View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7450_low_4 (Length: 461)

Name: NF7450_low_4
Description: NF7450
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7450_low_4
NF7450_low_4
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-446)||(49109530-49109962)
chr7 (78-182)||(49098486-49098590)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (63-364)||(28699254-28699555)
chr8 (63-364)||(28725063-28725364)
chr8 (63-373)||(28642983-28643293)
chr8 (63-373)||(28651935-28652245)
chr8 (63-359)||(28710289-28710585)
chr8 (63-359)||(28717636-28717932)
chr8 (63-278)||(28625309-28625524)
chr8 (63-373)||(28739030-28739340)
chr8 (72-245)||(8846161-8846334)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (63-353)||(29647506-29647796)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (63-364)||(6499-6800)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 446
Target Start/End: Original strand, 49109530 - 49109962
Alignment:
Q  13 atacttatgaatgaatgcttaatgatggcacaagtgatatagattagatacataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109530 atacttatgaatgaatgcttaatgatg-cacaagtgatatagattagatacataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaat 49109628  T
Q  113 tgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaaccttt 212  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49109629 tgataccatgtatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacatcttcaaaaccttt 49109728  T
Q  213 gtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattgcagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109729 gtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattgcagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaag 49109828  T
Q  313 tcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagcatctttaagctgtgaccaactttgtaagtagatcttatcctgatgcaatg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109829 tcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagcatctttaagctgtgaccaactttgtaagtagatcttatcctgatgcaatg 49109928  T
Q  413 cgatcaagggacccaatgaaacaccatcggaatt 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109929 cgatcaagggacccaatgaaacaccatcggaatt 49109962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 78 - 182
Target Start/End: Original strand, 49098486 - 49098590
Alignment:
Q  78 aggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacctccacca 177  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |  | ||| || |||||||| || | ||| |  |||||||| ||||||    
T  49098486 aggggcatgttgtagtacatgaggcaagtcaaaattaattccctgaatatgtgaatatttggatgtgattaatttgaggttaattccaagaccaccacca 49098585  T
Q  178 acatc 182  Q
    |||||    
T  49098586 acatc 49098590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 63 - 364
Target Start/End: Original strand, 28699254 - 28699555
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  28699254 cataccaggatacgagggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccgtgtatatgagggtgttttgaagtgatcaagttaatgttgatc 28699353  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | ||||||||| |||||||||||  |||| | | ||||||| |    
T  28699354 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctttttatgcccttgaaaccattgtagctctcaagaaccttcttcataactattttggtataactgatcatgg 28699453  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28699454 ctgtattgaaaacttgattaaaccttgagtcaaaacttgcataatcaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28699553  T
Q  363 at 364  Q
    ||    
T  28699554 at 28699555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 364
Target Start/End: Original strand, 28725063 - 28725364
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||     
T  28725063 cataccaggataagaaggggcatgttgaatgacatgaggtaagtcaaaattgataccctggatatgagggtgtttagaagtgaccaagttaatgttgact 28725162  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || |  ||||  ||||| |||||    |  |||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| |    
T  28725163 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctttttatgtctttgaaaccattgtaactctcgagaaccttcttcataactatcttggtatggttgatcatcg 28725262  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| |||||||  || | ||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  28725263 ctgtattgaaaacttgattgaaccttgagtcaaaactaggataatcaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatggaatacccccttctcgaattgc 28725362  T
Q  363 at 364  Q
    ||    
T  28725363 at 28725364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 63 - 373
Target Start/End: Original strand, 28642983 - 28643293
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||     
T  28642983 cataccaagataagaagggacatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtgatcaagtgaatgttaacc 28643082  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  28643083 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 28643182  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28643183 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28643282  T
Q  363 atctttaagct 373  Q
    ||  |||||||    
T  28643283 attattaagct 28643293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 63 - 373
Target Start/End: Original strand, 28651935 - 28652245
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||     
T  28651935 cataccaagataagaagggacatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtgatcaagtgaatgttaacc 28652034  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  28652035 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 28652134  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  28652135 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 28652234  T
Q  363 atctttaagct 373  Q
    ||  |||||||    
T  28652235 attattaagct 28652245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 63 - 359
Target Start/End: Original strand, 28710289 - 28710585
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | |||||| ||||| ||||||||||||||     
T  28710289 cataccaggataaagaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatatcatgatattttgatgtgatcaagttaatgttgacc 28710388  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| |    
T  28710389 ccaagatcaccaccaacatcaacaagcctttttatgccctggaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactatcttagtatgattgatcatcg 28710488  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaat 359  Q
      |||||||||||||  |  ||||| ||||| | ||| | ||| |||||| ||| |||||||| |||  |||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  28710489 ttgtattgaaaacttagtagaaccttgagtccaagcttggataatcaaaggcatgtgtgccatgaacagtgttgaatgggacacccccttctcgaat 28710585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 63 - 359
Target Start/End: Original strand, 28717636 - 28717932
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | |||||| ||||| ||||||||||||||     
T  28717636 cataccaggataaagaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatatcatgatattttgatgtgatcaagttaatgttgacc 28717735  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||| || |   | |  ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| |    
T  28717736 ccaagatcaccaccaacatcaacaagcctttttatgccctggaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactatcttagtatgattgatcatcg 28717835  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaat 359  Q
      |||||||||||||  |  ||||| ||||| | ||| | ||| |||||| ||| |||||||| |||  |||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  28717836 ttgtattgaaaacttagtagaaccttgagtccaagcttggataatcaaaggcatgtgtgccatgaacagtgttgaatgggacacccccttctcgaat 28717932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 63 - 278
Target Start/End: Original strand, 28625309 - 28625524
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||| || || |||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  28625309 cataccgggatatgagggggcatgttgaatgacatgaggcaagttgaaattgataccctgtatattagagtattttgatgtgatcaagttaatgttaacc 28625408  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |    
T  28625409 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcatcactattttggtatgattgatcatag 28625508  T
Q  263 cagtattgaaaacttg 278  Q
    |  |||||||||||||    
T  28625509 ctctattgaaaacttg 28625524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 63 - 373
Target Start/End: Original strand, 28739030 - 28739340
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||| ||||||  |     
T  28739030 cataccagaatatgaaggggcatgttgaatgacatgacgcaagtcgaaattgataccatgtatatgtgggtatttggaagtgatcaagtgaatgtttgcc 28739129  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || |  || |  |||||||||||  ||| |||||| ||  |||| |||||   | | |||||   ||| |    
T  28739130 ccaagaccacctccaacatccacaagcctttttatgtccttgaaacctttgtaacattcaagaacttttctcatgactatttggctatgattatccatgg 28739229  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    ||  |||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||  || | | |||| ||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||    
T  28739230 caacattgaaaacttggttaaaccttgagtcaaagcttggataatcaaagagatgtctcccatgaactctgttgaacggagtacccccttctcgaattgc 28739329  T
Q  363 atctttaagct 373  Q
    ||  |||||||    
T  28739330 attattaagct 28739340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 8846334 - 8846161
Alignment:
Q  72 ataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgacaccaagacct 171  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| | ||| ||||| ||||  ||||  ||||  ||||||||     
T  8846334 ataggaaggtgcatgttctaggacgtgaggcaagtcaaaattaacaccatgtatatgaggatatttagaagtaattagcttaagattgatcccaagacca 8846235  T
Q  172 ccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagt 245  Q
    ||||||||||| |||||  | ||||  | |||||||||||  |||  || ||||||| | ||||| ||||||||    
T  8846234 ccaccaacatcaacaagtttattgatgtgttcaaaaccttcatagatttcaagaaccctcttcatgactatagt 8846161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 63 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 29647796 - 29647506
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| |      
T  29647796 cataccaggataggaaggagcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccctgaatatgagtgtattttgaagtgatcatgttaatgttcatt 29647697  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| || || || ||   ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||||| |||| |    
T  29647696 ccaaggccaccaccaacgtccacaagtctttttacatccctaaaacctttgtagcattcaagaacctttttcatcactatagttgtatgattgctcatcg 29647597  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttc 353  Q
    | ||||||| || |||||| |||||  |||| | ||||| ||| ||||||  ||  ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||    
T  29647596 ctgtattgagaatttgattgaacctcaagtccaagctgggataatcaaagagatgggtgccatgaaccttgttaaatggagtacctccttc 29647506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 63 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 6800 - 6499
Alignment:
Q  63 cataccaggataggaaggggcatgttgtatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgaatatgagggtgttttgaagtgattaagttaatgttgaca 162  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |  || | |||||| ||     
T  6800 cataccaggataagaaggggcatgttgaatgacatgaggcaagtcgaaattgataccatgtatattagggtattttgatgtaaccaattgaatgttaacc 6701  T
Q  163 ccaagacctccaccaacatccacaagcctcttgacctcttcaaaacctttgtaggattgaagaaccttgttcataactatagtggtgtgattgatcattg 262  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| |   | || ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  6700 ccaagaccacctccaacatcaacaagcctctttatgccctcgaaaccattgtagctctcaagaaccttgttcataactattttggtatgattgatcatcg 6601  T
Q  263 cagtattgaaaacttgattaaacctggagtcaatgctggcatattcaaagtcatttgtgccataaaccctgttgaatggaatacctccttcacgaatagc 362  Q
    | |||||||||||||  || ||||| ||||| | ||| | ||| | |||| ||| |||||||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
T  6600 ctgtattgaaaactttgttgaaccttgagtccaagcttggataatgaaaggcatgtgtgccatgaaccatgttgaatgggacacccccttctcgaattgc 6501  T
Q  363 at 364  Q
    ||    
T  6500 at 6499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University