View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7415_low_13 (Length: 481)
Name: NF7415_low_13
Description: NF7415
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7415_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 465
Target Start/End: Original strand, 4901449 - 4901910
Alignment:
| Q |
3 |
cgagtatggtgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcctatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
102 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4901449 |
cgagaatgctgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcccatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
4901548 |
T |
|
| Q |
103 |
aactctatccctattcattttgacannnnnnnacatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
202 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4901549 |
aactctattcctattcattttgacatttttt-acatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
4901647 |
T |
|
| Q |
203 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaagga |
302 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4901648 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaggga |
4901747 |
T |
|
| Q |
303 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4901748 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
4901847 |
T |
|
| Q |
403 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaagatgggaaaacacaagtttc |
465 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
4901848 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaagatgggaaagcacaagtttc |
4901910 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 465
Target Start/End: Original strand, 4948847 - 4949308
Alignment:
| Q |
3 |
cgagtatggtgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcctatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
102 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4948847 |
cgagaatgctgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcccatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
4948946 |
T |
|
| Q |
103 |
aactctatccctattcattttgacannnnnnnacatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
202 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4948947 |
aactctattcctattcattttgacatttttt-acatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
4949045 |
T |
|
| Q |
203 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaagga |
302 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4949046 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaggga |
4949145 |
T |
|
| Q |
303 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4949146 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
4949245 |
T |
|
| Q |
403 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaagatgggaaaacacaagtttc |
465 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
4949246 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaagatgggaaagcacaagtttc |
4949308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 465
Target Start/End: Original strand, 5010621 - 5011084
Alignment:
| Q |
3 |
cgagtatggtgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcctatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
102 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5010621 |
cgagaatgctgtttgttgcactggcacaaaatattgttgcccaagtgattatcccatttgtgacactgaagatggactttgtctccaagtaagatatcct |
5010720 |
T |
|
| Q |
103 |
aactctatccctattcattttgacannnnnnnacatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
202 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5010721 |
aactctattcctattcattttgacattttttactatatattaagcaaaattagtagtctaactaatgtgtactactacattttatgtacatattactaaa |
5010820 |
T |
|
| Q |
203 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaagga |
302 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
5010821 |
tttctctttgtgaataaatgtgtctaattttaatttttcatcttcttcaacaaattaatagtaatttatatgcagaaataatgtttttgttcaaaaggga |
5010920 |
T |
|
| Q |
303 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5010921 |
cttatagctagagatagaagtagtaaatcagttatatattctagcttcttcctatttgttactataggttttaatatattcataataatttgtgttatac |
5011020 |
T |
|
| Q |
403 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaag-atgggaaaacacaagtttc |
465 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5011021 |
agaactatggagatttaatgggagtggctgcaaagaagaaaaagaatgggaaagcacaagtttc |
5011084 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University