View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7477_low_5 (Length: 467)

Name: NF7477_low_5
Description: NF7477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7477_low_5
NF7477_low_5
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (11-451)||(4711283-4711723)
chr7 (11-451)||(4845211-4845663)
chr7 (11-451)||(4653940-4654392)
chr7 (11-451)||(4696377-4696841)
chr7 (17-451)||(4864372-4864821)
chr7 (11-448)||(4673147-4673596)
chr7 (11-450)||(4783032-4783486)
chr7 (11-451)||(4637301-4637750)
chr7 (11-450)||(4815461-4815915)
chr7 (11-451)||(4644151-4644588)
chr7 (175-451)||(4663310-4663592)
chr7 (88-150)||(4631451-4631513)
chr7 (167-285)||(4667550-4667668)
chr7 (11-56)||(4631371-4631416)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-127)||(18925280-18925393)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4711723 - 4711283
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711723 agagaaaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 4711624  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711623 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttg 4711524  T
Q  211 acagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4711523 acagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagtgatgctagaaaatgagt 4711424  T
Q  311 atgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtttgtggtttttgg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711423 atgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtttgtggtttttgg 4711324  T
Q  411 ttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711323 ttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 4711283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4845663 - 4845211
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||  | |  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  4845663 agagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaacgaaagcataaaaaggattcaattcgtttatgttgttcggaaagaaagttatgtttagctt 4845564  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||| | ||            ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845563 cccatttggtttgatctgaatgcaatattctttggtaattttttccacctcgtcatgaagccaaagtgaagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 4845464  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  ||||    
T  4845463 ttgtttacttcgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttctggtatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaataaaaacaggggaactaggaatgc 4845364  T
Q  299 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  4845363 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagaaagagatatgcgcggttgtgaatggaatttggatattggaaagggaattaggagatgatttaaaagatggatt 4845264  T
Q  399 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845263 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 4845211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 4653940 - 4654392
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4653940 agagaaaagaaggcatagacacaacttcaattccattaatgaaagcataataaggatttgaatggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagctt 4654039  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    || ||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||            ||||  |||||||||||||||| ||||| |||    
T  4654040 cttattcggttggacttggatgcaatattctttggtgattgtttccccatcatcatgaatccaaagtgaaggattgaagtttttaagaagtgtaagtttg 4654139  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||   |||| |||     
T  4654140 ttgtttacttcaacagagaaaagtgcatttgagggttcaaatttttgatacgaagtagggtaaaaatgaaggcggttaaaaacaggggaagtagtgatgt 4654239  T
Q  299 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtt 398  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |   |||| || |||||| || ||| || | |||||||||||||    
T  4654240 tagaaaatgagtatgtgaaatatgagagagagatacgtgcggttgtgaatggaatttgagtatttgagagggaactacgtggtgttgtaagagatgggtt 4654339  T
Q  399 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||| ||||    
T  4654340 cgtggtttttggttcaatgaaagtaaagatatttttgttatcaatattctcac 4654392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4696841 - 4696377
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||    
T  4696841 agagaaaagaaggcattgacacaacttctattccgttaatgaaagcataataaggatttgactggtttatgttgctgggaatgaaagttatgtttaactt 4696742  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  4696741 ctcatttggtttggtttgaatgcaatattctttggtgattttttcgtcatcatgatagaaccaaagagaagggttgaagtttttaagaagggtaacgttg 4696642  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattgg--aggga----------tcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacagggg 286  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||          ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4696641 ttgtttactttaacagagaaaagtgcatttgaaagggaattagaaggttcaaagtttcggtacgaagtcgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagggg 4696542  T
Q  287 tgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgattt 386  Q
       |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||| || ||||  ||||||| |  | |    
T  4696541 aagtagtgatgctaggaaaagagtatgtgaaatttgagagagagacacgtgcggttgtgaatggaatttggatatttgagagggtgttaggtggtattgt 4696442  T
Q  387 aagagatgggtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  4696441 aagagatgtgtttgtggtttttggttcattgaaggaaaagagttttgtgttatcattattatcac 4696377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 451
Target Start/End: Original strand, 4864372 - 4864821
Alignment:
Q  17 aagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttg---gaatgaaagttatgcttagcttctc 113  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |   |||||||||||||| ||||||||||    
T  4864372 aagaaggcatagacacgacttctattccattaatgaaggcataataaggatttgattgatttatattattggccggaatgaaagttatgtttagcttctc 4864471  T
Q  114 atttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttcc---ttctcat-aat--------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttg 201  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| |||        ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  4864472 atttgatttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccccatcttcatgaatccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaattttgttg 4864571  T
Q  202 tttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctag 301  Q
    |||||||  || || ||||  || || || || ||||||||||| || || ||||||||||||||||| | || ||||||||| |   |||| ||| |||    
T  4864572 tttacttcaactgaaaaaaatgctttcgaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtag 4864671  T
Q  302 aaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtttgt 401  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| || |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4864672 aaaatgaatatgtgaaacttgagagagagatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgt 4864771  T
Q  402 ggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4864772 ggttttttgttcaatgaaagtaaagagatttttgttatcaatattatcac 4864821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 448
Target Start/End: Original strand, 4673147 - 4673596
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||| |  || ||| || ||||||||||| ||||| |||||||    
T  4673147 agagaaaagaaggcattgacacaatttcgattccgttaatgaaagcatatttaacatttgatttgttcatgatgcttggaatgaaatttatgtttagctt 4673246  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    |||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||  | || ||            ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  4673247 ctcattgggcttgatttggatacaaaattctttggtgattgtttcctcataatcatgaatccaaaggaaagggttgaagtttttaagaagggtaatattg 4673346  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||   || || |||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||| ||||    
T  4673347 ttgttaactttgatagagaaaattgcattggagggatcaaagcttttagataaatttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagtggaattagtgatgc 4673446  T
Q  299 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||||  |||||  | |||||| || ||||||||||||  || | ||||||||||||     
T  4673447 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaaacacgtgcgtgtgtgtatggaacttggatatttgagagggaattaggttgtgttgtaagagatgggta 4673546  T
Q  399 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattat 448  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4673547 tgtggtttttggttcaatgaaagtaaagagatttgtgttattaatattat 4673596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 4783486 - 4783032
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4783486 agagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggaatcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagctt 4783387  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  4783386 ctcgtttggtttgatttggatggaatattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttg 4783287  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| |||     
T  4783286 ttgtttacttcaacagagaaaagtgcataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatga 4783187  T
Q  299 t---agaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgg 395  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| |||||| | |||||| || ||||||||||||  || ||||||||||||    
T  4783186 tgttagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaggcacgtacggttgtgaatggaatttggatatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgg 4783087  T
Q  396 gtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatca 450  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4783086 gtttgtattttttggttcaatgaaggaaaagagattagagttatcaatgttatca 4783032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 4637301 - 4637750
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  4637301 agagaaaagaaggcattgacacaacttcgatcccgttaataaaagcataacaaggatttgattggtttatgctgttaggaatgaaagttatgtttaactt 4637400  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||            ||||| ||||||||||||||||||||||   |    
T  4637401 ttcatttggtttgatttgtatgcaatattctttggtgattttttcgtcatcaaaatagagccaaagcaaagggttgaagtttttaagaagggtaag---g 4637497  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    | ||| ||||||||||||||||  ||| |||| || ||||||||||| || || || |||||||||||||| | || |||||||| ||  ||||| ||||    
T  4637498 tcgttcactttgacagagaaaattgcactggaaggttcaaagttttgataagatgtagggtaaaaatgaagacgaagaaaaacagtggaattagtgatgc 4637597  T
Q  299 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||||  |||||  | |||||| || |||||||||| |  |   |||| |||||||||    
T  4637598 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaaacacgtgcgtgtgtgtatggaacttggatatttgagagggaattagcttgtacattaaaagatgggtt 4637697  T
Q  399 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  4637698 tgtggtttttggttcaatgaaagtaaagagatttttgttattaatattatcac 4637750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 4815915 - 4815461
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4815915 agagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggactcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagctt 4815816  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  4815815 ctcgtttggtttgatttggatggaatattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttg 4815716  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| |||     
T  4815715 ttgtttacttcaacagagaaaagtgcataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatga 4815616  T
Q  299 t---agaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgg 395  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||| |||||| | | |||| || ||||||||||||  || ||||||||||||    
T  4815615 tgttagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaggcacgtccggttgtgaatggaatttgggtatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgg 4815516  T
Q  396 gtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatca 450  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4815515 gtttgtattttttggttcaatgaaggaaaagagattagagttatcaatgttatca 4815461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 4644151 - 4644588
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |  ||||||           |||  ||||||||||||||| |||||||    
T  4644151 agagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaacatttga-----------tgtg-ggaatgaaagttatgtttagctt 4644238  T
Q  111 ctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattg 198  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||| || | ||  |||| ||            ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  4644239 ctcatttgttttaatttggatgcaatactctttgatgatattattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagttttgaagaagggtgagattg 4644338  T
Q  199 ttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |  |||||||||| ||||| || |||||||||||    ||| ||||    
T  4644339 ttgtttactttgacagagaaaagtgcatttgagggttcaaaattttgatacgatgcagggtaaaaataaaggcgaagaaaaacaggggaaacagtgatgc 4644438  T
Q  299 tagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtt 398  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||  ||||  |||||    || ||| |   |||| ||| |||||| |||| ||||||| ||    
T  4644439 tagaaaatgagtatgtaaaatttgagaaagagacacgtgcgtgtgtgtatggaactgtgaaatttg---gggatttaagtgatgttttaggagatggatt 4644535  T
Q  399 tgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  4644536 agtggtttttggttcaatgaaagtaaagagttttgtgttatcattattatcac 4644588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 175 - 451
Target Start/End: Original strand, 4663310 - 4663592
Alignment:
Q  175 aagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || || |||| |||||||||||||| ||    
T  4663310 aagtttttaagaagggtaagattgtcgtttagtttgacagagaaaagtgcattggagggttcaaagtttttataagatgttgagtaaaaatgaaggcgaa 4663409  T
Q  275 taaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaatt 374  Q
     ||||||||||    |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||   |||||| |||||| |||     
T  4663410 gaaaaacagggcaactagggatggtaggaaatgagtatgtgaaatttgagagcgagatacgtgcggttttgagtggaattgggatatttgaaaggtaatc 4663509  T
Q  375 a------ggtgatgatttaagagatgggtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttgagttatcaatattatcac 451  Q
    |       ||||  ||||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||| | |||||| | || ||||||| |||||||||    
T  4663510 atggggtagtgacaatttaagagatggattttttgtttttggctcaaggaaagaaaagagttctgtgttatcattattatcac 4663592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 88 - 150
Target Start/End: Original strand, 4631451 - 4631513
Alignment:
Q  88 ggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgatt 150  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  4631451 ggaatgaaagttatgtttagcttctcatttggagcaatttgtatgcaatattctttggtgatt 4631513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 285
Target Start/End: Original strand, 4667550 - 4667668
Alignment:
Q  167 aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatg 266  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||| |   ||||||||| | ||| ||||| |||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  4667550 aagggctaaagtctttgagaagggtaaggttggttcctactttgactgtgaagagagcgttggaggtttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatg 4667649  T
Q  267 aaggctaataaaaacaggg 285  Q
     |||| || ||||||||||    
T  4667650 gaggcgaagaaaaacaggg 4667668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 56
Target Start/End: Original strand, 4631371 - 4631416
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagc 56  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4631371 agagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 4631416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 18925393 - 18925280
Alignment:
Q  11 agagagaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagctt 110  Q
    ||||| |||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||   |  ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||    
T  18925393 agagaaaagaaggcatggacacgatctcaattccgttgatgaaagcataa---gcctttggttgatttatggtgtttggaatgaaagttatatttaactt 18925297  T
Q  111 ctcatttggtttgattt 127  Q
    |||| ||||||| ||||    
T  18925296 ctcagttggtttcattt 18925280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University