View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7504_high_2 (Length: 720)

Name: NF7504_high_2
Description: NF7504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7504_high_2
NF7504_high_2
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (18-711)||(30118738-30119432)
chr2 (18-711)||(30133438-30134131)
chr2 (18-711)||(30022690-30023384)
chr2 (18-711)||(30037313-30038005)
chr2 (18-711)||(30231451-30232143)
chr2 (18-711)||(30081096-30081790)
chr2 (18-711)||(30106801-30107483)
chr2 (459-710)||(30279290-30279541)
chr2 (369-681)||(30790060-30790384)
chr2 (459-711)||(30170964-30171213)
chr2 (459-679)||(30184739-30184959)
chr2 (393-700)||(30251688-30252007)
chr2 (449-687)||(30067999-30068237)
chr2 (449-665)||(30029412-30029628)
chr2 (449-665)||(30223550-30223766)
chr2 (534-684)||(30092074-30092224)
chr2 (534-684)||(30113927-30114077)
chr2 (534-684)||(30128679-30128829)
chr2 (534-684)||(30102392-30102542)
chr2 (459-579)||(30147579-30147699)
chr2 (449-529)||(30103577-30103657)
chr2 (365-430)||(30184633-30184698)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 30118738 - 30119432
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30118738 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatctttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 30118837  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnn-taccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30118838 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagagaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 30118937  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30118938 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtttaagcgctaaacatgtttt 30119037  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119038 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30119137  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30119138 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30119237  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119238 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30119337  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30119338 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattaatgatgt 30119432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 30133438 - 30134131
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30133438 ctattaacaaaaatatcctcgtgaagatcttatctttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 30133537  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnntaccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatcat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30133538 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagaaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatcat 30133637  T
Q  218 annnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttgt 317  Q
    |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30133638 atttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcccatcataaattaaaaagtataagcgctaaacatgttttt 30133737  T
Q  318 accttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactcag 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30133738 accttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactcag 30133837  T
Q  418 ggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30133838 ggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctct 30133937  T
Q  518 aacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30133938 aacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcat 30134037  T
Q  618 attttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30134038 attttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattaatgatgt 30134131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 30023384 - 30022690
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30023384 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatctttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 30023285  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnn-taccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30023284 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagagaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 30023185  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30023184 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtttaagcgctaaacatgtttt 30023085  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30023084 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30022985  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30022984 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30022885  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30022884 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30022785  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  30022784 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccacccggttgaattaatgatgt 30022690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 30037313 - 30038005
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30037313 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttattt--cctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagattgttcactgtga 30037410  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnn-taccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30037411 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagagaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 30037510  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30037511 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtttaagcgctaaacatgtttt 30037610  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30037611 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30037710  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30037711 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30037810  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30037811 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30037910  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30037911 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattaatgatgt 30038005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 30231451 - 30232143
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30231451 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttattt--cctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagattgttcactgtga 30231548  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnn-taccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30231549 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagagaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 30231648  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30231649 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtttaagcgctaaacatgtttt 30231748  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30231749 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30231848  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30231849 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30231948  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30231949 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30232048  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30232049 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattaatgatgt 30232143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 30081790 - 30081096
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30081790 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatgtttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 30081691  T
Q  118 atatctaatgaggta-cataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnntaccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30081690 atatctaatgaggtaacataatggaacttgaaggtataagaggaaaaaaaaataccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 30081591  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||     
T  30081590 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctattattaattaaaaagtttaagcgttaaacatgtttt 30081491  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30081490 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30081391  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30081390 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcatatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30081291  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30081290 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30081191  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  30081190 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccacccggttgaattaatgatgt 30081096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 30106801 - 30107483
Alignment:
Q  18 ctattaacaaaaatatcctcatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaatacaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30106801 ctattaacaaaaatatccttatgaagatcttatttttcctattaatttatgttgagaaaaataaaaacaatcattgagatgaaaagatagttcactgtga 30106900  T
Q  118 atatctaatgaggtacataatggaacttgaaggtataagagnnnnnnnnnn-taccatattgttgattgaacaataatacatagaatgataagagtatca 216  Q
    |||            ||||||||||||||||||||||||||           |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30106901 ata------------cataatggaacttgaaggtataagagaaaaaaaataataccatgttgttgattgaacaataatacatagaatgataacagtatca 30106988  T
Q  217 tannnnnnnattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttg 316  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30106989 tatttttttattagagggactccatccccctccccgggaaaataaaggtattggaagaatcctatgataaattaaaaagtataagcgctaaacatgtttt 30107088  T
Q  317 taccttttgatcaattagtggcgcatgtatgcactgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107089 taccttttgatcaattagtggcacatgtatgcaatgcgtcaatggcgcacataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactca 30107188  T
Q  417 gggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30107189 gggaatataatcttgtcaatttctttatccacctcagatatgatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgaggaaggtctc 30107288  T
Q  517 taacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107289 taacaagggaataccgcaacagattcttcaatttgtcacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggca 30107388  T
Q  617 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30107389 tattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattaatgatgt 30107483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 459 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 30279541 - 30279290
Alignment:
Q  459 atttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaac 558  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||| |||||| || | |||||    
T  30279541 atttctgtaatcattttgcaatcagaaatttttatttcaagaagttgaggaaggtcactaacgagggaataccaaaacagatgcttcaacttttcacaac 30279442  T
Q  559 ctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctc 658  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||  || |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30279441 ctttgacttcaatagattttaatctggtaagagattgaattggaattgggccatgacaaattttttccagattaaacagattttgaagaaccaaagtctc 30279342  T
Q  659 taagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatg 710  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| | |||| || ||||||    
T  30279341 taagctgaggaaagcaggataggtatgaatccacctcattgagttaatgatg 30279290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 369 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 30790384 - 30790060
Alignment:
Q  369 aaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactcagggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagat------------a 456  Q
    ||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||            |    
T  30790384 aaactaatgagactaggcaaattctcaagttcaagagaacctaacttggggaacataatcttgtcgatttctttatcagcctcagatttttgctcagcta 30790285  T
Q  457 taatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgaca 556  Q
    | ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||   ||||||| || |||| | |||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||| |||    
T  30790284 tgatttctgtaatcatttcacaatcagaaatttttattttgagaagttgcggaaggtttataacaagggagtaccataacagattcttcaacttgttaca 30790185  T
Q  557 acctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtc 656  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30790184 acctttgacttcaaaagattttagtttggtaaaagattgaattggaattgggccacgacatatttcttctagattaaacagattttgaagagccaaagtc 30790085  T
Q  657 tctaagttgagtaaagcaggatagg 681  Q
    ||||| ||| | ||||| |||||||    
T  30790084 tctaaattggggaaagccggatagg 30790060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 459 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 30171213 - 30170964
Alignment:
Q  459 atttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaac 558  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||   ||  ||||| || | |||||    
T  30171213 atttctgtaatcattttgcaatcagaaatttttatttcaagaagttgaggaaggtctctaacgagggaataccacaa---atttttcaacttctcacaac 30171117  T
Q  559 ctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctc 658  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30171116 ctttgacttcaatagattttaatttggtaagagattgaattggaattgggccatggcatattttttccagattaaacagattttcaagagtcaaagtctc 30171017  T
Q  659 taagttgagtaaagcaggatagggatgaacccaccccgttgaattgatgatgt 711  Q
    ||||||| | || || |||| ||||||||  ||||| ||||| |||| |||||    
T  30171016 taagttggggaaggctggattgggatgaatgcaccctgttgagttgacgatgt 30170964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 459 - 679
Target Start/End: Original strand, 30184739 - 30184959
Alignment:
Q  459 atttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaac 558  Q
    |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| | || || ||| ||||||||||||| |  | |||||  ||||| |||| |||||    
T  30184739 atttctgtcatcattttgcaattagaaatttttatttcacgaagtaggggaagatctgtaacaagggaataacatatcagattattcaacttgtcacaac 30184838  T
Q  559 ctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctc 658  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30184839 ctttgacttcaaaagatcttagtttggtaaaagattgaattggaattggcccatggcatatttcttccaggttaaacagattttgaagaaccaaagtctc 30184938  T
Q  659 taagttgagtaaagcaggata 679  Q
    ||||||| | |||||| ||||    
T  30184939 taagttgggcaaagcatgata 30184959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 393 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 30252007 - 30251688
Alignment:
Q  393 tcaagttcaagagaacacaactcagggaatataatcttgtcaatttctttatccccctcagat------------ataatttctgtaatcatttggcaat 480  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||            || ||||| |||||||||| ||| |    
T  30252007 tcaagttcaagagaacacaacttggggaacataatattgtcaatttctttatcagcctcagatgtttgctcaacaatgatttccgtaatcattttgcagt 30251908  T
Q  481 cagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttag 580  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||| || | | |||||||||||||||| |||| || |||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||     
T  30251907 cagaaatttttatttcgagaagatgaggaagatttttaacaagggaataccgtaacaaattcttcaacttttcacaacctttgacttcaagagattttaa 30251808  T
Q  581 tttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatag 680  Q
    ||||  ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||     
T  30251807 tttggtaaaagatggaattggaagtgggccatggcatatttcttccagattaattagattttgaagaaccaaagtttctaagttaggtaaagcaggataa 30251708  T
Q  681 ggatgaacccaccccgttga 700  Q
    | ||||||||| ||| ||||    
T  30251707 gcatgaacccagcccattga 30251688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 449 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 30068237 - 30067999
Alignment:
Q  449 ctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaat 548  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||  |||| |||| |||||| |  || ||||  || |||| ||||||     
T  30068237 ctcagctatgatttctgtaatcattttgcaatcagaaatttttatttcgagaaggcgaggaaggtttctaaccaaagagtaccataaaagattcttcaac 30068138  T
Q  549 ttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagag 648  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  30068137 ttgtcacagcctttgacttcaaaagattttagttcggtaaaagattgaattggaattgggccatgacatatttcttcaagattaaatagattttgaagag 30068038  T
Q  649 ccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggatgaa 687  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  30068037 ctaaactctctaagttgggtaaagcaggataaggatgaa 30067999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 449 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 30029628 - 30029412
Alignment:
Q  449 ctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaat 548  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| || |||||    ||||||| ||||||     
T  30029628 ctcagctatgatttctgtaatcattttgcaatccgaaatttttatttcaagaagttgaggaagatctctaactagagaatatgaaaacagatgcttcaac 30029529  T
Q  549 ttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagag 648  Q
    || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30029528 ttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaaagattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaaacagattttgaagag 30029429  T
Q  649 ccaaagtctctaagttg 665  Q
    | |||||||||||||||    
T  30029428 ctaaagtctctaagttg 30029412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 449 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 30223766 - 30223550
Alignment:
Q  449 ctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaat 548  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| || |||||    ||||||| ||||||     
T  30223766 ctcagctatgatttctgtaatcattttgcaatccgaaatttttatttcaagaagttgaggaagatctctaactagagaatatgaaaacagatgcttcaac 30223667  T
Q  549 ttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaaacagattttgaagag 648  Q
    || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30223666 ttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaaagattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaaacagattttgaagag 30223567  T
Q  649 ccaaagtctctaagttg 665  Q
    | |||||||||||||||    
T  30223566 ctaaagtctctaagttg 30223550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 534 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 30092224 - 30092074
Alignment:
Q  534 aacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaa 633  Q
    ||||||| |||||| || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  30092224 aacagatgcttcaacttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaaagattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaa 30092125  T
Q  634 acagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggat 684  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  |||||||||||||    
T  30092124 acagattttgaagagctaaagtctctaagttggggagtgcaggatagggat 30092074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 534 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 30114077 - 30113927
Alignment:
Q  534 aacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaa 633  Q
    ||||||| |||||| || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  30114077 aacagatgcttcaacttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaaagattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaa 30113978  T
Q  634 acagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggat 684  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||||||    
T  30113977 acagattttgaagagctaaagtctctaagttggggaaggcgggatagggat 30113927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 534 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 30128829 - 30128679
Alignment:
Q  534 aacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaa 633  Q
    ||||||| |||||| || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  30128829 aacagatgcttcaacttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaaagattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaa 30128730  T
Q  634 acagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggat 684  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  |||||||||||||    
T  30128729 acagattttgaagagctaaagtctctaagttggggagtgcaggatagggat 30128679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 534 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 30102542 - 30102392
Alignment:
Q  534 aacagatacttcaatttgtgacaacctttgacttcaaaagattttagtttgacaaaagattgaattggaattggcccatggcatattttttccagattaa 633  Q
    ||||||| |||||| || |  ||||| ||||||| || | |||| || |||  ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  30102542 aacagatgcttcaacttatcgcaaccattgacttgaataaatttcagcttggaaaatgattgaattggaattggtccatgacatatttcttccagattaa 30102443  T
Q  634 acagattttgaagagccaaagtctctaagttgagtaaagcaggatagggat 684  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  |||||||||||||    
T  30102442 acagattttgaagagctaaagtctctaagttggggagtgcaggatagggat 30102392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 459 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 30147699 - 30147579
Alignment:
Q  459 atttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaataccgcaacagatacttcaatttgtgacaac 558  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||| |||||| || | |||||    
T  30147699 atttctgtaatcattttgcaattagaaatttttatatcaagaagttgaggaaggtcactaacgagggaataccaaaacagatgcttcaacttctcacaac 30147600  T
Q  559 ctttgacttcaaaagatttta 579  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  30147599 ctttgacttcaatagatttta 30147579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 449 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 30103657 - 30103577
Alignment:
Q  449 ctcagatataatttctgtaatcatttggcaatcagcaatttttatttcacgaagttgagggaggtctctaacaagggaata 529  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| || |||||    
T  30103657 ctcagttatgatttctgtaatcattttgcaatccgaaatttttatttcaagaagttgaggaagatctctaactagagaata 30103577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 430
Target Start/End: Original strand, 30184633 - 30184698
Alignment:
Q  365 acataaactaacgagacgaggcaaactttcaagttcaagagaacacaactcagggaatataatctt 430  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||| ||||||||    
T  30184633 acataaacttacgagacttggcaaacattcaagttcaagagaacgtagctcggggaagataatctt 30184698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University