View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7443_low_5 (Length: 254)

Name: NF7443_low_5
Description: NF7443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7443_low_5
NF7443_low_5
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-254)||(31399987-31400240)
chr5 (1-254)||(33769878-33770131)
chr5 (1-254)||(27446662-27446915)
chr5 (1-254)||(37559588-37559841)
chr5 (1-251)||(28805717-28805967)
chr5 (1-254)||(43593960-43594213)
chr5 (1-254)||(43626754-43627007)
chr5 (1-254)||(28833898-28834151)
chr5 (1-254)||(24558579-24558832)
chr5 (1-254)||(24599611-24599864)
chr5 (38-181)||(30102726-30102869)
chr5 (34-243)||(25450820-25451029)
chr5 (38-167)||(31301258-31301387)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-254)||(17304-17557)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-254)||(10687259-10687512)
chr8 (1-254)||(35742228-35742481)
chr8 (1-254)||(33035928-33036181)
chr8 (1-254)||(18868665-18868918)
chr8 (1-254)||(26298221-26298474)
chr8 (1-254)||(26311478-26311731)
chr8 (1-254)||(26401345-26401598)
chr8 (34-243)||(4814135-4814344)
chr8 (34-243)||(16754169-16754378)
chr8 (35-243)||(28330959-28331167)
chr8 (34-243)||(25682970-25683179)
chr8 (34-215)||(28893827-28894008)
chr8 (118-226)||(40827427-40827535)
chr8 (1-135)||(40827291-40827425)
chr8 (151-215)||(15947842-15947906)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-254)||(16881766-16882019)
chr7 (1-254)||(24264318-24264571)
chr7 (1-254)||(21641529-21641782)
chr7 (1-254)||(18410496-18410749)
chr7 (1-236)||(12404827-12405062)
chr7 (1-254)||(21985758-21986011)
chr7 (1-253)||(24272895-24273151)
chr7 (1-254)||(9188140-9188393)
chr7 (34-243)||(3321697-3321906)
chr7 (34-243)||(7073114-7073323)
chr7 (34-243)||(25403720-25403929)
chr7 (34-243)||(25408477-25408686)
chr7 (130-240)||(5071509-5071619)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-254)||(18857415-18857668)
chr4 (1-254)||(3791128-3791381)
chr4 (1-254)||(16626987-16627240)
chr4 (1-254)||(5144749-5145000)
chr4 (1-157)||(9227396-9227552)
chr4 (34-215)||(15315380-15315561)
chr4 (34-215)||(4568406-4568587)
chr4 (151-243)||(16637341-16637433)
chr4 (216-254)||(9227542-9227580)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-251)||(2675215-2675465)
chr3 (1-254)||(32477179-32477432)
chr3 (1-254)||(8513933-8514186)
chr3 (1-254)||(22171303-22171556)
chr3 (1-254)||(1307710-1307963)
chr3 (1-254)||(16256908-16257161)
chr3 (1-219)||(3326521-3326739)
chr3 (34-243)||(10095715-10095924)
chr3 (34-243)||(10609682-10609891)
chr3 (34-243)||(10900072-10900281)
chr3 (34-243)||(16460527-16460736)
chr3 (34-243)||(54191571-54191780)
chr3 (34-243)||(10202601-10202810)
chr3 (34-243)||(47879798-47880007)
chr3 (52-243)||(22623034-22623225)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-254)||(14740567-14740820)
chr6 (1-254)||(33334071-33334324)
chr6 (34-243)||(13881802-13882011)
chr6 (34-243)||(35202972-35203181)
chr6 (1-153)||(24434309-24434460)
chr6 (34-215)||(17691789-17691970)
chr6 (150-254)||(24714632-24714730)
chr6 (34-213)||(25944732-25944911)
chr6 (34-208)||(22347917-22348093)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (1-254)||(380-633)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-254)||(19346117-19346370)
chr2 (1-254)||(39484596-39484849)
chr2 (1-254)||(39486206-39486459)
chr2 (1-254)||(31057797-31058050)
chr2 (1-242)||(31134579-31134819)
chr2 (34-243)||(22714143-22714352)
chr2 (35-243)||(39685311-39685519)
chr2 (34-243)||(2739268-2739477)
chr2 (34-243)||(20051671-20051879)
chr2 (154-215)||(17942004-17942065)
chr2 (49-125)||(27568379-27568455)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (1-242)||(41395102-41395343)
chr1 (1-254)||(47702032-47702285)
chr1 (12-254)||(47101013-47101255)
chr1 (34-243)||(9524791-9525000)
chr1 (1-74)||(13599886-13599959)
chr1 (34-215)||(2396192-2396373)
chr1 (136-241)||(34689683-34689788)
chr1 (136-241)||(34694211-34694316)
chr1 (85-254)||(7155149-7155317)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (1-226)||(33906-34131)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (1-74)||(7683-7756)
[»] scaffold0559 (2 HSPs)
scaffold0559 (1-135)||(4867-5001)
scaffold0559 (170-198)||(5060-5088)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (34-134)||(161-261)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 31399987 - 31400240
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399987 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 31400086  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31400087 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 31400186  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400187 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 31400240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 33770131 - 33769878
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770131 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 33770032  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33770031 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 33769932  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769931 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 33769878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27446915 - 27446662
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446915 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 27446816  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27446815 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 27446716  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446715 tcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 27446662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 37559588 - 37559841
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559588 ataaggatacttatggctattgtgaattaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 37559687  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37559688 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggcgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 37559787  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559788 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 37559841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 28805717 - 28805967
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805717 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaataccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 28805816  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28805817 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgcgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 28805916  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatga 251  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805917 tcggtttgacgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatga 28805967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 43594213 - 43593960
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594213 ataaggatatttatgactattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 43594114  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  43594113 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatggtatcg 43594014  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594013 tcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 43593960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 43627007 - 43626754
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627007 ataaggatatttatgactattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 43626908  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  43626907 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatggtatcg 43626808  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626807 tcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 43626754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 28834151 - 28833898
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834151 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttaatttggaacaaatagatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 28834052  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  28834051 acatggagcaaccggaaggttttgtggatgacaagtctaaggtatatcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatgatatcg 28833952  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28833951 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccgattttgtgagaagcggatatgattc 28833898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 24558579 - 24558832
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  24558579 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtaaagaccgctttcttacacggttaccttgaagagacaatct 24558678  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  24558679 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcg 24558778  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  24558779 tcggtttgatgaatttcttttgaagatcgattttgtgagaagcggatatgattc 24558832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 24599611 - 24599864
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  24599611 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtaaagaccgctttcttacacggttaccttgaagagacaatct 24599710  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  24599711 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcg 24599810  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  24599811 tcggtttgatgaatttcttttgaagatcgattttgtgagaagcggatatgattc 24599864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 30102869 - 30102726
Alignment:
Q  38 ttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtc 137  Q
    ||||||||||||||||||||  | | || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || ||    
T  30102869 ttgagttggaacaaatggatacgtaaacggttttcttacatggagaccttgaagagacaatttacatagagcaaccaaaaggttttgtagaggataaatc 30102770  T
Q  138 taaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaa 181  Q
    || |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  30102769 tacggtgggtcttttgaagaaatatttgtatgagttgaaacaaa 30102726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 25450820 - 25451029
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| |  |||| ||||||||||| || ||||    
T  25450820 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaataaccagaaggttttgtagaagaca 25450919  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| |||| ||  | ||| | |||||    
T  25450920 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttgattagttcctagtaaaggctggttt 25451019  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  25451020 tgtgagaagc 25451029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 31301387 - 31301258
Alignment:
Q  38 ttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtc 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||   |||| || ||||||||||||   ||||  || |||||||| |||| ||||| ||    
T  31301387 ttgagttggaacaaatggatgtgaatgccgcattcttacatggaccccttaaaaagacaatctacacaaagcattcgaaaggttttatggaagacaaatc 31301288  T
Q  138 taaggtgtgtcttttgaagaaatctttgta 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31301287 taaggtgtgtcttttgaagaaatcattgta 31301258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 17304 - 17557
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17304 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 17403  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17404 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 17503  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17504 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 17557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 10687259 - 10687512
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687259 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 10687358  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10687359 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 10687458  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687459 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 10687512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 35742481 - 35742228
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742481 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 35742382  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35742381 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 35742282  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35742281 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc 35742228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 33035928 - 33036181
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035928 ataaggatacttatggctatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 33036027  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33036028 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 33036127  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036128 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 33036181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 18868665 - 18868918
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868665 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 18868764  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18868765 acatggagcaaccggaaggttctgtggaggacaagtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 18868864  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18868865 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaaggggatatgattc 18868918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26298474 - 26298221
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26298474 ataaggatacttatggctatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttaaagagacaatct 26298375  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26298374 acatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 26298275  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26298274 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc 26298221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26311731 - 26311478
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26311731 ataaggatacttatggctatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttaaagagacaatct 26311632  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26311631 acatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 26311532  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26311531 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc 26311478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 26401345 - 26401598
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26401345 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacaaggtgaccttgaagagacaatct 26401444  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26401445 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 26401544  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26401545 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc 26401598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 4814344 - 4814135
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  4814344 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 4814245  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  4814244 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 4814145  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  4814144 tgtgagaagc 4814135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 16754378 - 16754169
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  16754378 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 16754279  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  16754278 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 16754179  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  16754178 tgtgagaagc 16754169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 35 - 243
Target Start/End: Original strand, 28330959 - 28331167
Alignment:
Q  35 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 134  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||  ||||||||||| || |||||    
T  28330959 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaactagaaggttttgtagaagacaa 28331058  T
Q  135 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 234  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | ||||||    
T  28331059 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 28331158  T
Q  235 gtgagaagc 243  Q
    |||||||||    
T  28331159 gtgagaagc 28331167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 25682970 - 25683179
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| |  |||  ||||||||||| || ||||    
T  25682970 gatcttgagctagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaataactagaaggttttgtagaagaca 25683069  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  25683070 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 25683169  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  25683170 tgtgagaagc 25683179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Original strand, 28893827 - 28894008
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||| | || ||||    
T  28893827 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagactgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttatagaagaca 28893926  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  28893927 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 28894008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 226
Target Start/End: Original strand, 40827427 - 40827535
Alignment:
Q  118 ggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||     
T  40827427 ggttttgtggaggacaagtctaagttgcatattttgaagatatctttctataggttgaagcaaagccctaggaaatggtattgttagtttgatgagttta 40827526  T
Q  218 ttttgaaga 226  Q
    |||||||||    
T  40827527 ttttgaaga 40827535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 40827291 - 40827425
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||| ||||||||  |||| | ||| ||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||  |  | |||||||||  |  |||||||||||||||    
T  40827291 ataagggtacttatgtttatattcaatgaatacaatcttgatttggaataaatggatgtgaagattgtgtccttacatggatattttgaagagacaatct 40827390  T
Q  101 acatggagcaaccggaa--ggttttgtggaggacaag 135  Q
    | |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  40827391 aaatggagcaa--ggaatgggttttgtggaggacaag 40827425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 215
Target Start/End: Original strand, 15947842 - 15947906
Alignment:
Q  151 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||| | |||| ||  ||||||||||||||    
T  15947842 ttgaagaaatctttctataggttgaagcaaagtccaaggcagtggtttcttcggtttgatgagtt 15947906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16882019 - 16881766
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882019 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 16881920  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16881919 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 16881820  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16881819 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcgggtatgattc 16881766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 24264318 - 24264571
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264318 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 24264417  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24264418 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 24264517  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264518 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 24264571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 21641782 - 21641529
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641782 ataaggatacttatgactatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 21641683  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21641682 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 21641583  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641582 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 21641529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18410749 - 18410496
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410749 ataaggatacttatggctatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagattgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 18410650  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18410649 acatggagcaaccggaaggttttgtggacgacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 18410550  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18410549 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggctttgtgagaagcggatatgattc 18410496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 12405062 - 12404827
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405062 ataaggatagttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 12404963  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12404962 acatggagcaaccggaaggttttatggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagaaaagccctaggcaatggtatcg 12404863  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgt 236  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404862 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgt 12404827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 21986011 - 21985758
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986011 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 21985912  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||| |||| ||||||||| || | |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  21985911 acatggagaaaccagaaggttttttgaaagacaagtctaaggtatgttttttaaagaaatctttgtatcggttgaagcaaagccctaggcaatgctatcg 21985812  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21985811 tcggtttcatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcgggtatgattc 21985758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 24272895 - 24273151
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttga----gttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagaca 96  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24272895 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgatcgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgactttgaagagaca 24272994  T
Q  97 atctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggt 196  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||    
T  24272995 atctacatggagcaaccagaagattttgtggaggacaagtctaaggtatatctattgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagtcttaggcaatggt 24273094  T
Q  197 atcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgatt 253  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24273095 atcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttatgagaagcggatatgatt 24273151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 9188140 - 9188393
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9188140 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgatcttgaagagacaatct 9188239  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||| |||| |    
T  9188240 acatggagcaaacggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatggattgaaacaaagtcataggcaattgtattg 9188339  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
       ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  9188340 taagtttgatgaatttcttttgaagatcggttttgtgagaagcagatatgattc 9188393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 3321906 - 3321697
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  3321906 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 3321807  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  3321806 atacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 3321707  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  3321706 tgtgagaagc 3321697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 7073114 - 7073323
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  7073114 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 7073213  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  7073214 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatggattgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 7073313  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  7073314 tgtgagaagc 7073323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 25403720 - 25403929
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || ||||    
T  25403720 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagaca 25403819  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  25403820 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 25403919  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  25403920 tgtgagaagc 25403929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 25408477 - 25408686
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || ||||    
T  25408477 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagaca 25408576  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  25408577 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtcctaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 25408676  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  25408677 tgtgagaagc 25408686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 130 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 5071619 - 5071509
Alignment:
Q  130 gacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccg 229  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| || |||||   | | | ||||||| ||||||||| || ||| |    
T  5071619 gacaagtctaagatgtgtcttttgaagaaatatttgtattggttgaaacaaagcccaagaaaatgacgttgtcagtttgataagtttctttcgatgactg 5071520  T
Q  230 gttttgtgaga 240  Q
    |||||||||||    
T  5071519 gttttgtgaga 5071509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18857668 - 18857415
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857668 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 18857569  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18857568 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 18857469  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857468 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 18857415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 3791128 - 3791381
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  3791128 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttgttacatggtgaccttgaagagaaaatct 3791227  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  3791228 acatggagcaaccggaaggttttttggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagccctaggcaatggtatcg 3791327  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3791328 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtaagaagcggatatgattc 3791381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 16626987 - 16627240
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16626987 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgttttcttacatggtgaccttgaaaagacaatct 16627086  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  16627087 acatggagcaactggaaggttttgtagaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcccaaggcaatggtatcg 16627186  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  16627187 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccgattttttgagaagcggatatgattc 16627240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5145000 - 5144749
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5145000 ataacgatacttatggttattgtgaatcaattcaatcttgagtttgaacaaatggatgtgaagactgctttcttacatggtgaccttgaagagacaat-- 5144903  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||     
T  5144902 acatggagcaaccggaaggttttgtgaaagacaagtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaatccctgggcaatggtatca 5144803  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  5144802 tcagtttgatgaatttcttttgaagcccggttttgtgagaagcggataagattc 5144749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 9227396 - 9227552
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227396 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 9227495  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaga 157  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227496 acatggagcaactagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaga 9227552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Original strand, 15315380 - 15315561
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |    
T  15315380 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagata 15315479  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |    || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  15315480 atagaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 15315561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Original strand, 4568406 - 4568587
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| |  ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |    
T  4568406 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaaatatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagata 4568505  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |  | || |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  4568506 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 4568587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 243
Target Start/End: Original strand, 16637341 - 16637433
Alignment:
Q  151 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagc 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||| | |||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||||||    
T  16637341 ttgaagaaatctttgtatggattgaatcaaagtccaaggcagtggtatcgtctgtttgatgagttccttgtaaaggctggttttgtgagaagc 16637433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 254
Target Start/End: Original strand, 9227542 - 9227580
Alignment:
Q  216 tcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227542 tcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 9227580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 2675215 - 2675465
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675215 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 2675314  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  2675315 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatggtatgg 2675414  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatga 251  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675415 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatga 2675465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 32477432 - 32477179
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477432 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 32477333  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32477332 acatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 32477233  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477232 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 32477179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 8514186 - 8513933
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514186 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 8514087  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8514086 acatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcactaggcaatggtatcg 8513987  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513986 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 8513933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 22171303 - 22171556
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171303 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 22171402  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22171403 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 22171502  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171503 tcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 22171556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 1307963 - 1307710
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1307963 ataaggatacttatggctatcgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttcaagagacaatct 1307864  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1307863 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 1307764  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307763 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 1307710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16257161 - 16256908
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257161 ataaggatacttatgactattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 16257062  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16257061 acatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 16256962  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16256961 tcgatttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 16256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 3326521 - 3326739
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326521 ataaggatacatatcgctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 3326620  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3326621 acatggagcaaccagaaggttttgtagaagacaaatctaaggaatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 3326720  T
Q  201 ccggtttgatgagtttctt 219  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  3326721 tcggtttgatgaatttctt 3326739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10095924 - 10095715
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  10095924 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 10095825  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  10095824 atacaaaagtgtgtttgttcaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 10095725  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  10095724 tgtgagaagc 10095715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10609891 - 10609682
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || ||||    
T  10609891 gatcttgagttagaacgaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagaca 10609792  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  10609791 atacaaaagtttgttttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 10609692  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  10609691 tgtgagaagc 10609682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 10900072 - 10900281
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||| ||  | ||||    
T  10900072 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcagcaaccagaaggtttcgtataagaca 10900171  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  10900172 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 10900271  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  10900272 tgtgagaagc 10900281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 16460527 - 16460736
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  |||||||||| || ||||    
T  16460527 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaataccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataaggttttgtagaagaca 16460626  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  16460627 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 16460726  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  16460727 tgtgagaagc 16460736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 54191571 - 54191780
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  54191571 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 54191670  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  54191671 atacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 54191770  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  54191771 tgtgagaagc 54191780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10202810 - 10202601
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  10202810 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 10202711  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  10202710 atacaaaagtgtgtttgttcaagaaatatttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 10202611  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  10202610 tgtgagaagc 10202601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 47880007 - 47879798
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  47880007 gatcttgagttagaacatatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 47879908  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||| ||||||| || ||  | ||| | |||||    
T  47879907 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggattgatgaattcctagtaaaggctggttt 47879808  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  47879807 tgtgagaagc 47879798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 52 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 22623225 - 22623034
Alignment:
Q  52 atggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttt 151  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||  | || || ||| | |    
T  22623225 atggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtatgtttgt 22623126  T
Q  152 tgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||||||||||||    
T  22623125 tgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagc 22623034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 14740567 - 14740820
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740567 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 14740666  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14740667 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 14740766  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14740767 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc 14740820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 33334071 - 33334324
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334071 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacagatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 33334170  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33334171 acatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 33334270  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334271 tcagtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 33334324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 13881802 - 13882011
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  13881802 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 13881901  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  13881902 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 13882001  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  13882002 tgtgagaagc 13882011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35203181 - 35202972
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  35203181 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 35203082  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  35203081 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 35202982  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  35202981 tgtgagaagc 35202972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 24434309 - 24434460
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| |||||    
T  24434309 ataaggatacttatggttattgtgaatcaattcaaccttgagttggaacaaatgcatgtaaagaccgctttcttactcggtgatcttgaaaagaaaatct 24434408  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttg 153  Q
    | |||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  24434409 atatggagaaacctgaagg-tttgtgttggacaagtctaaggtatgtcttttg 24434460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 17691970 - 17691789
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |    
T  17691970 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaaccatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagata 17691871  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  17691870 atacaaaagtgtgtttattgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 17691789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 150 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 24714730 - 24714632
Alignment:
Q  150 tttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatat 249  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24714730 tttgaagaaatctttgtatggattgaagcaaagccctaggca------tcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggctat 24714637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 213
Target Start/End: Original strand, 25944732 - 25944911
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  25944732 gatcttgagttagaacatatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 25944831  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgag 213  Q
    |  | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||    
T  25944832 atacaaaagtgtgtttgtttaagaaatttttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgag 25944911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 22348093 - 22347917
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacat--ggagcaaccggaaggttttgtggagga 131  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||  | | ||||| |||||||| || || ||    
T  22348093 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaaga 22347994  T
Q  132 caagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttg 208  Q
     ||  | || |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |  ||||||| |||||||    
T  22347993 taatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagaggtatcgtcggtttg 22347917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 226; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 380 - 633
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  380 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 479  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  480 acatggagcaacctgaaggttttgtggaagacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 579  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  580 tcggtttgacgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 226; Significance: 1e-125; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 19346370 - 19346117
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19346370 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttatatggtgaccttgaagagacaatct 19346271  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19346270 acatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaaaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcg 19346171  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346170 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 19346117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 39484849 - 39484596
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39484849 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtaaccttgaagagacaatct 39484750  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  39484749 acatggagcaaccggaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatggtatcg 39484650  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
      | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39484649 ttgtttttatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcagatatgattc 39484596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 39486206 - 39486459
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39486206 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaagaaatggatgtgaagaccgctttcttacatgttgaccttgaagagacaatct 39486305  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  39486306 acatggagtaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaagatatgtcttttgaagatatctttgtatgggttgaagcaaagccctagacaatgatatcg 39486405  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39486406 tcggtttgatgaatttcttttgaagactggttttgtgagaagcggatatgattc 39486459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31058050 - 31057797
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31058050 ataaggatacttatgaccattgtgaatcaattcaatcttaagttggaacaaatggatgtgaagactgatttcttacatgctgaccatgaagagacaatct 31057951  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31057950 acatggagcaattggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaaaccctaggaaatggtatcg 31057851  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31057850 tcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 31057797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 31134579 - 31134819
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||| ||||||| ||||   ||||||| | | ||||||||||| |  ||||| || |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  31134579 ataaggttacttatagctaccatgaatcattacaatcttgagttgaagaaaatgtatatgaagaccgccttcttatatggtgacattgaagagacgatct 31134678  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    | |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||| || ||  ||| || ||     
T  31134679 atatggagaaactggaaggttttatggaggacaagtccaagatgtgtcttttgaagaaattgttgtatgtgttgaaacaaagtccaagacaatagt-tca 31134777  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaag 242  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  31134778 tcagtttgatgagtttcttttgaagaccggtgttgtaagaag 31134819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 22714352 - 22714143
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  |||||||||| || ||||    
T  22714352 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaataccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataaggttttgtagaagaca 22714253  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  22714252 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcattggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 22714153  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  22714152 tgtgagaagc 22714143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 35 - 243
Target Start/End: Original strand, 39685311 - 39685519
Alignment:
Q  35 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 134  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  || ||||||| || |||||    
T  39685311 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataacgttttgtagaagacaa 39685410  T
Q  135 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 234  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | ||||||    
T  39685411 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaagcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 39685510  T
Q  235 gtgagaagc 243  Q
    |||||||||    
T  39685511 gtgagaagc 39685519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 2739268 - 2739477
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  2739268 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccacatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 2739367  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||| ||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  2739368 atacaaaagtgtgtttgtaatagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtatgatgagttcctagtaaaggctggttt 2739467  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  2739468 tgtgagaagc 2739477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 20051879 - 20051671
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |    
T  20051879 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagata 20051780  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||| | | |||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  20051779 ataccaaagtgtgtttgttgaagaaaactttgtatcggttgaagcaaagtccaaggcagt-gtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 20051681  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  20051680 tgtgagaagc 20051671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 215
Target Start/End: Original strand, 17942004 - 17942065
Alignment:
Q  154 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  17942004 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 17942065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 27568455 - 27568379
Alignment:
Q  49 caaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgt 125  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  27568455 caaatggatgtgaaaacaacttttttaaatggtgaacttgaagaagtaatctatatggaacaacctgaaggttttgt 27568379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 41395343 - 41395102
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41395343 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtcaccttgaagagacaatct 41395244  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  41395243 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcg 41395144  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaag 242  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395143 tcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaag 41395102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 47702032 - 47702285
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702032 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaataccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 47702131  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  47702132 acatggagcaaccagaaggttttgtggagaacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatca 47702231  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
     | ||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47702232 tcagtttgatgaatttcttttggaaaccggttttgtaagaagcggatatgattc 47702285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 254
Target Start/End: Original strand, 47101013 - 47101255
Alignment:
Q  12 tatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47101013 tatggctattgtgaatcaattgaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaa 47101112  T
Q  112 ccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatg 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||    
T  47101113 ctggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccatagacaatggtatcgtcggtttgatg 47101212  T
Q  212 agtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  47101213 aatttcttttgaagatcggatttgtgagaagcggatatgattc 47101255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 243
Target Start/End: Original strand, 9524791 - 9525000
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  9524791 gatcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 9524890  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttt 233  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  | ||| | |||||    
T  9524891 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttt 9524990  T
Q  234 tgtgagaagc 243  Q
    ||||||||||    
T  9524991 tgtgagaagc 9525000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 13599959 - 13599886
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 74  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13599959 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 13599886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2396373 - 2396192
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |    
T  2396373 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagatttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagata 2396274  T
Q  134 agtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtt 215  Q
    |  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  2396273 atacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 2396192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 241
Target Start/End: Original strand, 34689683 - 34689788
Alignment:
Q  136 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttg 235  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  34689683 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttcttttgaacacatgttttg 34689782  T
Q  236 tgagaa 241  Q
    ||||||    
T  34689783 tgagaa 34689788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 241
Target Start/End: Original strand, 34694211 - 34694316
Alignment:
Q  136 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttg 235  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  34694211 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttcttttgaacacatgttttg 34694310  T
Q  236 tgagaa 241  Q
    ||||||    
T  34694311 tgagaa 34694316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 254
Target Start/End: Original strand, 7155149 - 7155317
Alignment:
Q  85 cttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaa-tctttgtatgggttgaagcaaagc 183  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||  |||||||||||| | || |||  ||||   ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||    
T  7155149 cttgaagagataatatacatggagtaactagaaggttttgtgaaagataaggttaagacatgtcttttgaaaaaaatctttgtatgccttgaaacaaagc 7155248  T
Q  184 cctaggaaatggtatcgccggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattc 254  Q
    ||     |||||||||| | ||||||  | ||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||    
T  7155249 ccacatgaatggtatcgtcagtttgagaaatttcttttgaagaccggttgtgggagaa--ggatatgattc 7155317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34131 - 33906
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  34131 ataaggatacttatggatattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtaaagactgctttcttacatggtacccttgaagagacaatct 34032  T
Q  101 acatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggaaatggtatcg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34031 acatggagcaaccagaaggttttggggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtcctaggaaatggtatcg 33932  T
Q  201 ccggtttgatgagtttcttttgaaga 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  33931 tcggtttgatgagtttcttttgaaga 33906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 7756 - 7683
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 74  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7756 ataaggatacttatggctattgtgaatcaattcaatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 7683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 2)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 4867 - 5001
Alignment:
Q  1 ataaggatacttatggctatagtgaatcaattcgatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatct 100  Q
    |||||| ||||||||  |||| | ||| ||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||  |  | |||||||||  |  |||||||||||||||    
T  4867 ataagggtacttatgtttatattcaatgaatacaatcttgatttggaataaatggatgtgaagattgtgtccttacatggatattttgaagagacaatct 4966  T
Q  101 acatggagcaaccggaa--ggttttgtggaggacaag 135  Q
    | |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  4967 aaatggagcaa--ggaatgggttttgtggaggacaag 5001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 198
Target Start/End: Original strand, 5060 - 5088
Alignment:
Q  170 ggttgaagcaaagccctaggaaatggtat 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5060 ggttgaagcaaagccctaggaaatggtat 5088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 261 - 161
Alignment:
Q  34 gatcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggaca 133  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  261 gatcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagaca 162  T
Q  134 a 134  Q
    |    
T  161 a 161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University