View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7417_high_4 (Length: 474)

Name: NF7417_high_4
Description: NF7417
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7417_high_4
NF7417_high_4
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (65-462)||(17431076-17431473)
chr5 (257-462)||(41612264-41612469)
chr5 (249-444)||(379495-379690)
chr5 (367-462)||(4421391-4421486)
chr5 (249-313)||(16906998-16907062)
chr5 (183-247)||(22179276-22179340)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (65-462)||(53940882-53941280)
chr3 (351-462)||(34294243-34294354)
chr3 (258-462)||(34434190-34434394)
chr3 (383-444)||(31770164-31770225)
chr3 (195-444)||(35216210-35216459)
chr3 (249-376)||(20857606-20857733)
chr3 (139-313)||(31674643-31674817)
chr3 (25-59)||(53941356-53941390)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (65-462)||(25349787-25350184)
chr6 (72-456)||(26513294-26513678)
chr6 (405-444)||(33095553-33095592)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (119-462)||(40109914-40110257)
chr2 (68-462)||(19469069-19469463)
chr2 (65-462)||(18844812-18845209)
chr2 (116-462)||(11579770-11580116)
chr2 (70-462)||(12562586-12562978)
chr2 (270-428)||(18634563-18634721)
chr2 (405-444)||(7300260-7300299)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (65-462)||(25192653-25193050)
chr8 (136-344)||(39432433-39432641)
chr8 (288-462)||(25879079-25879253)
chr8 (334-462)||(39432187-39432315)
chr8 (360-462)||(31639971-31640074)
chr8 (262-462)||(42579821-42580021)
chr8 (318-445)||(36698857-36698984)
chr8 (328-445)||(35183191-35183308)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (107-462)||(52691101-52691455)
chr1 (293-462)||(44762096-44762265)
chr1 (65-462)||(50729603-50730000)
chr1 (229-443)||(1248929-1249142)
chr1 (258-378)||(20986822-20986942)
chr1 (25-59)||(52691509-52691543)
chr1 (198-242)||(26804745-26804789)
chr1 (190-322)||(49458434-49458566)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (259-462)||(19914249-19914452)
chr7 (326-462)||(35552847-35552983)
chr7 (324-462)||(44432980-44433118)
chr7 (258-462)||(20348528-20348732)
chr7 (249-376)||(38488841-38488968)
chr7 (405-461)||(39474540-39474596)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (67-462)||(19119641-19120036)
chr4 (375-462)||(55479804-55479892)
chr4 (406-462)||(9321795-9321851)
chr4 (406-462)||(9376274-9376330)
chr4 (422-462)||(32384873-32384913)
chr4 (395-462)||(12225795-12225862)
chr4 (405-461)||(34104903-34104959)
chr4 (249-313)||(20543798-20543862)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (190-226)||(150445-150481)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 17431473 - 17431076
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17431473 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttcttctttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 17431374  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  17431373 tcttttgatatatgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcacagatcctttcttcagctgttgtggttactttgtgtct 17431274  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17431273 ggttagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaataatatcaaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 17431174  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17431173 agaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtttgggtatcgactgaccgtaattttgtaaatatt 17431076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 257 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 41612469 - 41612264
Alignment:
Q  257 ttgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattcttta 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41612469 ttgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaataatatccaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattccattcttta 41612370  T
Q  357 tggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgta 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41612369 tggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcacggcactcaaatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaattttgta 41612270  T
Q  457 aatatt 462  Q
    ||||||    
T  41612269 aatatt 41612264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 379690 - 379495
Alignment:
Q  249 tggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattcc 348  Q
    ||||||| | |||||||| | || |||||||  |||||||||| ||||||||||| || |||||| | | | || ||| | ||||| ||  ||||||| |    
T  379690 tggttacttggtgtctggatggtctggaatgctcgtaacaatagaatatttaataatacccaaaccaccgtagaccaacttttagagaaagttaaatttc 379591  T
Q  349 attctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgac 444  Q
    |||| ||||||||| |  ||||||| || ||    |||||| | || |||||||  ||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||    
T  379590 attcgttatggtggcttaaggctaagaacgctaattttgtgtacgatactcagagttggtggtcggaccctttgtattgtttgggtatcgactgac 379495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 4421486 - 4421391
Alignment:
Q  367 aggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||  || ||||||||||||||| | ||  |||||||| |||||||||||||||| ||   |||||||||||    
T  4421486 aggctaataatgccaattttatgcatggtacgcagatgtggtggtcgaatcccttgttatgtttgggtatcgactgactatagacttgtaaatatt 4421391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 249 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 16907062 - 16906998
Alignment:
Q  249 tggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaac 313  Q
    ||||||| |||||||||  | || |||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||    
T  16907062 tggttactttgtgtctgaatggtatggaatgaacgtaataacaaaatatttagtaatatccaaac 16906998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 183 - 247
Target Start/End: Original strand, 22179276 - 22179340
Alignment:
Q  183 catttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgtt 247  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| | ||||||||  || ||||||||||||||    
T  22179276 catttcattcaatttattcattatactggtcactctaagaagcgcatgtcttttcttcaattgtt 22179340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 53941280 - 53940882
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53941280 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttcttctttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 53941181  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||| |||||| |    
T  53941180 tctattgatatctgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcatatcctttcttcagctgctgtggttactttgtgtat 53941081  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53941080 gggtagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaataatatccaaactaccattgattaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 53940981  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaa-ttttgtaaatatt 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  53940980 acaggctaataatgccttgtttgtgcatggcactcagttgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaatttttgtaaatatt 53940882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 351 - 462
Target Start/End: Original strand, 34294243 - 34294354
Alignment:
Q  351 tctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaat 450  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |    
T  34294243 tctttgtggtggttaaaggctaataatgccttgtttgtgcatggcactcagatatggtggtcgaaccctatcttatgtttgggtatcgactgactgaact 34294342  T
Q  451 tttgtaaatatt 462  Q
    | ||||||||||    
T  34294343 tgtgtaaatatt 34294354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 258 - 462
Target Start/End: Original strand, 34434190 - 34434394
Alignment:
Q  258 tgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttat 357  Q
    ||||||||| | ||||||||||  ||||| |||| |||||| |||| || ||| || | | | || ||| |  |||||||| ||||||  ||||| || |    
T  34434190 tgtgtctggatggtttggaatgcgcgtaataatagaatattcaataataaccataccaccttagaacaaattgtagaaaaggttaaatatcattcgttgt 34434289  T
Q  358 ggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaa 457  Q
    ||||| |  |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34434290 ggtggcttaaggctaataatgtcaagtttgtgcacgacactcagatgtggtggtcgaaccctttgttatgtttgggtatcgactgactgtagttttgtaa 34434389  T
Q  458 atatt 462  Q
    |||||    
T  34434390 atatt 34434394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 383 - 444
Target Start/End: Original strand, 31770164 - 31770225
Alignment:
Q  383 gtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgac 444  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  31770164 gtttgtgtatgacactcagagatggtggtcggaccctatgttgtgtttgggtttcgactgac 31770225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 195 - 444
Target Start/End: Original strand, 35216210 - 35216459
Alignment:
Q  195 ttcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaa 294  Q
    ||||| |||| |||||||  ||||| ||| | || ||||||||||||  |  | ||||||| | |||||||||| || |||||||  |||||||||| ||    
T  35216210 ttcatgcattatacaggttcctcgaagaaacacacatcctttcttcagctcatttggttacttggtgtctgggtggtctggaatgctcgtaacaatagaa 35216309  T
Q  295 tatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatga 394  Q
    ||||||||| || |||||| | | | || ||| | ||||| ||  ||||||| ||||  ||||||||| |  ||||||| || |||   |||||| | |     
T  35216310 tatttaataatacccaaaccaccgtagaccaacttttagagaaagttaaatttcatttgttatggtggcttaaggctaagaacgccaattttgtgtacgg 35216409  T
Q  395 cactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgac 444  Q
     |||||||  ||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  35216410 tactcagagatggtggttggaccctatgcattgtttgggtatcgactgac 35216459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20857733 - 20857606
Alignment:
Q  249 tggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattcc 348  Q
    |||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | | | ||||| ||||||||| | ||| || ||| || |||||||  |||||| ||    
T  20857733 tggttactatgtgtctggttggtttggaatgaacgtaataatagactttataataatatccaaacaaccatggaacaactagtagaaaaagttaaatacc 20857634  T
Q  349 attctttatggtggttacaggctaataa 376  Q
    | ||||| |||||| |  ||||||||||    
T  20857633 actctttgtggtggctcaaggctaataa 20857606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 31674817 - 31674643
Alignment:
Q  139 cgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttct 238  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||| ||  |||| || ||||||||||  |||| || ||| |||| ||||||||| ||| |  ||| |||||||||||    
T  31674817 cgtggattggtgtgtctggagctgaccctcatgatcttagtgaccattttattcagtttattaattgcacaggtcacacgaaggcgcgtagatcctttct 31674718  T
Q  239 tcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaac 313  Q
    |||  |  | |||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| ||||| | | | ||||||| |||||||||    
T  31674717 tcagctcatttggttactatgtgtgtggatggtttggaatgaacgcaacaacagactttttaataatatccaaac 31674643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 53941390 - 53941356
Alignment:
Q  25 aaggtatctatttttgcatggcggttgctgcggga 59  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53941390 aaggtatccatttttgcatggcggttgctgcggga 53941356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 25350184 - 25349787
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25350184 cggtcatgacgaatcagcgtcacatctgtttcttcattgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtatttctagtgttgac 25350085  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  25350084 tcttttgatatctgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcatatcctttcttcagctgttgtggttactttgtgtct 25349985  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25349984 gggtagtttggaataaacgtaacaatagaatatttaataatatccaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattacattctttatggtggtt 25349885  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25349884 acatgctaataatgccttgtttgtgcatggcactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccataattttgtaaatatt 25349787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 72 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 26513678 - 26513294
Alignment:
Q  72 gacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattg 171  Q
    |||||||||||| | |||||||| || | |||||| |  || ||  ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  |||| ||  | |  |    
T  26513678 gacgaatcagcggcgcatctgttccttcattgtgacaattttggtgctttatgggggcacatcagattgtggattggtgtttcaggtgtcgatccaaagg 26513579  T
Q  172 atatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagt 271  Q
    |||| ||||| |||||| | || | |||||||||||||||| | || ||||  |||| ||| ||  | ||  |  ||||||||| |||||||||||| ||    
T  26513578 atatctgtgagcatttcttccagtccattcattgtacaggttattcaaggagacgcaaatcgttcatacagctagtgtggttactttgtgtctgggtggt 26513479  T
Q  272 ttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggct 371  Q
    ||||||||| || ||||| | ||| ||||||| || |||||| | ||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  26513478 ttggaatgaccgcaacaacataatttttaataataaccaaaccaccatagcacaattattagaaaagataaaatttcattctttgtggtggttaaaggct 26513379  T
Q  372 aataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgta 456  Q
    |||||||||| |||| |||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  26513378 aataatgcctcgtttatgcacggcacacagatgtggtggtcggacccaatgttatttctgggtatcgactgaccgtacttttgta 26513294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 405 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 33095592 - 33095553
Alignment:
Q  405 tggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgac 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  33095592 tggtggtcggaccctttgttatgtctaggtatcgactgac 33095553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 119 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 40110257 - 40109914
Alignment:
Q  119 tttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40110257 tttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcg 40110158  T
Q  219 aggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  40110157 aggaagcgcagatcctttcttcagctgttgtggttactttgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaataatatccaaactatca 40110058  T
Q  319 ttgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40110057 ttgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacacttagatgtggtggtcggaccc 40109958  T
Q  419 tatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  40109957 tatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaattttataaatatt 40109914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 68 - 462
Target Start/End: Original strand, 19469069 - 19469463
Alignment:
Q  68 tcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactct 167  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19469069 tcacgacgaatcagcatcgcatctgtttcttctttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactct 19469168  T
Q  168 attgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctggg 267  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||    
T  19469169 attgatctctgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcacccgaggaagcgcagatcctttcttcagctgttgtggttactctgtgtctggg 19469268  T
Q  268 tagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttaca 367  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  19469269 tagtttggaatgaacgcaacaatagaatatttaataatatccaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatgatggctaca 19469368  T
Q  368 ggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  19469369 agctaataatgccttgtttgtgcatgacactcacatgtggtggtcggatcctatgttatgtctgagtatcgactgaccgtacttttgtaaatatt 19469463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Original strand, 18844812 - 18845209
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18844812 cggtcacgacgaatcagcgtcgcatatatttcttctttgtgatagcttcgaccctttgtggaggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 18844911  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||    
T  18844912 tctattgatatatttgaccatttccttcaattcattcattgtacaggacactcgaggaaacgcagatcctttcttcagctgctgtggttactttgtgtct 18845011  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
     ||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  18845012 aggtagtttgaaatgaactcatcaatagaatatttaataatatccaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtagct 18845111  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  18845112 gcagactaataatgccttgtttgtgcatggtactcagatgtgatggtcggaccctatgttatgtctaggtatcgactgaccgtacttttgtaaatatt 18845209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 116 - 462
Target Start/End: Original strand, 11579770 - 11580116
Alignment:
Q  116 ccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcac 215  Q
    |||||||||| |||| ||  |||  |||||||||||||   |||| ||  ||| |||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||| | |||    
T  11579770 ccctttatggtggcacataaggttctggattggtgttttaggtgtcgaacctaatgatatttgtgaacacttctatcaattcattcattgtacatggcac 11579869  T
Q  216 tcgaggaagcgcagatcctttcttcaa-ttgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaact 314  Q
    || |||  ||||||||| || |||||  ||||| || |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||||  ||||||||     
T  11579870 tcaagggcgcgcagatctttccttcagcttgtt-tgtttactttgtgtctgggtggtttagaatgaacgtaatgatagaatatttaataacatccaaacc 11579968  T
Q  315 atcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcgg 414  Q
    | ||| || ||| |  |||||||| ||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11579969 accatagaacaacttctagaaaaggttaaatttcattctttgtggtggctaaaggctaataacgcctcgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcga 11580068  T
Q  415 accctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  11580069 accctatgttatgtttgggtatcgactgactgaacttttgtaaatatt 11580116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 70 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 12562978 - 12562586
Alignment:
Q  70 acgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgt-tgactcta 168  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||| | |||||   |||||||| |||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||| | ||| ||    
T  12562978 acgacgaatcagcggtacatttgtttcttcattgtgcatgcttcggctctttctggaggcacatcaggtcgtggattggtgtttcaggtgtctaact-ta 12562880  T
Q  169 ttgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaa-ttgttgtggttacattgtgtctggg 267  Q
     |||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||| |||||||| ||| |  ||||| ||||||| |||||| ||||    
T  12562879 atgatatctgtgagcacttctttcaattcattcactgtacaaggcactcaaggatgcgaagatccttcctttagcttgtt-tggttactttgtgtttggg 12562781  T
Q  268 tagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttaca 367  Q
    | |||||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||| | ||| || |||||| |||||||| ||||||  |||||||| |||||  |  |    
T  12562780 tggtttggaaagagcgtaataactaaatatttaataatatccaaaccaccatagaacaattagtagaaaaggttaaatatcattctttgtggtgacttaa 12562681  T
Q  368 ggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||  || || ||||||||||    
T  12562680 ggttaataatgcctggtttttgcatgagactgagatgtggtggttggatcctatgttatatctgggtatcgactgaccatagttgtgtaaatatt 12562586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 270 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 18634721 - 18634563
Alignment:
Q  270 gtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacagg 369  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||| | ||  |||||| | ||||||||  ||||||| ||||  || |||||  |  | |    
T  18634721 gtttggaatgaacgtaataacaaaatatttaataacatccaaaccaccacagatcaactcttagaaaaagttaaatttcatttgttttggtgacttaaag 18634622  T
Q  370 ctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgt 428  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||| | ||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  18634621 ctaataataccacgtttgtgtatggctctcagagatggtggtcggaccctttgttatgt 18634563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 405 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 7300299 - 7300260
Alignment:
Q  405 tggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgac 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  7300299 tggtggtcggaccctttgttatgtttgggtatcgactgac 7300260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 25193050 - 25192653
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25193050 cggtcacgacgaatcagcgtcgcatctgtttcttctttgtgatagcttcggccctttatgggggtaaatccagtcgtggattggtgtttctagtgttgac 25192951  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  25192950 tctattgatatctgtgacaatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgacgaagcgcagatcctttcttcagctgttgtggttactttgtgtct 25192851  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |    
T  25192850 gggtagtttggaatgaacgcaacaatagaatatttaataatatccaaactaccattgatcaattattagacaagattaaattccattatttatggtggct 25192751  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25192750 acaagctaataatgccttgtttgtgcatggcactcagatgtggtggtcgtaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtacttttgtaaatatt 25192653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 136 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 39432641 - 39432433
Alignment:
Q  136 ggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctt 235  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39432641 ggtcgtggattggtgtttcaagtgttgaatctaacgatatcggtgaccatttccttcagttcattcattgtacaggtcactcgaggatgcgcagatcctt 39432542  T
Q  236 tcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaa 335  Q
    ||||||  || |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  39432541 tcttcagctgctgtggttactatgtgtctgggtggtttgaaatgaacgcaacaacataatatttaataatatccaaaataccattgatcaattattagaa 39432442  T
Q  336 aagattaaa 344  Q
    |||||||||    
T  39432441 aagattaaa 39432433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 288 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 25879253 - 25879079
Alignment:
Q  288 aataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttg 387  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  25879253 aatagaatatttaataatattcaaactactattgatcaattattagaaaagattaaattcaattctttatggtggttacaggctaataatgtcttctttg 25879154  T
Q  388 tgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25879153 tgcatggtactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtatgggtatcgactaaccgtaattttgtaaatatt 25879079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 334 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 39432315 - 39432187
Alignment:
Q  334 aaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctggg 433  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  39432315 aaaagattaaactccattctttatggtggctacaagctaataatgtcttgtttgtgcatgatactcagatgtggtcgtcagaccctatgttatgtctggg 39432216  T
Q  434 tatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||    
T  39432215 tatcgactgaccatacttttgtaaatatt 39432187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 360 - 462
Target Start/End: Original strand, 31639971 - 31640074
Alignment:
Q  360 tggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaa-ttttgtaaa 458  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31639971 tggttacaggttaataatgccttgtttgtgcatgacactcagttgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaatttttgtaaa 31640070  T
Q  459 tatt 462  Q
    ||||    
T  31640071 tatt 31640074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 262 - 462
Target Start/End: Original strand, 42579821 - 42580021
Alignment:
Q  262 tctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtg 361  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||  ||| |||||||||||  |||||||| | ||| || ||| |  || ||||| |||||||  |||| || |||||    
T  42579821 tctgggtggtttggaatgctcgtaatgatagaatatttaataacatccaaaccaccatagaacaacttctaaaaaaggttaaatttgattccttgtggtg 42579920  T
Q  362 gttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatat 461  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| |||||||    
T  42579921 gctaaaggctaataatgcctcgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcgaaccctatgttatgtttggatatcgattgactgtacttttataaatat 42580020  T
Q  462 t 462  Q
    |    
T  42580021 t 42580021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 445
Target Start/End: Original strand, 36698857 - 36698984
Alignment:
Q  318 attgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggacc 417  Q
    |||||| | |||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||| |  |||||||| ||||| |||| |  |||| ||||||||    
T  36698857 attgataacttattagaaaagacaaaatatcattctttatggtggctaaaggctcataatactatgtttgtgtatgactctcataattggtagtcggacc 36698956  T
Q  418 ctatgttatgtctgggtatcgactgact 445  Q
    || |    ||| ||||||||||||||||    
T  36698957 ctttacagtgtttgggtatcgactgact 36698984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 328 - 445
Target Start/End: Original strand, 35183191 - 35183308
Alignment:
Q  328 tattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatg 427  Q
    ||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||| |  |||||||| ||||  |||| |  ||||||||||||||| |    ||    
T  35183191 tattagaaaaggtaaaatatcattctttatggtggctaaaggctcataatactatgtttgtgtatgattctcataattggtggtcggaccctttacagtg 35183290  T
Q  428 tctgggtatcgactgact 445  Q
    | ||||||||||||||||    
T  35183291 tttgggtatcgactgact 35183308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 107 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 52691455 - 52691101
Alignment:
Q  107 tagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52691455 tagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttaactctattgatatctgtgaccatttccttcaattcattcattgt 52691356  T
Q  207 acaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagta 306  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  52691355 acaggtcactcgaggaagcgcaaatcctttcttcagctgctgtgattactttgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaataata 52691256  T
Q  307 tccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtg 406  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52691255 ttcaaactaccattgatcaattattataaaagattaaatttcattctttacggtgg-tacaagctaataatgtcttgtttgtgcatgacactcagatgtg 52691157  T
Q  407 gtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52691156 gtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaattttgtaaatatt 52691101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 293 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 44762265 - 44762096
Alignment:
Q  293 aatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcat 392  Q
    |||||||||||  ||| |||||| |||  | |||||  |||||||| || |||| ||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  44762265 aatatttaataacatctaaactaccatataacaatttatagaaaaggtttaatttcacgctttgtggtggttaaaggctaataatgcattgtttgtgcat 44762166  T
Q  393 gacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  44762165 ggcactcagatgtgctggtcgaaccctatgttatgtttgggtatcgactgactgaacttgtgtaaatatt 44762096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 50730000 - 50729603
Alignment:
Q  65 cggtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgac 164  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||| ||| || ||||  ||  |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| || || ||     
T  50730000 cggtcacgacgaatcaatgtctcatttgtttatacattgcgagagctatggggctttatggcggcatatcaggtcgtggattggtgtttcaagcgtcgaa 50729901  T
Q  165 tctattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtct 264  Q
     ||  ||||||  |||| ||| || |||| |||||||||  |||||| || || |||||||| ||||  || ||| |  |  | ||| | | ||||||||    
T  50729900 ccttatgatataagtgagcatctctttcagttcattcatcttacagggcattctaggaagcgaagattattcctttagctagtatggcttctttgtgtct 50729801  T
Q  265 gggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggtt 364  Q
    |||| || | |||||  |||||  ||| ||||||||||| | |||| || | ||| || ||||||||||||||  |||||| |||||| || |||||| |    
T  50729800 gggtggtgtagaatgcccgtaatgatagaatatttaataatgtccataccaccatagaacaattattagaaaaagttaaataccattcgttgtggtggct 50729701  T
Q  365 acaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
      ||||| |||||||| | |||||||| |  ||  ||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  50729700 taaggctgataatgccatttttgtgcacggtacgtagacgtggtggttgaaccctttgttatgtctgggtatcgactgaatgtagtcttgtaaatatt 50729603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 229 - 443
Target Start/End: Original strand, 1248929 - 1249142
Alignment:
Q  229 gatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaatt 328  Q
    |||||||||||||| |  | ||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||| ||||| |||   |||||||  ||||||||   ||| ||  | ||    
T  1248929 gatcctttcttcaacttatttggttactttgtgtgtggatgatttggaatgaacgcaacaacaaacattttaataacatccaaacctccatcgaagattt 1249028  T
Q  329 attagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgt 428  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||||| || | |||| ||||| |   |||||| | | | |||| | ||||||| |||||||| ||||||||    
T  1249029 attacaaaa-attaaattacattctttatggtggctaaaagctagtaatggcacatttgtgtacggctctcaaaggtggtggccggaccctctgttatgt 1249127  T
Q  429 ctgggtatcgactga 443  Q
     ||||||||||||||    
T  1249128 ttgggtatcgactga 1249142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 20986942 - 20986822
Alignment:
Q  258 tgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttat 357  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||||  | | ||||||||||| | |||| || | ||| |||| ||||||||| |||||||||| | ||||||| |    
T  20986942 tgtgtctgggtggtgtgcaatgaccgtaatgacataatatttaataatgtccataccaccatagatcgattattagataagattaaatactattctttgt 20986843  T
Q  358 ggtggttacaggctaataatg 378  Q
    ||||| |  ||||||||||||    
T  20986842 ggtggcttaaggctaataatg 20986822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 52691543 - 52691509
Alignment:
Q  25 aaggtatctatttttgcatggcggttgctgcggga 59  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52691543 aaggtatccatttttgcatggcggttgctgcggga 52691509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 198 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26804789 - 26804745
Alignment:
Q  198 attcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaa 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  26804789 attcattgtacatgtcactcgaagaggcgcagatcttttcttcaa 26804745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 49458566 - 49458434
Alignment:
Q  190 ttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaa 289  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |   || ||||||||||||||| |  | ||||| | |||||| ||| | ||||| |||||||| |||||    
T  49458566 ttcaatttattaattgtacaggtcactcgaaggcacgtagatcctttcttcaacttatttggttgctttgtgtgtggatggtttgaaatgaacgcaacaa 49458467  T
Q  290 taaaatatttaatagtatccaaactatcattga 322  Q
       | | ||||||| |||||||||  |||||||    
T  49458466 atgactttttaataatatccaaacattcattga 49458434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 259 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 19914452 - 19914249
Alignment:
Q  259 gtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatg 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19914452 gtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaatagaatatttaatagtatccaaactaccattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatg 19914353  T
Q  359 gtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaa 458  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19914352 gtggttacaggttaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggatcttatgttatgactgagtatcgactgactgtaattttgtaaa 19914253  T
Q  459 tatt 462  Q
    ||||    
T  19914252 tatt 19914249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 326 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 35552983 - 35552847
Alignment:
Q  326 attattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgtta 425  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35552983 attatttgaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatggcactcagatgtggtggtcggaccctatgtta 35552884  T
Q  426 tgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35552883 tgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 35552847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 324 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 44433118 - 44432980
Alignment:
Q  324 caattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgt 423  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |  |||||||||||||| | ||||||||||  || ||||  ||||||||| | ||| |||    
T  44433118 caattattagaaaagattaaataccattcattgtgatggcttaaggctaataatgccatttttgtgcatggtacgcagacttggtggtcgaatcctctgt 44433019  T
Q  424 tatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    | ||| ||||||||||||   |||||| |||||||||||    
T  44433018 tttgtttgggtatcgactatttgtaatcttgtaaatatt 44432980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 258 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 20348732 - 20348528
Alignment:
Q  258 tgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttat 357  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| |||||  | | ||||||||| | | |||| || | ||| |||| ||||||||| ||||| |||| | ||||||| |    
T  20348732 tgtgtctgggtggtgcggaatgaccgtaatgacataatatttaaaaatgtccataccaccatagatcgattattagataagatcaaatactattctttgt 20348633  T
Q  358 ggtggttacaggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaa 457  Q
    ||||| |  ||||||||||||||   |||||||| |  || |||   ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| ||||||    
T  20348632 ggtggcttaaggctaataatgcccattttgtgcacggtacgcaggcttggtggtcgaaccctatgttttgcctgggaatcgactgcttgtaatcttgtaa 20348533  T
Q  458 atatt 462  Q
    |||||    
T  20348532 atatt 20348528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 376
Target Start/End: Original strand, 38488841 - 38488968
Alignment:
Q  249 tggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattcc 348  Q
    ||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| | | | ||||| ||||||||| | ||| || ||  || |||||||  ||||||  |    
T  38488841 tggttactttgtgtttggctggtttggaatgaacgtaataatagactttataataatatccaaacaaccatggaacagctagtagaaaaagttaaatatc 38488940  T
Q  349 attctttatggtggttacaggctaataa 376  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  38488941 actctttgtggtggttaaaggctaataa 38488968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 405 - 461
Target Start/End: Original strand, 39474540 - 39474596
Alignment:
Q  405 tggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatat 461  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||    
T  39474540 tggtggtcggaccctttgttatgcttgggtattgactgaccgtatttttgtacatat 39474596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 67 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 19120036 - 19119641
Alignment:
Q  67 gtcacgacgaatcagcgtcacatctgtttctactttgtgatagcttcggccctttatgggggcaaatccggtcgtggattggtgtttctagtgttgactc 166  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |   |||||||||| ||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||||||||||  |||| ||  |    
T  19120036 gtcacgacgaatcagcgtctcatttgtttcttcaccgtgatagctttggctctttgtggcggctcatcaggtcgtggattggtgtttcatgtgtcgaacc 19119937  T
Q  167 tattgatatttgtgaccatttccttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcgcagatcctttcttcaattgttgtggttacattgtgtctgg 266  Q
    |  |||||| ||||| |||||| |||| |||||||||| |||| | ||||| |||| ||| |||||||| |||||  |  | ||||||| ||||||||||    
T  19119936 ttatgatatatgtgagcatttctttcagttcattcattatacatggcactcaaggatgcggagatccttccttcagctcgtttggttactttgtgtctgg 19119837  T
Q  267 gtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaactatcattgatcaattattagaaaagattaaattccattctttatggtggttac 366  Q
     | ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| | | ||| || ||| | ||| ||||  ||||||| ||||| ||||||||| |      
T  19119836 atggtttggaatgaacgtaataacaaaatatttaataatatccaagccaccatagaacaactcttataaaaagttaaatttcattcgttatggtggctta 19119737  T
Q  367 aggctaataatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    | |||||||||| |  ||||||||| |||||| |||  |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  19119736 aagctaataatgtcaagtttgtgcacgacacttagagttggtggtcagaccttttgttatgtctgggtatcgactgaccgttgtttagtaaatatt 19119641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 375 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 55479892 - 55479804
Alignment:
Q  375 aatgccttgtttgtgcatgacactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaa-ttttgtaaatatt 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  55479892 aatgccttgtttgtgcatgacactcagttgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgaccgtaatttttgtaaatatt 55479804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 406 - 462
Target Start/End: Original strand, 9321795 - 9321851
Alignment:
Q  406 ggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9321795 ggtggtcggaccctatgttatgtttgagtatcgactgaccgtacttttgtaaatatt 9321851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 406 - 462
Target Start/End: Original strand, 9376274 - 9376330
Alignment:
Q  406 ggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9376274 ggtggtcggaccctatgttatgtttgagtatcgactgaccgtacttttgtaaatatt 9376330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 422 - 462
Target Start/End: Original strand, 32384873 - 32384913
Alignment:
Q  422 gttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32384873 gttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 32384913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 462
Target Start/End: Original strand, 12225795 - 12225862
Alignment:
Q  395 cactcagatgtggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatatt 462  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  12225795 cacttagatgtggtggtcggaccctatattttatctgggtatcgactgacctttattttgtaaatatt 12225862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 405 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 34104959 - 34104903
Alignment:
Q  405 tggtggtcggaccctatgttatgtctgggtatcgactgactgtaattttgtaaatat 461  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  34104959 tggtggtcggaccctttgttatgtttgggtatcgactgaccgtatttttgtacatat 34104903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 249 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 20543862 - 20543798
Alignment:
Q  249 tggttacattgtgtctgggtagtttggaatgaacgtaacaataaaatatttaatagtatccaaac 313  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| | | ||||||| |||||||||    
T  20543862 tggttactttgtgtttgggtggtttggaatgaacgtaataatagactttttaataatatccaaac 20543798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 150481 - 150445
Alignment:
Q  190 ttcaattcattcattgtacaggtcactcgaggaagcg 226  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  150481 ttcaatttattcattgtacaggtcactcgaagaagcg 150445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University