View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7470_low_3 (Length: 763)

Name: NF7470_low_3
Description: NF7470
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7470_low_3
NF7470_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-751)||(39792079-39792813)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 751
Target Start/End: Original strand, 39792079 - 39792813
Alignment:
Q  16 catttcttaaatccatcaatatggtcttgattggagaggtaaaaatggaatatttttgaacttcaaatcagtttcaaaaccaatttgcactgtaataaca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792079 catttcttaaatccatcaatatggtcttgattggagaggtaaaaatggaatatttttgaacttcaaatcagtttcaaaaccaatttgcactgtaataaca 39792178  T
Q  116 caggaaaactagattattaatctgcaataaaagacaaacagtttgcactataataagacaaacaacatttctaattgcctgcataatgtgtgataagcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792179 caggaaaactagattattaatctgcaataaaagacaaacagtttgcactataataagacaaacaacatttctaattgcctgcataatgtgtgataagcat 39792278  T
Q  216 aaataattcaataaaaatggtgcttatgtacaatacaacagggtatatttgtaatttaaaaataactttaagctactaagaattttcttacaattacatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792279 aaataattcaataaaaatggtgcttatgtacaatacaacagggtatatttgtaatttaaaaataactttaagctactaagaattttcttacaattacatt 39792378  T
Q  316 ctttaggtttgactgagtttgagtgaacactatgtctggtgaattccttcaagaaaattccattgtggtaagttctctctttgattcaatcactcccttt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792379 ctttaggtttgactgagtttgagtgaacactatgtctggtgaatcccttcaagaaaatttcattgtggtaagttctctctttgattcaatcactcccttt 39792478  T
Q  416 tcatctttgaagcttaaaaaagtaacctttattgtgtttgtgcaggtggggtgtggagcagtgggcttggatttattggccactgttgctgcttttccca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792479 tcatctttgaagcttaaaaaagtaacctttattgtgtttgtgcaggtggggtgtggagcagtgggcttggatttattggccactgttgctgcttttccca 39792578  T
Q  516 agccagatcaaaaaatcagaagcacttccttcaaggtgcttcttcttcttttcaattatattcatcattgtttctttttccatcagaagtactcacaaat 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792579 agccagatcaaaaaatcagaagcacttccttcaaggtgcttcttcttcttttc-attgtattcatcattgtttctttttccatcagaagtactcacaaat 39792677  T
Q  616 tagaatcttttttaggtccctgaagtaaaaattgttataattggagtatgaagttgtaaataatttggacttaagtccattgactaaacagtttttaatt 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39792678 tagaatcttttttaggtccctgaagtaaaaatagttataattggagtatgaagttgtaaataatttgtacttaagtccattgagtaaacagtttttaatt 39792777  T
Q  716 ggatgcttcaacttttaaataatttgtaatgatgtc 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792778 ggatgcttcaacttttaaataatttgtaatgatgtc 39792813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University