View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7489_high_9 (Length: 549)

Name: NF7489_high_9
Description: NF7489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7489_high_9
NF7489_high_9
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (111-448)||(4139472-4139809)
chr8 (112-448)||(917566-917900)
chr8 (111-306)||(10187698-10187893)
chr8 (256-448)||(28844151-28844343)
chr8 (112-173)||(28844402-28844463)
chr8 (112-188)||(12274366-12274441)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (111-448)||(21631383-21631720)
chr4 (111-448)||(21804079-21804416)
chr4 (117-448)||(34736386-34736730)
chr4 (112-448)||(46093533-46093854)
chr4 (112-448)||(20037488-20037816)
chr4 (256-448)||(2503714-2503906)
chr4 (256-448)||(53829261-53829456)
chr4 (112-173)||(2503594-2503655)
chr4 (121-201)||(43944693-43944773)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (112-448)||(43565345-43565680)
chr2 (112-448)||(29456553-29456888)
chr2 (256-448)||(7572805-7572997)
chr2 (256-448)||(16667400-16667592)
chr2 (112-173)||(7572685-7572746)
chr2 (112-173)||(16667280-16667341)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (112-448)||(35871571-35871918)
chr3 (112-448)||(48267473-48267821)
chr3 (256-448)||(52350962-52351154)
chr3 (112-173)||(52351213-52351274)
chr3 (121-238)||(54944894-54945006)
chr3 (121-238)||(5883522-5883647)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (112-448)||(47232391-47232736)
chr7 (112-448)||(39065698-39066019)
chr7 (256-448)||(25418289-25418481)
chr7 (116-185)||(5432823-5432892)
chr7 (112-173)||(5767081-5767142)
chr7 (112-173)||(25418169-25418230)
chr7 (121-238)||(47932092-47932204)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (122-448)||(39624678-39625006)
chr1 (112-395)||(22911252-22911539)
chr1 (256-448)||(13787465-13787657)
chr1 (256-448)||(25806485-25806677)
chr1 (112-173)||(13787716-13787777)
chr1 (112-173)||(25806365-25806426)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (122-448)||(18883789-18884115)
chr6 (256-448)||(13432167-13432359)
chr6 (112-238)||(26720316-26720435)
chr6 (112-173)||(13432047-13432108)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (112-448)||(36992276-36992597)
chr5 (256-448)||(21603848-21604040)
chr5 (112-206)||(37300527-37300621)
chr5 (368-448)||(37300745-37300825)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (121-238)||(7978-8103)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 111 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 4139809 - 4139472
Alignment:
Q  111 gaatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4139809 gaatgtaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 4139710  T
Q  211 tgagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatct 310  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4139709 tgagaaagggtaagaagttatactatataggagaatgttttttttagaggtgacacatatgcataatcatagcttgagaataatgagtcaaatttaatct 4139610  T
Q  311 atgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggat 410  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4139609 atgagaagatctttaaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggat 4139510  T
Q  411 ataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4139509 ataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 4139472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Original strand, 917566 - 917900
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  917566 aatggaggataaataataactacaaatatattaaaaaaggatgataaattttgtaacttaaaattacttgcattgtttcaattataagattagatagaat 917665  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatcta 311  Q
     |  || ||| ||||||||| ||| || | ||||||        ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |    
T  917666 aaataagggtgagaagttatgctacatggaagaatgttttttt-agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcaaatttaattca 917764  T
Q  312 tgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggata 411  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  917765 tgggaagatctttaaggtaccatatcatcataatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagacaaatatataattgata 917864  T
Q  412 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  917865 taaacacttatacattcaa-cttaacctcatattttc 917900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 111 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 10187893 - 10187698
Alignment:
Q  111 gaatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187893 gaatggaggataaataataactataaatatattatgaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 10187794  T
Q  211 tgagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaattta 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  10187793 tgagaaagggtaagaagttatactatataggagaatgttttttttagaggtgacacatatgcataatcataacttgagaatgatgagtcaaattta 10187698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 28844343 - 28844151
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  28844343 agaggtgacgcatatgcataatcatagcctaagaataatgagtcatatttaatttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcaa 28844244  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28844243 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 28844151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 28844463 - 28844402
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28844463 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 28844402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 112 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12274441 - 12274366
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgtt 188  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12274441 aatggaggataa-taataactacaaatatattaagaaaggatgataaattttgtaatttaaaattacttgcattgtt 12274366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 111 - 448
Target Start/End: Original strand, 21631383 - 21631720
Alignment:
Q  111 gaatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21631383 gaatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataaattttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 21631482  T
Q  211 tgagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatct 310  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21631483 tgagaaagggtaagaagttatactatataggagaatgttttttttagaggtgacacatatgcataatcatagcttgagaataatgagtcaaatttaatct 21631582  T
Q  311 atgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggat 410  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21631583 atgagaagatctttaaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatataaaagactaatatataatggat 21631682  T
Q  411 ataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21631683 ataaacacttatacattcaaccttaacctaatactttc 21631720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 111 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 21804416 - 21804079
Alignment:
Q  111 gaatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21804416 gaatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataaattttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaa 21804317  T
Q  211 tgagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatct 310  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21804316 tgagaaagggtaagaagttatactatataggagaatgttttttttagaggtgacacatatgcataatcatagcttgagaataatgagtcaaatttaatct 21804217  T
Q  311 atgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggat 410  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  21804216 atgagaagatctttaaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacagtataaatatacaagacttatatataatggat 21804117  T
Q  411 ataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21804116 ataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 21804079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 117 - 448
Target Start/End: Original strand, 34736386 - 34736730
Alignment:
Q  117 aggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagat---------a 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |    
T  34736386 aggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagattaattagaca 34736485  T
Q  208 gaatgagaaaaggtaagaagttat---actatataggaga--atgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaa 302  Q
    |||| ||||| |||  ||| ||||   ||||||| |||||  |||        ||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  34736486 gaataagaaagggtgcgaaattattatactatatgggagagaatggtttttt-agaggtgacgcatatccataatcatagcttaagaataatgagtcaaa 34736584  T
Q  303 tttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatata 402  Q
    |||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34736585 tttaatttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagacaaatata 34736684  T
Q  403 taatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34736685 taattgatataaaaacttatacattcaacattaacctcatactttc 34736730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 46093854 - 46093533
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |                 ||||||||||||||    
T  46093854 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaacttagat-----------------agattagatagaat 46093772  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaat 308  Q
     ||||| ||| |||| ||||   ||||||| ||||||||        ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  46093771 aagaaagggtgagaaattattatactatatgggagaatgatttttt-agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaat 46093673  T
Q  309 ctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatgg 408  Q
     |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  46093672 ttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattg 46093573  T
Q  409 atataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46093572 atataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 46093533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 20037816 - 20037488
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20037816 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaagaatgataggttttataacttaaaattacttgcattattataattattagattagatagaat 20037717  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatcta 311  Q
     | ||| ||| ||||||||||||||||  ||||||         |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||  |    
T  20037716 aataaagggtgagaagttatactatatgcgagaat---ttttttagaggtgacacatatgcataatcaaagcttaagaataatgagtcaaatttaattaa 20037620  T
Q  312 tgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggata 411  Q
    |  |||  ||||  ||||||| ||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| || |    
T  20037619 taggaaagtcttagaggtaccatatcatcgcaattttagatcaagagtaattcaaacttactttacaatat-aatatagaagataaatatataattgaca 20037521  T
Q  412 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||| ||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  20037520 taaatactt----attcaaccttaacctcatactttc 20037488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 2503714 - 2503906
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  2503714 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 2503813  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2503814 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 2503906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 53829261 - 53829456
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaa---gatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagat 352  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || | |||    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  53829261 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcaaatttaatttaagggaatattatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagat 53829360  T
Q  353 taagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53829361 caagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatattttc 53829456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 2503594 - 2503655
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2503594 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 2503655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 43944773 - 43944693
Alignment:
Q  121 taaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagat 201  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  43944773 taaataataacaacaaatttattaagaagggatgataagttttgtaacttaaaattgcttgcattctcataattattagat 43944693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 43565680 - 43565345
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||    
T  43565680 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataaattttgtaactgaaaattacttgcattgtgtcaattataagattagatagaat 43565581  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatcta 311  Q
     ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||        ||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  43565580 aagaaagggtgagaagttatgctatatgggagaatgttttttt-agaggtgacgcatatgcataatcataacttaagaataatgagtcaaatttaattta 43565482  T
Q  312 tgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggata 411  Q
    || ||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  43565481 tgggaaaatctttaagctaccatatcatcataatgctagatcaagagtaactcaaacctactttacaatataaatatagaagacaaatatataattgata 43565382  T
Q  412 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43565381 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 43565345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 29456888 - 29456553
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  29456888 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaagatgataaattttgtaactgaaaattacttgcattgtttcaattataagattagatagaat 29456789  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatcta 311  Q
     ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||         ||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  29456788 aagaaagggtgagaagttatgctatatgggagaat-atttttttagaggtgacgcatatggataatcatagcttaagaataatgagtcaaatttaattta 29456690  T
Q  312 tgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggata 411  Q
    || ||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  29456689 tgggaaaatctttaaggtaccatatcatcataatactagatcaagagtaactcaaacttactttataatataaatatagaagacaaatatataattgata 29456590  T
Q  412 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29456589 taaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 29456553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 7572805 - 7572997
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  7572805 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 7572904  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7572905 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 7572997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 16667400 - 16667592
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  16667400 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 16667499  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16667500 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 16667592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 7572685 - 7572746
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7572685 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 7572746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 16667280 - 16667341
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16667280 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 16667341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 35871918 - 35871571
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattatta---------gatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||         ||||    
T  35871918 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttccactgttataattattaaattagatagatt 35871819  T
Q  203 agatagaatgagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtc 299  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||| ||||   ||||||| ||||||||        ||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  35871818 agatagaataagaaagggtgagaaattattatactatatgggagaatgatttttt-agaggtgacgcatatgcataatcatagtttaagaataatgagtc 35871720  T
Q  300 aaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaat 399  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35871719 aaatttaatttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagacaaat 35871620  T
Q  400 atataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35871619 atataattgatataaacacttatacattcaaccataacctcatactttc 35871571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 48267821 - 48267473
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagataga-- 209  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||      
T  48267821 aatggagggtaaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttccactgttataattattagattagatagatt 48267722  T
Q  210 -------atgagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtc 299  Q
           || ||||| ||| |||| ||||   |||| || ||||||||        ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  48267721 agatagaataagaaagggtgagaaattattatactacatgggagaatgatttttt-agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtc 48267623  T
Q  300 aaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaa-tatagaagactaa 398  Q
    ||||||||| ||||  || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  48267622 aaatttaatttatggaaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaattatagaagacaaa 48267523  T
Q  399 tatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48267522 tatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacgtcatactttc 48267473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 52351154 - 52350962
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  52351154 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 52351055  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52351054 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 52350962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 52351274 - 52351213
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52351274 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 52351213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 54944894 - 54945006
Alignment:
Q  121 taaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaatgagaaaagg 220  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||     |||||||||||| ||||| ||    
T  54944894 taaataataacaacaaatttattaagaagggatgataagttttgtaacttaaaattgattgcattctcataatt-----attagatagaataagaaaggg 54944988  T
Q  221 taagaagttatactatat 238  Q
    | ||||||||||||||||    
T  54944989 tgagaagttatactatat 54945006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 5883522 - 5883647
Alignment:
Q  121 taaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattag--------attagatagaatg 212  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||        ||||||||||||     
T  5883522 taaataataacaacaaatttattaagaaggaatgataagttttgtaacttaaaattgcttgcattctcataattattagatagatatattagatagaata 5883621  T
Q  213 agaaaaggtaagaagttatactatat 238  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5883622 agaaagggtgagaagttatactatat 5883647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 9e-96; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Original strand, 47232391 - 47232736
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagataga-- 209  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||      
T  47232391 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttcaaattacttccagtgttataattattagattagatagatt 47232490  T
Q  210 -------atgagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtc 299  Q
           || ||||| ||| |||| ||||   |||||||  |||||||        |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47232491 agatagaataagaaagggtgagaaattattatactatatgagagaatgatttttt-agaggtgacacatatgcataatcatagcttaagaataatgagtc 47232589  T
Q  300 aaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaat 399  Q
    ||||||||| | || ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47232590 aaatttaattt-tgggaatatctttaaggtaccatatcatcataatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagac-aat 47232687  T
Q  400 atataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47232688 atataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 47232736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Original strand, 39065698 - 39066019
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |                 ||||||||||||||    
T  39065698 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaacttagat-----------------agattagatagaat 39065780  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaat 308  Q
     ||||| ||| |||| ||||   ||||||| ||||||||        ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  39065781 aagaaagggtgagaaattattatactatatgggagaatgatttttt-agaggtgatgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaat 39065879  T
Q  309 ctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatgg 408  Q
     |||| ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  39065880 ttatgggaatatctttgaggtaccatttcatcacaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattg 39065979  T
Q  409 atataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39065980 atataaacacttatacattcaaccttaaccttatactttc 39066019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 25418289 - 25418481
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  25418289 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 25418388  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25418389 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 25418481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 116 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 5432892 - 5432823
Alignment:
Q  116 gaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcatt 185  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5432892 gaggataaataataactgcaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattaattgcatt 5432823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 5767081 - 5767142
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5767081 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 5767142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 25418169 - 25418230
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25418169 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 25418230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 47932092 - 47932204
Alignment:
Q  121 taaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaatgagaaaagg 220  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||     |||||||||||| ||||| ||    
T  47932092 taaataataacaacaaatttattaagaagggatgataagttttgtaacttaaaattgattgcattctcataatt-----attagatagaataagaaaggg 47932186  T
Q  221 taagaagttatactatat 238  Q
    | ||||||||||||||||    
T  47932187 tgagaagttatactatat 47932204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 122 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 39625006 - 39624678
Alignment:
Q  122 aaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaatgagaaaaggt 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  39625006 aaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaactacttgcattattataattgttagattagatagaataagaaagggt 39624907  T
Q  222 aagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgata--catatgcataatcata-gcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaag 318  Q
     |||| |||||||||||  ||||||         |||||||| |  ||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  39624906 gagaaattatactatatgtgagaat-atttttttagaggtgagatgcatatacataatcataagcttaagaataatgagtcaaatttaatttatgggaag 39624808  T
Q  319 atctttaaggtaccgtatcatcacaa-tgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaaca 417  Q
     |||| |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  39624807 gtcttaaaggtaccatgtcatcacaaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttaaaatataa-tatagaagacaaatatataattgatagaaaca 39624709  T
Q  418 cttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39624708 cttatacattcaaccttaacctcatactttc 39624678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 112 - 395
Target Start/End: Original strand, 22911252 - 22911539
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattatta---------gatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||         ||||    
T  22911252 aatggaggataaataataactataaatatattaagaaaggatgataagttttgcacctgaaaattacttgcattgttataattattatattaaatagatt 22911351  T
Q  203 agatagaatgagaaaaggtaagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaa 302  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||        ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  22911352 agatagaataagaaagggcgagaagttatattatatgggagaatgttttttt-agaggtgaagcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcaaa 22911450  T
Q  303 tttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagac 395  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  22911451 tttaatttatgggaagatctttgaggtatcatatcatcacaatgctatattaagagtaactcaa----actttacaatataaatatagaagac 22911539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 13787657 - 13787465
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  13787657 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 13787558  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13787557 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 13787465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 25806485 - 25806677
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  25806485 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 25806584  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25806585 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 25806677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 13787777 - 13787716
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13787777 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 13787716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 25806365 - 25806426
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25806365 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 25806426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 122 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 18884115 - 18883789
Alignment:
Q  122 aaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaatgagaaaaggt 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||  ||    
T  18884115 aaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaactacttgcattattataattgttagattagatagaataagaaagagt 18884016  T
Q  222 aagaagttatactatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcata-gcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagat 320  Q
     |||| |||||||||||  ||||||         ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||| |||| |    
T  18884015 gagaaattatactatatgtgagaat-atttttttagaggtgacgcatatgcataatcataagcttaagaataatgaatcaaatttaatttatgggaaggt 18883917  T
Q  321 ctttaaggtaccgtatcatcacaa-tgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacact 419  Q
    ||| |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  18883916 cttaaaggtaccatgtcatcacaaatgctagatcaagagtaactcaaacttactttaaaatataa-tatagaagacaaatatataattgatagaaacact 18883818  T
Q  420 tatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18883817 tatacattcaaccttaacctcacactttc 18883789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 13432167 - 13432359
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  13432167 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaatttataggaatatctttgaggtaccatgtcatcacaatgctagatcaa 13432266  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13432267 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattgatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 13432359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 112 - 238
Target Start/End: Original strand, 26720316 - 26720435
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||| |||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     ||||||||||||    
T  26720316 aatggatgataaataataac--aacatatattaagaagggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattcttataatt-----attagatagaat 26720408  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttatactatat 238  Q
     ||||| | | ||||||||||||||||    
T  26720409 aagaaaggatgagaagttatactatat 26720435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Original strand, 13432047 - 13432108
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13432047 aatggaggataaataataactacagatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaa 13432108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 8e-81; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 36992597 - 36992276
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagatagaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |                 ||||||||||||||    
T  36992597 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaacttagat-----------------agattagatagaat 36992515  T
Q  212 gagaaaaggtaagaagttat---actatataggagaatgnnnnnnnnagaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaat 308  Q
     ||||| ||| |||| ||||   ||||||| ||||||||        ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  36992514 aagaaagggtgagaaattattatactatatgggagaatgatttttt-agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcatatttaat 36992416  T
Q  309 ctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatgg 408  Q
     |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  36992415 ttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagattaagagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaacacaaatatataattg 36992316  T
Q  409 atataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36992315 atataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 36992276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 256 - 448
Target Start/End: Original strand, 21603848 - 21604040
Alignment:
Q  256 agaggtgatacatatgcataatcatagcttgagaataataagtcaaatttaatctatgagaagatctttaaggtaccgtatcatcacaatgctagattaa 355  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |     
T  21603848 agaggtgacgcatatgcataatcatagcttaagaataatgagtcaaatttaatttatgggaatatctttgaggtaccatatcatcacaatgctagatcag 21603947  T
Q  356 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21603948 gagtaactcaaacttactttacaatataaatatagaagacaaatatataattgatagaaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 21604040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 112 - 206
Target Start/End: Original strand, 37300527 - 37300621
Alignment:
Q  112 aatggaggataaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattagattagat 206  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37300527 aatggaggataaataataactacaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcatttttataattattagattagat 37300621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 368 - 448
Target Start/End: Original strand, 37300745 - 37300825
Alignment:
Q  368 cttactttacaatataaatatagaagactaatatataatggatataaacacttatacattcaaccttaacctcatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37300745 cttactttacaatataaatattgaagacaaatatataattgatataaaaacttatacattcaacattaacctcatactttc 37300825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 7978 - 8103
Alignment:
Q  121 taaataataactaaaaatatattaagaaaggatgataagttttgtaacttaaaattacttgcattgttataattattag--------attagatagaatg 212  Q
    ||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| | |||||||||||        ||||||||||||     
T  7978 taaataataacaacaaatttattaaaaaaggatgataagttttgtcacttaaaattgctttcattctcataattattagatagatatattagatagaata 8077  T
Q  213 agaaaaggtaagaagttatactatat 238  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  8078 agaaagggtgagaagttatactatat 8103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University