View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7428_high_2 (Length: 807)

Name: NF7428_high_2
Description: NF7428
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7428_high_2
NF7428_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-791)||(36453092-36453883)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 36453883 - 36453092
Alignment:
Q  1 cataaatatagtatgtgattacttctaaaagaatgacaagatattacttttttctattgtaaacaaattcctggtttaggatttaattatgcccaacatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36453883 cataaatatagtatgtgattacttctaaaagaatgacaagatattacttttttctattgtaaacaaattcctggtttaggatttaattatgcccaacatt 36453784  T
Q  101 tagatgattgtcttggtctttgtttaccaaccacatccacaagaagaggtcttgcaaggtatatgcatgttttgacttaaaaggttagatccaatttagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36453783 tagatgattgtcttggtctttgtttaccaaccacatccacaagaagaggtcttgcaaggtatatgcatgttttgacttaaaaggttagatccaatttagt 36453684  T
Q  201 tgttcccattcccaaataggttcaggttcatcgaccccattatttggtacatcattccaatttgtgccacttgaccctccaatattaagagaagcatcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36453683 tgttcccattcccaaataggttcaggttcatcaaccccattatttggtacatcattccaatttgtgccacttgaccctccaatattaagagaagcatcat 36453584  T
Q  301 ggtctctctctatccctcgagaagttgcatacaaatttgatccattgagctctgccaccacttgttgagtacttgttgaagcagcatgttgtaactccgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36453583 ggtctctctctatccctcgagaagttgcatacgagtttgatccattgagctctgccaccacttgttgagtacttgttgaagcagcatgttgtaactccgt 36453484  T
Q  401 cgttggcctctctaatggtctacgatcaaacgaactaaagcttcctgatatcacataaacgcgacacaagctgaattcgtgtcgcagctaca--acacca 498  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  36453483 cattggcctctctaatggtcttcgatcaaacgaactaaagcttcccgatatcacataaacgcgacacaagctgaattcgtgtcgcagctacaacacacca 36453384  T
Q  499 aaataaattattgatcaattgnnnnnnnnnnnnnttaaggttatgataacatgtgaatttatgactacagttttatatcgtgatcaaacttagaccacgt 598  Q
    |||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  36453383 aaataaattattgatcaattgaaaaattaaaaaattaaggttatgataacatgtgaatttatgactacagttctatatcgtgatcaaactttgaccacgt 36453284  T
Q  599 caaaatttactatatattatataaaatcgcagtcaaatatgaccaatatgactttaatcgcatttagtagcattgtacatgctaaaaaatcgaaatatga 698  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36453283 caaaatttattatatattgtataaaatcgcagtcaaatatgaccaatatgactttaatcgcatttagtagcattgtacatgctaaaaaatcgaaatatga 36453184  T
Q  699 catcacaatcttgattgttgtagcacatcactttttaagttataaatttatgataaatatcttgcggtgcaatcacacttcaaaatgtgacat 791  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36453183 catcacaatctt-attgttgtagcacatcactttttaagttataaatttatgataaatatcttacggttcaatcacacttcaaaatgtgacat 36453092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University