View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7502_low_1 (Length: 713)

Name: NF7502_low_1
Description: NF7502
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7502_low_1
NF7502_low_1
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (1-570)||(33303958-33304527)
chr6 (56-332)||(33644560-33644836)
chr6 (54-333)||(33262337-33262616)
chr6 (55-321)||(33387877-33388143)
chr6 (60-333)||(33285305-33285581)
chr6 (55-333)||(9166472-9166741)
chr6 (55-313)||(28870188-28870446)
chr6 (56-332)||(33057290-33057554)
chr6 (53-329)||(31562835-31563117)
chr6 (56-288)||(33398828-33399042)
chr6 (57-333)||(33409689-33409959)
chr6 (412-560)||(33387644-33387792)
chr6 (409-560)||(33644925-33645076)
chr6 (54-257)||(33271582-33271782)
chr6 (409-507)||(9166286-9166384)
chr6 (260-333)||(33358644-33358717)
chr6 (409-469)||(33358496-33358556)
chr6 (426-560)||(33285081-33285215)
chr6 (91-222)||(33358714-33358849)
chr6 (425-478)||(33057135-33057188)
chr6 (436-483)||(33409533-33409580)
chr6 (435-516)||(31563226-31563307)
chr6 (416-483)||(33398651-33398718)
chr6 (409-483)||(28870548-28870622)
chr6 (416-497)||(33271375-33271456)
chr6 (439-483)||(33262175-33262219)
[»] scaffold1408 (2 HSPs)
scaffold1408 (57-333)||(355-631)
scaffold1408 (435-483)||(199-247)
[»] scaffold0428 (2 HSPs)
scaffold0428 (57-333)||(6101-6377)
scaffold0428 (435-483)||(5945-5993)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (50-352)||(17440894-17441178)
chr2 (409-560)||(17441268-17441425)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (49-333)||(31479021-31479305)
chr4 (49-333)||(31472560-31472847)
chr4 (180-333)||(31499199-31499352)
chr4 (49-333)||(31504206-31504484)
chr4 (57-334)||(31156933-31157213)
chr4 (65-234)||(31148107-31148267)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 33304527 - 33303958
Alignment:
Q  1 ccttctcctaccaatattattcgtgagaacaacaaatatttctggatctggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304527 ccttctcctaccaatattattcgtgagaacaacaaatatttctggatctggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaac 33304428  T
Q  101 gttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304427 gttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccagg 33304328  T
Q  201 aaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304327 aaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggc 33304228  T
Q  301 tttctatgttgtgcggtattttccatggcacctgattgttggatgtttccatttgctcaagagtggaccgataagaaattgattaggatgagctgtagga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304227 tttctatgttgtgcggtattttccatggcacctgattgttggatgtttccatttgctcaagagtggaccgataagaaattgattaggatgagctgtagga 33304128  T
Q  401 gtgctaccgtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304127 gtgctaccgtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaat 33304028  T
Q  501 ccattttaatatttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcggcggggatgt 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  33304027 ccattttaatatttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcggtgggtatgt 33303958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 56 - 332
Target Start/End: Original strand, 33644560 - 33644836
Alignment:
Q  56 caggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcaca 155  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||    
T  33644560 caggattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcaggagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaacctaca 33644659  T
Q  156 atcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaata 255  Q
    ||||||||| || | ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||    
T  33644660 atcctacccaacctactttgataggactcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcaaagtgtgggttattcaatacaaata 33644759  T
Q  256 gaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacc 332  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  33644760 gacgaatctcctattatgcatgacaataacaataatatcattggatttgtatgttgtgcagtatttaccatggcacc 33644836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 54 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33262616 - 33262337
Alignment:
Q  54 tacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactca 153  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| ||  |    
T  33262616 tacaggattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggacgacacaattcattcaagcataccaa 33262517  T
Q  154 caatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaa 253  Q
    |||||||||||||| |  || |||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  33262516 caatcctaccctacttatttggatgagtttcaaattgttagtccaggaaatgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaataccag 33262417  T
Q  254 tagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    |||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  33262416 tagaccaaactcctattatgcatgataataacaataatatcattggctttctatgttgtgttgtattttccatgacacct 33262337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 55 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 33388143 - 33387877
Alignment:
Q  55 acaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcac 154  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||  ||    
T  33388143 acaggattgatcgttttcaactgtccaaaactgggtgatagggagtgttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatttattaaggcaaaccgac 33388044  T
Q  155 aatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaat 254  Q
    || |||||||| | |  ||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  33388043 aaacctaccctgcctattttgatacgattcaaattgttactacaggaagtgaaataccgagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaatactaat 33387944  T
Q  255 agaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattt 321  Q
    ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33387943 agacaaattgcctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttctatgttgtgcagtattt 33387877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 60 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33285581 - 33285305
Alignment:
Q  60 attgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcc 159  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||  ||| |      
T  33285581 attggtcattttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttt 33285482  T
Q  160 taccctacgtcctt---tgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatag 256  Q
    |||||| |||||||   |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||  |||||||| |||||    
T  33285481 taccctgcgtccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaataatcagagcgtgggtagttcaataccaatag 33285382  T
Q  257 accgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||    
T  33285381 acagatctcctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 33285305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9166741 - 9166472
Alignment:
Q  55 acaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcac 154  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||||| |||    
T  9166741 acaggattggtcattttcaactgtccagaattgagtgataaggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgatgcaatttattcaggcaaacccac 9166642  T
Q  155 aatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaat 254  Q
     |||| ||         |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || ||| |||| |||    
T  9166641 catcccac---------tttgataggattcaaattgttacgccaggaattgaaataccaagttggatcaacaatcggagcgtggatggttcgataccaat 9166551  T
Q  255 agaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  9166550 agacctaactcctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattctccatggcacct 9166472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 55 - 313
Target Start/End: Original strand, 28870188 - 28870446
Alignment:
Q  55 acaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcac 154  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||  ||    
T  28870188 acaggtttgatcattttcaactgtccaaatttaggtgagagggaacgttgttgtagcatggcattttcatggatgaaacaattcattcgggcataccgac 28870287  T
Q  155 aatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaat 254  Q
    ||||||||| |   |  || |||  | || | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  28870288 aatcctaccttgtctatttggatgcgtttaatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcatgggtggttcaatacaaat 28870387  T
Q  255 agaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtg 313  Q
    ||||  ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28870388 agacgaatctcctattataaatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtg 28870446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 56 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 33057554 - 33057290
Alignment:
Q  56 caggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcaca 155  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||| |||     
T  33057554 caggattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacg 33057455  T
Q  156 atcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaata 255  Q
     ||||         | | |||   ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||  ||||    
T  33057454 ttcct---------cttctga---gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaatagcaata 33057367  T
Q  256 gaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacc 332  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  || |||||||||| | |||| | ||||||||    
T  33057366 gaccgatctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgatggcacc 33057290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 53 - 329
Target Start/End: Original strand, 31562835 - 31563117
Alignment:
Q  53 ctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggc 146  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||      |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  31562835 ctacaggattggtcatttttaactgtccgaaattggctgagagtgagagggagcattgcaggagcatgacattttcatggatggcacaattcattaaggc 31562934  T
Q  147 aaactcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattca 246  Q
    | |  |||| ||||||||| | |  || |||  | |||| ||||||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  31562935 atatccacactcctaccctgcctatttggatgagtttcatattgttgttccaggaagtgaaataccgaattggatcaacaatcatagcatgggtgattca 31563034  T
Q  247 atacaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggc 329  Q
    |||| ||||||    ||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  31563035 ataccaatagagttctctcctcctatgcatgacaatatcaatgatatcattggctttgtatgttgtgcagtattttccgtggc 31563117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 33399042 - 33398828
Alignment:
Q  56 caggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcaca 155  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| ||  ||||    
T  33399042 caggattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattctggccaatccaca 33398943  T
Q  156 atcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaata 255  Q
    ||||      || ||            ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  33398942 atcc------acctc------------tcaaattgttattccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagtgtgtgggtgattcaatacaaata 33398861  T
Q  256 gaccgatctcctattatgcatgacaataacaat 288  Q
    |||| |||||||  ||||||||| |||||||||    
T  33398860 gacctatctcctgctatgcatgataataacaat 33398828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 57 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33409959 - 33409689
Alignment:
Q  57 aggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaa 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||||| ||||||||  ||||    
T  33409959 aggattgttcattttcaactgtccaaaattggttgagagggaacgttgcagtagcatcacaatttcatggatggcacatttcattcaggcaaaccaacaa 33409860  T
Q  157 tcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatag 256  Q
     || ||     |||         | |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||| |    
T  33409859 cccaacaaattgtc------ggcgcttcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcgtgggtgcttcaatatcaattg 33409766  T
Q  257 accgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    |   ||||||| ||||  |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||   || ||||||||||||||    
T  33409765 atgaatctcctgttataaatgacaataacaataatattattggctttgtaagttgtgtattaatttccatggcacct 33409689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 412 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 33387792 - 33387644
Alignment:
Q  412 attctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccattttaata 511  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||| ||| |||  |||| | |    
T  33387792 attctcaatggaggtcttgttacgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccacgagagtcctcggatgaatttggaaatatctgttttgaca 33387693  T
Q  512 tttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcg 560  Q
    ||||| ||||  ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  33387692 tttttaaggggcaagctttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcg 33387644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 409 - 560
Target Start/End: Original strand, 33644925 - 33645076
Alignment:
Q  409 gtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccatttta 508  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| || |||| |||||     
T  33644925 gtaattctcgatggtggtcttattacgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccctcgagattcctataatgaatttggaagaatctattttg 33645024  T
Q  509 atatttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcg 560  Q
    | ||||||||| | |||| | |  || || ||||||||||||| ||||||||    
T  33645025 acatttttgagagggaaggtctgggtatgaaggtgaagagttgtgggtatcg 33645076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 33271782 - 33271582
Alignment:
Q  54 tacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggca 147  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||    
T  33271782 tacaggattggtcattttcaactgtccaaaattggctgactgtgagagggaacgttgcagtagcttgacattttcatggatgatacaattcattatggca 33271683  T
Q  148 aactcacaatcctaccctacgtcctttgattg-gattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattca 246  Q
    ||| | ||||| ||          ||||| || | |||| ||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||     
T  33271682 aacccgcaatctta----------tttgaatgagtttcatattataactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcg 33271593  T
Q  247 atacaaataga 257  Q
    |||| ||||||    
T  33271592 ataccaataga 33271582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 409 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 9166384 - 9166286
Alignment:
Q  409 gtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccatttt 507  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||    
T  9166384 gtaattctgaatggatttcttgttttgaccaaatccagtcacctatggataatctacctcccccgagagtcctacgatgaatttggaaaaatccatttt 9166286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 260 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33358717 - 33358644
Alignment:
Q  260 gatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  33358717 gatctcctattaggcatgacaataacaataatgtcattggttttgtatgttgtgcagtattttccatgacacct 33358644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 409 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 33358556 - 33358496
Alignment:
Q  409 gtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcc 469  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33358556 gtaattctcaatggaggtcttattacgcccaaatcaagtcacctgtggataatctacttcc 33358496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 33285215 - 33285081
Alignment:
Q  426 tcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccattttaatatttttgagggtgaa 525  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  |||||||||||  | ||||||||||||||  || | | ||| ||| |||||||    
T  33285215 tcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataaatttgaaaaaatcagttgttacattgttgggggtgaa 33285116  T
Q  526 gattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcg 560  Q
    |||||  || |||||||||| ||||| || |||||    
T  33285115 gatttgggtatggaggtgaacagttgtggatatcg 33285081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 33358849 - 33358714
Alignment:
Q  91 gagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattga----ggcaaactcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |    ||||||| ||| ||||||||||   |  ||| || | ||||||    
T  33358849 gagagggaacgttgcagtagcatgacactttcatggatgaaacaattcattcattctggcaaacccaccatcctaccctgactattttcatagcattcaa 33358750  T
Q  187 attgttactccaggaaatgaaataccaatttggatc 222  Q
    || ||||||||||||| |||||| | || |||||||    
T  33358749 atagttactccaggaagtgaaatgctaagttggatc 33358714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 425 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 33057188 - 33057135
Alignment:
Q  425 gtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagt 478  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  33057188 gtcttgttacgaccaaatcaagtcacctatggattatctacttaccccgagagt 33057135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 436 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 33409580 - 33409533
Alignment:
Q  436 accaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  33409580 accaaatcaagtcacctatggctagtctacttcccccgagagtcctat 33409533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 435 - 516
Target Start/End: Original strand, 31563226 - 31563307
Alignment:
Q  435 gaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccattttaatattttt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |  |||||||  ||||||||||||| | ||||||    
T  31563226 gaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccctcgagggtcacgtcatgaatttcgaaaaatccattttgacattttt 31563307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 416 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 33398718 - 33398651
Alignment:
Q  416 tcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    ||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||    
T  33398718 tcaatagagatcttgttacgaccgaatcaagtcacctatggatagcctacatcccccgagattcctat 33398651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 483
Target Start/End: Original strand, 28870548 - 28870622
Alignment:
Q  409 gtaattctcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    |||||| || || ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||    
T  28870548 gtaattatcgatagagatcttattacgaccaaatcaagtcacctatgactagtctacttcccccgagagtactat 28870622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 33271456 - 33271375
Alignment:
Q  416 tcaatggaggtcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaa 497  Q
    |||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||| |||||||  | ||||||||||    
T  33271456 tcaaaggaagtcttattacgaccaaatcaagtcacctatggatgatcttcctccctcgagggtcctatgataaatttgaaaa 33271375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 439 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 33262219 - 33262175
Alignment:
Q  439 aaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  33262219 aaatcaagtcacctgtggctaatctacttaccccgagagtcctat 33262175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 133; Significance: 9e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 57 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 631 - 355
Alignment:
Q  57 aggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaa 156  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||    
T  631 aggattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaa 532  T
Q  157 tcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatag 256  Q
    ||||||  | |||  ||  ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||    
T  531 tcctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatag 432  T
Q  257 accgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    ||  ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  431 acgaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattttgcatggcacct 355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 435 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 247 - 199
Alignment:
Q  435 gaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||    
T  247 gaccaaatcaagtcacctatggctagtctactttccccgagagtactat 199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 133; Significance: 9e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 57 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 6377 - 6101
Alignment:
Q  57 aggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaa 156  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||    
T  6377 aggattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaa 6278  T
Q  157 tcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatag 256  Q
    ||||||  | |||  ||  ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||    
T  6277 tcctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatag 6178  T
Q  257 accgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    ||  ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  6177 acgaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattttgcatggcacct 6101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 435 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5993 - 5945
Alignment:
Q  435 gaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctat 483  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||    
T  5993 gaccaaatcaagtcacctatggctagtctactttccccgagagtactat 5945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 50 - 352
Target Start/End: Original strand, 17440894 - 17441178
Alignment:
Q  50 ggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaa 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||    
T  17440894 ggcctacaggattgttcatcttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttacagtagcatgacattttcatggatgatgcaattcattaaggcaaa 17440993  T
Q  150 ctcacaatcctaccctacgtcctttg-attggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaat 248  Q
    |   |  | |||          |||| || ||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17440994 c---cctttcta----------tttgaataggattcatattgttagtccaggaagcgaaataccaagttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaat 17441080  T
Q  249 acaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacctgattgttggatgttt 348  Q
    |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||      |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||    
T  17441081 aagaatagaccaatctcctattaagcatgacaata------atatcattggttttgtatgttgtgcagtattttccatggcacctcatcgtgggaggttt 17441174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 409 - 560
Target Start/End: Original strand, 17441268 - 17441425
Alignment:
Q  409 gtaattctcaatggaggtcttgttatga------ccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatcc 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||      |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||||  || ||||  | ||||||    
T  17441268 gtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacatatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatcc 17441367  T
Q  503 attttaatatttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcg 560  Q
     |||| | |||||||||||  ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  17441368 gttttgaaatttttgaggggcaagctttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcg 17441425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 49 - 333
Target Start/End: Original strand, 31479021 - 31479305
Alignment:
Q  49 tggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaa 148  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  31479021 tggcctataggattgttcattttcaactgtcctaaattgggtgaaacggaacgttggagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaa 31479120  T
Q  149 actcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaat 248  Q
    ||  ||||| || || |   |||| |||| || ||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||| |||||||| |||||  |||| ||| |||    
T  31479121 accgacaattctcccatgactcctctgatagggttcaaattgttactccaggtagtgaaatgccaagttggttcaacaatcagagcaagggtaatttaat 31479220  T
Q  249 acaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    || ||||||    ||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||  |||||||| ||| |||||    
T  31479221 acgaatagattcttctccgattatgcacgacaataacaataatatcgttggctgtgtatgttgtgtagtattttctatgacacct 31479305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 49 - 333
Target Start/End: Original strand, 31472560 - 31472847
Alignment:
Q  49 tggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaac---gttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgagg 145  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||    
T  31472560 tggcttacaggattgctcattttcaactgtcctaatttgggtgagagggaacattgttgcactaacatgacattttcatggatgatacaactcattcagg 31472659  T
Q  146 caaactcacaatcctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattc 245  Q
    ||||  ||||||||| ||||   |  | ||||   ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||| |  |||||||||    
T  31472660 caaatccacaatccttccctgactgttatgatataattcagattgttactccaggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagaacaagggtgattc 31472759  T
Q  246 aatacaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
     |||| | |||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||  |||||||| || ||||||    
T  31472760 gatacgattagactcatctcccattatgcatgacaataacaataatatcattggttgtatatgttgtgtagtattttctatagcacct 31472847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 180 - 333
Target Start/End: Original strand, 31499199 - 31499352
Alignment:
Q  180 gattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagaccgatctcctattatgcatgac 279  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||| | || ||| |||||  |||||||||||||| |||||||  |||||| ||||| ||||||    
T  31499199 gattcatattgttactccaggaagtgaaatatcaagttggtttaagaatcagagcaagggtgattcaatacgaatagactcatctcccattatccatgac 31499298  T
Q  280 aataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  31499299 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattttctatggcacct 31499352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 333
Target Start/End: Original strand, 31504206 - 31504484
Alignment:
Q  49 tggcctacaggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaa 148  Q
    |||| |||| ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | | || ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  31504206 tggcgtacaagattgcttattttcaactgtcctaaattggatgagagggaatgctacattagaatgacattttcatggatgatacaattcattaaggcaa 31504305  T
Q  149 actcacaatcct-accctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaa 247  Q
    || ||||||||| | || || | |||| ||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||  ||||   || |    
T  31504306 acccacaatcctcatccgac-tactttcatgtgattc-aatcgttactcctggaaatgaaataccaagttggttcaacaattagagcaagggtcgctcca 31504403  T
Q  248 tacaaatagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 333  Q
    ||||||||||| | ||     |||||||||||  ||| ||| |||||||||| | | |||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  31504404 tacaaatagactggtc-----ttatgcatgactttaaaaataatatcattggttgtgtatgttgtgtagtattttccatggaacct 31504484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 57 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 31157213 - 31156933
Alignment:
Q  57 aggattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaa 156  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||    ||||    
T  31157213 aggattggtcattttcaactgtcctaaattgggtgagagtgaagattgcaatagcatggcattttcatggatgatacaattgattcaggcaagacaacaa 31157114  T
Q  157 tcctaccctacgtccttt---gattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaa 253  Q
     ||| | ||   |||| |   ||    ||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||  ||    
T  31157113 ccctccactttctcctatgaagacatcattaaaattgttattcctggaagtgaaataccaatttggttcaacaatcagagcgagggtgattcaataagaa 31157014  T
Q  254 tagaccgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacctg 334  Q
    | |||| |||||  |||||| |  ||||| ||||| || |||||||| ||   |||||||| ||||| ||| | |||||||    
T  31157013 tggacctatctcagattatggacaacaatgacaatgatttcattggcattgcttgttgtgcagtattctccgttgcacctg 31156933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 31148267 - 31148107
Alignment:
Q  65 tcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcctaccc 164  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||| ||| |||| |||||  ||| ||| ||||||||         
T  31148267 tcattttcaactgtcctaaattgggtgagagggaatgttggaatagcatgatattttcatggatgatacaactcattcgggcgaacccacaatcc----- 31148173  T
Q  165 tacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagc 234  Q
        || | ||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  31148172 ----tcatctgatgtgattcaaattgttactccgggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagagc 31148107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University