View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7406_high_1 (Length: 934)

Name: NF7406_high_1
Description: NF7406
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7406_high_1
NF7406_high_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-918)||(25947521-25948438)
chr8 (1-912)||(25956884-25957795)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 858; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 858; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 918
Target Start/End: Original strand, 25947521 - 25948438
Alignment:
Q  1 tcagataggataaagaaccaatggtggaagggagttctttaatcccactgttggaagccaaaagttctgtcaacgattcgagatttcctatagaatcagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25947521 tcagataggataaagaaccaatggtggaagggagttctttaatcccactgttggaagccaaaagttctgtcaacgattcgagatttcctatagaatcagg 25947620  T
Q  101 cattagagtgagaccttcacaccccatcaaacctaatttctcaaggtttttcaagaaaccgacagtattgggtaattcttgtaaacctgtttcataaaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25947621 cattagagtgagaccttcacaccccatcaaacttaatttctcaaggtttttcaagaaaccgacagtgttgggtaattcttgtaaacctgtttcataaaga 25947720  T
Q  201 gacaattcttgcaaagcacatagttttccaatgcagtttggtagtcttctcaaatgtgagcaacgatctaaaacaagtcgttcaagtttggtcaagcgaa 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25947721 gataattcttgcaaagcacatagttttccaatgcagtctggtagtcttctcaaatgtgagcaacgatctaaaacaagtcgttcaagtttggtcaagcgaa 25947820  T
Q  301 aaatggactcgggcaattttactatggcagttttatcagcagcaagtgttttcagtgatttaagcatgcctatgttttctggtaatgcttttaacttgga 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25947821 aaatggactcgggcaactttactatggcagttttatcagcagcaagggttttcagtgatttaagcatgcctatgttttctggtaatgcttttaacttgga 25947920  T
Q  401 gcattcagaaagaatgaggctctccagatgtttcagtccagatacatcactaggaagttcaatgaagttttcacaacgtgtcaaattcaaattacgcaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25947921 gcattcagaaagaatgaggctctccagatgtttcagtccagatacatcactaggaagttcaatcaagttttcacaacgtgtcaaattcaaattacgcaaa 25948020  T
Q  501 gtagttaaactgccaatggattcatgaatccttgttagattaatgcagttcgccaaattaattttttctaggccgagacaccaagataaatcagggattg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25948021 gtagttaaactgccaatggattcatgaatccttgttagattaatgcagttcgccaaattaattttttctaggccgagacaccaagataaatcagggattg 25948120  T
Q  601 cagcaagttggtagcagttggagaggttcatgaccattaggttctctggtacctgctaaacaatgtgatgttatcttacaagatattatagatgttgaaa 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25948121 cagcaagttggtagcagttggagaggttcatgaccattaggttctctggtacctgctaaacaatgtgatgttatcttacaagatattatatatgttgaaa 25948220  T
Q  701 atgatatttatttgataagaaattgtatatttgttgcatgcaaaagaccactaatatctatattttattctagtactagactctattaaataaggaaatc 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25948221 atgatatttatttgataagaaattgtatatttgttgtatgcaaaagaccactaatatctatattttattctagtactagactctattaaataaggaaatc 25948320  T
Q  801 atgagtatggtaacnnnnnnnncagaaaggatatcatagaattcaaagtaacatgaaaataaatcctgatatataattcgttatactcttcattactata 900  Q
    ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25948321 atgagtatggtaacaaaaaaaacagaaaggatatcatagaattcaaagtaacatgaaaataaatcctgatatataattcgttatactcttcattactata 25948420  T
Q  901 tattacattcaaaatatt 918  Q
    ||||||||||||||||||    
T  25948421 tattacattcaaaatatt 25948438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 912
Target Start/End: Original strand, 25956884 - 25957795
Alignment:
Q  1 tcagataggataaagaaccaatggtggaagggagttctttaatcccactgttggaagccaaaagttctgtcaacgattcgagatttcctatagaatcagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25956884 tcagataggataaagaaccaatggtagaagggagttctttaatcccactgttggaagccaaaagttctgtcaacgattcaagatttcctatagaatcagg 25956983  T
Q  101 cattagagtgagaccttcacaccccatcaaacctaatttctcaaggtttttcaagaaaccgacagtattgggtaattcttgtaaacctgtttcataaaga 200  Q
    ||||| ||| |||  || |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||  | || ||||    
T  25956984 cattaaagttagagatttacacccaatcaaacttaatttctcaaggcttttcaagaagccgacagtgttgtgtaattcttgtaaacctgaatgattaaga 25957083  T
Q  201 gacaattcttgcaaagcacatagttttccaatgcagtttggtagtcttctcaaatgtgagcaacgatctaaaacaagtcgttcaagtttggtcaagcgaa 300  Q
    || |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25957084 gataattccagcaaagaacatagttttccaatgcagtttggtagtcttctcaaatataagcaactatctaaaacaagtcgttcaagtttggtcaagcgaa 25957183  T
Q  301 aaatggactcgggcaattttactatggcagttttatcagcagcaagtgttttcagtgatttaagcatgcctatgttttctggtaatgcttttaacttgga 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25957184 aaatggactccggcaattttactatggcagttttatcagcagcaagtgttttcagtgatttaagcatgcctatgttttctggtaatgcttttaacttgga 25957283  T
Q  401 gcattcagaaagaatgaggctctccagatgtttcagtccagatacatcactaggaagttcaatgaagttttcacaacgtgtcaaattcaaattacgcaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  25957284 gcattcagaaagaatgaggctctccagatgtttcagtccagatacatcactaggaagttcaatcaagttttcacaacgtgtcaaattcaaattaagcaat 25957383  T
Q  501 gtagttaaactgccaatggattcatgaatccttgttagattaatgcagttcgccaaattaattttttctaggccgagacaccaagataaatcagggattg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25957384 gtagttaaactgccaatggattcatgaatccttgttagattaatgcagttcaccaaattaattttttctaggccgagacaccaagataaatcagggattg 25957483  T
Q  601 cagcaagttggtagcagttggagaggttcatgaccattaggttctctggtacctgctaaacaatgtgatgttatcttacaagatattatagatgttgaaa 700  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||    
T  25957484 cagcaagttggtagcagtcggagaggttcatgaccattagggtctctggtacctgctaaacaatgtgatgttatcttataagatgttattgatgtcgaaa 25957583  T
Q  701 atgatatttatttgataagaaattgtatatttgttgcatgcaaaagaccactaatatctatattttattctagtactagactc--tattaaataaggaaa 798  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||    
T  25957584 atgatatttatttgataagaaatgatatatttgttgtatgcaaaagaccaataacatctatattttattcttgtacta-actctttattaaataaggaaa 25957682  T
Q  799 tcatgagtatggtaacnnnnnnnncagaaaggatatcatagaattcaaagtaacatgaaaataaatcctgatatataattcgttatactcttcattacta 898  Q
    ||||||| ||||||||        |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  25957683 tcatgagcatggtaaccaaaataacagaaaggatatgataaaattcaaagtaatatgaaaat-aattctgagatataatacattatactctgcattacta 25957781  T
Q  899 tatattacattcaa 912  Q
    ||||||||||||||    
T  25957782 tatattacattcaa 25957795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University