View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7415_low_3 (Length: 698)

Name: NF7415_low_3
Description: NF7415
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7415_low_3
NF7415_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-668)||(32532827-32533509)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 32533509 - 32532827
Alignment:
Q  2 tcgagtttggtgttaactaattaataatttaattaatttcagtacaacttaatagtactatacacctccatccatattctaaatacatcaatgtttccct 101  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32533509 tcgactttgttgttaactaattaataatttaattaatttcagtacaacttaatagtactatacacctccatccatattctaaatacatcaatgtttccct 32533410  T
Q  102 tacgttagctgtatttgagacattgattgatgatttggttaaagtgaactgccttgccttaatgtccacctccaaataattgtaacatattaagtataga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32533409 tacgttagctgtatttgagacattgattgatgatttggttaaagtgaactgccttgccttaatgtccacctacaaataattgtaacatattaagtataga 32533310  T
Q  202 aacaaacatcaataactaatttttcgtatttaaactaaaaacaagtaattattttatnnnnnnnn--------gcggttaaatccaaacatgttgttatc 293  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  32533309 aacggacatcaataactaatttttcgtatttaaactaaaaacaagtaattattttataaaaaaaaaaaaaaaagcgattaaatccaaacgtgttgttatc 32533210  T
Q  294 gtgatgcatcaaacttacatcatttaacgatataaaaaggcatcatcatga----------gaatgtatgcaatcaaacgttgaattttagatccattcg 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  32533209 gtgatgcatcaaacttacatcatttaacgatataaaaaggcatcatcatgattaaccatgagaatgtatgcaagcaaacgttgaattttagatccatgc- 32533111  T
Q  384 tatgaatttgcttatcaaagtgtagagtctctctccataaatacaacaataaaatacagatctaactaatgacattagtctttattgatggacccctcta 483  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32533110 -atgaatttgcttatgaaagtgtagagtctctctccataaatacaacaataaaatacagatctaactaatgacattagtctttattgatggacccctcta 32533012  T
Q  484 catcatgtgcatcatgtgacatgaagtaattaactcatcatatgttatgggtaacttttgttttctatcaatatacactccaaattttttattgttaata 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32533011 catcatgtgcatcatgtgacatgaagtaattaactcatcatatgttatgggtaacttttgttttctatcaatatacactccaaattttttattgttaata 32532912  T
Q  584 ttattatcttcagattataattattgtattatgagtcagattataatgaccaaaatctaaccaaaaacaaataaagattacaatt 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32532911 ttattatcttcagattataattattgtattatgagtcagattataatgaccaaaatctaaccaaaaacaaataaagattacaatt 32532827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University