View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7411_low_1 (Length: 707)

Name: NF7411_low_1
Description: NF7411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7411_low_1
NF7411_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-705)||(42986017-42986702)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 42986702 - 42986017
Alignment:
Q  19 acaaggtcctaaaaagacaatatttgtcacaatataccttaaccctgttgtgtgnnnnnnngtgttgtttaaggtaaacaaaaaatgtatggaacaaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42986702 acaaggtcctaaaaagacaatatttgtcacaatataccttaaccctgttgtgtgtttttt-gtgttgtttaaggtaaacaaaaaatgtatggaacaaaaa 42986604  T
Q  119 gcaaaatagaccttgcatttgaataccaatctcaaatatcagtattgaggcctagtattcattcaagaagagcaaatataactgtgaaatttcaagacct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42986603 gcaaaatagaccttgcatttgaataccaatctcaaatatcagtattgaggcctagtattcattcaagaagagcaaatataactgtgaaatttcaagacct 42986504  T
Q  219 ttacggatttacggttgaagggaatgtggatgatgtgaatgtgttgaatgaggtaagggaaaaggtgagacaacaaggtagattttggtgggcattggag 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42986503 ttacggatttacggttgaagggaatgtggatgatgtgaatgtgttgaatgaggtaagggaaaaggtgagacaacaaggtagagtttggtgggcattggag 42986404  T
Q  319 gctagtaaaggtgttaattggtatcttcatacaaccataggacaagggagtgcccttacatcttcgttgaagttttcggcattggctaatgctattactt 418  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42986403 gccagtaaaggtgttaattggtatcttcatacaaccataggacaagggagtgcccttacatcttcgttgaagttttcggcattggctaatgctattactt 42986304  T
Q  419 tgaagaagttgattaggaaagggataccgccggttcttaggcctaaggtttggttttcgttgtccggtgctgcgaagaaaaagtccacggttcctgatag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42986303 tgaagaagttgattaggaaagggataccaccggttcttaggcctaaggtttggttttcgttgtccggtgctgcgaagaaaaagtccacggttcctgatag 42986204  T
Q  519 ttattatgatgatttgacaaaagctgtggaggggaaggttacccctgctactagacagatagatcatgtgagttcttcaccttttatgcttgtttatgat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42986203 ttattatgatgatttgacaaaagctgtggaggggaaggttacccctgctactagacagatagatcatgtgagttcttcgccttttatgcttgtttatgat 42986104  T
Q  619 catcacgaaattgggatttgattttgatcacaagtttgtgtgcatcatcatccttatggattgtttggttccatattcttcgacatg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  42986103 catcacgaaattgggatttgattttgatcacaagtttgtgtgcatcatcatccttatggattgtttggttccattttattagacatg 42986017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University