View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7424_low_8 (Length: 321)
Name: NF7424_low_8
Description: NF7424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7424_low_8 |
 | |
|
| [»] scaffold0390 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0786 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1678 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0390 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:
Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2988 - 2692
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2988 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
2889 |
T |
|
| Q |
118 |
tgtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2888 |
ggtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcgtttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
2789 |
T |
|
| Q |
218 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattcgcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2788 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattggcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
2692 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 15972 - 15676
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15972 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
15873 |
T |
|
| Q |
118 |
tgtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15872 |
ggtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcgtttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
15773 |
T |
|
| Q |
218 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattcgcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15772 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattggcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
15676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Original strand, 22138276 - 22138572
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22138276 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
22138375 |
T |
|
| Q |
118 |
tgtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22138376 |
ggtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcgtttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
22138475 |
T |
|
| Q |
218 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattcgcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22138476 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattggcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
22138572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 32296227 - 32296025
Alignment:
| Q |
38 |
caatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatatacatgtcaattgtgccaatagaa |
137 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
32296227 |
caataaacatgattttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacagatacaggtcaattgtgccaatataa |
32296128 |
T |
|
| Q |
138 |
ttttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaattatcatcaatcttgtccaa |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
32296127 |
atttcacaacattaagtggcttttattttattttttgattaggtttaatgaataagttgaatgattgtttaatca-------atcatcaagcttgtccaa |
32296035 |
T |
|
| Q |
238 |
acccaactca |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
32296034 |
acccaactca |
32296025 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 38 - 267
Target Start/End: Original strand, 24428859 - 24429077
Alignment:
| Q |
38 |
caatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatatacatgtcaattgtgccaatagaa |
137 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
24428859 |
caatgaacatgagtttgtatagttaggcataataaccaacaaaacatttttgcagagaaataataatttaaacagatacaggt----tgtgccaatagaa |
24428954 |
T |
|
| Q |
138 |
ttttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaattatcatcaatcttgtccaa |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
24428955 |
ttttcacaacattaagtgacttttattttatttttcgtttaggattaatgaataagttgaatgattatttaatca-------atcatcaagcttgtccaa |
24429047 |
T |
|
| Q |
238 |
acccaactcattcgcaagcttgtaacattc |
267 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||| | |||||| |
|
|
| T |
24429048 |
acccaactcttttacaagcttttcacattc |
24429077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 207
Target Start/End: Original strand, 32240500 - 32240661
Alignment:
| Q |
43 |
aacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataa-taatttaaacatatacatgtcaattgtgccaatagaatttt |
141 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
32240500 |
aacaagagtttgtatagttacacataataaccaataacacatttttgcagagaaataaataatttaaacagatacaggt----tgtaccaatagaatttt |
32240595 |
T |
|
| Q |
142 |
cacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgttt |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32240596 |
cacaacattaagtggcctttattttatttttcgtttaggattaacgaataagttgaatgattgttt |
32240661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 32303827 - 32303738
Alignment:
| Q |
38 |
caatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatatacatgtcaattgt |
127 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
32303827 |
caatgaacatgagtttttatagttacatataataaccaacaacacatttttgcagagaaataatggtttaaacagttacatgtcaattgt |
32303738 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 32303723 - 32303694
Alignment:
| Q |
180 |
gattaatgaataagttgaatgattgtttaa |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32303723 |
gattaatgaataagttgaatgattgtttaa |
32303694 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0786 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0786
Description:
Target: scaffold0786; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 4455 - 4159
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4455 |
aattcaaccaattgagcatacaatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatataca |
4356 |
T |
|
| Q |
118 |
tgtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4355 |
ggtcaattgtgccaatagaattttcacaacattaagtagcttttattttattttttgtttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatcaa |
4256 |
T |
|
| Q |
218 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattcgcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcctgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4255 |
ttatcatcaatcttgtccaaacccaactcattggcaagcttgtaacattcctcatcaattgtcttggtcccgaatgcaaggggtttaacaacacgaa |
4159 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1678 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold1678
Description:
Target: scaffold1678; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 38 - 215
Target Start/End: Original strand, 103 - 280
Alignment:
| Q |
38 |
caatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacatatacatgtcaattgtgccaatagaa |
137 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
103 |
caatgaacatgagtttgtatagttacacataataaccaacaacacatttttgcagagaaataataatttaaacagatccaggtcaattgtgccaatagaa |
202 |
T |
|
| Q |
138 |
ttttcacaacattaagtggcttttattttatttttcatttacgattaatgaataagttgaatgattgtttaaacaatc |
215 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
203 |
ttttcgcaacattaaatgacttttattttatttttggtttaggattaataaataagttgaatgattgtttaatcaatc |
280 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University