View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7480_low_3 (Length: 419)

Name: NF7480_low_3
Description: NF7480
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7480_low_3
NF7480_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-404)||(16842310-16842701)
chr4 (19-360)||(24217180-24217521)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (13-404)||(37400246-37400637)
chr5 (13-404)||(37703003-37703394)
chr5 (13-404)||(37640207-37640598)
chr5 (19-401)||(37824233-37824615)
chr5 (12-404)||(37711959-37712351)
chr5 (23-401)||(37594662-37595040)
chr5 (13-401)||(37533438-37533826)
chr5 (13-404)||(37697122-37697513)
chr5 (13-401)||(37436045-37436433)
chr5 (171-401)||(37392484-37392714)
chr5 (13-106)||(37392392-37392485)
chr5 (19-278)||(37381775-37382034)
chr5 (163-263)||(37429208-37429308)
chr5 (301-348)||(37343272-37343319)
chr5 (307-352)||(37429119-37429164)
chr5 (304-404)||(37412981-37413081)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (85-401)||(14553448-14553764)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Original strand, 16842310 - 16842701
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842310 aataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgtatttaataactttagcggtagcatcccaattg 16842409  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16842410 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctaa 16842509  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842510 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 16842609  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842610 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 16842701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 24217180 - 24217521
Alignment:
Q  19 cttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca-ttcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattgtttat 117  Q
    ||||| || |||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||||  |  |||||||||||  |||| |||||||| ||||| |    
T  24217180 cttaaaggcgagatcccatcattactttcaaacctcacacacctcacttcctta-gatcttcaaattaataactttaatggtaacatcccaaatgttttt 24217278  T
Q  118 ggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttat 217  Q
    | |||||||| ||||||| | | | || ||||||| | ||| |||||||  |||||| ||||||||||| | ||| ||||| || | ||||||  | ||     
T  24217279 gaaaatttaatcaaattaaactttttagcactttcttttaatagtctaagtggccaaattccatcatcattgtttaatctaactcaactttcttctctag 24217378  T
Q  218 atttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaac 317  Q
    |  |||| || ||  |  | || ||||| ||||||  ||||| ||| |||  |||||||||||  | | |   |||| || | |||||||||||||||||    
T  24217379 aactatctttgaattatttagtaggccccattccatctgaaaacactaaacattcaaaattgaagtttctaaatttgggtaataacatgttaaatggaac 24217478  T
Q  318 aattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttg 360  Q
    ||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  24217479 aattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgttagagttg 24217521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Original strand, 37400246 - 37400637
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  37400246 aataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttggatttaataactttagtagtagcatcccaattg 37400345  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  37400346 tttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctca 37400445  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  37400446 tttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgtttttgggtgataacatgttaaat 37400545  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400546 ggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagcaacaacaatctcacagggttcattggtgagttctc 37400637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 37703394 - 37703003
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  37703394 aataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggaggcatcccaattg 37703295  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |      
T  37703294 tttatggaaatttaaacaaattggaatatttatcactttcctctaacaagctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttttat 37703195  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  37703194 tttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaat 37703095  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37703094 ggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcggcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctc 37703003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 37640598 - 37640207
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640598 aataaacttaatggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttggatttaataactttagcggtagcatcccaattg 37640499  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  37640498 tttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttactttaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctca 37640399  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  37640398 tttatatttagcatataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcgcaaaacgttccaaattgagatatgtgggtttggatgataacatgttaaat 37640299  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640298 ggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagtgacaacaatctcacagggttcattggtgagttctc 37640207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 37824615 - 37824233
Alignment:
Q  19 cttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattgtttatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37824615 cttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagagaataactttagcggtagcatcccaaatgtttatg 37824516  T
Q  119 gaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttata 218  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  37824515 gaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttcttatttata 37824416  T
Q  219 tttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaaca 318  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   ||||| ||| ||    ||||||||||||||||||    
T  37824415 tttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagtattgtggatttaagctttaacatgttaaatggaaca 37824316  T
Q  319 attccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 401  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37824315 attccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagtt 37824233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 12 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 37712351 - 37711959
Alignment:
Q  12 gaatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaatt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37712351 gaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgttatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaaat 37712252  T
Q  112 gtttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctg 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  37712251 gtttatggaaatttaatcaaattgaaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctc 37712152  T
Q  212 atttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaa 311  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||  ||| |||||||||||    
T  37712151 atttatatttagcagataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgtttttggatgataacatgttaaa 37712052  T
Q  312 tggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37712051 tggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctc 37711959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 23 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 37595040 - 37594662
Alignment:
Q  23 acggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37595040 acggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattatgatcttacagataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaa 37594941  T
Q  123 tttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatattta 222  Q
    ||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||  ||||    
T  37594940 tttaatcaaattggaatatttagcactttcctttaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggttta 37594841  T
Q  223 tcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattc 322  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  37594840 tcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattc 37594741  T
Q  323 caaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 401  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  || ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  37594740 cacattggtgttattctttgccttcgttgttagaattgtacctcagcaacaacaatcttacagggttcattggtgagtt 37594662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 37533826 - 37533438
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  37533826 aataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttggattgaataactttagtgctagcatcccaaatg 37533727  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||      
T  37533726 tttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttctat 37533627  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    ||||  |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37533626 tttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgataacatgttaaat 37533527  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 401  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37533526 ggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctcagcaacaaccacctcacagggttcattggtgagtt 37533438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 37697513 - 37697122
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697513 aataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattgattgtaatcttgcaaataataactttagcggtagcatcccaattg 37697414  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |    
T  37697413 tttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctca 37697314  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaat 312  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||  ||||  ||| ||||||||||||    
T  37697313 tttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttccaaattgagttatgtgtttttggatgataacatgttaaat 37697214  T
Q  313 ggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctc 404  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||  |||  ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37697213 ggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttatacctggacctcagcagcaaccacctcacagggttcattggtgagttctc 37697122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 37436433 - 37436045
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcccaattg 112  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37436433 aataaacttaacagtgagatttcaccattactttcaaacccctcacacctcatttattgtgaccttggatataataactttagcggtagcattccaaatg 37436334  T
Q  113 tttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctga 212  Q
    |||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |    
T  37436333 tttatcaaaatttaaccaaattggaatatttatcactttcctccaacagcctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctca 37436234  T
Q  213 tttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggt-ttgagtgagaacatgttaaa 311  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||| | || | | |||||||||||    
T  37436233 tttagatttatcatttaacaaactagttggcccaattccaattgaaattacaaaacgtttaaaattgagctatgtgggtctagaat-ataacatgttaaa 37436135  T
Q  312 tggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 401  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37436134 tggaacaattccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctccattacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 37436045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 171 - 401
Target Start/End: Original strand, 37392484 - 37392714
Alignment:
Q  171 ccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaact 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||       
T  37392484 ccaagttccatcatcactttttcatctacccaacctttcttttttagatttatcatctaacaaactagttggcccaattccagttcaaatcacaaaacgc 37392583  T
Q  271 tcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgct 370  Q
    ||||||||||||  ||||  |||  ||   |||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  || |||||  |||         
T  37392584 tcaaaattgagcattgtgaatttaggttctaacatgtttaatggtacaattccgcagtggtgttattctttgccttcattaatagagttggacctcaatg 37392683  T
Q  371 acaaccatctcacagggttcattggtgagtt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37392684 acaaccatctcacagggttcattgatgagtt 37392714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Original strand, 37392392 - 37392485
Alignment:
Q  13 aatatacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcagataataactttagcggtagcatcc 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  37392392 aataaacttaacggtgagatctcaccattatttttgaacctcaaacacctcattcattgtgatcttggatataattactttagcggtaacatcc 37392485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 278
Target Start/End: Original strand, 37381775 - 37382034
Alignment:
Q  19 cttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctcattcattgtgatcttgcag-ataataactttagcggtagcatcccaattgtttat 117  Q
    ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| || | |||||||| | | | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  37381775 cttaaaggtgagatcccatcatcactttcaaaacttacacacctcacttactttgatctt-cagtataataactttagcggtagcatcccaaatgttttt 37381873  T
Q  118 ggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttat 217  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||  | | |||  ||| | |||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||  || | |||||| || ||     
T  37381874 gaaaatttaatcaaattagaatatttaggattctccggtaataatctaagtggcctagttccatcatcactgtttaatctgactgagctttctcatctag 37381973  T
Q  218 atttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 278  Q
    ||||| ||  ||| ||| | || || || ||||||| ||||||||| |||  |||||||||    
T  37381974 atttaacaaataataaattagtaggtcctattccaactgaaatcactaaacattcaaaatt 37382034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 37429308 - 37429208
Alignment:
Q  163 ctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatca 262  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || | ||||||   ||| ||||||| ||||| ||| | | |||||||||||| ||| ||||||    
T  37429308 ctaacaggccaagttccatcatcattgtttcatctaactcagctttctatgttagatttatcgtttaataaattagatggcccaattccgattcaaatca 37429209  T
Q  263 c 263  Q
    |    
T  37429208 c 37429208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 301 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 37343319 - 37343272
Alignment:
Q  301 aacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcg 348  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  37343319 aacatgttaaatggaaaaattctaaattggtgttttactttgccttcg 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37429164 - 37429119
Alignment:
Q  307 ttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgt 352  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  37429164 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgt 37429119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 304 - 404
Target Start/End: Original strand, 37412981 - 37413081
Alignment:
Q  304 atgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttct 403  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||  ||| || ||| |||||| |||  |  ||||||| |||| ||||| |||||| |||||||    
T  37412981 atgttaaatggaacaaatcctcattggtgttattatttgttttctttattagagttgtacctcagtgacaaccacctcagagggtccattggagagttct 37413080  T
Q  404 c 404  Q
    |    
T  37413081 c 37413081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 85 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 14553764 - 14553448
Alignment:
Q  85 aataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcat 184  Q
    |||||||| ||| | |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||  |||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  14553764 aataacttaagctggagcatcccagatgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcat 14553665  T
Q  185 cactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagcta 284  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||  ||||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  14553664 cactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagcta 14553565  T
Q  285 tgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcaca 384  Q
    ||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || ||||||| ||||||    
T  14553564 tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcaca 14553465  T
Q  385 gggttcattggtgagtt 401  Q
    |||||||||||||||||    
T  14553464 gggttcattggtgagtt 14553448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University