View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7413_low_2 (Length: 532)

Name: NF7413_low_2
Description: NF7413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7413_low_2
NF7413_low_2
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (1-526)||(3962109-3962634)
chr4 (132-526)||(4019441-4019835)
chr4 (5-383)||(3792674-3793063)
chr4 (7-525)||(3805718-3806233)
chr4 (255-459)||(3825751-3825955)
chr4 (252-520)||(4026407-4026675)
chr4 (178-515)||(3952894-3953229)
chr4 (179-520)||(4011650-4011991)
chr4 (178-501)||(4003190-4003513)
chr4 (178-521)||(3811861-3812204)
chr4 (270-516)||(4220677-4220923)
chr4 (5-243)||(3838514-3838762)
chr4 (223-521)||(3915895-3916193)
chr4 (223-521)||(3926889-3927187)
chr4 (178-513)||(3821442-3821777)
chr4 (7-243)||(3812605-3812848)
chr4 (176-404)||(3988176-3988404)
chr4 (461-526)||(3948281-3948346)
chr4 (473-514)||(3960412-3960453)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (255-520)||(13399012-13399277)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (268-406)||(42862279-42862417)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 526
Target Start/End: Original strand, 3962109 - 3962634
Alignment:
Q  1 tcttgactcattctgagaaggattttgttcaacaatgcttattttcattctgtttctattgagtttacagagaaaggaattttgactgttaattcccaac 100  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3962109 tcttgactcgttgtgagaaggcttttgttcaacaacacttattttcattctgtttctattgagtttacagagaaaggaatttcgactgttaattcccaac 3962208  T
Q  101 atttcacaaaagcgttacgtttggggtcttgtataagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgttagctttcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3962209 atttcacaaaagcgttacgtttggggccttgtataagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgttagctttcg 3962308  T
Q  201 aggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagat 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3962309 cggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagat 3962408  T
Q  301 gaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3962409 gaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcgttaatttccttgatcatattttcacacgactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaac 3962508  T
Q  401 ttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagtta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3962509 ttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagtta 3962608  T
Q  501 tgaaaatgcatttgttgaacaccaaa 526  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||    
T  3962609 tgataatgcatttgttgaactccaaa 3962634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 132 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 4019835 - 4019441
Alignment:
Q  132 tataagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagt 231  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||| | ||||||||||     
T  4019835 tataagttcacaattttcttcaatttcaataattgcaacaacaaaatatgatgttttcgttagctttcgtggaaaagacatccgcggggattttcttagc 4019736  T
Q  232 catttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattg 331  Q
    ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4019735 catttgattgaggctttacgtcgaaagaaaataaaagcctttgttgatgatgagcttaagaggggagatgaaatactacaatcacttgtcagaggaattg 4019636  T
Q  332 aaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaata 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  4019635 aaggatcattaatttccttgatcatattctcacaagactatgcttcttcacgctggtgtttggaagaacttgtcacaatacttcaatgcagagagaaata 4019536  T
Q  432 tggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaacaccaaa 526  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4019535 tggacaaattgttgtacctattttttatgggatagatcctgcagatgtaagatatcaaatgaagagttatgaaaatgcatttgttgaacatcaaa 4019441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 5 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 3793063 - 3792674
Alignment:
Q  5 gactcattctgagaaggattttgttcaacaatgcttattttcattctgtttctatt--gagtttacagagaaaggaattttgactgttaattcccaacat 102  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  3793063 gactcattgtgagaaggtttttattcaacaatgcttattttcattctgtttctattttgattttacagaaaaaggatttgcgactgttaattcccaacat 3792964  T
Q  103 ttcacaaaag---cgttacgtttggggtcttgtat------aagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgtta 193  Q
    | |||||||    | | |||| || || ||  |||      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||    
T  3792963 tccacaaaaaaaacttaacgtgtgtggcctcatattcatataagttctaaattttcttcaatttcaataaatgcaacaacacaacatgatgttctcgtta 3792864  T
Q  194 gctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagag 293  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||  || |   |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  3792863 gctttcgaggcaaagacatccgcgaggattttgttagtcatttgattgagacttctcgacgaaaggaaataaaagcctttgttgatgatgaacttaagag 3792764  T
Q  294 gggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatg 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  3792763 gggagatgaaataccacaatcacttgtaagaggaaatgaaggatcattaatttccttgatcatattctcacaagactatgcttcttcatg 3792674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 3806233 - 3805718
Alignment:
Q  7 ctcattctgagaaggattttgttcaacaatgcttattttcattctgtttctatt--gagtttacagagaaaggaattttgactgttaattcccaacattt 104  Q
    |||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||| |||||||||| ||  |||||||||| |||||||||     
T  3806233 ctcattgtgaaaaggtttttattcaacaatgcttattttcattatgtttctattttgattttaaagagaaaggatttgcgactgttaatccccaacattc 3806134  T
Q  105 cacaaaag------cgttacgtttggggtcttgtat------aagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgtt 192  Q
    |||| ||       ||| ||||||| || ||  |||      || |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |        ||||||| |||    
T  3806133 cacacaaaaaaacacgtaacgtttgtggcctcatattcatataacttctaaattttcttcaatttcattaaatgcaacagca-------atgttttcgtt 3806041  T
Q  193 agctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaaga 292  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  || |  |||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |    
T  3806040 agctttcgaggcaaagacatccgcgaggattttcttagtcatttgattgagacttctcgtcgaaagaaattaaaacccttcgtagatgatgaacttaaaa 3805941  T
Q  293 ggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgttt 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||| ||||||||||||| || || |   ||||||||||||||||||||||||    
T  3805940 ggggagatgaaataccacaatcacttgtca---------aaggattattaacttccttgatcataatt-cagaaggctatgcttcttcatgttggtgttt 3805851  T
Q  393 agaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaac 492  Q
     || |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||      
T  3805850 ggacgaacttgtcacaatacttcaatgcagaaagaaatatggacagattgttatacctattttttatgggatagatcctgcagatgtaagatatcaaatg 3805751  T
Q  493 aagagttatgaaaatgcatttgttgaacaccaa 525  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3805750 aagggttatgaaaatgcatttgttgaataccaa 3805718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 255 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 3825955 - 3825751
Alignment:
Q  255 aaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatc 354  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  3825955 aaaggaaataaaagcctttgttgatgatgaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtaagaggaaatgaaggatcattaatttccttgatc 3825856  T
Q  355 atattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattt 454  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||    
T  3825855 atattctcacaagactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacatgtcacaatacgtcaatgcagagagaaatatggacaaattgttatacctgttt 3825756  T
Q  455 tttat 459  Q
    |||||    
T  3825755 tttat 3825751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 252 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 4026675 - 4026407
Alignment:
Q  252 tcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttg 351  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||   |||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  4026675 tcgaaagcaaataaatgcctttgttgatgacaaacttaagaggggagatgacatatcgaattcacttgtagaagcaatagaaggatcattcatttcattg 4026576  T
Q  352 atcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttataccta 451  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | || | || | |||| |||||||||||||||||| || ||||||     
T  4026575 atcatattctcagaaaactatgcttcttcaagttggtgtttagaagaacttttgaaaataattgattgcaaagagaaatatggacagattgtaatacctg 4026476  T
Q  452 ttttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaac 520  Q
    |||| |||  ||||||||||||| | ||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4026475 ttttctatggggtagatcctacaaacgtacgacatctaaaaaagagttatggaaatgcatttgctgaac 4026407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 178 - 515
Target Start/End: Original strand, 3952894 - 3953229
Alignment:
Q  178 tatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtag 277  Q
    |||||||||||||| |||||| | || || |||||||||      |||||| ||||||||  | ||| ||||  || |||| ||||||| |||||||| |    
T  3952894 tatgatgtttttgtaagctttaggggagaggacatccgccacggctttcttggtcatttggctaaggcttttcctcaaaagcaaataaatgcctttgttg 3952993  T
Q  278 atgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||   ||| || |   ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  3952994 atgacaaacttaagaggggagatgacatatcat--tcaatttttgaagcaattgaaggatcgttcatttcattgatcatattctcagaaaactatgcttc 3953091  T
Q  378 ttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagat 477  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | || | || | |||||||||||| |||||||||| || |||||| |||| ||  |||||| ||||||||||    
T  3953092 ttcacgttggtgtttagaagaacttgtgaaaataattgagtgcagagagaaaaatggacagattgtaatacctgttttctacgaggtaggtcctacagat 3953191  T
Q  478 gtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgt 515  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  3953192 gtacgacatcaaaagaagagttatgaaaatgcacttgt 3953229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 179 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 4011991 - 4011650
Alignment:
Q  179 atgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcg-cgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtag 277  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||  || ||||| || | |||||| ||   | ||||  ||||||| ||||||| |||||||| |    
T  4011991 atgatgtttttgtaagctttagaggtgaagacatccgccacggatttt-ttggccatttggttatcgcttttcctcgaaagcaaataaatgcctttgttg 4011893  T
Q  278 atgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||   |||||||||||||||    ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||     
T  4011892 atgagaaacttaagaggggagatgacatgtcacattcacttgttgaagcaattgaaggatctcccatttcattggtcatattctcataaaactatgcttg 4011793  T
Q  378 ttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagat 477  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||  | || | || | |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  ||||||||||||| ||    
T  4011792 ttcacattggtgtttagaagaacttgcgaaaataattgagtgcaaagagaaatatggacagattgtaatacctgttttctatggggtagatcctacaaat 4011693  T
Q  478 gtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaac 520  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4011692 gtacgacatcaaaagaagagttatgaaaatgcatttgctgaac 4011650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 178 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4003513 - 4003190
Alignment:
Q  178 tatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccg-cgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgta 276  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| | || |||| ||| | ||||||||| | | ||||  ||| ||  ||||||| ||||||||     
T  4003513 tatgatgtttttgtaagctttaggggcgaggacatccgtcacggattt-cttggccatttgattaaagcttttcctcgtaaacaaataaatgcctttgtt 4003415  T
Q  277 gatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgctt 376  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||   |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||    
T  4003414 gacgaaaaacttaagaggggagatgatatatcacatgcacttgtagaagcaattgaaggatcattcatttcattggtcatattctcagaaaactatgctt 4003315  T
Q  377 cttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacaga 476  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||| | || | || | |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||| |||  ||||||||||||| |    
T  4003314 cttcacattggtgtttagaagaacttgtgaaaataattgagtgcaaagagaaatatggacggattgttttacctgttttctatggggtagatcctacaaa 4003215  T
Q  477 tgtaagatatcaaaacaagagttat 501  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||    
T  4003214 tgtaagacatcaaaagaagagttat 4003190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 3812204 - 3811861
Alignment:
Q  178 tatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtag 277  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||  |   |||||||| ||||||  ||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||| | |    
T  3812204 tatgatgtttttgtaagctttaggggcgaggacatccgcaagttctttcttagccatttggctgaggctttttctcgaaagcaaataaatgcctttcttg 3812105  T
Q  278 atgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||   |||||| ||||||||    ||||| ||| ||||||| ||| | |||||||||||    
T  3812104 atgagaaacttaagaggggagatgacatatcacattcacttgtagaagcaatggaaggatctcccatttcattggtcatattctcagaaaactatgcttc 3812005  T
Q  378 ttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagat 477  Q
    ||||  |||||||||||| || ||||| | || | || | |||| ||||| |||||||||  | || ||||||||||| ||    |||||||||||||||    
T  3812004 ttcacattggtgtttagatgagcttgtgaaaataattgagtgcaaagagacatatggacattttgtaatacctattttctacggagtagatcctacagat 3811905  T
Q  478 gtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaaca 521  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3811904 gtacgacatcaaaagaagagttatgaaaatgcattcgctgaaca 3811861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 270 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4220923 - 4220677
Alignment:
Q  270 ctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaac 369  Q
    |||||| ||| | ||||||||||  |||||||| ||| |||| |||||||    |||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| ||  | |||    
T  4220923 ctttgttgattacaaacttaagaaaggagatgacatatcacattcacttggtgaagcaattgaaggatcatccatttcattggtcatattctctgaaaac 4220824  T
Q  370 tatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatc 469  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | || | || | ||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||  |||||||||    
T  4220823 tatgcttcttcacattggtgtttagaagaacttgtaaaaataattgagtgcagagagaaatatggacaacttgtaatacctattttctacgaggtagatc 4220724  T
Q  470 ctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgtt 516  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4220723 ctacaaatgtacgatatcaaaagaagagttatgaaaatgcatttgtt 4220677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 3838762 - 3838514
Alignment:
Q  5 gactcattctgagaaggattttgttcaacaatgcttattttcattctgtttctatt--gagtttacagagaaaggaattttgactgttaattcccaacat 102  Q
    |||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  3838762 gactcattgtaagaaggtttttattcaacaatgcttattttcattctgtttctattttgattttacagaaaaaggatttgcgactgttaattcccaacat 3838663  T
Q  103 ttcacaaaagc--gttacgtttggggtcttgtat------aagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgttag 194  Q
    | |||||||    || |||| || || ||  |||      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||    
T  3838662 tccacaaaaaaatgtaacgtgtgaggcctcatattcatataagttctaaattttcttcaatttcaataaatgcagcaacacaacatgatgttcttgttag 3838563  T
Q  195 ctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgag 243  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  3838562 ctttcgaggcaaagacatccgcgaggattttcttaatcatttgattgag 3838514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 223 - 521
Target Start/End: Original strand, 3915895 - 3916193
Alignment:
Q  223 tttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtca 322  Q
    |||||||| |||||| || ||| ||||  || |||| ||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||||       
T  3915895 tttcttagccatttggttaaggctttttgtcaaaagcaaataaatgcttttgttgatgacaaacttaagaggggagatgacatatcagattcacttggtg 3915994  T
Q  323 gagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcag 422  Q
     |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||| | || | || | || |     
T  3915995 aagcaatcgaaggatcattcatttcattgatcatattctcagaaaactatgcttgttcacattggtgtttaaaagaacttgtgaaaatagttgagtgtaa 3916094  T
Q  423 agagaaatatggacagatcgttatacctattttttatca-ggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaaca 521  Q
    ||||||||||| ||| || || |||||| |||| | ||| |||||||||||||||| || || ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3916095 agagaaatatgcacaaattgtaatacctgttttct-tcagggtagatcctacagatatacgacatcaaaaaaggagttatgaaaatgcatttgctgaaca 3916193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 223 - 521
Target Start/End: Original strand, 3926889 - 3927187
Alignment:
Q  223 tttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtca 322  Q
    |||||||| |||||| || ||| ||||  || |||| ||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||| || | ||||||||      
T  3926889 tttcttagccatttggttaaggcttttcttcaaaagcaaataaatgcttttgttgatgacaaacttcacaggggagatgacatatcagattcacttgttg 3926988  T
Q  323 gagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcag 422  Q
     ||||||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||| | || ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | || | || | || |     
T  3926989 aagcaatcaaaggatcatccattttgttgatcatattttcagaaaaatatgcttgttcacattggtgtttagaagaacttgtgaaaatagttgagtgtaa 3927088  T
Q  423 agagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaaca 521  Q
    ||||||||||| ||| || || |||||  |||| || | ||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3927089 agagaaatatgcacaaattgtaatacccgttttctaccgggtagatcctacagatgtacgacatcaaaaaaggagttatgaaaatgcatttgctgaaca 3927187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 178 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 3821777 - 3821442
Alignment:
Q  178 tatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgtag 277  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||||   |  |||||||| |||||| || ||| ||||  ||||||| ||||||| |||||||| |    
T  3821777 tatgatgtttttgtaagctttaggggcgaggatatccgccacagctttcttagccatttggttaaggcttttcctcgaaagcaaataaatgcctttgttg 3821678  T
Q  278 atgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgcttc 377  Q
    ||||   ||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| |   |||||||||||||||    ||||| ||| ||||||| ||| | |||||||||||    
T  3821677 atgacgcacttacgaggggagatgacatatcacattcactttttgaagcaattgaaggatctcccatttcattggtcatattctcaaaaaactatgcttc 3821578  T
Q  378 ttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattttttatcaggtagatcctacagat 477  Q
    ||||  |||||||||||| || ||||| | || | |  | |||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||    ||| | || ||| ||    
T  3821577 ttcacattggtgtttagatgagcttgtgaaaataatcgagtgcaaagagaaatatggacagattgtattacctattttctacggagtaaaacccacaaat 3821478  T
Q  478 gtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcattt 513  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3821477 gtacgacatcaaaagaagagttatgaaaatgcattt 3821442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 3812848 - 3812605
Alignment:
Q  7 ctcattctgagaaggattttgttcaacaatgcttattttcattctgtttctatt--gagtttacagagaaaggaattttgactgttaattcccaacattt 104  Q
    |||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||| |||||||||| ||  |||||||||| |||||||||     
T  3812848 ctcattgtgaaaaggtttttattcaacaatgcttattttcattatgtttctattttgattttaaagagaaaggatttgcgactgttaatccccaacattc 3812749  T
Q  105 cacaaaag------cgttacgtttggggtcttgtat------aagttctcaattttcttcagtttcaataaatgcaacaactcaatatgatgtttttgtt 192  Q
    |||| ||       ||| ||||||| || ||  |||      || |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||        ||||| |||||    
T  3812748 cacacaaaaaaacacgtaacgtttgtggcctcatattcatataacttctaaattttcttcaatttcattaaatgcaacaaca-------atgttcttgtt 3812656  T
Q  193 agctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgag 243  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  3812655 agctttcgaggcaaagacatccgcgaggattttcttagtcatttgattgag 3812605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 176 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 3988404 - 3988176
Alignment:
Q  176 aatatgatgtttttgttagctttcgaggcgaagacatccgcgcgaattttcttagtcatttgattgaggattttgatcgaaagaaaataaaagcctttgt 275  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||| | |||||||| |     |||||| | |||||| || ||| ||||  || |||||||||||| | ||||||    
T  3988404 aatatgatgtttttgtgagctttaggggcaaggacatccgagacggctttcttggccatttggttaaggcttttcgtcaaaagaaaataaatgtctttgt 3988305  T
Q  276 agatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacacaactatgct 375  Q
    |||  | | | |||||||||||||||||||   ||| ||||||||   |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||| ||| | || ||| ||    
T  3988304 agacaacataattaagaggggagatgaaatcaaacattcacttgttgaagcaattgaaggctcgttaatttcattggtcatattctcaaaaaattattct 3988205  T
Q  376 tcttcatgttggtgtttagaagaacttgt 404  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  3988204 tcttcacattggtgtttagatgaacttgt 3988176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 461 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 3948346 - 3948281
Alignment:
Q  461 aggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaacaccaaa 526  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3948346 aggtagatcctgcagatgtaagatatcaaatgaagggttatgaaaatgcatttgttgaataccaaa 3948281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 473 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 3960453 - 3960412
Alignment:
Q  473 cagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttg 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  3960453 cagatgtaagatatcaaaacaagagttatgattatgcatttg 3960412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 255 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 13399277 - 13399012
Alignment:
Q  255 aaagaaaataaaagcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatc 354  Q
    |||| ||||||| | |||||| || || ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| |   |||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  13399277 aaagcaaataaatgtctttgttgacgacaaacttaagaggggaaatgacatatcacattcactttttgaagcaatcgaaggatcatttatttcattgatc 13399178  T
Q  355 atattttcacacaactatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgttacaacacttcaatgcagagagaaatatggacagatcgttatacctattt 454  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || | || | |||| ||||||||||||||| || || |||||| |||    
T  13399177 atattctcagaaaactatgcttcttcacgttggtgtttagaagaacttgtgaaaataattgagtgcaaagagaaatatggacaaattgtaatacctgttt 13399078  T
Q  455 tttatcaggtagatcctacagatgtaagatatcaaaacaagagttatgaaaatgcatttgttgaac 520  Q
    | ||    |||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13399077 tctacggagtagatcccaccgatgtacgacatcaaaagaagagttatgaaaatgcatttgttgaac 13399012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 42862417 - 42862279
Alignment:
Q  268 gcctttgtagatgataaacttaagaggggagatgaaataccacaatcacttgtcagagcaattgaaggatcattaatttccttgatcatattttcacaca 367  Q
    |||| ||||||||||| |||| |  | |||||||||||| || || ||||||||| ||| |||||||||||| | || || ||||| ||||||||  |      
T  42862417 gcctatgtagatgatagacttgaaggaggagatgaaatatcaaaagcacttgtcaaagccattgaaggatcactcatgtctttgataatattttccaaag 42862318  T
Q  368 actatgcttcttcatgttggtgtttagaagaacttgtta 406  Q
    ||||||||||||||   ||||| || ||||| |||||||    
T  42862317 actatgcttcttcaaagtggtgcttggaagagcttgtta 42862279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University