View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7427_low_15 (Length: 363)

Name: NF7427_low_15
Description: NF7427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7427_low_15
NF7427_low_15
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (20-352)||(11504270-11504602)
chr5 (20-352)||(11511664-11511996)
chr5 (20-352)||(11519040-11519372)
chr5 (20-352)||(11526445-11526777)
chr5 (20-352)||(11533855-11534187)
chr5 (20-352)||(11496943-11497275)
chr5 (20-352)||(11541272-11541604)
[»] scaffold1005 (1 HSPs)
scaffold1005 (20-352)||(2415-2747)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (20-352)||(41556206-41556548)
chr1 (159-343)||(44179778-44179962)
chr1 (159-343)||(44206909-44207093)
chr1 (20-151)||(44180824-44180965)
chr1 (20-153)||(44208046-44208189)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (158-297)||(4860380-4860519)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (176-307)||(14927142-14927273)
chr6 (90-151)||(14929190-14929251)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (90-140)||(45048279-45048329)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11504602 - 11504270
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11504602 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacaa 11504503  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11504502 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 11504403  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11504402 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatatggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11504303  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11504302 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11504270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11511996 - 11511664
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11511996 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacaa 11511897  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11511896 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 11511797  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11511796 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatatggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11511697  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11511696 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11511664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11519372 - 11519040
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11519372 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacaa 11519273  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11519272 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 11519173  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11519172 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatatggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11519073  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11519072 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11519040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11526777 - 11526445
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11526777 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacaa 11526678  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11526677 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 11526578  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11526577 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatatggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11526478  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11526477 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11526445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11534187 - 11533855
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11534187 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 11534088  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11534087 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcctgtcaagttgattggatacaacttgag 11533988  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  11533987 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatatggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaattc 11533888  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11533887 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11533855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11497275 - 11496943
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11497275 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctatagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 11497176  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11497175 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaggatcatccctcagcttcatgtcaagttgattggatacaagttgag 11497076  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11497075 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11496976  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11496975 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11496943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11541604 - 11541272
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11541604 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 11541505  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11541504 aggccccagttgtgcctcaaaccccgatgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgaatttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 11541405  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  11541404 aaaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactc 11541305  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11541304 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 11541272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1005 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold1005
Description:

Target: scaffold1005; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2747 - 2415
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2747 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtcagcctgtagtcgtggtatgctgaccacgaacacaa 2648  T
Q  120 aggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2647 aggccccagtagtgcctcaaaccccggtgattacggattttcttgagtctctcaagatcatccctgaatttcatgtcaagttgattggatacaacttgag 2548  T
Q  220 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  2547 agaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatttggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaattc 2448  T
Q  320 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2447 tgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 2415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 41556548 - 41556206
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtca----------gcctgtagtcgtggtatgctgacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||           ||| |||||| |||||||||||||    
T  41556548 tcaaaatcatctaatctccaagtcaaaacataacagcttaacgcttctttgacacaccaactgtctttcctctgcggccagtagtcttggtatgctgacc 41556449  T
Q  110 acgaacacgaaggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattacgaattttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggat 209  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||| || |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  41556448 acgaacacgaaggccccagtagtgcctcaatccacgatgattacggatcttctcgagtctctccaaatcatccctcagcttcatgtcaaattgattggat 41556349  T
Q  210 acaacttgagagaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatat 309  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41556348 acaacttgagagaatttcccatccttgtaatccttctttctgttcaaaaaccaatctggaaccttgaattgacgaggattcgcaaccactatcataatat 41556249  T
Q  310 tactcaactctgcagcactcaatttaccagccctcatgttcat 352  Q
    ||  ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  41556248 tatccaactctgcagcacttaattcaccagccctcttgttcat 41556206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 159 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 44179962 - 44179778
Alignment:
Q  159 ttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgagagaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaa 258  Q
    |||||||||||||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44179962 ttcttgagtctctccaaatcatctctcaacttcatgtcgagttgattggagacaacctgagagaatttcccatccttgtaatccttctttctgttcaaaa 44179863  T
Q  259 accaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactctgcagcactcaatttaccagccct 343  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44179862 accaatctggaaccttaaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactctgcagcactcaattcaccagccct 44179778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 159 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 44207093 - 44206909
Alignment:
Q  159 ttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgagagaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaa 258  Q
    |||||||||||||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44207093 ttcttgagtctctccaaatcatctctcaacttcatgtcgagttgattggagacaacctgagagaatttcccatccttgtaatccttctttctgttcaaaa 44206994  T
Q  259 accaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattactcaactctgcagcactcaatttaccagccct 343  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44206993 accaatctggaaccttaaattgacgaggattcgcaaccactgtcataatattatccaactctgcagcactcaattcaccagccct 44206909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 44180965 - 44180824
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagt----------cagcctgtagtcgtggtatgctgacc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          | |||||||||| |||||||||||||    
T  44180965 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacggtctttcccctgcggcctgtagtcttggtatgctgacc 44180866  T
Q  110 acgaacacgaaggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgatt 151  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44180865 acgaacacgaaggccccagtagtgcctcaaaccccggtgatt 44180824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 44208189 - 44208046
Alignment:
Q  20 tcaaaatcatctaatctccaaaacaggacatcacggcttaacgcttctttgagacaccaacagtca----------gcctgtagtcgtggtatgctgacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||           ||| |||||| |||||||||||||    
T  44208189 tcaaaatcatctaatctccaagtcaaaacataacagcttaacgcttctttgacacaccaactgtctttcctctgcggccagtagtcttggtatgctgacc 44208090  T
Q  110 acgaacacgaaggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgattac 153  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||    
T  44208089 acgaacacgaaggccccagtagtgcctcaaaccacgatgattac 44208046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 158 - 297
Target Start/End: Original strand, 4860380 - 4860519
Alignment:
Q  158 tttcttgagtctctcaagatcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgagagaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaa 257  Q
    ||||||||||||||| | || ||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  4860380 tttcttgagtctctccaaattatctctcaacttcatgtcaagttggttggagacaacttgagaaaattttccatccttgtaatccttcttcctattcaaa 4860479  T
Q  258 aaccaatctggaagcttgaattgacgaggattcgcaacca 297  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4860480 aaccaatctggaaccttgaattgacgaggattcgcaacca 4860519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 176 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14927273 - 14927142
Alignment:
Q  176 atcatccctgagcttcatgtcaagttgattggatacaacttgagagaatttgccatccttgtaatctttctttctgttcaaaaaccaatctggaagcttg 275  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  14927273 atcatccctcaacttcatgtccagttgatttgaaacaacttgagaaaacttgccatccttgtaatccttctttctgttcaaaaaccaatcagggaccttg 14927174  T
Q  276 aattgacgaggattcgcaaccactgtcataat 307  Q
    ||||| | ||| || |||||||| ||||||||    
T  14927173 aattgcctagggttggcaaccacagtcataat 14927142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 14929251 - 14929190
Alignment:
Q  90 gtagtcgtggtatgctgaccacgaacacgaaggcgccagtagtgcctcaaaccccggtgatt 151  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||    
T  14929251 gtagtcttggtatgctgtccacgaacacgaagaccccagtaatgtctcaaacctcggtgatt 14929190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 140
Target Start/End: Original strand, 45048279 - 45048329
Alignment:
Q  90 gtagtcgtggtatgctgaccacgaacacgaaggcgccagtagtgcctcaaa 140  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  45048279 gtagtcttggtatgctgaccacgagcacgaaggccacagtagtgcctcaaa 45048329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University