View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7436_low_2 (Length: 468)

Name: NF7436_low_2
Description: NF7436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7436_low_2
NF7436_low_2
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-450)||(5289377-5289817)
chr7 (10-450)||(5310399-5310839)
chr7 (10-450)||(5284310-5284750)
chr7 (10-450)||(5302498-5302938)
chr7 (10-450)||(5315113-5315553)
chr7 (10-446)||(46706672-46707108)
chr7 (119-163)||(32530975-32531019)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-450)||(44141203-44141643)
chr1 (10-450)||(44128576-44129016)
chr1 (10-450)||(44132781-44133221)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (10-450)||(1478001-1478441)
chr5 (10-450)||(1492170-1492610)
chr5 (10-450)||(1504979-1505419)
chr5 (10-450)||(1482195-1482635)
chr5 (10-450)||(1509126-1509566)
chr5 (17-450)||(1499249-1499682)
chr5 (10-450)||(1486672-1487112)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-450)||(24163470-24163910)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (57-450)||(37863070-37863463)
chr3 (66-450)||(37859044-37859428)
chr3 (57-281)||(39030120-39030344)
chr3 (357-450)||(39030420-39030513)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (66-379)||(35250869-35251182)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5289817 - 5289377
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289817 tggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 5289718  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289717 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 5289618  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289617 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 5289518  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5289517 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtacc 5289418  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289417 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 5289377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 5310399 - 5310839
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310399 tggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 5310498  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310499 caccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 5310598  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310599 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 5310698  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5310699 catttcgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtacc 5310798  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310799 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 5310839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 5284310 - 5284750
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284310 tggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 5284409  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5284410 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaaggg 5284509  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284510 tgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 5284609  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  5284610 catttcgtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaatacc 5284709  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284710 agaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcac 5284750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 5302498 - 5302938
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302498 tggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 5302597  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5302598 caccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaaggg 5302697  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  5302698 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctgtca 5302797  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  5302798 catttcgtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtacc 5302897  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302898 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 5302938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 5315113 - 5315553
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315113 tggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 5315212  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  5315213 caccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaaggg 5315312  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315313 tgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 5315412  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5315413 catttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtacc 5315512  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315513 agaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 5315553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 46707108 - 46706672
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46707108 tggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttg 46707009  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46707008 cactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggt 46706909  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  46706908 tgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagtca 46706809  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  46706808 cattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtacc 46706709  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggact 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706708 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggact 46706672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 119 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 32531019 - 32530975
Alignment:
Q  119 tggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactctt 163  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  32531019 tggtgtagacatgccgggtgccgattaccaactcactaaactctt 32530975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 44141203 - 44141643
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44141203 tggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttg 44141302  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44141303 caccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggt 44141402  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  44141403 tgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtca 44141502  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  44141503 catttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtacc 44141602  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44141603 agaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcac 44141643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 44128576 - 44129016
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44128576 tggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttg 44128675  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44128676 caccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggt 44128775  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  44128776 tgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtca 44128875  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  44128876 catttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtacc 44128975  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44128976 agaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcac 44129016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 44132781 - 44133221
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44132781 tggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttg 44132880  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44132881 caccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggt 44132980  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  44132981 tgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtca 44133080  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  44133081 catttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtacc 44133180  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44133181 agaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcac 44133221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1478001 - 1478441
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  1478001 tggtggtggtagaagtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaagctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatcttttg 1478100  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  1478101 caccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaagga 1478200  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |    
T  1478201 tgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtga 1478300  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  1478301 cattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaatacc 1478400  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478401 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 1478441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1492170 - 1492610
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492170 tggtggtggtagaagtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 1492269  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||     
T  1492270 caccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggt 1492369  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  1492370 tgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtca 1492469  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||    
T  1492470 catttcgtggtcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtacc 1492569  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  1492570 agaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcac 1492610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1504979 - 1505419
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1504979 tggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgccgtaaaagctataaaagaatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgtttg 1505078  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||     
T  1505079 caccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaagga 1505178  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||    
T  1505179 tgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtca 1505278  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||    
T  1505279 catttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaatacc 1505378  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1505379 agaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcac 1505419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1482195 - 1482635
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||    
T  1482195 tggtggtggtagaggtgcctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttg 1482294  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||     
T  1482295 taccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaagga 1482394  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |    
T  1482395 tgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtga 1482494  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  1482495 cattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaatacc 1482594  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482595 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 1482635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1509126 - 1509566
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||| || || | ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||    
T  1509126 tggtggttgtaaaggtacctaggctaggaaaagaggttgcagtgaaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatcttttg 1509225  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||  |||||||||| || ||||| || |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  1509226 caccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaagg 1509325  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||    
T  1509326 tgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtca 1509425  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    ||||  |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||    
T  1509426 cattttgtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtacc 1509525  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1509526 agaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcac 1509566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 17 - 450
Target Start/End: Original strand, 1499249 - 1499682
Alignment:
Q  17 ggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccaca 116  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  ||||||||       
T  1499249 ggtagagatacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctat 1499348  T
Q  117 agtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttg 216  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  1499349 agtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatg 1499448  T
Q  217 caggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccg 316  Q
    ||||||| || || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  || ||||  |    
T  1499449 caggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttg 1499548  T
Q  317 tggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtaccagaaatt 416  Q
    ||| || ||| |||||||| |  |||  |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||  | |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  1499549 tggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaatt 1499648  T
Q  417 gagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  1499649 gagaaacctttatttgagttagtttggactgcac 1499682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 1486672 - 1487112
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    ||||||||  ||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  1486672 tggtggtgcgagacgtgcctaggctaggaaatgaggctgcagtgaaagctataaaagaatagggccaaccaaagtcaaagattacacacttaatattttg 1486771  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    |||||  |||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||| |||||||||| |||||||||||     
T  1486772 caccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaagga 1486871  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    || |||||||| ||||| || || |||| |||||| || |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||  |  |||    
T  1486872 tgctttgcagggggcactgttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggtaatatgttctgaagtcactac-atca 1486970  T
Q  310 c-attccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtac 408  Q
    | |||  ||||||| | ||| ||| || ||  || ||||||||| |||||| | ||||| |||||||||| ||   | |||||||| || || ||  ||     
T  1486971 ctattttgtggccctaatgaaactgacatgagcaaccttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatat 1487070  T
Q  409 cagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    || |||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  1487071 caaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttggactgcac 1487112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 24163910 - 24163470
Alignment:
Q  10 tggtggtggtagaggtacctagactaggcaaggaagctgcagtgaaagctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttg 109  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  ||||    
T  24163910 tggtggtagtagaggcaccaagactaggaaaggaggcagccgtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatattttg 24163811  T
Q  110 caccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 209  Q
    ||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24163810 cactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaaggg 24163711  T
Q  210 tgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtca 309  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  24163710 tgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaatca 24163611  T
Q  310 cattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtacc 409  Q
    ||||  |||| || || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||| |||     
T  24163610 cattttgtggaccaagcgatactcacttagacaaccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcagtcattgttggctctgacccaataca 24163511  T
Q  410 agaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
     ||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||    
T  24163510 ggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagcac 24163470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 57 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37863463 - 37863070
Alignment:
Q  57 gctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaa 156  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| |||||||    
T  37863463 gctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaa 37863364  T
Q  157 aactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctga 256  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37863363 agctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctga 37863264  T
Q  257 gaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaa 356  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || || || |||||||| || |||||||||||  | || || ||||| |||||     
T  37863263 aaacaacaaaggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcag 37863164  T
Q  357 gcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||| ||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||    
T  37863163 gcattgtttggagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcac 37863070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 66 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37859428 - 37859044
Alignment:
Q  66 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgg 165  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||    
T  37859428 gaatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttgg 37859329  T
Q  166 gtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaa 265  Q
    | |||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  37859328 gccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaa 37859229  T
Q  266 aggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgttt 365  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||  | || || || || |||||||| |||||||| |||||  | || |||||||| ||||||||| |||||    
T  37859228 aggtgctcgtgtgttggtagtttgttcagagataactgcagttactttccgtggacccagtgacactcatcttgatagccttgtggggcaagcattgttt 37859129  T
Q  366 ggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    |||||||| || || ||| |||| || ||||| |||||| ||||| || ||||||||||  | |||||  |||| ||||||||||    
T  37859128 ggagatggtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttgaattggtatggactgcac 37859044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 57 - 281
Target Start/End: Original strand, 39030120 - 39030344
Alignment:
Q  57 gctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaa 156  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  39030120 gctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaa 39030219  T
Q  157 aactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctga 256  Q
    | ||||| || ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  39030220 agctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctga 39030319  T
Q  257 gaacaacaaaggtgctcgtgtgttg 281  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  39030320 gaacaacaaaggtgcccgtgtgttg 39030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 450
Target Start/End: Original strand, 39030420 - 39030513
Alignment:
Q  357 gcactgtttggagatggagctgctgctctgattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcac 450  Q
    ||| ||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| |||||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||| ||||||||||    
T  39030420 gcattgtttggagatggtgcggcagctgtgattgttggttcagacccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtatggactgcac 39030513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 66 - 379
Target Start/End: Original strand, 35250869 - 35251182
Alignment:
Q  66 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgg 165  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||  ||||||  || |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| |  | |    
T  35250869 gaatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctag 35250968  T
Q  166 gtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaa 265  Q
    | |||||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  35250969 gacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataa 35251068  T
Q  266 aggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgttt 365  Q
    ||||||||||||  | || |||||||| ||  |||| || || || || |||||||| ||||| || ||  | || || || || || |||||| |||||    
T  35251069 aggtgctcgtgttcttgtggtttgttcagagatcactgcagtgacttttcgtggccctagtgacacccatcttgatagtctcgtgggacaagcattgttt 35251168  T
Q  366 ggagatggagctgc 379  Q
    |||||||| |||||    
T  35251169 ggagatggcgctgc 35251182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University