View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7481_low_9 (Length: 426)

Name: NF7481_low_9
Description: NF7481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7481_low_9
NF7481_low_9
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (1-405)||(25468927-25469331)
chr5 (89-405)||(28474297-28474616)
chr5 (89-405)||(32762437-32762756)
chr5 (82-381)||(32709619-32709921)
chr5 (82-405)||(32662297-32662623)
chr5 (4-246)||(25477240-25477491)
chr5 (82-358)||(32652202-32652481)
chr5 (82-405)||(32558210-32558536)
chr5 (86-402)||(32767337-32767653)
chr5 (82-348)||(32857687-32857960)
chr5 (84-405)||(32739522-32739846)
chr5 (82-405)||(32656410-32656736)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (82-405)||(7970236-7970562)
chr7 (82-391)||(37576549-37576861)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (82-391)||(16756386-16756698)
chr2 (82-405)||(16751905-16752231)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (92-405)||(17590850-17591163)
chr1 (4-405)||(17582850-17583256)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (297-404)||(21524198-21524305)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Original strand, 25468927 - 25469331
Alignment:
Q  1 ctagctaacaagccttgcaaagaaatatttcatttcattctagcaaatacttcaaagtctaattcgatggtttannnnnnngttgcaattcagtgtgata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||||||||||    
T  25468927 ctagctaacaagccttgcaaagaaatatttcatttcattctagcaaatacttcaaagtctaatttgatggtttatttttttgttgcaattcagtgtgata 25469026  T
Q  101 atggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaacattagctcaaaacgttgtaaagccattgagaatatatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25469027 atggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgagaagaagtgtccgaagtgctacattagctcgaaacgttgtaaagccattgagaatatatt 25469126  T
Q  201 gcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagcatgaaaaagaatgtatctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25469127 gcaatctatggaagaaatatcatgtccgaatgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgcagaaataggaagcatgaaaaagaatgtatctat 25469226  T
Q  301 gagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacggggattctcgaaacaaat 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  25469227 gagccatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccattttagccaaaaacacggggattctcaaaataaat 25469326  T
Q  401 tttct 405  Q
    |||||    
T  25469327 tttct 25469331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 89 - 405
Target Start/End: Original strand, 28474297 - 28474616
Alignment:
Q  89 ttcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaa------cattagctcaaaacgttgtaa 182  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||   |||||        |||||||||||||||||||||    
T  28474297 ttcagtgtgataatggtcatattgtttgctctacctgctgtactaaacttaggaacaagtgtcatgagtgctcgttgcgcattagctcaaaacgttgtaa 28474396  T
Q  183 agccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagcat 282  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||   ||  |||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||  | ||||||||||||||    
T  28474397 agccattgagaatatattgttatctattgaa---atgccatgtccgaatgcaaaccatggttgcaaggagaaaataagttacactggaaataggaagcat 28474493  T
Q  283 gaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacg 382  Q
    ||| | ||||| |||||    | ||||||||||||  |||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||| |    
T  28474494 gaagacgaatgcatctactttccatgttactgccctctttctggttgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatttcagccataaacatg 28474593  T
Q  383 gggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  28474594 gggattctcgaatcaaattttct 28474616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 89 - 405
Target Start/End: Original strand, 32762437 - 32762756
Alignment:
Q  89 ttcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc------aacattagctcaaaacgttgtaa 182  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||   | ||||      || ||||||||||||||||||||    
T  32762437 ttcagtgcgataatggtcatattatttgctctacctgctgtcctaaactcaggaacaagtgtttcatgtgctctttgaatattagctcaaaacgttgtaa 32762536  T
Q  183 agccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagcat 282  Q
    |  |||||||||  ||||||||||||| |||   || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||    
T  32762537 atacattgagaacgtattgcaatctattgaa---atgtcatgtccgaatgcaaaatatggttgcagggagaaaataagttacattgaaaataggaagcat 32762633  T
Q  283 gaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacg 382  Q
    ||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| ||||||     
T  32762634 gaagaggaatgcatctacgaactatgttactgccccctttcaggttgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatgtcagccataaacaca 32762733  T
Q  383 gggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    |||||||||  | ||||||||||    
T  32762734 gggattctcacatcaaattttct 32762756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 82 - 381
Target Start/End: Original strand, 32709619 - 32709921
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc----aac--attagctcaaaac 175  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||    |||  ||| ||| |||||    
T  32709619 gttgcaattcagtgtgttaatggtcatattgtttgctcaacctgctgtgataaacatcggaacaagtgtcccaaatgctcaaaacgtattcgcttaaaac 32709718  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||   || ||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  | |||  |   || |     
T  32709719 gttgtaaagccattgagaatcttttgcaatctttcgaa---atgtcatgcccgaatgaaaaacatggctgcaaggagacaatgggctacaatgagaagaa 32709815  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| |||     
T  32709816 gaagcatgaagaagaatgtatgtatgtgccatgttactgtcccctttcaggttgtgactttgttgcctcatcagaagtgttgtccaatcatttcagccat 32709915  T
Q  376 aaacac 381  Q
    ||||||    
T  32709916 aaacac 32709921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 82 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 32662623 - 32662297
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaac------attagctcaaaac 175  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||  ||||||         |||||||||||||    
T  32662623 gttgcactacagtgtgataatggtcatattttttgctctacctgctatcctaaacttgggaacaagcgtcacaagtgctcgttgcgtattagctcaaaac 32662524  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||   || ||||||||||| | ||| ||||||||||  |||| |||||||| |  | |||| ||    
T  32662523 gttgtaaagccattgagaatctattgctatctattgaa---atgtcatgtccgaatgtaaatcatggttgcaatgagaaaataagttgcattggaaagag 32662427  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||| || ||||| ||||||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||| |  ||||||| | |     
T  32662426 gaagcatgaagaagaatgcatccatgtgccatgttgctgccctgtttcaagctgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtctaagcatttcagcgat 32662327  T
Q  376 aaacacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  32662326 aaacacggggattctcatatcaaattttct 32662297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 246
Target Start/End: Original strand, 25477240 - 25477491
Alignment:
Q  4 gctaacaagccttgcaaagaaatatttcatttcattctagcaaatacttcaaagtctaattcgatgg-tttannnnnnngttgcaattcagtgtgataat 102  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |  |||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||        ||||||||| |||||||||||    
T  25477240 gctaacaagccttacaaagaaatatgttttttctttctagaaaatgcttcaaagtctaatttgatgggtttttttttttgttgcaatttagtgtgataat 25477339  T
Q  103 ggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc------aacattagctc-aaaacgttgtaaagccattgaga-- 193  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||| |||| ||||||||||||||||||      
T  25477340 gggcatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtcagaagtgctcattgcacattagctcaaaaatgttgtaaagccattgagaat 25477439  T
Q  194 --atatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgc 246  Q
      |||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  25477440 atatatattgcaatatatg---gaaatgtcatgtccgaatgaaaaacatggttgc 25477491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 82 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 32652481 - 32652202
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaa------cattagctcaaaac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||||||||||  || |||        ||||||||||||||    
T  32652481 gttgcaattcagtgtgataatggtcatattgtttgctctacctgcagtactaaacttagaaacaagtgtcacaattgctcgttgcccattagctcaaaac 32652382  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
     ||||||||||  ||||||| |||||| |||||| |||   || ||||||||||| | ||||||||||||||  |||| ||||||||||  | |||| ||    
T  32652381 attgtaaagccgctgagaatctattgctatctattgaa---atgtcatgtccgaatgcaaaacatggttgcaatgagaaaataagttacattggaaagag 32652285  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgt 358  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||  || || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32652284 gaggcatgaaaaagaatgcatccatgcgccatgttactgccctgttccaagttgtcactttgttgcatcatcagaagtgctgt 32652202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 82 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 32558536 - 32558210
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc--aa----cattagctcaaaac 175  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||| |  | |||||  |||||| ||||  ||||||  ||    |||||||||||||     
T  32558536 gttgcaattcagtgcgataatgatcatattgtttgctctacttgctttcctcaacttatgaacaactgtcacaagtgctcaatgcccattagctcaaaat 32558437  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||  ||   ||  |||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |  || |||| ||    
T  32558436 gttgcaaagtcattgagaatatatcgcaatctatccaa---atgccatgcccgaacaaaaaatatggctgcagggagacaataagtcaaagtggaaagag 32558340  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    ||| |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||| ||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||| |||||| |||||||| |||     
T  32558339 gaaacatgaagaagaatgcatctatgtgccatgttactgtcccgttaaaggttgtgattttgttgcctcattagaagtgttgtccaaccatttcaaccat 32558240  T
Q  376 aaacacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||||||||||| |||| || | ||||||||    
T  32558239 aaacacggggactctctaatcgaattttct 32558210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 86 - 402
Target Start/End: Original strand, 32767337 - 32767653
Alignment:
Q  86 caattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccga----agtgcaacattagctcaaaacgttgta 181  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||  |     | |||  |||||||||||||| |||||    
T  32767337 caattcagtgtgataatggtcatattgtttgctctacctgctctcctaaacttaggaacaagtgttggtgctcattgcc-cattagctcaaaacattgta 32767435  T
Q  182 aagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagca 281  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| |||   |||||||||||||| |   |||||||||| || |  | ||||||||||    ||||| |||||||    
T  32767436 aagccattgagaatctaatgctatctattgaa---atatcatgtccgaatgccgaacatggttgtagagtaaaaataagttacatcggaaatcggaagca 32767532  T
Q  282 tgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacac 381  Q
    |||| | ||||| || || |  ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| | |||| ||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||    
T  32767533 tgaagacgaatgcatatacgtactatgttactgccccattttaggttgtggctttgctgcaacatcagaagtgttgtccaaccatttcagccgaaaacac 32767632  T
Q  382 ggggattctcgaaacaaattt 402  Q
     || |||||| || |||||||    
T  32767633 cggaattctcaaatcaaattt 32767653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 82 - 348
Target Start/End: Original strand, 32857687 - 32857960
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaac------attagctcaaaac 175  Q
    |||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||   ||||||  |      |||||| |||||     
T  32857687 gttgcatttcagtctaataatggtcatattgtttgctctacctgctgtcctaaacttaggaacaagtgttacaagtgctccttgcccattagcgcaaaat 32857786  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccg-aacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaata 274  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||    ||||| ||||||||| || | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||  | |||| |    
T  32857787 gttgtaaagccattgagaatttattgctatctat---cgaaatgtcatgtccgaaatgcaaagcatggttgcaaggagaaaataagttacactggaaaga 32857883  T
Q  275 ggaagcatgaaaaagaatgtat---ctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatca 348  Q
    | ||||||||| |||||||  |   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32857884 gtaagcatgaagaagaatgcttctactatgagccatgttactgccccctttcaggttgtgactttgttgcatcatca 32857960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 405
Target Start/End: Original strand, 32739522 - 32739846
Alignment:
Q  84 tgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaa------cattagctcaaaacgt 177  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||  ||||||        ||| ||||| |||||     
T  32739522 tgcaatacagtgtgataatggtcatattgtctgctctacttgctgtcctaaacttcggaacaagtgtcacaagtgctcattgtccatcagctctaaacgc 32739621  T
Q  178 tgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatagga 277  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||   |  |||||||||| | |||| |||||||||||| |||||  || |||  |||  | |||     
T  32739622 tgtgaagccattgagaatctattgcgatctattgaag---tgccatgtccgaatgcaaaatatggttgcagggtgacaaataggtacattaggcagaggg 32739718  T
Q  278 agcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaa 377  Q
    | |||||||| ||||| ||| || ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||  ||| ||    
T  32739719 atcatgaaaacgaatgcatccataagccatgttactgtcccttttcaggatgtgactttgttgaatcatcagaagtgttgtctatgcatttctgccataa 32739818  T
Q  378 acacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||| |||||||| | || ||||||||||    
T  32739819 acatggggattcgcaaatcaaattttct 32739846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 32656736 - 32656410
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc------aacattagctcaaaac 175  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||   ||||||        || |||||| ||||    
T  32656736 gttgcaatgcagtgtgacaatggtcatattgtttgctctacctgctgtcctaaacttggaaacaagtgttacaagtgctcattgcccactagctccaaac 32656637  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
     ||||||||||||||||||| |||||  |||| |    ||||| ||||||||||| | |||| |||||||||   ||| ||| ||||||   ||||| ||    
T  32656636 attgtaaagccattgagaatctattggtatctct---tgaaatgtcatgtccgaatgcaaaatatggttgcaacaagaaaattagttacatcagaaagag 32656540  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||| ||  |||||||| ||  ||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||| |  ||||||| | |     
T  32656539 gaatcatgaaaaagaatgcatccatgtgccctgttactgtcctatttcaagttgtggctttgttgcatcatccgaagtgttgtctaagcatttcagcgat 32656440  T
Q  376 aaacacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||||||  |||||||| || ||||||||||    
T  32656439 aaacacaaggattctcaaatcaaattttct 32656410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 9e-74; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 82 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 7970562 - 7970236
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgca------acattagctcaaaac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||  ||||||       |||||||||||||||    
T  7970562 gttgcaattcagtgtgataatggtcatatcgtttgctctacctgctgtcctaaacttaggaacaagtgtcacaagtgctcattgcacattagctcaaaac 7970463  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||   || ||||||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||    |||||||    
T  7970462 gttgtatagccattgagaatctattgcaatctatcgaa---atgtcatgtctgaatgcaaaacatggttgcaaggagaaaataagttacaccggaaatag 7970366  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||     
T  7970365 gaagcatgaagaagaatgcatctatgtaccatgttactgtcccctttcaggttgtgactttgttgcgtcatcagaagtgttgtccaaccatttcagccat 7970266  T
Q  376 aaacacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||||| |||||||||| || | ||||||||    
T  7970265 aaacatggggattctcaaatcgaattttct 7970236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 82 - 391
Target Start/End: Original strand, 37576549 - 37576861
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaa------cattagctcaaaac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||| ||||||        ||||||||||||||    
T  37576549 gttgcaattcagtgtgataatggtcatattgcttgctctacctgctatcctaaacttaggaacacgtgtcccaagtgctcattgcgcattagctcaaaac 37576648  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||    | |||||| |||| | |||| | |||||||| |||| ||||||||||  | |||| |     
T  37576649 gttgtaaagccattgagaatctattgctatctattgaat---tgtcatgttcgaatgcaaaatacggttgcagagagaaaataagttacattggaaagat 37576745  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    ||| |||||| || |||| ||| ||||||  |||||||||||  |  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |  ||||||| |||     
T  37576746 gaaccatgaagaacaatgcatccatgagccgtgttactgccctctgccagattgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtctaagcatttcagccat 37576845  T
Q  376 aaacacggggattctc 391  Q
    ||||||||||||||||    
T  37576846 aaacacggggattctc 37576861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 82 - 391
Target Start/End: Original strand, 16756386 - 16756698
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc----aa--cattagctcaaaac 175  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||  ||||||||||||||   ||||||    ||  |||||||| |||||    
T  16756386 gttgaaattcagtgtgataatggtcatattgtttgctctacctgctgctctaagtttgggaacaagtgtgacaagtgctcaaaatgcattagcttaaaac 16756485  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||  ||   ||  |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||   ||||  |   || ||    
T  16756486 gttgtagagcctttgagaatctattgcaatatatcaaa---atgccatgtctgaatgaaaaatatggttgcaaggagacaatcgattacattcagaagag 16756582  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||  |||||||| |||     
T  16756583 gaagcatgaagaagaatgcatctatgtgccatgttattgccccctttcaggttgtgactttgttgcttcatcagaggtgttgtccgaccatttcagccat 16756682  T
Q  376 aaacacggggattctc 391  Q
    ||||||| ||||||||    
T  16756683 aaacacgaggattctc 16756698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 405
Target Start/End: Original strand, 16751905 - 16752231
Alignment:
Q  82 gttgcaattcagtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgc----aa--cattagctcaaaac 175  Q
    |||| |||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||    ||||||    ||  |||||||| |||||    
T  16751905 gttgaaattcagtgtaaaactggtcatattgtttgctttacctgctgttctaagcttgggaacaagtgcgacaagtgctcaaaatgcattagcttaaaac 16752004  T
Q  176 gttgtaaagccattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaatag 275  Q
    |||| | |||| |||||||| ||||||||| |||  ||   || ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||   || |     
T  16752005 gttgcagagcctttgagaatctattgcaatatatcaaa---atgtcatgcccgaatgaaaaatatggttgcagagagacaatagattacagtcagaagac 16752101  T
Q  276 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaa 375  Q
    |||||||||| || |||| |||||||  | |||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||| ||| |||||| |||||||| | |     
T  16752102 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 16752201  T
Q  376 aaacacggggattctcgaaacaaattttct 405  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  16752202 aaacacgaggattctcaaatcaaattttct 16752231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 405
Target Start/End: Original strand, 17590850 - 17591163
Alignment:
Q  92 agtgtgataatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgca------acattagctcaaaacgttgtaaagc 185  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||   |||||       ||||||||||||||||||| |||||    
T  17590850 agtgtgataatggtcatattgtttgctctacctgctgtacgaaacttaagaacaagtgtcacgagtgctcattgcacattagctcaaaacgttgcaaagc 17590949  T
Q  186 cattgagaatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagcatgaa 285  Q
    |||||||||| |||||| ||||||  ||   || |||||| |||| | ||| |||||||| | |||||  |||||||||   |   ||||||||||||||    
T  17590950 cattgagaatctattgctatctatcaaa---atgtcatgttcgaatgcaaagcatggttgtaaggagaagataagttac---accgataggaagcatgaa 17591043  T
Q  286 aaagaatgtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacgggg 385  Q
     |||||||  |||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||  || ||||| ||||    
T  17591044 gaagaatgcgtctacgtactatgttactgccccctttcaggatgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatttcaggcataaacatgggg 17591143  T
Q  386 attctcgaaacaaattttct 405  Q
    |||||  || ||||||||||    
T  17591144 attctataatcaaattttct 17591163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 405
Target Start/End: Original strand, 17582850 - 17583256
Alignment:
Q  4 gctaacaagccttgcaaagaaatatttcatttcattctagcaaatacttcaaagtctaattcgatggtttannnnnnngttgcaattc-----agtgtga 98  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||| |||| |||||| |||||  |||||||||||||| |||| |||        |||||||| |     |||||||    
T  17582850 gctaacaagccttacaaataaatcttttattttattctaacaaatggttcaaagtctaatttgatgattttctttgatgttgcaataccttgcagtgtga 17582949  T
Q  99 taatggccatattgtttgctctacctgctgtgataaacttgggaacaagtgtccgaagtgcaa------cattagctcaaaacgttgtaaagccattgag 192  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||   |||||        ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17582950 taatgatcatattgtttgctctacttgctgtactaaacttaggaacaagtgtcacgagtgctcattgcgcattagctcaaaacgttgtaaagtcattgag 17583049  T
Q  193 aatatattgcaatctatggaagaaatatcatgtccgaacgaaaaacatggttgcagggagacaataagttactgtagaaataggaagcatgaaaaagaat 292  Q
    ||| |||||| ||||||  ||   || |||| ||| || | |||||||||||||| || || ||||||||||  |    |||||||||||||| || |||    
T  17583050 aatctattgctatctatcaaa---atttcatatccaaatgcaaaacatggttgcaaggcgaaaataagttacactg---ataggaagcatgaagaaaaat 17583143  T
Q  293 gtatctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacggggattctcg 392  Q
    | ||||| |  | |||| |||||||| ||||||| |||||||| | |||||| |||||| || |||||| ||| |||| ||| ||||| || |||||||     
T  17583144 gcatctacgtaccatgtgactgccccctttcaggatgtgactttgctgcatcgtcagaattgttgtccaaccacttcagccataaacatggtgattctca 17583243  T
Q  393 aaacaaattttct 405  Q
    || ||||||||||    
T  17583244 aatcaaattttct 17583256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 297 - 404
Target Start/End: Original strand, 21524198 - 21524305
Alignment:
Q  297 ctatgagctatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccatttcatccaaaaacacggggattctcgaaac 396  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||| |   |||||| ||||||||| || |    
T  21524198 ctatgagccatgttactgccccctttcaggttgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtcaaaccatttcagctttaaacacagggattctcaaatc 21524297  T
Q  397 aaattttc 404  Q
    ||||||||    
T  21524298 aaattttc 21524305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University