View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7428_low_7 (Length: 608)

Name: NF7428_low_7
Description: NF7428
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7428_low_7
NF7428_low_7
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (16-594)||(2321022-2321601)
chr2 (20-594)||(2303325-2303899)
chr2 (16-594)||(2293708-2294286)
chr2 (16-594)||(2310039-2310617)
chr2 (16-594)||(2326876-2327454)
chr2 (16-590)||(2330591-2331165)
chr2 (16-594)||(2350897-2351475)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (142-584)||(41127029-41127474)
chr8 (265-387)||(26506761-26506883)
chr8 (421-520)||(26494893-26494992)
chr8 (265-317)||(26494716-26494768)
chr8 (424-467)||(26506923-26506966)
chr8 (156-230)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (404-467)||(55017070-55017133)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (415-467)||(15176356-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 594
Target Start/End: Original strand, 2321022 - 2321601
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321022 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 2321121  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321122 ttcgtgaggtgatggttagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaaaacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 2321221  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccaggg-cattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaa 314  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321222 gatgaggcgtcatccaccaggggcattttgtgttggcacacacggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaa 2321321  T
Q  315 tttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattaca 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321322 tttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattata 2321421  T
Q  415 gggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaact 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321422 gggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaact 2321521  T
Q  515 tggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321522 tggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 2321601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 594
Target Start/End: Original strand, 2303325 - 2303899
Alignment:
Q  20 tgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggagattcg 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2303325 tgaatggtgggacggatactacttccactactttgcaatggattatggcgaatttggttaagtacccagaagtgcagaggaggcttgtggaggagattcg 2303424  T
Q  120 tgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagggttg 219  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||    
T  2303425 ggaggtgatgggtggtgatgagaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagaattgcagaaacttcggtatttgaaatgtgttgttttggaagggttg 2303524  T
Q  220 aggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttca 319  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303525 aggcgtcatccaccggggcattttctgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttca 2303624  T
Q  320 tgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggag 419  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  2303625 tgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggttttggaaggatgagaattttgacattacagggag 2303724  T
Q  420 taaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtt 519  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  2303725 taaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcctgcacttaatttagctttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtt 2303824  T
Q  520 tggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  2303825 tggaatttcgattggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcggaaaaacaagaattcaatatggtgatg 2303899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 594
Target Start/End: Original strand, 2293708 - 2294286
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293708 tttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttgcagtggattatggcgaatgtagtgaagtacccagaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 2293807  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2293808 ttcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagg 2293907  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2293908 gttgaggcgtcatccaccggggaaatttccgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaat 2294007  T
Q  316 ttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 415  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2294008 ttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacag 2294107  T
Q  416 ggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 515  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2294108 gaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 2294207  T
Q  516 ggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| |||||||| |||||||||||| |||||| | | |||||||| |||||||||    
T  2294208 ggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaatacaagaattcaccatggtgatg 2294286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 594
Target Start/End: Original strand, 2310039 - 2310617
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2310039 tttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttggagtggattatggcgaatgtggtgaagtacccagaagtgaaggggaggcttgtggaggaga 2310138  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2310139 ttcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaactttggtatttgaagtgtgtggttttggaagg 2310238  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||| | ||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2310239 gttgaggcgtcatccatcggggaaatttccgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaat 2310338  T
Q  316 ttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 415  Q
    ||| | ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  2310339 ttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgtcattccag 2310438  T
Q  416 ggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 515  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2310439 gaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaattt 2310538  T
Q  516 ggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| |||||||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||    
T  2310539 ggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaatacaagaattcactatggtgatg 2310617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 594
Target Start/End: Original strand, 2326876 - 2327454
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    |||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||    
T  2326876 tttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcgaatttggtgaagtacccggacgttcaaaggaggcttgtgcaggaga 2326975  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    || | ||| | |||||| ||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2326976 ttagggagttcatgggtggtgatggtgttgtagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagg 2327075  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327076 gttgaggcgtcatccaccagggcattttgtgttgcctcatgcagtgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 2327175  T
Q  316 ttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 415  Q
    |||||| || | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327176 ttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 2327275  T
Q  416 ggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 515  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2327276 ggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctggtaggagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaattt 2327375  T
Q  516 ggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  |||||||||  ||||||||    
T  2327376 ggtttggaatttcgattggaaggttccggagggtggccatgtcgatttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtgatg 2327454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 590
Target Start/End: Original strand, 2330591 - 2331165
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  2330591 tttttgaacggtggcacggatactacttccaccgctttgcaatggattatggcgaatttggtgaagtacccggacgttcaggggaagcttgtggaggaga 2330690  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    ||   |||||||||||| | |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2330691 ttacagaggtgatgggtggcgatgatgctggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgcgtggttttggaagg 2330790  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2330791 gttgaggcgtcatccaccagggcatttcgtgttgcctcacgcagtgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaat 2330890  T
Q  316 ttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 415  Q
    || ||| |  | ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2330891 tttatggttgcagagatggggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacag 2330990  T
Q  416 ggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  2330991 gaagtaaagagataaagatgatgccatttggagctgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaattt 2331090  T
Q  516 ggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggt 590  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| ||||| || |  ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||    
T  2331091 ggtttggaatttcgattggaaggttcccgagggtggtcgcgttgatttgtcagagaaacaggaattcactatggt 2331165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 594
Target Start/End: Original strand, 2350897 - 2351475
Alignment:
Q  16 tttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggaga 115  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  2350897 tttttgaatgctgggatagatactacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgaga 2350996  T
Q  116 ttcgtgaggtgatgggtagtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagg 215  Q
    || | |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||||||    
T  2350997 ttagggaggtgatgggtcgtgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagg 2351096  T
Q  216 gttgaggcgtcatccaccagggcattttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2351097 gttgaggcgtcatccaccggggcataatgtgttgccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaat 2351196  T
Q  316 ttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacag 415  Q
    || ||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  2351197 tttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacgg 2351296  T
Q  416 ggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaactt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  2351297 ggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaattt 2351396  T
Q  516 ggtttggaatttcaattggcagcttccggagggcggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcactatggtgatg 594  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| || || || ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  2351397 ggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattcactgtggtgatg 2351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 142 - 584
Target Start/End: Original strand, 41127029 - 41127474
Alignment:
Q  142 aatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccagggcatt 241  Q
    |||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||| || | |||| | ||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| |    
T  41127029 aatgaagagaataaggaaattaaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggtgtcacccaccggggcact 41127128  T
Q  242 ttttgttggcacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtggga 341  Q
    || ||||| | || |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||| || | || || | | ||||    
T  41127129 ttgtgttgccccatgcggtgaaggaggatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggaggga 41127228  T
Q  342 tcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagataaagatgatgccg 441  Q
     ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  41127229 ccctagtgtttgggaagatccattggagtttaaaccagaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagatgatgccg 41127328  T
Q  442 tttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttc 541  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| || |||    
T  41127329 tttggagttgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattc 41127428  T
Q  542 cggaggg---cggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattcac 584  Q
      |||||    ||  ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  41127429 tagagggagctggttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcac 41127474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 387
Target Start/End: Original strand, 26506761 - 26506883
Alignment:
Q  265 gaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaa 364  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| || | ||| | | |||||||||  |||||||||||||||| |    
T  26506761 gaggatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgtttgggaggatccca 26506860  T
Q  365 tggagtttaagccagaaaggttt 387  Q
    |||  || |||||||| ||||||    
T  26506861 tggcattcaagccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 421 - 520
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26494992
Alignment:
Q  421 aaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggttt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |    ||| || ||  |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggttt 26494992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 317
Target Start/End: Original strand, 26494716 - 26494768
Alignment:
Q  265 gaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaattt 317  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26494716 gaggatattgttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattt 26494768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 424 - 467
Target Start/End: Original strand, 26506923 - 26506966
Alignment:
Q  424 gagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 467  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  26506923 gagataaagatgatgccatttggagcaggaaggaggatttgtcc 26506966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 230
Target Start/End: Original strand, 26494607 - 26494681
Alignment:
Q  156 ggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagggttgaggcgtcatcc 230  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||| | | ||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26494607 ggaagtgagagaggaagatttggagaaattgccatatttgaaggctgtgattttggaagggttaaggcgtcatcc 26494681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 467
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017133
Alignment:
Q  404 ttgatattacagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 467  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctgggaggaggatttgtcc 55017133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 415 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 15176408 - 15176356
Alignment:
Q  415 gggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||    
T  15176408 gggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcc 15176356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University