View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7489_low_11 (Length: 546)

Name: NF7489_low_11
Description: NF7489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7489_low_11
NF7489_low_11
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-527)||(43156903-43157414)
chr2 (16-527)||(38252128-38252639)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (16-527)||(28245292-28245824)
chr1 (16-379)||(11474227-11474590)
chr1 (16-234)||(50019096-50019316)
chr1 (380-527)||(11474691-11474838)
chr1 (380-527)||(11502731-11502878)
chr1 (16-64)||(10465011-10465059)
chr1 (16-64)||(43734663-43734711)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (16-527)||(10123519-10124051)
chr6 (275-527)||(19306947-19307199)
chr6 (16-244)||(19307274-19307501)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (277-526)||(25382644-25382892)
chr5 (16-226)||(25382340-25382550)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (275-527)||(22490533-22490784)
chr7 (16-64)||(27979097-27979145)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (16-180)||(48794170-48794334)
chr4 (321-440)||(48794515-48794634)
chr4 (433-486)||(48795375-48795428)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-64)||(25862752-25862800)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Original strand, 43156903 - 43157414
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156903 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 43157002  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  43157003 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatagggggg-ccaacctatttgaatggaatgaa 43157101  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggg-ggttccggtttgcatgttgttttttgctgttca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43157102 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttttgctgttca 43157201  T
Q  315 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcag 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43157202 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtaatgttattttggatcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcag 43157301  T
Q  415 ccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcac 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  43157302 ccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtcccatttttttcctgctgaattatagcagcac 43157401  T
Q  515 ttttatagcagct 527  Q
    |||||||||||||    
T  43157402 ttttatagcagct 43157414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 38252639 - 38252128
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252639 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 38252540  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  38252539 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatagggggg-ccaacctatttgaatggaatgaa 38252441  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggg-ttccggtttgcatgttgttttttgctgttca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38252440 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttttgctgttca 38252341  T
Q  315 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcag 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252340 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtaatgttattttggatcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcag 38252241  T
Q  415 ccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcac 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  38252240 ccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatggtgggtattttttggggtttgtcccatttttttcctgctgaattatagcagcac 38252141  T
Q  515 ttttatagcagct 527  Q
    |||||||||||||    
T  38252140 ttttatagcagct 38252128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 28245824 - 28245292
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245824 agtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 28245725  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  28245724 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatagagggg-ccaacctatttgaatggaatgaa 28245626  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg----------------------gtttg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      |||||    
T  28245625 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccgctgcaggtgcctgggggttcccgtttg 28245526  T
Q  294 catgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcttgttagtg 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  28245525 catgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtaatgttattttggatcctgttagtg 28245426  T
Q  394 tgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtcccannnnnnn 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  28245425 tgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatggtgggtattttttggggtttgtcccattttttt 28245326  T
Q  494 cctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  28245325 cctgctgaattatagcagtagttttatagcagct 28245292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Original strand, 11474227 - 11474590
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474227 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 11474326  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  11474327 taaagaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatagggggg-ccaacctatttgaatggaatgaa 11474425  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggg-ggttccggtttgcatgttgttttttgctgttca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11474426 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttttgctgttca 11474525  T
Q  315 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttatttt 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11474526 ggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtaatgttatttt 11474590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 50019316 - 50019096
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcg---cctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaat 112  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  50019316 agtatcttgttctgcgtcgcctccaacttatgagcccccacaagcacatgaggatcaagtcaattacattgtcatgctaatggtaatttcaaaagcaaat 50019217  T
Q  113 tcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaat 212  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||| ||||||||||||||||    
T  50019216 tcataaggaactattcatacatttaacaagtatcgtgattctaatttttaagttgttattaatgtaggcaata-gggaggccagcctatttgaatggaat 50019118  T
Q  213 gaatgcatagggggcactggcg 234  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  50019117 gaatgcatagggggcacgggcg 50019096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 380 - 527
Target Start/End: Original strand, 11474691 - 11474838
Alignment:
Q  380 ggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtt 479  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474691 ggatcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtt 11474790  T
Q  480 tgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474791 tgtcccatttttttcctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 11474838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 380 - 527
Target Start/End: Original strand, 11502731 - 11502878
Alignment:
Q  380 ggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtt 479  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11502731 ggatcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtt 11502830  T
Q  480 tgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11502831 tgtcccatttttttcctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 11502878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 10465059 - 10465011
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 64  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  10465059 agtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 10465011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 43734711 - 43734663
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 64  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  43734711 agtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 43734663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 10124051 - 10123519
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124051 agtatcttgttatgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 10123952  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  10123951 tattgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatagggggg-ccaacctatttgaatggaatgaa 10123853  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg----------------------gtttg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      |||||    
T  10123852 tgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccgctgcaggtgcctgggggttccggtttg 10123753  T
Q  294 catgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcttgttagtg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10123752 catgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcctgttagtg 10123653  T
Q  394 tgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtcccannnnnnn 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||           
T  10123652 tgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatggtgggtattttttgcggtttgtcccattttttt 10123553  T
Q  494 cctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10123552 cctgctgaattatagcagtagttttatagcagct 10123519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 275 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 19307199 - 19306947
Alignment:
Q  275 cctggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgtt 374  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19307199 cctggggggttccagtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaatcacttagtagtgtt 19307100  T
Q  375 attttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttg 474  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19307099 attttggatcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcagctttagttccccatggtgggtattttttg 19307000  T
Q  475 gggtttgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  19306999 gggtttgtcccatttttttcctgctgaattatagcagtagtgttatagcagct 19306947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 19307501 - 19307274
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307501 agtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 19307402  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  19307401 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-gaggggccaacctatttgaatggaatgaa 19307303  T
Q  216 tgcatagggggcactggcgttgctgcatt 244  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  19307302 ttcatagggggcactggcgttgctgcatt 19307274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 277 - 526
Target Start/End: Original strand, 25382644 - 25382892
Alignment:
Q  277 tggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttat 376  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382644 tggggggtttcggtttgcaggttgttttttgctgttcaggcgcggttttttagagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttat 25382743  T
Q  377 tttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggg 476  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25382744 tttggctcctgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcagctttagttccccatggtgggtattttttggg 25382843  T
Q  477 gtttgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcacttttatagcagc 526  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  25382844 gtttgtccca-ttttttcctgctgaattatagcagtagtgttatagcagc 25382892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 226
Target Start/End: Original strand, 25382340 - 25382550
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccc-cacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382340 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgatccccccacaagcacataagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattc 25382439  T
Q  115 ataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatga 214  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  25382440 ataaggaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-ggggggccaacctatttgaatggaatga 25382538  T
Q  215 atgcataggggg 226  Q
    ||||||||||||    
T  25382539 atgcataggggg 25382550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 275 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 22490784 - 22490533
Alignment:
Q  275 cctggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgtt 374  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22490784 cctggggggttccggtttgcagtttgttttttgctgttcaggcgcggttttttggagcataggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgtt 22490685  T
Q  375 attttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacacctctgctaagttgttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttg 474  Q
    ||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  22490684 attttggctgctgttagtgtgatgtcttaggattgtgcagccacacctctactaagttgttatagcagcagctttggttccccatggtgggtattttttg 22490585  T
Q  475 gggtttgtcccannnnnnncctgctgaattatagcagcacttttatagcagct 527  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  22490584 gggtttgtccca-ttttttcctgctgaattatagcagtagtgttatagcagct 22490533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Original strand, 27979097 - 27979145
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 64  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  27979097 agtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 27979145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 180
Target Start/End: Original strand, 48794170 - 48794334
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattca 115  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48794170 agtatcttgttctgcacctccaacttatgcgcccccacaagcacatgaggatcaattcaattacacagccatgctgatggtaatttcaaaaacaaattca 48794269  T
Q  116 taatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtagg 180  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48794270 taaggaactatacatacatttaacatgtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtagg 48794334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 321 - 440
Target Start/End: Original strand, 48794515 - 48794634
Alignment:
Q  321 gttttttggagcatgggaactgtgtttttgctgttaaaaccacttagtagtgttattttggatcttgttagtgtgctgtcttaggattgtgcagccacac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48794515 gttttttggagcatgggaactgtgtttttgctattaaaaccacttagtagtgttattttggcttctgttaatgtgctgtcttaggattgtgcagccacgc 48794614  T
Q  421 ctctgctaagttgttatagc 440  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  48794615 ctctgctaagttgttatagc 48794634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 433 - 486
Target Start/End: Original strand, 48795375 - 48795428
Alignment:
Q  433 gttatagcagcaactttagttccccatgttgggtattttttggggtttgtccca 486  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48795375 gttatagcatcagatttagttccccatggtgggtattttttggggtttgtccca 48795428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Original strand, 25862752 - 25862800
Alignment:
Q  16 agtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 64  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  25862752 agtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 25862800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University