View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7425_low_22 (Length: 244)

Name: NF7425_low_22
Description: NF7425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7425_low_22
NF7425_low_22
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-225)||(7570185-7570417)
chr7 (1-225)||(7576600-7576832)
chr7 (6-185)||(5189785-5189964)
chr7 (47-185)||(1637022-1637160)
chr7 (47-185)||(44673117-44673255)
chr7 (47-185)||(1633777-1633915)
chr7 (128-225)||(18973951-18974056)
chr7 (3-117)||(231608-231723)
chr7 (119-185)||(20436623-20436689)
chr7 (74-131)||(21659182-21659239)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-222)||(43683347-43683576)
chr3 (4-225)||(17544849-17545079)
chr3 (4-225)||(50096524-50096753)
chr3 (1-225)||(23048818-23049051)
chr3 (12-183)||(3164928-3165099)
chr3 (6-168)||(9237432-9237595)
chr3 (47-185)||(10558132-10558270)
chr3 (47-181)||(19193627-19193761)
chr3 (5-159)||(28716879-28717032)
chr3 (7-117)||(26272896-26273006)
chr3 (191-224)||(28716810-28716843)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-181)||(28956987-28957167)
chr1 (1-225)||(8434995-8435218)
chr1 (23-185)||(14159387-14159549)
chr1 (47-185)||(28138934-28139072)
chr1 (3-191)||(26639612-26639799)
chr1 (90-185)||(28142185-28142280)
chr1 (47-168)||(45532691-45532813)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-225)||(3252163-3252393)
chr2 (47-185)||(35076800-35076938)
chr2 (47-185)||(35080058-35080196)
chr2 (47-214)||(23258672-23258847)
chr2 (51-100)||(13613043-13613092)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (1-187)||(31375462-31375648)
chr5 (2-225)||(20473635-20473867)
chr5 (47-182)||(43103988-43104123)
chr5 (47-185)||(22035745-22035883)
chr5 (47-185)||(22038971-22039109)
chr5 (17-185)||(36700320-36700487)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-225)||(34855678-34855910)
chr4 (3-224)||(21614353-21614582)
chr4 (90-185)||(48961806-48961901)
chr4 (90-185)||(22884410-22884505)
chr4 (90-185)||(22936074-22936169)
chr4 (74-168)||(14617311-14617406)
chr4 (11-185)||(54899654-54899828)
chr4 (6-105)||(21557763-21557862)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (4-225)||(11184110-11184333)
chr6 (6-185)||(964604-964783)
chr6 (47-185)||(5190419-5190557)
chr6 (6-168)||(15394259-15394422)
chr6 (6-104)||(26175623-26175720)
chr6 (123-184)||(27315845-27315906)
chr6 (90-171)||(12489193-12489276)
chr6 (56-102)||(26175985-26176031)
chr6 (51-105)||(31135201-31135255)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-225)||(27805645-27805877)
chr8 (6-185)||(5951971-5952150)
chr8 (6-183)||(33383205-33383382)
chr8 (51-185)||(2847911-2848045)
chr8 (6-187)||(12104576-12104760)
chr8 (38-173)||(29354157-29354292)
chr8 (8-120)||(10648492-10648603)
chr8 (30-103)||(19490270-19490343)
chr8 (74-222)||(8855961-8856118)
chr8 (74-222)||(8857434-8857591)
chr8 (3-84)||(8856143-8856224)
chr8 (3-84)||(8857616-8857697)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (22-185)||(156961-157124)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (74-168)||(199971-200066)
[»] scaffold0146 (1 HSPs)
scaffold0146 (17-185)||(35697-35864)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 7570185 - 7570417
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7570185 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcagacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 7570284  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------tt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||    
T  7570285 tgattctaaaattaacggacttaaaacctttgatggttatagattcacctaaggaattagggaattataatcagagaagagggctctgagtcaagggatt 7570384  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7570385 gacctgagctattttgttaattgttgtaaactg 7570417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 7576600 - 7576832
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7576600 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcagacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 7576699  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------tt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||    
T  7576700 tgattctaaaattaacggacttaaaacctttgatggttatagattcacctaaggaattagggaattataatcagagaagagggctctgagtcaagggatt 7576799  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7576800 gacctgagctattttgttaattgttgtaaactg 7576832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 5189964 - 5189785
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| | | ||||||  || ||| |||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||     
T  5189964 agagtttatatgactgctgacaccaacatgtaactctgacatatctatactgttcaatataacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgata 5189865  T
Q  106 ctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5189864 cttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 5189785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 1637160 - 1637022
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  1637160 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 1637061  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1637060 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 1637022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 44673255 - 44673117
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  44673255 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 44673156  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44673155 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 44673117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 1633915 - 1633777
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  1633915 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 1633816  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||| || | |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  1633815 accgaagggattaaggaattataatcagaaaagagggct 1633777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 18974056 - 18973951
Alignment:
Q  128 ctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaagt--------tgacctgagctattttgttaattgtcgt 219  Q
    |||| ||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18974056 cttttatgattataggttcacctgaggaattagggaattataattagaaaagagggttctgagtcaagggattgacctgagctattttgttaattgtcgt 18973957  T
Q  220 aaactg 225  Q
    ||||||    
T  18973956 aaactg 18973951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 3 - 117
Target Start/End: Original strand, 231608 - 231723
Alignment:
Q  3 cttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtg 102  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    |  |  |||||||||| |||||||| ||  || |||||||||||| |||||| ||||||    
T  231608 cttagagattatacgactgttgacaccaccttataacgtggattttattatattgtttaacttaacagacaatttagggatagaaagttgttaagttgtg 231707  T
Q  103 a-ttctaaaattaacg 117  Q
    | ||||||||||||||    
T  231708 atttctaaaattaacg 231723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 185
Target Start/End: Original strand, 20436623 - 20436689
Alignment:
Q  119 acttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20436623 acttaaaacctttgatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 20436689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 74 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 21659239 - 21659182
Alignment:
Q  74 atctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatcttt 131  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||| ||||    
T  21659239 atctagggatagagagttgttaggttgtgatacttaaattaacggacttcaaaccttt 21659182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 43683347 - 43683576
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43683347 atcttagagattataggactgctgacacccgcttataactcatacctatttatactgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 43683446  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------tt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||        ||    
T  43683447 tgattctaaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataatcagagaagaggcctctgagtcaagggatt 43683546  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43683547 gacctgagctattttgttaattatcgtaaa 43683576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17545079 - 17544849
Alignment:
Q  4 ttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtga 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||| ||  |||||| ||| |||| |||||| |||||||    
T  17545079 ttagagattataggactgttgacaccagcttataactcagacttatttatcctgttcaatttaactgacaatctagagatggaaagttgttatgttgtga 17544980  T
Q  104 ttctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------ttgac 195  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||        |||||    
T  17544979 ttctaaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacttaaggaattagggaattataattagaaaagagggctctaagtcaagggattgac 17544880  T
Q  196 ctgagctatttt-gttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17544879 ctgagctattttggttaattgtcgtaaactg 17544849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Original strand, 50096524 - 50096753
Alignment:
Q  4 ttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtga 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  50096524 ttagagattataggactgctgacaccagcttataactcagacttatttatgttgttcaatttaacggacaatctagggatggaaagttgttaggttgcga 50096623  T
Q  104 ttctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------ttgac 195  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||        |||||    
T  50096624 ttataaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaatagggctctgagtcaagggattgac 50096723  T
Q  196 ctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  50096724 ctgaactattttgttaattgttgtaaactg 50096753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 23048818 - 23049051
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| ||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||    
T  23048818 atcttagagattgtatgactgctgacaccagcttataactctgacatatttatgctgttcaatttaacggacaatctagggatggaaagttgttaggttg 23048917  T
Q  101 tgattctaaaattaac-gaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------t 191  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||        |    
T  23048918 tgattctaaaattaacggattttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaagagggctctgagtcaagggat 23049017  T
Q  192 tgacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23049018 tgacctgagctattttattaattgtcgtaaactg 23049051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 3165099 - 3164928
Alignment:
Q  12 tataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaa 111  Q
    |||| |||| ||||||| ||| | |||||||||  |||||||| |||||||| ||||  |  || ||||||| |||  ||||||||||||||  ||||||    
T  3165099 tatatgactattgacactagcgtgtaactcataagtatttatactgttcaacctaacatacaatatagggatggaacgttgttaggttgtgaaactaaaa 3165000  T
Q  112 ttaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagaggg 183  Q
    |||||| |||||||| |||| |||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3164999 ttaacgtacttaaaagctttgatgaatataggttcacctaaggaattagggaattataatcagaaaagaggg 3164928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 6 - 168
Target Start/End: Original strand, 9237432 - 9237595
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||||||||| |||| ||||||| ||| | ||||||| || ||||||| ||||||||  |||||||  |||||||||||||   |||||||||||||||     
T  9237432 agagattatatgactattgacactagcgtgtaactcagacatatttatgttgttcaatctaacggacaatctagggatagagcgttgttaggttgtgata 9237531  T
Q  106 ctaaaattaacgaacttaa-aatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattat 168  Q
     |  ||||||||||||||| || |||| ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  9237532 attgaattaacgaacttaataacctttgatgattataggttcacctaaggaattatggaattat 9237595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10558270 - 10558132
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  10558270 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 10558171  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10558170 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 10558132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 181
Target Start/End: Original strand, 19193627 - 19193761
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||  |  |||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||    
T  19193627 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgataattgaattaacggacttaaaacctttcatgattataggttc 19193726  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagag 181  Q
     |||||   |||| ||||||||||||||| |||||    
T  19193727 gcctaagagattatggaattataatcagaaaagag 19193761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28717032 - 28716879
Alignment:
Q  5 tagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgat 104  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||   || || ||||| |||||| |||||| ||  |||||||||| |||  ||||| ||||||||     
T  28717032 tagagattatatgactattgacaccagcttataactttgactta-ttatactgttcatcttaacagacaatctagggatggaacgttgtttggttgtgac 28716934  T
Q  105 tctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaatta 159  Q
    | || |||||| |   | |||| |||| |||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  28716933 tttagaattaatgtggtaaaaacctttgatggttttaggttcacctaaagaatta 28716879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 117
Target Start/End: Original strand, 26272896 - 26273006
Alignment:
Q  7 gagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtga-tt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||  |||  ||||||||||||| ||  || |||||||| ||  |||||| ||||||| ||    
T  26272896 gagattatatgactgttgacaccagcttataacttagatcta-atattatgttcaacttaactgacaatatagggataaaacgttgttaagttgtgattt 26272994  T
Q  106 ctaaaattaacg 117  Q
    || |||||||||    
T  26272995 cttaaattaacg 26273006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 191 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28716843 - 28716810
Alignment:
Q  191 ttgacctgagctattttgttaattgtcgtaaact 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28716843 ttgacctgagctattttgttaattgtcctaaact 28716810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 28956987 - 28957167
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28956987 atcttagagattataggactgctgacatcagcttataactcagacctatttatactgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 28957086  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagag 181  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28957087 tgattctaaaattaacggacttaaaccctttgatgattataggttcacctaaggaattagagaattataatcagagaagag 28957167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 8434995 - 8435218
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||    
T  8434995 atcttagagattataggactgctgacaccagcttataactcagacttatttatgctgttcaatttaacggacaatctagggatggaaagttgttaggttg 8435094  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------tt 192  Q
     |||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||         |||||||||||||| ||| |||||||| || ||        ||    
T  8435095 cgattataaaattaacggacttaaaacctttgatgattatagattcac---------tagggaattataattagaaaagagggccctgagtcaagggatt 8435185  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8435186 gacctgagctattttgttaattgttgtaaactg 8435218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14159549 - 14159387
Alignment:
Q  23 tgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaactt 122  Q
    |||||| ||| ||||||||  || ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||  ||||    
T  14159549 tgacactagcgtataactctgacatatttatattgttcaatctaacggacaatctagggatggagcattgttaggttgtgatacttaaattaacagactt 14159450  T
Q  123 aaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||| |||| |||  ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14159449 aaaacctttgatgactataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 14159387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 28139072 - 28138934
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  28139072 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 28138973  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28138972 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 28138934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26639799 - 26639612
Alignment:
Q  3 cttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtg 102  Q
    |||| |||||||| || || |||||||| |||||||||   | ||||||||  | || |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||  |||||    
T  26639799 cttatagattatatgattgctgacaccaacttataactttgatctatttatgatatttaacttaacggacaatctagggatagagagttgtta--ttgtg 26639702  T
Q  103 attctaaaattaacgaac-ttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaagt 191  Q
    ||| | ||||||||| || |||||| |||| ||| |||||| |||| |||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  26639701 attttcaaattaacgtacattaaaacctttgatgattataggttcagctaaagaattagagaattataattagaaaagagtgctctaagt 26639612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 28142280 - 28142185
Alignment:
Q  90 ttgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28142280 ttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 28142185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 45532813 - 45532691
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatc-tttcatggttatagatt 145  Q
    |||||||  |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||  |  |||||||| |||||| ||| ||| | | |||||| ||    
T  45532813 tatttatgctgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgataattgaattaacggacttaatatcctttgacgattataggtt 45532714  T
Q  146 cacctaatgaattagggaattat 168  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  45532713 cacctaaggaattagggaattat 45532691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 3252163 - 3252393
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  3252163 atcttagagattatatgactgctgacaccagcttataactcagacatatttatgttgttcaatttaacggacaatctagggatagaaagttgttaggttg 3252262  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct---ctaag---ttga 194  Q
    |||||||||||||| |  | |||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||     |||   ||||    
T  3252263 tgattctaaaattatctgatttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaagagggctgagtcaagggattga 3252362  T
Q  195 cctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3252363 cctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 3252393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Original strand, 35076800 - 35076938
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||| ||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  35076800 tatttatactgttcaatctaacagacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 35076899  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35076900 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 35076938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Original strand, 35080058 - 35080196
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||| ||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  35080058 tatttatactgttcaatctaacagacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 35080157  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35080158 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 35080196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 214
Target Start/End: Original strand, 23258672 - 23258847
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaac-ttaaaatctttcatggttatagatt 145  Q
    |||||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||  |||||||  || |||||| |||| ||| |||||| ||    
T  23258672 tatttatgctgttaaacttaacggacaatctagggataaaaatttgttaagttgtgattct-gaattaacacactttaaaacctttgatgattataggtt 23258770  T
Q  146 cacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------ttgacctgagctattttgttaatt 214  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||    
T  23258771 cacgtaagggattagggaattataattagaaaagtgggctctcagtcaagggattgacctgagctattttgttaatt 23258847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 100
Target Start/End: Original strand, 13613043 - 13613092
Alignment:
Q  51 tatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13613043 tatattgttcaacttaacggacaatctagggatagaaagttgttaagttg 13613092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 31375462 - 31375648
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||  |||||||||| |||| |||||| ||||    
T  31375462 atcttagagattataggactgctgacaccagcttataactcagacttatttatcctgttcaatttaacggacaatctagggatggaaagttgttatgttg 31375561  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctct 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  31375562 tgattctaaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagagaattataattagaaaagagggctct 31375648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20473867 - 20473635
Alignment:
Q  2 tcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgt 101  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||| ||  |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  20473867 tcttagagattgtatgactgctgacaccagcttataactcagacatatttatgctgttcaatttaacagacaatctagggatggaaagttgttaggttgt 20473768  T
Q  102 gattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaaga-gggctctaag--------tt 192  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||        ||    
T  20473767 gattctaaaattaacggatttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaagaggggctctgagtcaagggatt 20473668  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20473667 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 20473635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 47 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 43104123 - 43103988
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| |    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| |||    
T  43104123 tatttataatgttcaatctaacggacaatctagggatggtgcgttgttaggttgtgatgcttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttc 43104024  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagg 182  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  43104023 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagg 43103988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Original strand, 22035745 - 22035883
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  22035745 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 22035844  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22035845 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 22035883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Original strand, 22038971 - 22039109
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  22038971 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 22039070  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22039071 acctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 22039109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 36700320 - 36700487
Alignment:
Q  17 gactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaac 116  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||  || |||||||| |||||||||||| |||  |||||||||| |||  |||||||||||||| | | ||||||||    
T  36700320 gactgctgacaccaacttttaactctgacatatttatactgttcaacttaatggacaatctagggatggaacgttgttaggttgtgaattttaaattaac 36700419  T
Q  117 gaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |   || ||| |||  |||  ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  36700420 g-tgtttaaaccttgaatgaatataggttcacctgaggaattagggaattataatcaggaaagagggct 36700487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 34855910 - 34855678
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||| ||||| ||  |||||||||| |||| |||||||||||    
T  34855910 atcttagagattacatgactaatgacaccagcttatatctcagacatatttatgctgttcaatttaacagacaatctagggatggaaagttgttaggttg 34855811  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------tt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| |||||| ||        ||    
T  34855810 tgattctaaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaagagatggctctgagtcaagggatt 34855711  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34855710 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 34855678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 3 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21614582 - 21614353
Alignment:
Q  3 cttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtg 102  Q
    ||||||| ||||| ||||  |||||| |||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21614582 cttagagtttatatgactactgacactagcttataactttgacctatttatgatgttcaacttaacgggtaatctagggatagaaaagtgttaggttgtg 21614483  T
Q  103 attctaaaattaacgaac-ttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------ttg 193  Q
    ||| |  |||||||| || |||||| |||  ||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| ||        |||    
T  21614482 attat-gaattaacggactttaaaaccttctatgattataggttcacctaagggattagagaattataattagaaaagaggtctctgagttaagggattg 21614384  T
Q  194 acctgagctattttgttaattgtcgtaaact 224  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21614383 aactgagctattttgttaattatcgtaaact 21614353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 48961901 - 48961806
Alignment:
Q  90 ttgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48961901 ttgttaggttatgatacttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 48961806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22884505 - 22884410
Alignment:
Q  90 ttgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22884505 ttgttaggttgtgacacttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagacggct 22884410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22936169 - 22936074
Alignment:
Q  90 ttgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22936169 ttgttaggttgtgacacttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagacggct 22936074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 168
Target Start/End: Original strand, 14617311 - 14617406
Alignment:
Q  74 atctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaa-aatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattat 168  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||  |  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  14617311 atctagggatagaacgttgttaggttgtgataattgaattaacggacttaacaatctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattat 14617406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 185
Target Start/End: Original strand, 54899654 - 54899828
Alignment:
Q  11 ttataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaa 110  Q
    ||||| |||| ||||||| ||| | ||||||| |  ||| |||| |||| ||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||  | ||    
T  54899654 ttatatgactcttgacactagcgtgtaactcagaaatatctatactgtttaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgataattaa 54899753  T
Q  111 attaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||||||| ||||  || |||  |||  ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  54899754 attaacggacttttaaccttgaatgaatataggttcacctgaggaattagggaattataatcaggaaagagggct 54899828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 21557862 - 21557763
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| ||||||| | | | |||  |||||||||||||||| | ||  || |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  21557862 agagattatatgactgctggcaccaacttataagttagaactaaatatattgttcaacttatcagacaatttagggatagaaagttgttaagttgtgatt 21557763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11184333 - 11184110
Alignment:
Q  4 ttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtga 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||      ||||  |||||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  11184333 ttagagattataggactgctgacaccagcttataactcagatttatttatgctgttca------cggacaatctagggatggaaagttgttaggttgcga 11184240  T
Q  104 ttctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaag--------ttgac 195  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||        |||||    
T  11184239 ttataaaattaacggacttaaaacctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaagagggctctgagtcaagggattgac 11184140  T
Q  196 ctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11184139 ctgagctattttgttaattgttgtaaactg 11184110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 185
Target Start/End: Original strand, 964604 - 964783
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||| ||||| || || |||||||| | | ||||||  || ||| |||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||     
T  964604 agagtttatatgattgctgacaccaacgtgtaactctgacatatctatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgata 964703  T
Q  106 ctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  964704 cttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaaggaattagggaattataatcagaaaagagggct 964783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Original strand, 5190419 - 5190557
Alignment:
Q  47 tatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattc 146  Q
    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||    
T  5190419 tatttatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttgaattaacggacttaaaacctttgatgactataggttc 5190518  T
Q  147 acctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | | |||||||||    
T  5190519 acctaagggattagggaattataattataaaagagggct 5190557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 6 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 15394422 - 15394259
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||||||||| |||| ||||||  | | | ||||||| || ||||||| ||||||||| ||||  |  |||||||||||||   |||||||||||||||     
T  15394422 agagattatatgactattgacagtaacgtgtaactcaaacatatttatgttgttcaacctaacaaacaatctagggatagagctttgttaggttgtgata 15394323  T
Q  106 ctaaaattaacgaactt-aaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattat 168  Q
     |  |||||||| |||| |||| |||| ||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  15394322 attgaattaacggacttaaaaacctttgatgattataggttcacctaagcaattagggaattat 15394259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 104
Target Start/End: Original strand, 26175623 - 26175720
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgat 104  Q
    |||||||||| ||||| | |||||||||||| ||| | |  || | ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26175623 agagattatatgactgctaacaccagcttattacttagatataat-atactgttcaactaaacggataatctagggatagaaaattgttaagttgtgat 26175720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 184
Target Start/End: Original strand, 27315845 - 27315906
Alignment:
Q  123 aaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggc 184  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27315845 aaaacctttgatgattataggttcacctaagggattagggaattataatcagaaaagagggc 27315906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12489276 - 12489193
Alignment:
Q  90 ttgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaat--ctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataat 171  Q
    |||||||||||||||  |  ||||||||| ||||||||  |||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  12489276 ttgttaggttgtgatcattgaattaacgagcttaaaatacctttgatgattataggttcacctaagggattagggaattataat 12489193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 102
Target Start/End: Original strand, 26175985 - 26176031
Alignment:
Q  56 tgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtg 102  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  26175985 tgttcaactaaacggataatctacggatagaaaattgttaagttgtg 26176031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 105
Target Start/End: Original strand, 31135201 - 31135255
Alignment:
Q  51 tatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  31135201 tatattggtcaacttaacagataatctagggatataaagttgttagcttgtgatt 31135255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27805877 - 27805645
Alignment:
Q  1 atcttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||| || |||||||  ||||||| |||||| |  ||||||||||  ||| |||||||||||    
T  27805877 atcttagagattatatgactgatgactccagcgtataattcagacatatttatgctgttcaatttaacgaacaatctagggatgaaaagttgttaggttg 27805778  T
Q  101 tgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctctaa--------gtt 192  Q
    | ||||||||||||||  | |||||| | || ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |         ||    
T  27805777 taattctaaaattaactgatttaaaaccattgatgattataggttcacctaaggaattagggaattataattagaaaagatggctctgactcgagggatt 27805678  T
Q  193 gacctgagctattttgttaattgtcgtaaactg 225  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27805677 gacctgaactattttgttaattgtcgtaaactg 27805645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 185
Target Start/End: Original strand, 5951971 - 5952150
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||| ||||| || || |||||||| | | ||||||  || ||| |||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||     
T  5951971 agagtttatatgattgctgacaccaacgtgtaactctgacatatctatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgata 5952070  T
Q  106 ctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5952071 cttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaaggaattagggaattataatcagaaaagagggct 5952150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 33383205 - 33383382
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgatt 105  Q
    |||| ||||| || || |||||||| | | ||||||  || ||| |||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||     
T  33383205 agagtttatatgattgctgacaccaacgtgtaactctgacatatctatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgata 33383304  T
Q  106 ctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagaggg 183  Q
    || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33383305 cttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacctaaggaattagggaattataatcagaaaagaggg 33383382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 2848045 - 2847911
Alignment:
Q  51 tatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggttatagattcacct 150  Q
    |||| |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| |||||||    
T  2848045 tatactgttcaatctaacggacaatctagggatggagcgttgttaggttgtgatacttaaattaacggacttaaaaccttttatgattataggttcacct 2847946  T
Q  151 aatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    || | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2847945 aagggattagggaattataatcagaaaagagggct 2847911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12104760 - 12104576
Alignment:
Q  6 agagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattg---ttaggttgtg 102  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||  || ||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||  ||| |||   ||||||||||    
T  12104760 agagattatatgacagctgacaccagcttataactccgacttatttatgttgtgcaacttaacggacaatctagggatgaaaagttgttattaggttgtg 12104661  T
Q  103 attctaaaattaacgaac-ttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggctct 187  Q
    |||||  |||||||| || |||||| |||| ||| |||||| ||||| ||| | |||||  ||||||||| ||| |||||||||||    
T  12104660 attct-gaattaacgcactttaaaacctttgatgattataggttcacgtaagggattagcaaattataattagaaaagagggctct 12104576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 173
Target Start/End: Original strand, 29354157 - 29354292
Alignment:
Q  38 actcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaaaatctttcatggt 137  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||| |||||||| |    
T  29354157 actcataaatatttgtattgttcaatctaacggacaatctagggatggaccgttgttaggttgtgatacttaaattaacggacttcaaacctttcatgat 29354256  T
Q  138 tatagattcacctaatgaattagggaattataatca 173  Q
    ||||| |||||||||   | |||| |||||||||||    
T  29354257 tataggttcacctaagcgagtaggaaattataatca 29354292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 120
Target Start/End: Original strand, 10648492 - 10648603
Alignment:
Q  8 agattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattct 107  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| | | ||| | |||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||| | ||||||||| |    
T  10648492 agattatatgacagttgacaccagcttataacttagatctaat-atattgttcaacttaacgaacggtctagggataaaaagttgtgaagttgtgatttt 10648590  T
Q  108 aaaattaacgaac 120  Q
      |||||||||||    
T  10648591 tgaattaacgaac 10648603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 19490343 - 19490270
Alignment:
Q  30 agcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtga 103  Q
    |||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19490343 agcttatatctcagatctatttgtattgttcaacttaacagacaatctagggatagaaagttgttaagttgtga 19490270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8856118 - 8855961
Alignment:
Q  74 atctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaact-taaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatc 172  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| | | | ||||| |||| ||| |||||| ||||||||  | |||| |||||||| ||     
T  8856118 atctagggatacaaagttgttaggttgtgactctgaaattaatggattgtaaaacctttgatgattataggttcacctatgggattatggaattatgatt 8856019  T
Q  173 agagaagagggctct-----aag---ttgacctgagctattttgttaattgtcgtaaa 222  Q
    ||| |||||||||||     |||   |||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8856018 agaaaagagggctctgattcaagggattgacctgagatactttgttaattgtcgtaaa 8855961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8857591 - 8857434
Alignment:
Q  74 atctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaact-taaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatc 172  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| | | | ||||| |||| ||| |||||| ||||||||  | |||| |||||||| ||     
T  8857591 atctagggatacaaagttgttaggttgtgactctgaaattaatggattgtaaaacctttgatgattataggttcacctatgggattatggaattatgatt 8857492  T
Q  173 agagaagagggctct-----aag---ttgacctgagctattttgttaattgtcgtaaa 222  Q
    ||| |||||||||||     |||   |||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8857491 agaaaagagggctctgattcaagggattgacctgagatactttgttaattgtcgtaaa 8857434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 8856224 - 8856143
Alignment:
Q  3 cttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggata 84  Q
    ||||||||||||| |||||  || |||||||||| |||   | |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  8856224 cttagagattatatgactgccgagaccagcttatgactttaatctatttatgttgttcaacttaacagacaatctagggata 8856143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 8857697 - 8857616
Alignment:
Q  3 cttagagattataggactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggata 84  Q
    ||||||||||||| |||||  || |||||||||| |||   | |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  8857697 cttagagattatatgactgccgagaccagcttatgactttaatctatttatgttgttcaacttaacagacaatctagggata 8857616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 185
Target Start/End: Original strand, 156961 - 157124
Alignment:
Q  22 ttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaact 121  Q
    ||||||| ||||| ||||||  |  |||||||  |||||||  |||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||||| || ||||||||| |||    
T  156961 ttgacactagcttgtaactcggaaatatttattgtgttcaatctaacggacaatctagggatggagtgttgttaggttgtgatacttaaattaacggact 157060  T
Q  122 taaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    ||||| |||| | | |||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  157061 taaaaccttttaagattataggttcagctaagggattagggaattataatcagaaaagagggct 157124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 200066 - 199971
Alignment:
Q  74 atctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaacgaacttaa-aatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattat 168  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||  |  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  200066 atctagggatagaacgttgttaggttgtgataattgaattaacggacttaacaatctttgatgattataggttcacctaaggaattagggaattat 199971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 35697 - 35864
Alignment:
Q  17 gactgttgacaccagcttataactcatacctatttatattgttcaacttaacggatgatctagggatagaaaattgttaggttgtgattctaaaattaac 116  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||  || |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| || |||  |||||||||||||| | | |||||||     
T  35697 gactgctgacaccagcgtttaactctaacatatttatactgttcaacttaacggacaatctaggaatggaacgttgttaggttgtgacttttaaattaat 35796  T
Q  117 gaacttaaaatctttcatggttatagattcacctaatgaattagggaattataatcagagaagagggct 185  Q
    |   || ||| |||  |||  ||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  35797 g-tgtttaaaccttgaatgaatataggttcacctgaggaattagagaattataatcaggaaagagggct 35864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University