View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7494_high_1 (Length: 1103)

Name: NF7494_high_1
Description: NF7494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7494_high_1
NF7494_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-1084)||(6856578-6857646)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1084
Target Start/End: Complemental strand, 6857646 - 6856578
Alignment:
Q  12 gagaagaatgtcaaggtgaagagagagagaagggttaccggaaagagaggtggatatgaaggtgaaaatggaggtgggaaaaggacacgtgtcagttttg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6857646 gagaagaatgtcaaggtgaagagagagagaagggttaccggaatgagaggtggatatgaaggtgaaaatggaggtgggaaaaggacacgtgtcagttttg 6857547  T
Q  112 gattagagtgnnnnnnnagtattttgtttgtccgagaaagaaagaaagtaatagtgacgtgtttatccttatccattgtttgttgttggattgagtttta 211  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6857546 gattagagtgtttttttagtattttgtttgtccgagaaagaaagaaagtaatagtgacgtgtttatccttatccattgtttgttgttggattgagtttta 6857447  T
Q  212 atacatcgtgatgaatactatgtaaatcactcgtatgtttctatttttggacaatataaatttcattacaagccacctaaagctttatttgtgaatctga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6857446 atacatcgtgatgaatactatgtaaatcactcgtatgtttctatttttggacaatataaatttcattacaagctacctaaagctttatttgtgaatctga 6857347  T
Q  312 ttttgattttactttcttttctctaagattaatgttcaattgaaactagagtttaaagattttagttcatttttgttcgacccacatttagcctaatgaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  6857346 ttttgattttactttcttttctctaagattaatgttcaattgaaactagagtttaatgattttagttcatttttattcgacccacatttagccaaataaa 6857247  T
Q  412 ttttagtttgaaggtgttactcatttcacttatgaaattgttcattatcttatatcaatacatttttcaaccatagttaactgttcttgacgcttttata 511  Q
    |||||||||| |||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6857246 ttttagtttggaggtgttagtcgtgtcacttataaaattgttcattatcttatattagtacatttttcaacgatagttaactgtccttgacgcttttata 6857147  T
Q  512 attgattgaacaaacttaaaaaataatggaactaatcttaaaagtatcagcggtccgtaaaccaccgctgcaaaatgccgagcaacagttaactgccgct 611  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  6857146 atcaattgaacaaacttaaaaaataatgaaactaatcttaaaagtatcagcgg-ccgtaaaccaccactgcaaaatgccgaatagcagttaactgccgct 6857048  T
Q  612 gatataagagaatgaacaaagagggagaagaacaattttcttaccgaagtcaaagttgacaacaacaattagtgaaacttg-nnnnnnncttataaattt 710  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||        |||||||| ||    
T  6857047 gatataagaaaatgaaaaaagagggaaaagaacaattttcttacggaagtcaaagttgacatcaacaattagtgaaacttgcaaagaaacttataaa-tt 6856949  T
Q  711 gtacatcaaccaagtcttcacattgataaaaagttgaatctatacctttcgaatgaatcaacttcttacaagccgagtcaacattcgtgatgagtgctgt 810  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  6856948 atacatcaaccaagtcttcacattgataaaaagttgaatctatacctttggaatgaatcaa---cttataagcagagtcaacattcgtgatgagtgcggt 6856852  T
Q  811 ctaaatcacgaatgaatcaacattcgttacgaggacaaacatcaatcattttaatttgttttagttctgttttatctggtataatttctacgtaatcaat 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6856851 ctaaatcacgaatgaatcaacattcgttatgaggacaaacatcaatcattttaattttttttagttctgttttatctggtataatttctacgtaatcaat 6856752  T
Q  911 ttattcgattataaacaaactattttttgtaacctcaaaatcaaacacaataaattgaaattgcataatggatatgattttggcatcaatggtttgtgga 1010  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6856751 ttattcgattataaacaaactattttttgtaacctcaaaatcaaacacaataaattgaaattgcataatggatatgattttggcatcaatggcttgtgga 6856652  T
Q  1011 gtattacgataggtaggtaactctgctggcttacggatattttatgagattatattaccgtcctactaatacaa 1084  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6856651 gtattacgataggtaggtaactctgctggcttacggatattttatgagattatattaccgtcctactaatacaa 6856578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University