||||||    
T  5391804 cacaccaggtggtccatggaaggtttatggcgtggctcgccgtccacaaccaaacgtggaacactgataattatgttgactacattcaatgcgatgtctc 5391705  T
Q  200 caatcaaaacgatgttgaattgaagctatcccctttaacagacgtgacccatatattctatgtctcgtggaccagcagacccacggaggctcaaaattgt 299  Q
      ||||||| || |||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||     
T  5391704 tgatcaaaaagacgttgaattgaagctctctcccttaactgatgtgacacatattttctatgtctcgtggaccagcatgcccacagaggctcaaaactgc 5391605  T
Q  300 gaggtgaatggtgccatgttgaggaacgtccttcaagccctaatcccaaatgctccaaatctttcccatgtgtctcttcagactggtgccaagcactatg 399  Q
     | || || ||| | ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||  |||||||  |||||||| ||||| || ||   |||||||||      
T  5391604 aaagttaacggttcaatgttaaggaacgtccttcgagccctcatcccaaatactctgaatctttgtcatgtgtcccttcaaacgggaatcaagcactact 5391505  T
Q  400 taggaccctttgaaatcatcggtaagatcaaacctcacgagtcccccttcacagagaacgtgccacgtctcgacacacccaatttctattacacattaga 499  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||| | |||||||| || | |||||||||||||||| |||||  |||    
T  5391504 ttggatcctttgaaatagtcggtaagatcaagccccatgagtcccctttcacggaggatgtgccacgccttgtcacacccaatttctatcacacacaaga 5391405  T
Q  500 ggatatcttgttcgaagaggtt 521  Q
    |||||||||| | |||||||||    
T  5391404 ggatatcttgctagaagaggtt 5391383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 409
Target Start/End: Original strand, 47349558 - 47349625
Alignment:
Q  342 atcccaaatgctccaaatctttcccatgtgtctcttcagactggtgccaagcactatgtaggaccctt 409  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||  || |||||| ||||||||||    
T  47349558 atcccaaatgctccgaatctctgccacgtgtctcttcaaactggtgggaaacactatttaggaccctt 47349625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University