View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7402_low_6 (Length: 472)

Name: NF7402_low_6
Description: NF7402
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7402_low_6
NF7402_low_6
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (16-458)||(11169334-11169776)
chr6 (13-458)||(11208156-11208601)
chr6 (13-304)||(11274872-11275163)
chr6 (13-213)||(11165352-11165552)
chr6 (309-458)||(11273144-11273292)
chr6 (13-354)||(11195606-11195947)
chr6 (13-320)||(11155193-11155500)
chr6 (69-257)||(11242016-11242205)
chr6 (13-257)||(11131974-11132218)
chr6 (230-306)||(11315900-11315976)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 11169776 - 11169334
Alignment:
Q  16 aaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatccgg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11169776 aaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagatgtacgcatacaatatgagggaattcataaatgatccgg 11169677  T
Q  116 atattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaacaaca 215  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11169676 atattagctcgaagatttcgtcaaaagaaaaggcaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaacaaca 11169577  T
Q  216 agattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaagaaggtactatg 315  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  11169576 agattttgaacattatagtagcattctttcaagtgtgtttgatccaattgttataaagatgataaaggatgagggacattgtgtgcaagaaggtactatg 11169477  T
Q  316 gttggacatccagtgaagaaaaagaagtatcgttggttatcattattagccaaatattgtttcaagacagtgtatgcagctacaacaggtgacatcaccg 415  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11169476 gttggacatcccgtgaacaaaaaaaagaatcgttggttaccattattagccaaatattgtttcgagacagtgtatgcagctacaacaggtgacatcaccg 11169377  T
Q  416 gaattgtttcttctggaattgttgactttataaaaagttaaac 458  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  11169376 gaatagtttcttctgtaatgattgactttataaaaagttaaac 11169334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 11208601 - 11208156
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  11208601 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaatcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatatgagggattccataaatgatc 11208502  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
    | ||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||  ||| | ||||||    
T  11208501 cagaagttagctcgaagctttcgtcaaaagaaaaggaaaagatcaataacgcagttgatttggtcttcatgtggcttgacgctaataaggtagtagaaca 11208402  T
Q  213 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaagaaggtact 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  11208401 acaagattttgagtgttataggagcattctttcaagtgtgtttgatccaattattttgaagatgataaaggatgaggggcatggtgtggaagaaggtact 11208302  T
Q  313 atggttggacatccagtgaagaaaaagaagtatcgttggttatcattattagccaaatattgtttcaagacagtgtatgcagctacaacaggtgacatca 412  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11208301 atggttgggcatccagtgaagaaaaagaagaatcgttggttaccattattagccaaatattgtttccagacagtgtatgcagctgcaacaggtgacatca 11208202  T
Q  413 ccggaattgtttcttctggaattgttgactttataaaaagttaaac 458  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11208201 ccgggatagtttcttctggaattgttgactttataaaaagttaaac 11208156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 11275163 - 11274872
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11275163 gagaagtacaaagatgaagacattaggcataggaaaaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatatgagggatttcataaatgatc 11275064  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
    | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11275063 ccgatattatctcgaagctttcattaaaagaaaaggaaaacatcaataatgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 11274964  T
Q  213 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11274963 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgatccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtgtgcaag 11274872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 11165552 - 11165352
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  11165552 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaggtacgcatacaatatgagggattccataaatgatc 11165453  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
    | ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||    
T  11165452 cagatgttagctcgaagctttcgtcaaaagaaaaggaaaatatcaataacgcagttgatttggtctttaagtggcttgaagataataaggttgcagaaca 11165353  T
Q  213 a 213  Q
    |    
T  11165352 a 11165352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 309 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 11273292 - 11273144
Alignment:
Q  309 tactatggttggacatccagtgaagaaaaagaagtatcgttggttatcattattagccaaatattgtttcaagacagtgtatgcagctacaacaggtgac 408  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  11273292 tactatggttggacatc-agtgaagaaaaaaaataatcattggttatcattattagcaaaatattgtttccagtcagtgtatgcagttacaacaggtgac 11273194  T
Q  409 atcaccggaattgtttcttctggaattgttgactttataaaaagttaaac 458  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11273193 atcaccggaatagtttcttctgtaattgttgactttataaaaagttaaac 11273144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 11195947 - 11195606
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||| |||||||| || ||| ||   |||||||||     
T  11195947 gagaagtacaaagatgaagacaagaggtatatgaagaagctagaagcgagagatgtattagagaagtatgcatacaacatgaggaatgcgataaatgata 11195848  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
     ||| ||||| | || |||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| | |||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  11195847 aggacattagtttgatgctttcgtcaaaagaaaaggaaaagatcaataaagcaattgatttggtcttcatgtggctcgatgttaacgtggttgcggaaca 11195748  T
Q  213 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaagaaggtact 312  Q
    | || | ||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||  || || |  | |||| |||||| |||||| | |||||| ||||||| |||| |    
T  11195747 agaacaatttgagtattatacgagcattctttcaagtgtatttgatgcagttatagtgaagaagataaatgatgagaggcatggtgtgcaagagggtatt 11195648  T
Q  313 atggttggacatccagtgaagaaaaagaagtatcgttggtta 354  Q
    ||||||||  || |||| ||||| || ||| ||| |||||||    
T  11195647 atggttgggaatgcagtaaagaataaaaagaatcattggtta 11195606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 11155500 - 11155193
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| ||| |||||||| || ||| ||   |||||||||     
T  11155500 gagaagtacaaagatgaagacaagaggtatatgaagaaggtagaagcgagagttgtactagagacgtatgcatacaacatgaggaatgctataaatgata 11155401  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
     ||||||||| | || |||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||| |||||| || ||||| ||| |||| |||||    
T  11155400 aggatattagtttgatgctttcgtcaaaagaaaaggaaaagatcaataatgcacttgatttggtctttacgtggctcgatgttaacgtgattgcggaaca 11155301  T
Q  213 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaagaaggtact 312  Q
    | || | ||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||  || || |  | |||| |||||| |||||| | |||||| ||||||| |||| |    
T  11155300 agaacaatttgagtattatacgagcattctttcaagtgtatttgatgcagttatagtgaagaagataaatgatgagaggcatggtgtgcaagagggtatt 11155201  T
Q  313 atggttgg 320  Q
    ||||||||    
T  11155200 atggttgg 11155193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 69 - 257
Target Start/End: Original strand, 11242016 - 11242205
Alignment:
Q  69 actagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatccggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaa--ggaaaacatcaataacgcaa 166  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||| ||  ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| | ||| |||||  |||||| || ||||| ||||    
T  11242016 actaaagaagtatgcatacaacataaggaatgccataaatgataaggatatttgctcgaagctttcgtaaaacgaaaaaaggaaaagattaataaagcaa 11242115  T
Q  167 ctgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaacaacaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttga 257  Q
     | |||||||||| |  |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11242116 tt-atttggtcttcacatggcttgatgttaatgtggttgaagaacaacgagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttga 11242205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 11132218 - 11131974
Alignment:
Q  13 gagaaatacaaagatgaagacatgaggcataggaagaaggttgaagcgagaaatgcactagagaagtacgcatacaatataagggatttcataaatgatc 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||| || | ||||||||||||| ||| | ||||||||| | |||||||  ||||| || || ||| ||  |||||| |||     
T  11132218 gagaagtacaaggatgaagacaagatgtataggaagaaggtagaaacaagaaatgcattggagaagtgtgcatataacatgaggaatgccataaacgata 11132119  T
Q  113 cggatattagctcgaagctttccttaaaagaaaaggaaaacatcaataacgcaactgatttggtctttaagtggcttgacgttaatgtggttgcagaaca 212  Q
     ||| ||||    ||||||||| ||| |||| ||||||   ||| ||||| ||| ||||| ||||||   |||||||||||  |||||| ||| ||||||    
T  11132118 aggagattatgatgaagctttcgttagaagacaaggaagtgatcgataacacaattgattcggtcttactgtggcttgacgacaatgtgattgtagaaca 11132019  T
Q  213 acaagattttgaatgttataggagcattctttcaagtgtgtttga 257  Q
    ||| |||||||| | ||||| || | | |||||||||||||||||    
T  11132018 acatgattttgagtattatacgaacttactttcaagtgtgtttga 11131974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 230 - 306
Target Start/End: Original strand, 11315900 - 11315976
Alignment:
Q  230 ataggagcattctttcaagtgtgtttgacccaattgttataaagatgataaaggatgagggacatggtatgcaagaa 306  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||   |||| || | |||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  11315900 ataggagaatgctttcaagtgtgtttgatggaattattgtgaagaagataaaggatgaggagcatggtgtgcaagaa 11315976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University