View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7504_low_1 (Length: 737)

Name: NF7504_low_1
Description: NF7504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7504_low_1
NF7504_low_1
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (45-725)||(22340129-22340810)
chr4 (45-725)||(29123429-29124110)
chr4 (176-725)||(4303193-4303747)
chr4 (59-642)||(15705634-15706217)
chr4 (176-552)||(17838698-17839079)
chr4 (317-714)||(18116384-18116781)
chr4 (191-719)||(8110610-8111143)
chr4 (316-714)||(36279205-36279603)
chr4 (316-714)||(23158152-23158550)
chr4 (176-727)||(12915468-12916024)
chr4 (316-714)||(51872507-51872905)
chr4 (547-725)||(17826772-17826950)
chr4 (412-725)||(3621420-3621733)
chr4 (246-717)||(15649066-15649537)
chr4 (246-553)||(6614197-6614504)
chr4 (251-698)||(50693772-50694219)
chr4 (251-698)||(36950958-36951405)
chr4 (251-698)||(17469142-17469589)
chr4 (251-559)||(29192472-29192780)
chr4 (240-380)||(12290538-12290678)
chr4 (611-682)||(24059760-24059831)
chr4 (251-455)||(34994483-34994687)
chr4 (246-306)||(3621321-3621381)
chr4 (338-380)||(25135122-25135164)
chr4 (341-482)||(24059490-24059631)
chr4 (246-281)||(53584945-53584980)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (45-717)||(23602813-23603485)
chr3 (176-725)||(8594934-8595488)
chr3 (240-725)||(42462466-42462951)
chr3 (176-725)||(48547231-48547785)
chr3 (241-714)||(23571623-23572096)
chr3 (316-714)||(3514506-3514904)
chr3 (246-717)||(17153806-17154277)
chr3 (335-714)||(9818901-9819280)
chr3 (246-669)||(53152132-53152555)
chr3 (246-725)||(42459294-42459761)
chr3 (45-146)||(26130578-26130679)
chr3 (240-501)||(30737234-30737495)
chr3 (251-698)||(16663733-16664180)
chr3 (340-690)||(39632858-39633208)
chr3 (617-698)||(52196409-52196490)
chr3 (617-681)||(10754186-10754250)
chr3 (191-309)||(8542197-8542320)
chr3 (344-559)||(10753913-10754128)
chr3 (248-455)||(52196041-52196248)
chr3 (252-381)||(32945649-32945778)
chr3 (251-309)||(39633239-39633297)
chr3 (341-381)||(28393365-28393405)
chr3 (171-228)||(26130501-26130558)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (179-725)||(49369447-49369998)
chr1 (240-714)||(41342810-41343284)
chr1 (335-714)||(10003772-10004151)
chr1 (335-714)||(27029793-27030172)
chr1 (176-557)||(5556944-5557330)
chr1 (246-498)||(45757435-45757687)
chr1 (593-682)||(24545091-24545180)
chr1 (341-723)||(28520830-28521212)
chr1 (617-676)||(37668976-37669035)
chr1 (614-681)||(26996083-26996150)
chr1 (340-426)||(37666199-37666285)
chr1 (59-146)||(49369337-49369424)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (176-725)||(58387-58941)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (239-706)||(38938217-38938684)
chr2 (316-717)||(32349696-32350097)
chr2 (246-717)||(23384595-23385066)
chr2 (335-714)||(30275731-30276109)
chr2 (246-713)||(21963160-21963627)
chr2 (246-664)||(27914653-27915071)
chr2 (540-713)||(21964639-21964812)
chr2 (617-698)||(1258584-1258665)
chr2 (315-440)||(43409013-43409138)
chr2 (589-697)||(22300858-22300966)
chr2 (251-493)||(22298669-22298911)
chr2 (341-458)||(20007345-20007462)
chr2 (251-426)||(33937067-33937240)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (191-714)||(73990-74518)
[»] chr7 (27 HSPs)
chr7 (191-714)||(40891766-40892294)
chr7 (251-714)||(586541-587004)
chr7 (246-717)||(37075589-37076060)
chr7 (246-717)||(9403131-9403595)
chr7 (335-702)||(36575396-36575763)
chr7 (316-714)||(24819519-24819917)
chr7 (316-714)||(12121408-12121806)
chr7 (176-725)||(20705483-20706037)
chr7 (176-725)||(20873527-20874081)
chr7 (246-717)||(34981599-34982070)
chr7 (239-394)||(21607983-21608138)
chr7 (366-693)||(27868772-27869099)
chr7 (240-511)||(27278348-27278619)
chr7 (251-698)||(22865766-22866213)
chr7 (617-698)||(47548969-47549050)
chr7 (617-698)||(47553412-47553493)
chr7 (614-698)||(27987585-27987669)
chr7 (45-104)||(22542872-22542931)
chr7 (593-698)||(18815411-18815516)
chr7 (341-431)||(8457469-8457559)
chr7 (614-687)||(8457213-8457286)
chr7 (341-458)||(18815651-18815768)
chr7 (350-458)||(27990209-27990317)
chr7 (339-485)||(5196478-5196624)
chr7 (251-455)||(45649422-45649626)
chr7 (251-455)||(47553046-47553250)
chr7 (614-695)||(5196753-5196834)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (234-725)||(11265765-11266256)
chr5 (239-719)||(27891443-27891923)
chr5 (246-713)||(5824972-5825439)
chr5 (246-717)||(6678577-6679046)
chr5 (246-694)||(29150057-29150504)
chr5 (246-609)||(10462244-10462607)
chr5 (341-702)||(31962686-31963047)
chr5 (251-698)||(38931526-38931973)
chr5 (617-698)||(29322916-29322997)
chr5 (251-561)||(8895141-8895451)
chr5 (617-695)||(8896369-8896447)
chr5 (251-309)||(29322550-29322608)
chr5 (343-378)||(16862796-16862831)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (239-725)||(667009-667496)
chr6 (246-725)||(28604878-28605357)
chr6 (316-714)||(18295398-18295796)
chr6 (357-714)||(2894100-2894457)
chr6 (246-698)||(7218368-7218820)
chr6 (335-714)||(17227769-17228156)
chr6 (251-561)||(5391672-5391982)
chr6 (239-380)||(14223505-14223646)
chr6 (617-698)||(5391535-5391616)
chr6 (338-641)||(9759578-9759881)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (241-714)||(26077728-26078201)
chr8 (176-501)||(31423430-31423760)
chr8 (250-698)||(26390260-26390707)
chr8 (526-719)||(31423238-31423431)
chr8 (444-698)||(29532307-29532561)
chr8 (246-558)||(2959748-2960060)
chr8 (617-698)||(10801698-10801779)
chr8 (246-438)||(29529926-29530117)
chr8 (338-378)||(18182126-18182166)
chr8 (251-309)||(10802088-10802146)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (246-698)||(224744-225194)
[»] scaffold0289 (2 HSPs)
scaffold0289 (341-482)||(10912-11053)
scaffold0289 (593-698)||(11164-11269)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 725
Target Start/End: Original strand, 22340129 - 22340810
Alignment:
Q  45 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctag 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22340129 aagaaactaagaataatatattaaaacgcaaacagtccctcaaagcacaaggtgtgtcaaaagggactgaaaacagttagttacaatacagtaaggctag 22340228  T
Q  145 aataaatagccnnnnnnnnnnnncaacaacggacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatg 239  Q
    || |    |||            |||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||     |||||| ||||    
T  22340229 aaca----gccaaaaaacaaaaacaacaacatacattacatggcagtctgtaaacaacataaaggattttgtctccaaaagggataatcaaaactgaatg 22340324  T
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  22340325 tgatgaagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaagaagagcttcaagatgatccatattgttttggaaaatcttcaaattgcg 22340424  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22340425 atctttccatataacaaataaaaccaaaatccaaataatagacaaagctttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgattagcatga 22340524  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  22340525 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaaaccaattcgaaaccaagagccataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatctc 22340624  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22340625 tttcctcctccttaccacacaaggccacacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctatttagaaa 22340724  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22340725 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaacactgcagtgatattgatgtcca 22340810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 29124110 - 29123429
Alignment:
Q  45 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctag 144  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  29124110 aagaaattaagaataatatattaaaacacaaacagtccctcaaagcataaggtgtgccaaaaggaactgaaaacagttagttacaatacagtaaggctag 29124011  T
Q  145 aataaatagccnnnnnnnnnnnncaacaacggacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatg 239  Q
    |  |    |||             |||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||     |||||| || |    
T  29124010 agca----gccaaaaaacaaaaagaacatcagacattacaaggcaatctgcaaacaacataaaggattttgtctccaaaagggataatcaaaactgaaag 29123915  T
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  29123914 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaagaagagcttcaagatgatccatattgttttggaaaatcctcaaattgcg 29123815  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29123814 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaagctttcatagaattctttgaaaa-cctccaagagcacaaaactgattagcatga 29123716  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  29123715 ggatataaattgccttgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataatcgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatggtctc 29123616  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29123615 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 29123516  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaaggg-aaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29123515 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 29123429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 4303747 - 4303193
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||  || | ||||||||||||||||||| || | ||||     || ||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  4303747 gacattacaaggcagcctgtaaacaacaaaatggattttgtctccaaaagggataatcaaaattgaacgtaatgaagtgtgctttcatccaccaaaaggt 4303648  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4303647 ttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgacccatatggttttggaaaatcttcatattgcgatctttccaaataacaaataaaatcgaaatc 4303548  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4303547 caaacaatagacaaagctttcgtagaactctttgaaaaacctccaagggcacaaaattgattagcatgggtatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 4303448  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4303447 aaccaagccaattcgatatcaagagtcataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 4303348  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4303347 agaagaatctgtagcatgaaggatattcctcttgcgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaaaagacgccaaacaaaaatattaacttttaag 4303248  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4303247 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 4303193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 59 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 15706217 - 15705634
Alignment:
Q  59 aatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctagaataaatagccnnn 158  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||   |||| ||||       
T  15706217 aatatattaaaatacatacggtccctcaa-gtacaaggtgtgccaaaaggaactgaaaatagttagttacaatacagtaaggcta---taaa-agccagg 15706123  T
Q  159 nnnnnnnnncaacaacggacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgct 253  Q
             ||| ||| ||||||||| ||||  |||||||||||  || | ||||||||||||||||||| || | ||||     || ||| ||| ||||    
T  15706122 aaacaaaaacaaaaacagacattacaaggcagcctgtaaacaacaaaatggattttgtctccaaaagggataatcaaaattgaacgtaatgaagtgtgct 15706023  T
Q  254 ttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataa 353  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15706022 ttcatccaccaaaaggtttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgacccatatggttttggaaaatcttcatattgcgatctttccaaataa 15705923  T
Q  354 caaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgcc 453  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||| | ||||||||||||    
T  15705922 taaataaaaccgaaatccaaacaatagataaagctttcgtagaactctttgaaaaatctccaagggcacaaaattggttagcatgggtatataaattgcc 15705823  T
Q  454 atgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctcctta 553  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  15705822 atgaagcaccgtaacaaaaccaagtcaattcgatatcaagagccataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatccctttcctcctcctta 15705723  T
Q  554 ccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagag 642  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  15705722 tcacacaaggccgcacaagaagcatctgtagcctgaaggatattcctcttgcgaagattgtcatttgtagcaagtccattcagagagag 15705634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 176 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 17839079 - 17838698
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     |||| | ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17839079 gacattacaaggcagtctgtaaacaacataagggattttgtctccaaaagggataatcaaaagtgaacatgatgaagtttgctttcatccaccaaaaagt 17838980  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17838979 ttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgatccatatggttttggaaaatcttcatgttgcgatctttccaaataacaaataaaaccaaaatc 17838880  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17838879 caaataatagacaaagctttcatggaattctttgaaaagcccccaagagcacaaaactgattagcatgtgtatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 17838780  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctcctt 552  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  17838779 aaccaagtcaattcgatatcaagagccataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatcccttttctcctcctt 17838698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 317 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 18116781 - 18116384
Alignment:
Q  317 ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaa 416  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| || |||||||    
T  18116781 ttttggaaaatcctcctattgcgatctttccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaatgctttcatagaattctttgagaagcctccaa 18116682  T
Q  417 gagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatc 516  Q
    |||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||| ||||    
T  18116681 gagcgcaaaactgattagcatttgtatataaattgccattaaaaaccgtaacaaaaccaagccaatccgatagcaaaagccataaccgaccataataatc 18116582  T
Q  517 acattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcc 616  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18116581 acattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaggctccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcctcttgcgaagattgtcc 18116482  T
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18116481 tttgtagcaaatctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 18116384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 191 - 719
Target Start/End: Original strand, 8110610 - 8111143
Alignment:
Q  191 tctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaacctt 285  Q
    |||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||| || | |||      |||||| ||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |    
T  8110610 tctgtaaacaatgtaaaggattttgtctccaaaagggataatcaaaagcgaaagtgatgaagtctgctttcagccaccaataagtctgaagtttaaccct 8110709  T
Q  286 ttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaa 385  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || ||   ||| || |||||| ||   ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||    
T  8110710 ttcaaaaagagcttcgagatgttcaacttggttctgaaaaatcctcctgttgcggtccttccaaataacaaataagaccgaaatccatataatagtaaaa 8110809  T
Q  386 actttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcg 485  Q
     || || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  8110810 gctgtcctagaattctttgagaaccctccaagagcacaaaactgattagcatgtgaaaatatattgccatgaaacaccttaacaataccaaaccaattcg 8110909  T
Q  486 aaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagc 585  Q
    | | ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||  | | |    
T  8110910 atatcaagagccataatcgaccataatgatcacattgaaaaaagaaatggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcgcaagacacattggaaac 8111009  T
Q  586 ctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagc 685  Q
    || || ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8111010 ctcaaagacgttcctcttgcgcaggttgtcctttgttgcaagtctattcagaaagagacgccatacaaaaatattaacctttaatggaaccgctttaagc 8111109  T
Q  686 cataaaaattgatcaaactctgcagtgatattga 719  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  8111110 cataaaaattgattaaactctgcagtgatgttga 8111143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 36279603 - 36279205
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  36279603 gttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatatagtatataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatataattctttgagaaacctcca 36279504  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||| ||     
T  36279503 agagcgcaaaactgattagcatgagtatataaattgccattgaaaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataatcgaccataataag 36279404  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  36279403 cacattggaaaaacaaatgatcccttttctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaagaacattcctcttacgaagattatc 36279304  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36279303 ctttgtagcaagtctattcagaaagaaccgccaaacaaaaatattaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 36279205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 23158550 - 23158152
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   ||||||||||| || |||  | |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23158550 gttttggaaaatcctcctgttgcgatcttttcatatagtatataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcca 23158451  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||| |||    
T  23158450 agagcgcaaaactgattagcatgagtatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataatcgaccataataat 23158351  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    || |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  23158350 catattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaagaacattcctcttgcgaagattatc 23158251  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  23158250 ctttgtagcaagtctattcagaaagagccgccaaacaaaaatattaacttttaaggggactgctttaagccataaaaattgatcaaaatatgcagtgat 23158152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 176 - 727
Target Start/End: Original strand, 12915468 - 12916024
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||  || | |||||||||||||||| ||     ||||   ||||| ||| |||||||||||| ||||||| | ||    
T  12915468 gacattacatgacagtttgtaaacaacaaaaaggattttgtctccaaaagtgatagtcaaaaacgaatgtaatgaagtttgctttcaaccaccaatacgt 12915567  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaat 369  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | | || |||||||||||  ||   |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  12915568 ttgaagtttaaccctttccataagagcttctagatgatcaa-agtgattttggaaaattctcctgttgcgatctttccatataacatataagaccgaaat 12915666  T
Q  370 ccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaaca 469  Q
    | |||||||||  ||  ||  | ||||  || |||| || || || ||||||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||| || |||||||||    
T  12915667 ctaaataatagtaaacgctaacgtagacctccttgagaagccaccgagagcacaaaaatgattagcatgagtatgtaaattaccatgtaaaaccgtaaca 12915766  T
Q  470 aaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcac 569  Q
    | ||||||||| | ||| ||||||||||||||  | ||||||   |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12915767 ataccaagccactgcgataccaagagccataaccgcccataatggtcacattgaaaaaataaattgtctctttcctcctccttaccacacaaggccgcac 12915866  T
Q  570 aagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaa 669  Q
    |||||  ||   |||||  |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12915867 aagaaacattgttagccgcaaggacattccttttgcgcaagttgttctttgtagcaattctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacctttaa 12915966  T
Q  670 gggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtccatc 727  Q
     |||||||| |||||||| || ||||| | ||| ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  12915967 cggaaccgccttaagccacaagaattggttaaaatcttcagtgatcttggtgtccatc 12916024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Original strand, 51872507 - 51872905
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   ||||||| ||||||||||  | ||||  |||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  51872507 gttttggaaaatcctcctgttgcgatttttccaaatagtatataaggccgatatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcct 51872606  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||  || ||||| ||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||| |||    
T  51872607 agaccacaaaactgattagcatgagtatatgaattgccattaagaactgtaaccaaacctaaccaatccgatagcataagccataatcgaccataataat 51872706  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| | || ||  || | |||  ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  51872707 cgcattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccaaataaagcaccataggaaacattggtagcctcaagaacattcctcttgcgaagattatc 51872806  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  51872807 ctttgtagcaagtctattcagaaagagccgccaaacaaaaatattaacttttaagggtaccgctttaagccataaaaattgaacaaaatctgcagtgat 51872905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 547 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 17826950 - 17826772
Alignment:
Q  547 ctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgc 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17826950 ctccttaccacacaaggccgcacaagaagcatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaagattctcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgc 17826851  T
Q  647 caaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17826850 caaacaaaaatgttaacttttaaggaaaccactttaagccataaaaattgatcaaactctacagtgatattgatgtcca 17826772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 412 - 725
Target Start/End: Original strand, 3621420 - 3621733
Alignment:
Q  412 tccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataa 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||  ||||||||    
T  3621420 tccaagagcacaaaactgatgagcatgtgaaaatagattgccatgaaacacagtaacaataccaaaccaattcgttaacaagagccataaccgaccataa 3621519  T
Q  512 aaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggt 611  Q
      ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   ||  | | ||| ||| || |||||||| || ||||    
T  3621520 tgatcacattggaaaaaaaaatggtctctttcctcctccttaccacacaaggtcgcgcaagacacattggaaacctcaagaacgttcctcttacgcaggt 3621619  T
Q  612 tgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagt 711  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3621620 tgtcctttgttgcaagtctattcagaaaaagacgccatacaaaaatattaacctttaatgggaccggtttaagccataaaaattgattaaactctgcagt 3621719  T
Q  712 gatattgatgtcca 725  Q
    |||||||| |||||    
T  3621720 gatattgaagtcca 3621733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 15649537 - 15649066
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  15649537 agttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgaccctttcaagaagaacttccatatgaacaatttcgttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 15649438  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  || |||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  15649437 ccaaatagaaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagtttgcatagaatgctttgagaatcctccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 15649338  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    || || ||||  | | |||| |||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  15649337 aagtttccattgagcgccgtgacaaaacctaaccaatctgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaaaaataaatggtctctttcct 15649238  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| || |   ||||| ||   |  |||||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| |     
T  15649237 cctccttaccacataaagtaccacaaaaaacgttggtagcctcgaggacattccgcttgcgaagattatcctttgtagcaaggcgattcagaaagagcct 15649138  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  15649137 ccaaacaaaaatattaacctttaaagggactgctttaagccataataaatgatcaaactctgcattgatatt 15649066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 246 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 6614504 - 6614197
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    |||||| |||||| |||  |||||||||||    
T  6614504 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaagaacttccaaatgaacaatttggttttgaaaaatcctcatgttgcgatcttt 6614405  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||    
T  6614404 ccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaatgctttcaaagaattctttgagaaacctccaagagcacaaaactgatttgcatgtgaatat 6614305  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  6614304 aaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccctttcct 6614205  T
Q  546 cctcctta 553  Q
    ||||||||    
T  6614204 cctcctta 6614197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 50694219 - 50693772
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttt-tggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  50694219 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaaccctttcaagaagaacttcaagatgatcaa-agtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 50694121  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || ||||||||||||||||||||||  |  |||  | || || | || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||||||    
T  50694120 atgacgaataaaaccgaaatccaaataactgtaaaacatgtcctacacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaat 50694021  T
Q  450 tgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctc 549  Q
    | ||||  ||    ||||||| ||||| ||| |  ||||  || ||||| | | | ||||||  |||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||    
T  50694020 taccattcaaagttgtaacaataccaaaccactgagaaattaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacaaatgatccctttcctcttc 50693921  T
Q  550 cttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaa 649  Q
    |||||||||||| | ||| ||||  |||   || |  | ||  ||||| || || || | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50693920 cttaccacacaaagtcgcgcaagccgtaagagtgggatcaattacatttcttttacgcaagttatcttttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaa 50693821  T
Q  650 acaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  50693820 acaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataaaaattgat 50693772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Original strand, 36950958 - 36951405
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaa--tcttcaaattgcgatctttcca 348  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | | || ||  |||||  |||||   || |||||||||||    
T  36950958 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgatcaa-agtgattctgaaaaattcttctgttt-cgatctttcca 36951055  T
Q  349 aataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaa 448  Q
    ||| || |||||||| || ||||| ||||  |  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  ||||||    
T  36951056 aatgacgaataaaacagacatccagataactgtaaatcctgtcctagatttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaa 36951155  T
Q  449 ttgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcct 548  Q
    || ||||  |     ||||||||||||||||| |  ||||  || ||||| | | | ||||||  |||||| | ||||||||||||||  |||||||| |    
T  36951156 ttaccattcagagttgtaacaaaaccaagccactgagaaattaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacaaatgatccctttcctctt 36951255  T
Q  549 ccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 648  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||   ||   || |  | ||  ||||| || || || |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36951256 ccttaccacacaaagtcgcgcaagccataagagtgggatcaaatacatttcttttacgcaaattatcttttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 36951355  T
Q  649 aacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
     |||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  36951356 tacaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataaaaattgat 36951405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 17469589 - 17469142
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttt-tggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  17469589 gctttcagccaccaaaatgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgatcaa-agtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 17469491  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataa-tagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaa 448  Q
    || || |||||| | ||||| ||||||| || | ||| || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  ||||||    
T  17469490 atgacgaataaagctgaaattcaaataactata-aaacctgtcctagacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaa 17469392  T
Q  449 ttgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcct 548  Q
    || ||||  |     ||||||| ||||||||| |  ||||  || ||||| | | | ||||||  |||||| | ||||||||||||||  |||||||| |    
T  17469391 ttaccattcagagttgtaacaataccaagccactgagaaaataaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacaaatgatccctttcctctt 17469292  T
Q  549 ccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 648  Q
    |||||||| |||| | ||| ||||  |||   || |  | ||  ||||| || ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17469291 ccttaccaaacaaagtcgcgcaagccgtaagagtgggatcaattacatttcttttgcgcaagttatcttttgtagcaagtctattcagaaagagatgcca 17469192  T
Q  649 aacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  17469191 aacaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataaaaaatgat 17469142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 251 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 29192780 - 29192472
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaa 350  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| | |   |  || |||||  ||   || | ||||||| |||    
T  29192780 gctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagtagagcttcaagataatcaaaatgatgctgaaaaattctcctgtttctatctttctaaa 29192681  T
Q  351 taacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaatt 450  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| | || ||||||    
T  29192680 tgacgaataaaaccgaaatccaaataatagtaaaacctgtcatagagttttttgaaaaacccccaagagcacaaaattgagaagcatgtgaatgtaaatt 29192581  T
Q  451 gccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctcc 550  Q
     ||||  ||    ||||||| ||||||||| |  |||| ||||||||| | | ||||||||  |||||| |||||||||| ||| |  |||||||| |||    
T  29192580 accattcaaagttgtaacaataccaagccactgagaaatcaagagccaaagtcgaccataatgatcacaatgaaaaaacagatggtccctttcctcttcc 29192481  T
Q  551 ttaccacac 559  Q
    |||||||||    
T  29192480 ttaccacac 29192472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 240 - 380
Target Start/End: Original strand, 12290538 - 12290678
Alignment:
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttt-tggaaaatcttcaaattgc 338  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||   ||||||||| ||||| || ||  || || || |||||| |   ||| |    
T  12290538 tgatgaagtttgctttcaaccaccaataagtctgaagtttaaccctttccgaaagagcttcgagatgttc-actttggttctgaaaaatccttctatttc 12290636  T
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatag 380  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12290637 gatctttccaaataacaaataagaccgaaatccaaataatag 12290678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 611 - 682
Target Start/End: Original strand, 24059760 - 24059831
Alignment:
Q  611 ttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgcttta 682  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||    
T  24059760 ttgtcctttgtagcaagtctactcataaagagacgtcaaacaaaaatattaacttttaacgaaaccgtttta 24059831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 455
Target Start/End: Original strand, 34994483 - 34994687
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  34994483 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgat-cagagtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 34994581  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||  |  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||||||    
T  34994582 atgacgaataaaacagaaatccatataactgtaaatcctgtcctagacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaat 34994681  T
Q  450 tgccat 455  Q
    | ||||    
T  34994682 taccat 34994687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 246 - 306
Target Start/End: Original strand, 3621321 - 3621381
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatg 306  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3621321 agtttgctttcaaccaccaataagtctgaagtttaaccctttcaaaaagagcttcaagatg 3621381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 338 - 380
Target Start/End: Original strand, 25135122 - 25135164
Alignment:
Q  338 cgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatag 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25135122 cgatctttccaaataacaaataagactgaaatccaaataatag 25135164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 482
Target Start/End: Original strand, 24059490 - 24059631
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | || | ||||||||||| || |||| ||||||  |||||||||  | |||||    
T  24059490 tcttttcagataacaaataagaccgaaatccaaataatagagaatgatgtccttgaattctttgagaaccctctaagagcttaaaactgatttgaatgag 24059589  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaat 482  Q
     |||||| | ||||||||  || ||| | | |||||||||||    
T  24059590 catataagtcgccatgaagaactgtatcgataccaagccaat 24059631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 281
Target Start/End: Original strand, 53584945 - 53584980
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaa 281  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53584945 agtttgctttcatccaccagaaagtttgaagtttaa 53584980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 717
Target Start/End: Original strand, 23602813 - 23603485
Alignment:
Q  45 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctag 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||     
T  23602813 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacagttcctcaaagcacaaggtgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacaatacggaaaggcta- 23602911  T
Q  145 aataaatagccnnnnnnnnnnnncaacaacggacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatg 239  Q
       |||  |||            || |||| ||||||||||  || |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||     |||||| || |    
T  23602912 ---aaactgccaaaaaacaaaaacatcaacagacattacataacagtctgtaaacaacataaaggattttgtctccaaaagggataatcaaaactgaagg 23603008  T
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  23603009 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaggtttgaagtttaaccttttcaagaagagcttcaagatgatccatattgttttggaaaatcttcaagttgcg 23603108  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  23603109 atctttccaaataacaaataaaatcgaaatccaaataatagacagagctttcatagaattctttgaaaatcctccaagagcacaaaactgaatagcatga 23603208  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  23603209 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccatagtcgaccataaaaatcacattgaaaaaacagatgatctc 23603308  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23603309 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatttgtag-ctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtccttagtagcaagtctattcagaaa 23603407  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  23603408 gagtcgccaaacaaaaatgttaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactccgcaatgatatt 23603485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Original strand, 8594934 - 8595488
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| ||||  ||||| |||||  || | ||||||||||||||||||| || | ||||     || ||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  8594934 gacattacaaggcagcctgtatacaacaaaaaggattttgtctccaaaagggataatcaaaattgaacgtaatgaagtgtgctttcatccaccaaaaggt 8595033  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8595034 ttgaagtttaaccttttcaagaagagcttcaagataacccatatggttttggaaaatcttcatattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 8595133  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||| || | |||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  8595134 caaacaatagacaaagctttcgtagaactctttgaaaaacatccaagggcacaaaattggttagcatgggtatgtaaattgacatgaaacaccgtaacaa 8595233  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
    |||||||| |||| || | ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8595234 aaccaagcgaatttgatatcaagagccataaacgaccataataatcacattgaaaaaacaaatggtccctttcctcctccttagcacacaaggccgcaca 8595333  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8595334 agaagcatctgtagcctgaaggatattcctcttacgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaaa 8595433  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8595434 ggaaccgctttaagccatagaaattgatcaaactctgcaatgatattgatgtcca 8595488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 240 - 725
Target Start/End: Original strand, 42462466 - 42462951
Alignment:
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |  |  ||||||||||||| |||  |||||    
T  42462466 tgatgaagttagctttcaaccaccaaaaagtttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgattcgtatggttttggaaaatcctcatgttgcg 42462565  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||     
T  42462566 atcttttcaaataacaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaacctttcatataattctttgaaaagcctccaagagcacaaaactgattagcatgt 42462665  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  42462666 gtatataaattgccatgaaacatcgtaacaaaaccaagtcaatttgatatcaaaagccataaccgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatctc 42462765  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42462766 tttcctcctccttatcatacaaggtcgcacaagatgcatttgtagcctgaaggacattcctcttgcgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 42462865  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  42462866 gaaacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggagccgttttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtaatgttgatgtcca 42462951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Original strand, 48547231 - 48547785
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||||| || |||||||||||  ||| | ||||||||||||||| ||| || | |||      |||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  48547231 gacattacatgacagtctgtaaacaatgtaacggattttgtctccaaaaaggataatcaaaagcgaacgtgatgaagtttgctttcaaccaccaataagt 48547330  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || |    ||| || |||||| ||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48547331 ttgaagtttaaccctttcaaaaagagcttcgagatgttcaatttggttctgaaaaatcctcctgttgcgatctttccaaataacaaataagaccgaaatc 48547430  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    || |||||||  |||  | || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  48547431 catataatagtaaaagttgtcctagacttctttgagaaacctccaagagcacaaaactgattagcatgtgaaattaaattgccttgagacaccgtaacaa 48547530  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
     ||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48547531 taccaaaccaattcgatatcaagagccataatcgaccataatgatcacattgaaaaaacaaatggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcgca 48547630  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    ||||  ||  | | ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||     
T  48547631 agaaacattggaaacctcaaggacgttcctcttgcgcaggttgtcctttgttgcaagtctattcagaaagagacgccagacaaaaatattaacctttaat 48547730  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  48547731 ggaactgctttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatgttgaagtcca 48547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 241 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 23572096 - 23571623
Alignment:
Q  241 gatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcga 340  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||| |||| | |||| | |    ||||||||||||| ||   ||||||    
T  23572096 gatgcagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgaccctttcaattagaacttccaaatgaacaatttggttttggaaaatcctcctgttgcga 23571997  T
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  23571996 tctttccatatagaaaataataccgaaatccaaataatagtaaatgctttcatagaattctttgagaagcctccaaaagcacaaaactgattagcatgtg 23571897  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatct 540  Q
     |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| | ||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||| |||| ||||| |||||||||||||  ||    
T  23571896 tatataaattgccattaaaaaccgtagcaaaacctaaccaatccgatagcaaaagccataaccgaccataataatcgcattggaaaaacaaatgatccct 23571797  T
Q  541 ttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 640  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23571796 ttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcgtcttgcgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 23571697  T
Q  641 agacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23571696 agacgtcatacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctacagtgat 23571623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Original strand, 3514506 - 3514904
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||  | |||| ||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  3514506 gttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccaaatagtatataagaccgagatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcct 3514605  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| |||    
T  3514606 agagcgcaaaactgattagcatgagtatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatcggatagcataagccataagcgaccataataat 3514705  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||   |||||| ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  3514706 cgcattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattgatagcctcaagaacattcctcttgcgaagattatc 3514805  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3514806 ctttgtagcaagtctattcagaaagaaccgccaaacaaaaatattaacttttaagggtaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 3514904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 17154277 - 17153806
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    ||||||||||||| ||   |||| ||||||    
T  17154277 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaaaaagaacttccaaatgaacaatttggttttggaaaatcctcctgttgcaatcttt 17154178  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||  |||||| || ||||||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| | ||||    
T  17154177 ccatatagtaaataagactgaaatccaaataatagtaaatgctttcaaagaattctttgagaaacctccaagagcgcaaaactgatttgcatgtgaatat 17154078  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||| |||  |  |||||||||||||| | ||||| | | | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  17154077 aaattgtcattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccaatagcataagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccctttcct 17153978  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    |||| |||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  17153977 cctctttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtctattcataaagagccg 17153878  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17153877 ccaaataaaaatattaacttttaatggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcattgatatt 17153806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 335 - 714
Target Start/End: Original strand, 9818901 - 9819280
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgag 434  Q
    |||||||||| ||| |||  | |||| |||||||||||||| ||||  ||| |||||||| |||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||    
T  9818901 ttgcgatcttcccatatagtatataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagctttcataaaattctttgagaaaccacctaaagcgcaaaactgattag 9819000  T
Q  435 catgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatg 534  Q
    |||||| ||||||||||||||  |  ||| |||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9819001 catgagaatataaattgccattgagaaccataacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataaacgaccataaaagtcgcattggaaaaacaaatg 9819100  T
Q  535 atatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattc 634  Q
    ||   | ||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  9819101 atccttgtcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcctcttacgaagattatcctttgtagcaagtctattc 9819200  T
Q  635 agaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||| || ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9819201 agaaaaagccgccaaacataaatattgacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 9819280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 246 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 53152555 - 53152132
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  53152555 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagaagaacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 53152456  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  53152455 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagcttgcacagaatgctttgagaatcctccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 53152356  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||| |||  |  |||||||||| ||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53152355 aaattgtcattgagaaccgtaacaatacctaaccaatccgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatctctttcct 53152256  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||| ||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||| |     
T  53152255 cctccttgccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattctgaaagagcct 53152156  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaa 669  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  53152155 ccaaacaaaaatattaacttttaa 53152132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 246 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 42459761 - 42459294
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| | | || ||| ||||||  ||   |||||||||||    
T  42459761 agtttgctttcaaccaccaatacgtttgaagtttaacccttaccataagagcttcaagatgatcaaaa-tgattttgaaaattctcctgttgcgatcttt 42459663  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||  ||  |||| || || |||| || || || |||||||||||||||| |||||||| || |    
T  42459662 ccatataacatataagaccgaaatccaaataatagtaaacgctaacatataactccttgagaagccaccgagagcacaaaactgattagcatgagaatgt 42459563  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||| ||||| || |||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||  | ||||||   |||||||||||||| ||||| | ||||        
T  42459562 aaattaccatgtaaaaccgtaacaataccaagccactgcgataccaagagccataaccgtccataatggtcacattgaaaaaataaatggtctctt---- 42459467  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaaga-agtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagac 644  Q
           ||||||||||| ||||||||| | | | | |||||| |||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  42459466 -------accacacaaggtcgcacaagatactttgt-tagcctcaaggacattccttttgtgcaagttgtcctttgtagcaattctattcagaaaaagac 42459375  T
Q  645 gccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| | ||| ||| ||||||| ||| ||||||    
T  42459374 gtcaaacaaaaatgttaacctttaacggaacctccttaagccataagaattggttaaaatcttcagtgatgttgttgtcca 42459294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 45 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 26130679 - 26130578
Alignment:
Q  45 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctag 144  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  26130679 aagaaactaagaaaaatatattaaaacacaaacagtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaagcagttagttacaatacagaaaggctag 26130580  T
Q  145 aa 146  Q
    ||    
T  26130579 aa 26130578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 240 - 501
Target Start/End: Original strand, 30737234 - 30737495
Alignment:
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |     |||||||||||  ||   |||||    
T  30737234 tgatgaagttcgatttcaaccaccaatacgtttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgatcaatgtgattttggaaaattctcctcttgcg 30737333  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||  | || |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||     
T  30737334 atcttttcatataacaaataagaccgaaatccatataatagtaaaagttgtcctagagttctttgagaaacctccaagagtacaaaactgattcgcatgt 30737433  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataa 501  Q
    | || ||||| |||||| || | |||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||    
T  30737434 gtatgtaaatcgccatgtaaaatcgtaacaatactaagccaatgcgagatcaagagccataa 30737495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Original strand, 16663733 - 16664180
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaa--tcttcaaattgcgatctttcca 348  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | | || ||  |||||  |||||   || | |||||||||    
T  16663733 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgatcaa-attgattctgaaaaattcttctgttt-ctatctttcca 16663830  T
Q  349 aataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaa 448  Q
    ||| || |||||||| |||||||| ||||  |  ||| || || ||||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  ||||||    
T  16663831 aatgacgaataaaactgaaatccagataactgtaaaacctgtcctagacatttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaa 16663930  T
Q  449 ttgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcct 548  Q
    || ||||  |     ||||||| | ||||||| |  ||||  || ||||| | | | ||||||  |||||| | ||||||||||||||  |||||||| |    
T  16663931 ttaccattcagagttgtaacaataacaagccactgagaaattaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacaaatgatccctttcctctt 16664030  T
Q  549 ccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 648  Q
    ||||||||||||| | | | ||||  |||   || |  | ||  ||||| || ||||| |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16664031 ccttaccacacaaagtcacgcaagccgtaagagtgggatcaattacatttcttttgcgcaaattatcttttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 16664130  T
Q  649 aacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  16664131 aacaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataaaaattgat 16664180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 340 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 39633208 - 39632858
Alignment:
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    |||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||  ||| || || |||| || || |||||||| |||||||||||||| | |  ||||||     
T  39633208 atctttccaaatgacgaataaaattgaaatccaaataatagtaaaacctgtcctagagtttttcgaaaaacccccaagagcacaaaattaagaagcatgt 39633109  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    | || |||||| ||||  ||    ||||||| |||||||||||  |||| ||||||||| | | ||||||||   ||||| |||||||||| |||||  |    
T  39633108 gaatgtaaattaccattcaaagttgtaacaataccaagccaatgagaaatcaagagccaaagtcgaccataatggtcacaatgaaaaaacagatgatccc 39633009  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    ||||||| |||||||||||| | | ||| ||||   ||   || |  | || |||||| || ||  | |  || || |||||||||||||||||||||||    
T  39633008 tttcctcttccttaccacacgaagtcgcgcaagccataagagtggagtcaatgacatttcttttatgcaaattatcttttgtagcaagtctattcagaaa 39632909  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataa 690  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||    
T  39632908 gagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataa 39632858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Original strand, 52196409 - 52196490
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  52196409 tttgtagcaagtctattcagaaagaggcgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaaccgctttcaaccataaaaattgat 52196490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 617 - 681
Target Start/End: Original strand, 10754186 - 10754250
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgcttt 681  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  10754186 tttgtagcaagtctattcataaagagacgccaaacaaagatgttaaccttcaacggaaccgcttt 10754250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 309
Target Start/End: Original strand, 8542197 - 8542320
Alignment:
Q  191 tctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaagggaaaaactaaat-----gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaacctt 285  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| || | |||      |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  8542197 tctgtaaacaacataagggattttgtgtccaaaagggataatcgaaagcgaacgtgatgtagttagctttcaaccaccaaaacgttcgaagtttaaccct 8542296  T
Q  286 ttcaataagagcttcaagatgatc 309  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||    
T  8542297 ttcaagaagagcttccagatgatc 8542320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 344 - 559
Target Start/End: Original strand, 10753913 - 10754128
Alignment:
Q  344 ttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggat 443  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||| ||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||   |||||| | ||    
T  10753913 ttccatatgacaaataaaaccgaaatccaaataatagtaaaacctgtcacagattttttcgaaaaacctccaagagcgcaaaattgggaagcatgtgaat 10754012  T
Q  444 ataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttc 543  Q
     |||||| ||||  ||    |||||||| |||||||| |  |||| ||| ||||| |   ||||||||  ||||||  ||||||||| |||||  |||||    
T  10754013 gtaaattaccattcaaagtggtaacaaatccaagccactgtgaaatcaaaagccaaagacgaccataatgatcacaaagaaaaaacagatgatccctttc 10754112  T
Q  544 ctcctccttaccacac 559  Q
    ||| ||||||||||||    
T  10754113 ctcttccttaccacac 10754128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 455
Target Start/End: Original strand, 52196041 - 52196248
Alignment:
Q  248 tttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaa--tcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | || ||  |||||  |||||   || | ||||||    
T  52196041 tttgctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgat-cagagtgattctgaaaaattcttc-tgtttctatcttt 52196138  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| ||||  |  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||    
T  52196139 ccaaatgacgaataaaacagaaatccagataactgtaaatcctgtcctagacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtat 52196238  T
Q  446 aaattgccat 455  Q
    ||||| ||||    
T  52196239 aaattaccat 52196248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 381
Target Start/End: Original strand, 32945649 - 32945778
Alignment:
Q  252 ctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaat 351  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||| |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||||||||    
T  32945649 ctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaagaacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttacgatctttccaaat 32945748  T
Q  352 aacaaataaaaccgaaatccaaataataga 381  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  32945749 agtaaataagaccgaaatccaaataataga 32945778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 39633297 - 39633239
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatc 309  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  39633297 gctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagtagagcttcaagatgatc 39633239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 341 - 381
Target Start/End: Original strand, 28393365 - 28393405
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataataga 381  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28393365 tctttccagataacaaataagaccgaaatccaaataataga 28393405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 26130558 - 26130501
Alignment:
Q  171 caacggacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga 228  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  26130558 caacagacattacataacagtctgtaaacaacataaaggattttgtctccaaaaggga 26130501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 179 - 725
Target Start/End: Original strand, 49369447 - 49369998
Alignment:
Q  179 attacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttg 273  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||     |||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  49369447 attacaaggcagtctgtaaacaacataatggattttgtctccaaaagggataatcaaaagtaaacataatgaagtttgctttcatccaccaaaaggtttg 49369546  T
Q  274 aagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaa 373  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49369547 aagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgacccaaatggttttggaaaatcttcatattgcaatctttccaaataacaaataaaatcgaaatccaa 49369646  T
Q  374 ataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaac 473  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49369647 ataatagacaaagctttcgtataattctttgaaaaacctccaagggcataaaactggttagcatgagtatataaattgtcatgaaacaccgtaacaaaac 49369746  T
Q  474 caagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaaga 573  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49369747 caagccaattcgatatcaagagccataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaaga 49369846  T
Q  574 agtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaaggga 673  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49369847 agcatctgcagcctaaaggacattcctcttgcgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaaaaaaaatgttaacttttaaggga 49369946  T
Q  674 accgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49369947 accgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattggtgtcca 49369998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 240 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 41343284 - 41342810
Alignment:
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||  | | |||| | |||| | |    ||||||||||||| ||  ||||||    
T  41343284 tgatgtagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgaccctttcaagtataacttccaaatgaacaatttggttttggaaaatcctcctattgcg 41343185  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    ||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||      
T  41343184 atctttccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaatgctttcatagaattctttgagaagcctccaagagcgcaaaactgattagcattt 41343085  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatc 539  Q
    | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |    
T  41343084 gtatataaattgccattaaaaaccgtaacaaaaccaagccaatccgatagcaaaagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccc 41342985  T
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41342984 tttcctcctccttaccacataaggctccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcctcttgcgaagattgtcctttgtagcaaatctattcagaaa 41342885  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41342884 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 41342810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 335 - 714
Target Start/End: Original strand, 10003772 - 10004151
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgag 434  Q
    ||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||    
T  10003772 ttgcgatctttccaaatagtatataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaaccacctaaagcgcaaaactgattag 10003871  T
Q  435 catgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatg 534  Q
    |||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||||| || ||||  |||||||||||    
T  10003872 catgagaatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcaaaagccataaccgaccataaaagtcgcattcgaaaaacaaatg 10003971  T
Q  535 atatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattc 634  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |  ||  ||||||||  ||  ||||||| || ||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  10003972 atccctttcctcctccttaccacaaagagcaccacaagaaacattggtagcctcaaagacattcttcttacgaagattatcctttgtagcaagtctattc 10004071  T
Q  635 agaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||| |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10004072 agaaagagccgccaagcaaaaatattgacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 10004151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 335 - 714
Target Start/End: Original strand, 27029793 - 27030172
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgag 434  Q
    ||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||    
T  27029793 ttgcgatctttccaaatagtatataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaaccacctaaagcgcaaaactgattag 27029892  T
Q  435 catgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatg 534  Q
    |||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  | |||||||  |  ||||| |||||||||||    
T  27029893 catgagaatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgagagcataagccataaacgtccataaactttgcattggaaaaacaaatg 27029992  T
Q  535 atatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattc 634  Q
    || ||||||||||||||||||||| |  ||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  27029993 atctctttcctcctccttaccacatagagcaccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcctcttacgaagattatcctttatagcaagtctattc 27030092  T
Q  635 agaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    | ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27030093 aaaaaaagccgccaaacaaaaatattgacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 27030172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 176 - 557
Target Start/End: Original strand, 5556944 - 5557330
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||||  || |||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||     ||||   || |||||| |||||||||||| ||||||  ||||    
T  5556944 gacattacattacagtctgtaaacaatgtaacggattttgtctccaaaagggatagtcaaaagcgaacgtgatgaagtttgctttcaaccaccagtaagt 5557043  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |    || ||| |||||| ||   |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  5557044 ttgaagtttaaccctttcaaaaagagcttcgagatgatcaatttggtattgaaaaatcctcctgttgcgatctttccaaacaacaaataagaccgaaatc 5557143  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    || |||||||  |||  | ||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||  | ||||||||||||||||    
T  5557144 catataatagtaaaagttatccaagaattctttgagaaagctccaagagcacaaaactgattagcatgtgaaattaaattatcttgaaacaccgtaacaa 5557243  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccac 557  Q
     ||||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||    
T  5557244 taccaaaccaattcgatatcaagagtcataatcgaccataatgatcacattaaaaaaacaaatggtccctttcctcctccttaccac 5557330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 246 - 498
Target Start/End: Original strand, 45757435 - 45757687
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctt 344  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||| |  |||||||| ||  || ||||||||||| |||   |||| |||||    
T  45757435 agtttgctttcaaccaccaaaatgtttgaagcttaaccctttcaagaagagcatttagatgatc-actgtgattttggaaaattttcctgttgcaatctt 45757533  T
Q  345 tccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggata 444  Q
    |||| ||||||||||| ||  || |||| |||||||  |||  | || ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||| | ||||   ||     
T  45757534 tccatataacaaataagacaaaagtccagataatagtaaaaggtgtcctagaattctttgagaagcctccaaaggcacaaaactgattaacatgtatatg 45757633  T
Q  445 taaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagcca 498  Q
    |||||||||||| || ||||||| || ||||||||| | ||| | |||||||||    
T  45757634 taaattgccatgtaaaaccgtaataataccaagccagtgcgatatcaagagcca 45757687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 593 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 24545180 - 24545091
Alignment:
Q  593 acattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgcttta 682  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  24545180 acatttctctttcgaagattatcctttgtagcaagtctgttcagaaagagacgccagacaaaaatattaacttttaacggaaccacttta 24545091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 341 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 28521212 - 28520830
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||  | || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||  | ||||     
T  28521212 tctttccaaataacaaatatgaccgacatccaaataatagtgaaagatgtcctgaaattttttgaaaagcctccaagagcacaaaacttattggaatgaa 28521113  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatct 540  Q
     || ||| |  |||||||| | |||||||| |||||||||||  || | ||||||||| ||| |||| ||    ||||| | |||||||||||| |  ||    
T  28521112 tatttaagtcaccatgaaaaatcgtaacaataccaagccaatgtgagatcaagagccacaatcgaccgtagtggtcacacttaaaaaacaaatggtccct 28521013  T
Q  541 ttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 640  Q
     |||||   || |||||| |||| |||||||||   |   |   | | ||| ||||||||| | |  |  || |||| |||||||||||||||||| |||    
T  28521012 gtcctctaactcaccacataaggtcgcacaagacacaagggagacatcaagaacattcctcatacacaaattatcctctgtagcaagtctattcaggaag 28520913  T
Q  641 agacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtc 723  Q
    |||||||| ||||| || || || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||| || |||||    
T  28520912 agacgccatacaaatatattcacctttaacgaaaccgctttaagccacaaaaattgatgaaactcttcaatgatgttaatgtc 28520830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 617 - 676
Target Start/End: Original strand, 37668976 - 37669035
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaacc 676  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  37668976 tttgtatcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaacc 37669035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 614 - 681
Target Start/End: Original strand, 26996083 - 26996150
Alignment:
Q  614 tcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgcttt 681  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||    
T  26996083 tcctttgcaccaagtctattcagaaagagacgccagacaaaaatattaacctttaacggaatcgcttt 26996150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 426
Target Start/End: Original strand, 37666199 - 37666285
Alignment:
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactt-tcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaa 426  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  37666199 atctttccaaatgatgaataaaaccgaaatccaaataatag-taaaacttgtcctagagttttttgaaaaacccccgagagcacaaaa 37666285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 146
Target Start/End: Original strand, 49369337 - 49369424
Alignment:
Q  59 aatatattaaaa-cacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaaaagggactgaaaacagttagttacagtacagaaaggctagaa 146  Q
    |||||||||||| |||| || |||||| || ||| |||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49369337 aatatattaaaaacacatacagtcccttaa-gcataaggtgtgccaaaagaaactgaaaatagttagttacaatacagtaaggctagaa 49369424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 58941 - 58387
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| | || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     ||||   || |||||| |||||||||||| ||||||| | ||    
T  58941 gacattacaagacagtctgtaaacaacataagggattttgtctccaaaagggatagtcaaaagcgaaagtgatgaagtttgctttcaaccaccaatatgt 58842  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  58841 ttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgatccatatggttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatataacaaataagaccgaaatc 58742  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    ||||||||||  ||| || ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||| | ||||||||||||||||    
T  58741 caaataatagtaaaagctatcatagcgttctttgagaaacctccaagagcacaaaactgattagcatgtgtatttaaattgtcgtgaaacaccgtaacaa 58642  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  58641 aaccaagccaatttgatatcaagagccataaccgaccataattgtcacattgaaaaaacaaacggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 58542  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    |||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  58541 agaaatattggtagcctcaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacctttaag 58442  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  58441 ggaaccgctttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatgttgatgtcca 58387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 239 - 706
Target Start/End: Original strand, 38938217 - 38938684
Alignment:
Q  239 gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgc 338  Q
    |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||| |||  ||||    
T  38938217 gtgatgaagtttgctttcaaccgccaaaaagtttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatggtccatatggttttggaaaatcatcatgttgc 38938316  T
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatg 438  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  38938317 gatctttccaaataacaaataagacagaaatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgaaaagcctctaagagcacaaaaatgattagcatg 38938416  T
Q  439 aggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatat 538  Q
     | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |      
T  38938417 tgtatataaattgccattaaacaccataacaaaaccaagccaattcgatatcaagagtcataatcgaccataataatcacattgaaaaaataaatggtcc 38938516  T
Q  539 ctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaa 638  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38938517 ctttcctcctccttaccacataaggccgcacaagaagcatatgtagcctgaaagacattcctcttgcgaagattgtcctttgtagtaagtctattcagaa 38938616  T
Q  639 agagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactct 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38938617 agagacgccaaacaaaaatgttaatttttaagggaaccgctttaagccataaaaactgatcaaactct 38938684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 316 - 717
Target Start/End: Original strand, 32349696 - 32350097
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||    |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32349696 gttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatatagtgtataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcct 32349795  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |  ||||||||||| || | ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||| |||    
T  32349796 agagcgcaaaactgattagcatgagtatataaattgccattgagaaccgtaacaaatcctaaccaatccgatagcataagccataatcgaccataataat 32349895  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||    
T  32349896 cgcattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaagaacattcctcttgcgaagaatatc 32349995  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgata 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32349996 ctttgtagcaagtctattcagaaagagccacgaaacaaaaatattaacttttaagggaatcgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgata 32350095  T
Q  716 tt 717  Q
    ||    
T  32350096 tt 32350097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Original strand, 23384595 - 23385066
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| |||||||||  |||| ||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    |||||| |||||| ||   ||| |||||||    
T  23384595 agttagctttcaaccaccaaaacatttggagtttgaccctttcaagaagaacttccaaatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttgtgatcttt 23384694  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||||    
T  23384695 ccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaatgctttcaaagaattctttgagaaacctccaagagtacaaaactgatttgcatgtgaatat 23384794  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||||||| | ||  ||||||||   ||||||| |||||||||| || ||||||||||  |||||||    
T  23384795 aaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaattcgatagcataagccataaccaaccataataatcacattggaagaacaaatgatcactttcct 23384894  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    |||| |||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  23384895 cctctttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcatgtctattcagaaagagccg 23384994  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23384995 ccaaacaaaaatattaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 23385066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 335 - 714
Target Start/End: Original strand, 30275731 - 30276109
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgag 434  Q
    ||||||||||| || |||  | |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||| ||    
T  30275731 ttgcgatcttttcatatagtatataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcta-gagcgcaaaactgattag 30275829  T
Q  435 catgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatg 534  Q
    |||||| |||||||||||| |  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  || |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  30275830 catgagtatataaattgccgttgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgataacataagtcataatcgaccataataatcacattggaaaaacaaatg 30275929  T
Q  535 atatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattc 634  Q
    || ||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  30275930 atctctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaagaacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcgagtctattc 30276029  T
Q  635 agaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30276030 agaaagagcctccaaacaaaaatattaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 30276109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 246 - 713
Target Start/End: Original strand, 21963160 - 21963627
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||  |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   |||||||||||    
T  21963160 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaaggacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttgcgatcttt 21963259  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || | ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  21963260 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagcttgcacaaaatgctttgagaaaccgccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 21963359  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||||||| ||  ||||| |||||||| | |||||  || | ||  ||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||    
T  21963360 aaattgccattaagaaccgtcacaaaacctaaccaatctgatagcataagccataacctaccataataatcacatcgaaaaaacaaatgatccttttcct 21963459  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  21963460 cctccttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattcagaaagagcct 21963559  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 713  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21963560 ccaaacaaaaatattaacttttaaagggaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 21963627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 246 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 27915071 - 27914653
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||| |||  | |||| | |    ||||||||||||| ||   |||||||||||    
T  27915071 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaagaactttcaaatgaacaatttggttttggaaaatcctcctgttgcgatcttt 27914972  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| | ||||    
T  27914971 ccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaatgctttcaaagaattctttgagaaacctccaagagcacaaaactggtttgcatgtgaatat 27914872  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||||||||  |  |||||||||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  27914871 aaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatctgatatcataagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccctttcct 27914772  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| |  ||  || || ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  27914771 cctccttaccacatatagcaccataaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtctattcagaaagaaccg 27914672  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaact 664  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  27914671 tcaaacaaaaatattaact 27914653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 540 - 713
Target Start/End: Original strand, 21964639 - 21964812
Alignment:
Q  540 tttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaa 639  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  21964639 tttcctcctccttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattcagaaa 21964738  T
Q  640 gagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 713  Q
    ||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21964739 gagcctccaaacaaaaatattaacttttaaagggaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 21964812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Original strand, 1258584 - 1258665
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1258584 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgcaaaacaaatatgttaaccttcaacggaaccgcttttaaccataaaaattgat 1258665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 43409138 - 43409013
Alignment:
Q  315 tgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcc 414  Q
    |||||||||||||| |   ||| || |||||||||| |||||| |  ||||||||||| | |||||  || ||| || | |||||||| |||||||||||    
T  43409138 tgttttggaaaatcctattattacggtctttccaaacaacaaaaatcaccgaaatccataaaatagtaaacactatctttgaattcttggaaaaacctcc 43409039  T
Q  415 aagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||    
T  43409038 aagaccacaaaactgatgagaatgag 43409013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 589 - 697
Target Start/End: Original strand, 22300858 - 22300966
Alignment:
Q  589 aaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccat 688  Q
    ||||||||| || ||||| |  || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| || || |||||| |||| | ||||    
T  22300858 aaggacatttcttttgcgcaaattatcctttgtagcaggtctattcagaaagagacgtcttacaaatatgttaaccttcaacggaaccacttttaaccat 22300957  T
Q  689 aaaaattga 697  Q
    |||||||||    
T  22300958 aaaaattga 22300966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 493
Target Start/End: Original strand, 22298669 - 22298911
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| | | || ||||| |||||  ||   || | |||||| ||     
T  22298669 gctttcaaccaccaatacgtttggagtttaaccctttcaaggagagcttcaagatgatcaa-agtgattttgaaaaattctcctgtttcaatcttttcat 22298767  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || |||| ||||||||||||||| | ||  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||| |  | |||||    
T  22298768 atgacgaatataaccgaaatccaaatgacagtaaagcctgtcctagagttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgggtagcatgtgagtgtaaat 22298867  T
Q  450 tgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaag 493  Q
    | ||||| || |||||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  22298868 taccatgtaaaaccgtaacaataccaagccaatgtgaaaccaag 22298911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 341 - 458
Target Start/End: Original strand, 20007345 - 20007462
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | || | ||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||  | |||||    
T  20007345 tctttccagataacaaataagaccgaaatccaaataatagagaatgttatccttgaattttttgagaaccctccaagaacacaaaattgatttgaatgag 20007444  T
Q  441 gatataaattgccatgaa 458  Q
     |||||| | ||||||||    
T  20007445 catataagtcgccatgaa 20007462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 33937240 - 33937067
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||| || | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  33937240 gctttcaaccaccaatacgtttggagtttaaccctttcaaggagagcttcaagatgat-caaagtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 33937142  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaa 426  Q
    || || |||||||||||||||||||||| ||  ||  || || |||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  33937141 atgacgaataaaaccgaaatccaaataacagtaaatcctgtcgtag--ttttttgaaaaacctccaagagcacaaaa 33937067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 191 - 714
Target Start/End: Original strand, 73990 - 74518
Alignment:
Q  191 tctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaacctt 285  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     ||||   || |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  73990 tctgtaaacaacataagggattttgtctccaaaagggatagtcaaaagcgaacgtgatgtagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttaaccct 74089  T
Q  286 ttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaa 385  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| |    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  74090 ttcaagaagagcttccagatgatcaatttggttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaa 74189  T
Q  386 actttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcg 485  Q
     ||||||||||||||||||| ||  |||  ||||| |||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  74190 gctttcatagaattctttgagaagtctcttagagcgcaaaactgattatcatgtgtatataaattgccatgaaacactgtaacaaaaccaagccaatttg 74289  T
Q  486 aaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagc 585  Q
    | | ||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||  |||||    
T  74290 atatcaaaagccataactgaccataataatcacattggaaaaacaaatggtccatttcctcctccttaccacacaaggccccacaagaaacataggtagc 74389  T
Q  586 ctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagc 685  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74390 ctcaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagc 74489  T
Q  686 cataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  74490 cataaaaattgatcaaactctgcagtgat 74518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 27)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 191 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 40892294 - 40891766
Alignment:
Q  191 tctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaacctt 285  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     ||||   || |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  40892294 tctgtaaacaacataagggattttgtctccaaaagggatagtcaaaagcgaacgtgatgtagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttaaccct 40892195  T
Q  286 ttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaa 385  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| |    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  40892194 ttcaagaagagcttccagatgatcaatttggttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaa 40892095  T
Q  386 actttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcg 485  Q
     ||||||||||||||||||| ||  |||  ||||| |||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  40892094 gctttcatagaattctttgagaagtctcttagagcgcaaaactgattatcatgtgtatataaattgccatgaaacactgtaacaaaaccaagccaatttg 40891995  T
Q  486 aaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagc 585  Q
    | | ||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||  |||||    
T  40891994 atatcaaaagccataactgaccataataatcacattggaaaaacaaatggtccatttcctcctccttaccacacaaggccccacaagaaacataggtagc 40891895  T
Q  586 ctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagc 685  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40891894 ctcaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagc 40891795  T
Q  686 cataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40891794 cataaaaattgatcaaactctgcagtgat 40891766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 251 - 714
Target Start/End: Original strand, 586541 - 587004
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaa 350  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |  | ||| |    ||||||||| ||| |    || ||||||||||| |    
T  586541 gctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttaaccctttcaagaagaacttccaattaatcaatttggttttggaatatccttcggtttcgatctttccata 586640  T
Q  351 taacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaatt 450  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||    
T  586641 tagtaaataagaccgaaatccaaataatagtgaaagctttcatataattctttgagaagcctccaagagcgcaaaactgattagcatgtgtatataaatt 586740  T
Q  451 gccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctcc 550  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  586741 gtcatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgatatcagaagccataatcgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatccctttcctcctcc 586840  T
Q  551 ttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaa 650  Q
    |||||||| |||||| |||  |||  ||  ||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  586841 ttaccacataaggccccacttgaaacattggtagcctcaaggacattccttttacgaagattgtcctttgtagcaagtctattcaaaaagagacgccaaa 586940  T
Q  651 caaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  586941 caaaaatattaacctttaagggaaccgctttaagccataaaaaacgatcaaactctgcagtgat 587004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 37076060 - 37075589
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  37076060 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagaagaacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 37075961  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  || || ||||| |||||| || ||| |||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  37075960 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagtttgcacagaatgctttgagaatccttcaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 37075861  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||| |||  |  |||||||||| ||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37075860 aaattgtcattgagaaccgtaacaatacctaaccaatccgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatccctttcct 37075761  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||| ||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||| |     
T  37075760 cctccttgccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattctgaaagagcct 37075661  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37075660 ccaaacaaaaatattaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 37075589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 9403595 - 9403131
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||| |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  9403595 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaagaacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 9403496  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||    
T  9403495 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaatgctttcaaagaatgctttgagaaacctccaagtgcacaaaactgatttgcatgtgaatat 9403396  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  9403395 aaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccctttcct 9403296  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||             
T  9403295 cctccttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattcag-------gt 9403203  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9403202 ccaaacaaaaatattaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 9403131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 335 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 36575763 - 36575396
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgag 434  Q
    |||| |||||||||||||  | |||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||    
T  36575763 ttgcaatctttccaaatagtatataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaaccacctaaagcgcaaaactgattag 36575664  T
Q  435 catgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatg 534  Q
    |||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  36575663 catgagaatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataaacgaccataaaagtcgcattggaaaaacaaatg 36575564  T
Q  535 atatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattc 634  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |  ||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  36575563 atccctttcctcctccttaccacatagagcaccacaagaaacattggtagcctcaaggacattcctcttacgaagattatcctttgtagcaagtctattc 36575464  T
Q  635 agaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaa 702  Q
    ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36575463 agaaaaagccgccaaacaaaaatattgacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaa 36575396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Original strand, 24819519 - 24819917
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   |||||| ||||||| |||  | |||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  24819519 gttttggaaaatcctcctgttgcgaactttccatatagtatataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaaccacct 24819618  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    | ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| | |    
T  24819619 aaagcgcaaaactgattagcatgagaatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataaacgaccataatagt 24819718  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||   |  ||||||| |||||| |||||||| ||||| || ||    
T  24819719 cgcattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacgttggtagcctcaaggacgttcctcttacgaagattatc 24819818  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24819819 ctttgtagcaagtctattcagaaaaagccgccaaacaaaaatattgacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 24819917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Original strand, 12121408 - 12121806
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||  | ||||  | || |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  12121408 gttttggaaaatcctcctgttgcgatctttccatatagtatataaggctgagatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaaccgcct 12121507  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||  |  |||||||| ||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||| |||    
T  12121508 agagcgcaaaactgattagcatgagtatataaattgtcattgagaaccgtaaccaaacctaaccaatccgatagcataagccataatcgaccataataat 12121607  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||| |||  || ||||||||||||||||| || ||    
T  12121608 cgcattggaaaaacaaatgatccatttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtatcctctagaacattcctcttgcgaagattatc 12121707  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  12121708 ctttgtagcaagtctattcagaaagagccgccaaacaaaaatattaacttttaagggtaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatttgcagtgat 12121806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 20706037 - 20705483
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| | || |||||||||||  ||| |  |||||||||||||||| |     |||| ||||  ||||| | |||||||||| ||||||| ||||    
T  20706037 gacattacaagacagtctgtaaacaatgtaaagggttttgtctccaaaaggaatattcaaaattaaacatgatgaaatttgctttcaaccaccaataagt 20705938  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
      ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||      ||| || |||||| ||  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20705937 ccgaagtttaaccctttcagaaagagcttcgagatgttcatgttggttctgaaaaatcctcctatttcgatctttccaaataacgaataagaccgaaatc 20705838  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    ||||||||||  ||| ||  | |||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  20705837 caaataatagtaaaagctgacgtagacttcttggagaaccctccaagtgcacaaaactgatgagtatgtgaaaataaagtgccatgaaacacagtaacaa 20705738  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
     ||||| ||||||||| | ||| ||||||||  | ||||||  ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20705737 taccaaaccaattcgatatcaaaagccataaccggccataatgatcacattggaaaaacaaatggtctctttcctcctccttaccacacaaagccgcaca 20705638  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    ||    ||  | | ||| ||| || || |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||     
T  20705637 agccacattagaaacctcaagaacgtttctcttgcgcagattatcctttgttgcaagtctattcagaaaaagacgccatacaaaaatattaaccttcaat 20705538  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    || || | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  20705537 gggactggtttaagccataaaaattgagtaaactctgcagtgatattgaagtcca 20705483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 176 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 20874081 - 20873527
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    ||||||||| | || |||||||||||  ||| |  |||||||||||||||| |     |||| ||||  ||||| | |||||||||| ||||||| ||||    
T  20874081 gacattacaagacagtctgtaaacaatgtaaagggttttgtctccaaaaggaatattcaaaattaaacatgatgaaatttgctttcaaccaccaataagt 20873982  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
      ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||      ||| || |||||| ||  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20873981 ccgaagtttaaccctttcagaaagagcttcgagatgttcatgttggttctgaaaaatcctcctatttcgatctttccaaataacgaataagaccgaaatc 20873882  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    ||||||||||  ||| ||  | |||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  20873881 caaataatagtaaaagctgacgtagacttcttggagaaccctccaagtgcacaaaactgatgagtatgtgaaaataaagtgccatgaaacacagtaacaa 20873782  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcaca 570  Q
     ||||| ||||||||| | ||| ||||||||  | ||||||  ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20873781 taccaaaccaattcgatatcaaaagccataaccggccataatgatcacattggaaaaacaaatggtctctttcctcctccttaccacacaaagccgcaca 20873682  T
Q  571 agaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaag 670  Q
    ||    ||  | | ||| ||| || || |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||     
T  20873681 agccacattagaaacctcaagaacgtttctcttgcgcagattatcctttgttgcaagtctattcagaaaaagacgccatacaaaaatattaaccttcaat 20873582  T
Q  671 ggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    || || | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  20873581 gggactggtttaagccataaaaattgagtaaactctgcagtgatattgaagtcca 20873527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Original strand, 34981599 - 34982070
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  34981599 agttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgaccctttcaagaagaacttccatatgaacaatttcgttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 34981698  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  || |||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  34981699 ccaaatagaaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagtttgcatagaatgctttgagaatcctccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 34981798  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    || || ||||  | | |||| |||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||| || ||||| | ||||||||    
T  34981799 aagtttccattgagcgccgtgacaaaacctaaccaatctgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaagaataaatggtctctttcct 34981898  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| || ||  ||||  ||   |  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| |     
T  34981899 cctccttaccacataaagcaccacagaaaacgttggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaaggcgattcagaaagagcct 34981998  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34981999 ccaaacaaaaatattaacctttaaagggaccgctttaagccataaaaactgatcaaactctgcattgatatt 34982070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 239 - 394
Target Start/End: Original strand, 21607983 - 21608138
Alignment:
Q  239 gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgc 338  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||| |    ||||||||||||| |||| ||||    
T  21607983 gtgatgtagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttaaccctttcaaaaagagcttccaaatgatcaatttggttttggaaaatcctcaatttgc 21608082  T
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcata 394  Q
    ||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  21608083 gatcttttcatataataaataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcata 21608138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 366 - 693
Target Start/End: Original strand, 27868772 - 27869099
Alignment:
Q  366 aaatccaaataatagacaaaactt-tcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccg 464  Q
    |||||||||||||||  ||||||| || |||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||| |  ||||    
T  27868772 aaatccaaataatagt-aaaacttgtcctagagttctttgagaaacctccaaaagcacaaaattgattagcatgagaatgtaaattaccatgtagaaccg 27868870  T
Q  465 taacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggc 564  Q
    |||||| ||||||||| |  || | ||| || || |   | ||||||  |||||| |||||||||||||| |   | ||||| ||||||||||||||||     
T  27868871 taacaataccaagccactgtgagatcaaaagtcaaagccgtccataatgatcacaatgaaaaaacaaatggtccatatcctcttccttaccacacaaggt 27868970  T
Q  565 cgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaact 664  Q
    |||||| |    |   || |  | ||  ||||||||  |||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  27868971 cgcacatgccacaagggtcggatcaataacattccttctgcgcaaattatcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaatatgttaacc 27869070  T
Q  665 tttaagggaaccgctttaagccataaaaa 693  Q
    |||||   ||||||||| |||||||||||    
T  27869071 tttaacataaccgcttttagccataaaaa 27869099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 240 - 511
Target Start/End: Original strand, 27278348 - 27278619
Alignment:
Q  240 tgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcg 339  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||| |     |||| ||||||  |    |||||    
T  27278348 tgatgaagtttgctttcaaccaccaatacgattgaaatttaacccttttaagaagagcttcaagatgatcaatgtgattttagaaaattatactgttgcg 27278447  T
Q  340 atctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatga 439  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||| || |  |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||     
T  27278448 atctttcaatataacaaataagaccaaaacccatataatagtaaaagctgttctagaattccttgagaaacctgcaagagcacaaaactgattagcatgt 27278547  T
Q  440 ggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataa 511  Q
    | || |||||||||||| || | |||||||| ||||| ||||| | | | ||||||||||||  ||||||||    
T  27278548 gtatttaaattgccatgtaaaatcgtaacaataccaaaccaatgcaatatcaagagccataaccgaccataa 27278619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 22866213 - 22865766
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | || || || |||||  |||  || | ||||||||||    
T  22866213 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgat-cagaatgattctgaaaaattctcatgtttctatctttccaa 22866115  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactt-tcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaa 448  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||     ||||||| || |||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||  ||||||||  ||||||    
T  22866114 atgacgaataaaactgaaatccagataa-ctctaaaacttgtcctagacttttttgagaaacctccaagaccacaaaattgagtagcatgagagtataaa 22866016  T
Q  449 ttgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcct 548  Q
    || ||||  |   | ||||| | ||||||||| |  ||||  || ||||| | | | ||||||  ||||||    ||||||| |||||  |||||||| |    
T  22866015 ttaccattcagagctgtaacgataccaagccactgagaaattaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaagtgaaaaacagatgatccctttcctctt 22865916  T
Q  549 ccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 648  Q
    |||||||||||||   ||| |||| ||||   || |  | ||  ||||| || || || |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22865915 ccttaccacacaacatcgcgcaagcagtaagagtgggatcaattacatttcttttacgcaaattatcttttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 22865816  T
Q  649 aacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  22865815 aacaaaaatgttaaccttcaacggaactgctttcaaccataaaaattgat 22865766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Original strand, 47548969 - 47549050
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  47548969 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaactgctttcaaccataaaaattgat 47549050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Original strand, 47553412 - 47553493
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  47553412 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaactgctttcaaccataaaaattgat 47553493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 614 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 27987669 - 27987585
Alignment:
Q  614 tcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  27987669 tcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccatacaaaaatattaacctttaacggaaccgctttatgccacaaaaaatgat 27987585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 104
Target Start/End: Original strand, 22542872 - 22542931
Alignment:
Q  45 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacggtccctcaaagcacaaggcgtgccaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22542872 aagaaactaagaataatatattaaaacacaaacagtccctcaaagcacaaggtgtgccaa 22542931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 593 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 18815516 - 18815411
Alignment:
Q  593 acattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaa 692  Q
    ||||||||||| |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  18815516 acattcctcttcctcagattatcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgctagacaaatatattaacctttaacggaaccgctttatgccacaaaa 18815417  T
Q  693 attgat 698  Q
    | ||||    
T  18815416 aatgat 18815411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 341 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 8457559 - 8457469
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgat 431  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| || | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  8457559 tctttccagataacaaataagaccgaaatccaaataataaagaagactgtccttgaattttttgagaaccctccaagagcacaaaactgat 8457469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 614 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 8457286 - 8457213
Alignment:
Q  614 tcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagcca 687  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||| ||||    
T  8457286 tcctttgtatcaagtctattcagaaagagacgccagacaaaaatattaacctttaacgaaaccgctttatgcca 8457213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 341 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 18815768 - 18815651
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | | ||   ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  | |||||    
T  18815768 tctttctagataacaaataagaccgaaatccaaataatagataagaatgtccatgaattttttgagaaccctccaagagcacaaaactgatttgaatgag 18815669  T
Q  441 gatataaattgccatgaa 458  Q
     || ||||||||||||||    
T  18815668 tatttaaattgccatgaa 18815651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 27990317 - 27990209
Alignment:
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | || | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  27990317 ataacaaataagaccgaaatccaaataatagagaaggttgtccttgaattttttgagaaccctccaagagcacaaaactgatttgaatgagtatataaat 27990218  T
Q  450 tgccatgaa 458  Q
     ||||||||    
T  27990217 cgccatgaa 27990209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 485
Target Start/End: Original strand, 5196478 - 5196624
Alignment:
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatg 438  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  |||  | || ||||  | || ||| | |||||||||||||||||||| |  | |||    
T  5196478 gatcttttcaaataacaaataaggccgcaatccaaataatagtaaaagttgtcctagagattttagaatagcctccaagagcacaaaactgttttgaatg 5196577  T
Q  439 aggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcg 485  Q
    |  || ||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  5196578 aatatttaagtcgccatgaaaaaccgtaacaataccaagccaattcg 5196624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 45649626 - 45649422
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| || | || || || |||||  || | || | |||||| |||    
T  45649626 gctttcagccaccaaaacatttgaagtttaatcctttcaagaagagctccaagatgat-cagagtgattctgaaaaattctccagtttctatcttttcaa 45649528  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || |||||||| |||||||||||||  |  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||||||    
T  45649527 atgacgaataaaacagaaatccaaataactgtaaatcctgtcctagacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaat 45649428  T
Q  450 tgccat 455  Q
    | ||||    
T  45649427 taccat 45649422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 455
Target Start/End: Original strand, 47553046 - 47553250
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaa 350  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||| | |   || || |||||  ||   || | |||||||||||    
T  47553046 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagcagagcgtcaagatgatcaaaatgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaaa 47553145  T
Q  351 taacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaatt 450  Q
    | || |||||||| |||||||| ||||  |  ||| || || |||| || || || |||||||||||||||| ||| |||  ||||||||  ||||||||    
T  47553146 tgacgaataaaactgaaatccagataactgtaaaacctgtcctagactttttagagaaacctccaagagcactaaattgagtagcatgagagtataaatt 47553245  T
Q  451 gccat 455  Q
     ||||    
T  47553246 accat 47553250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 614 - 695
Target Start/End: Original strand, 5196753 - 5196834
Alignment:
Q  614 tcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaatt 695  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||| || || |||||||| | || ||| |||||||| |||||||    
T  5196753 tcctttgtagcaagtctatttagaaagagtcgtcagataaagatattcacttttaacgaaatcgccttaagccacaaaaatt 5196834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 234 - 725
Target Start/End: Original strand, 11265765 - 11266256
Alignment:
Q  234 taaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaa 333  Q
    |||| |||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |   |  || |||||| ||      
T  11265765 taaaggtgatgaaggttgctttcaaccaccaataagtttgaagtttaaccctttcaaggagagcttcaagatgatccaaatgatgctgaaaaatcctcct 11265864  T
Q  334 attgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatga 433  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  11265865 gttacgatctttccaaataacaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatagacttccttgagaaacctccaagagcacaaaactgatta 11265964  T
Q  434 gcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaat 533  Q
    ||||| |    |||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  11265965 gcatgtgttgttaaatttccgtgtagcaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaatcaagagccataaccgaccataatagtcacattgaaaaaacaaat 11266064  T
Q  534 gatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctatt 633  Q
    | |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11266065 ggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcgcaagaaacattagtagcctcaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctatt 11266164  T
Q  634 cagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  11266165 cagaaagagacgccaaacaaaaatattaacttttaaaggaaccgctttaagccataaaaattgaccaaactctgcagtgatgttgttgtcca 11266256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 239 - 719
Target Start/End: Original strand, 27891443 - 27891923
Alignment:
Q  239 gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgc 338  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||| || |    ||| || |||||| ||   ||||    
T  27891443 gtgatgaagtttgctttcaaccaccaataagtttgaagtttaaccctttcaaaaagagctttgagatgttcaatttggttctgaaaaatcctcctgttgc 27891542  T
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatg 438  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  |||  | || |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27891543 gatctttccaaataacaaataagacctaaatccatataatagtaaaagatgtcctagacttctttgagaaccctccaagagcacaaaactgattagcatg 27891642  T
Q  439 aggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatat 538  Q
     | | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |      
T  27891643 tgaaaatatattgccatgaaacaccgtaacaataccaaaccaattcgatatcaagagccataatcgaccataatgatcacattgaaaaaacaaatggtcc 27891742  T
Q  539 ctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaa 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||  | | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27891743 ctttcctcctccttaccacacaaggccgcgcaagacacattggaaacctgaaggacgttcctcttgcgcaggttgtcctttgttgcaagtctattcagaa 27891842  T
Q  639 agagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattga 719  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  27891843 agagatgccagacaaaaatattaacctttaatggaaccgctttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatgttga 27891923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 246 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 5825439 - 5824972
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||  |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   |||||||||||    
T  5825439 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttgaccctttcaagaaggacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttgcgatcttt 5825340  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || | ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  5825339 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagcttgcacataatgctttgagaaaccgccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 5825240  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  5825239 aaattgccattaagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatagcataagccataacctaccataataatcacatcgaaaaaacaaatgatccctttcct 5825140  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  5825139 cctccttaccacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattcagaaagagcct 5825040  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 713  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5825039 ccaaacaaaaatattaacttttaaagggaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtga 5824972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 246 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 6679046 - 6678577
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  6679046 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagaagaacttccagatgaacaatttggttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 6678947  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || ||| | |||||| |  |||||||| ||||||||||||| |||||| | |||     
T  6678946 ccaaatagtaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagcttgcacagagtgctttgagactcctccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaataa 6678847  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    |||||| |||  |  |||||||||| ||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6678846 aaattgtcattgagaaccgtaacaatacctaaccaatccgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaaaaacaaatgatcactttcct 6678747  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    ||||||||||| | || ||  ||||| ||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  6678746 cctccttaccatataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaagattatcctttgtagcaagtcgattcagaaagagcct 6678647  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 717  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6678646 ccaaacaaaaatatt--cttctaaaggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatatt 6678577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 246 - 694
Target Start/End: Original strand, 29150057 - 29150504
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctt 344  Q
    |||||||||||| |||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||| ||    || |||||||    
T  29150057 agtttgctttcaaccacgaatacgtttgaagtttaaccctttcaataagagcttcaagatgatcaa-agtgattttggaaaatttttctctttcgatctt 29150155  T
Q  345 tccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggata 444  Q
    |||| |||||| |||| | | |||||||||||||||  ||  || || ||||| ||||||| || |  || |||||||||||||||| |||||||| ||     
T  29150156 tccatataacatataagatcaaaatccaaataatagtaaacgctatcgtagaactctttgagaagctaccgagagcacaaaactgattagcatgagtatt 29150255  T
Q  445 taaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcc 544  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| ||  || ||||  || | ||||||||||||  | ||||||   |||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  29150256 taaattgtcatgtaaaaccgtaacaatacagagtcaatgtgatatcaagagccataaccggccataatggtcacattgaaaaaataaatggtctctttcc 29150355  T
Q  545 tcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagac 644  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||   ||   ||||||  ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  29150356 tcgtccttaccacagaaggccgcacaagatacattgttagcct-caggacattccttttgcgcaagttgtcctttgtagcaagtctattcaggaaaagac 29150454  T
Q  645 gccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaat 694  Q
     |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  29150455 accaaacaaaaatattaacctttaacggaaccgccttaagccataaaaat 29150504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 246 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 10462607 - 10462244
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| |||| | |||| | |    ||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  10462607 agttagctttcaaccaccaaaacgtttggagtttaaccctttcaagaagaacttccaaatgaacaatttggttttggaaaatcctcctattgcgatcttt 10462508  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |  ||||| | ||||    
T  10462507 ccatatagtaaataagaccgaaatccaaataatagtaaatgctttcacagaattctttgagaaacctccaagagcacaaatctggtttgcatgtgaatat 10462408  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    ||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| ||| | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  10462407 aaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgatatcataagccataaccgaccataataatcacattggaaaaacaaatgatccctttcct 10462308  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaag 609  Q
    ||||||||| ||| || ||  ||||| ||  ||  |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10462307 cctccttactacataaagcaccacaaaaaacattggtagcctcgaggacattcctcttgcgaag 10462244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 341 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 31963047 - 31962686
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||  ||| || || |||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  31963047 tctttccaaatgacaaatagtaccgaaatcgaaataatagtaaaacctgtcctagagttctttgagaaacctccaagaccacaaaattgattagcatgag 31962948  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatct 540  Q
     || |||||| ||||| |  | |||||||| ||||||||| |  || | ||| ||||| |   | ||||||  |||||| |||||||||||||| |  ||    
T  31962947 aatgtaaattaccatgtagaatcgtaacaataccaagccactgtgagatcaaaagccaaagccgtccataatgatcacaatgaaaaaacaaatggtccct 31962848  T
Q  541 ttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 640  Q
     ||||| ||||||||||||||||  ||||| |    |   || |  | ||| ||||||||  |||| |  || |||||||||||||||||||||||| ||    
T  31962847 atcctcttccttaccacacaaggttgcacatgccacaagggtcggatcaagaacattccttctgcgcaaattatcctttgtagcaagtctattcagatag 31962748  T
Q  641 agacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaa 702  Q
    ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  31962747 agatgccaaacaaatatgttaacctttaacggaaccacttttagccataaaaattgagcaaa 31962686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 251 - 698
Target Start/End: Original strand, 38931526 - 38931973
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttt-tggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  38931526 gctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttaaccctttcaagaagagcttcaagatgatcaa-agtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 38931624  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||  |  ||| || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||   |||| |    
T  38931625 atgatgaataaaaccgaaatccaaataactgtaaaacctgtcctagagttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgggtagcatgagagcataagt 38931724  T
Q  450 tgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctc 549  Q
    | ||||  ||    ||||||| ||||||||| |  |||| ||| ||||| | | | ||||||  |||||| | |||||||| | |||  |||||||| ||    
T  38931725 taccattcaaagttgtaacaataccaagccactgagaaatcaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacagacgatccctttcctcttc 38931824  T
Q  550 cttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaa 649  Q
    |||||||||||| | ||| ||||   ||   || |  | || |||||| || || || | ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38931825 cttaccacacaaagtcgcgcaagccataagagtgggatcaatgacatttcttttacgcaagttatcttttgtagcaagtctattcagaaagagatgccaa 38931924  T
Q  650 acaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||| |||||||| || |  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  38931925 acaaatatgttaaccttcagcggaaccgctttcaaccataaaaattgat 38931973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Original strand, 29322916 - 29322997
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  29322916 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaactgctttcaaccataaaaattgat 29322997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 251 - 561
Target Start/End: Original strand, 8895141 - 8895451
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttt-tggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| |||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| | | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  8895141 gctttcaaccactaaaccgtttgaagtttaaccctttcaagaagagctttaagatgatcta-agtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 8895239  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || |||||||| |||||||||||||  |  ||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||  ||||| |    
T  8895240 atgacgaataaaactgaaatccaaataactgtaaaacctgtcctagaattttttgagaaacctccaagagcacaaaattgggtagcatgagagtataagt 8895339  T
Q  450 tgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctc 549  Q
    | ||||  ||    ||||||| ||||||||| |  |||| ||| ||||| | | | ||||||  |||||| | |||||||| |||||  |||||||| ||    
T  8895340 taccattcaaatttgtaacaataccaagccactgagaaatcaaaagccaaagtcgcccataatgatcacaattaaaaaacatatgatccctttcctcttc 8895439  T
Q  550 cttaccacacaa 561  Q
    ||||||||||||    
T  8895440 cttaccacacaa 8895451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 617 - 695
Target Start/End: Original strand, 8896369 - 8896447
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaatt 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||  |||||||||| | |||||||||||    
T  8896369 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaactatgttaaccttcaacagaaccgctttcaaccataaaaatt 8896447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 309
Target Start/End: Original strand, 29322550 - 29322608
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatc 309  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  29322550 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgatc 29322608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 16862831 - 16862796
Alignment:
Q  343 tttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataat 378  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16862831 tttccatataacaaataaaaccgaaatccaaataat 16862796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 239 - 725
Target Start/End: Original strand, 667009 - 667496
Alignment:
Q  239 gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgc 338  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||  |||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| ||   ||||    
T  667009 gtgatgaagtttgctttcaaccaccaatatctttgaagtt-aacgctttcaagaagagcttcaaaatgatccatatggttttggaaaatcctcctgttgc 667107  T
Q  339 gatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatg 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  667108 gatctttccatataacaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctttcatataattctttgagaaacctccaagagcacaaaactgattagcatg 667207  T
Q  439 aggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagag----------ccataattg---accataaaaatcacattgaaa 525  Q
     | || ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || | ||||||          ||||||| |   ||||||| | |||||||||||    
T  667208 tgtatttaaattgccgtgaaacaccgtta-aaaaccaagccaatttgatatcaagagtcatagccgaccataatagtcgaccataatagtcacattgaaa 667306  T
Q  526 aaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagca 625  Q
    ||||||||  |  |||||||||||||||||          |||||||||  || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  667307 aaacaaatagtccctttcctcctccttacc----------gcacaagaaacatttgtagcctcaagtacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagca 667396  T
Q  626 agtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  667397 agtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacctttaagggaaccactttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatgttgatgtcca 667496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 246 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 28605357 - 28604878
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||||||||||| || |||| || | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||      ||| || |||||| ||   || ||||||||    
T  28605357 agtttgctttcaaccgccaataattctgaagtttaaccctttcaaaaagagcttcaagatgttcattttggttctgaaaaatcctcctgttacgatcttt 28605258  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| || ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  28605257 ccaaataacaaataagaccgaaatccaaataatagtaaaagctgtcatagacttcttggagaaccctccaagagcacaaaactgatgagcatgtgaaaat 28605158  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  28605157 agattgccatgaaacacagtaacaataccaaaccaattcgatatcaagagccataaccgaccataatgatcacattggaaaaacaaatggtctctttcct 28605058  T
Q  546 cctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacg 645  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||   ||  | | ||| ||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28605057 cctccttaccacacaaggccgcgcaagacacattggaaacctcaagaacgttcctcttacgcaggttgtcctttgttgcaagtctattcagaaaaagacg 28604958  T
Q  646 ccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattgatgtcca 725  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  28604957 ccatacaaaaatattaacctttaatgggaccggtttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatattgaagtcca 28604878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 316 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 18295796 - 18295398
Alignment:
Q  316 gttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctcca 415  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||  | ||||  |||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  18295796 gttttggaaaatcctcttgttgcgatctttccatatagtatataaggccgagatccaaataatagtaaaagctttcatagaattctttgagaaacctcct 18295697  T
Q  416 agagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaat 515  Q
    ||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  |  ||| |||||||||| | |||||  || | ||  ||||||||| |||||||| |||    
T  18295696 agagcgcaaaactgattagcattagtatataaattgccattgagaaccataacaaaacctaaccaatctgatagcataagccataatcgaccataataat 18295597  T
Q  516 cacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtc 615  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||| |||  || ||||||||||||||||| || ||    
T  18295596 cgcattggaaaaacaaatgatccctttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtaacctctagaacattcctcttgcgaagattatc 18295497  T
Q  616 ctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  18295496 ctttgtagcaagtctattcagaaagagccgccaaacaaaaatattaacttttaagggtaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatatgcagtgat 18295398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 357 - 714
Target Start/End: Original strand, 2894100 - 2894457
Alignment:
Q  357 ataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatg 456  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  ||| ||| ||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  2894100 ataagaccgaaatccaaatgatagtaaaagcttgcatagaattctttgagaacccacctagagcgcaaaactgatgagcatgagaatataaattgccatt 2894199  T
Q  457 aaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctccttacca 556  Q
     |  |||||||||||||| | ||||| ||||| ||  ||||||||  |||||||| | |  ||||| |||||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  2894200 gagaaccgtaacaaaacctaaccaatccgaaatcataagccataaacgaccataatagttgcattggaaaaacaaatgatccatgtcctcctcgttacca 2894299  T
Q  557 cacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaa 656  Q
    || || ||  ||||||||  ||  || |||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  2894300 cataaagcaccacaagaaacattggttgcctcaaggatattcctcttacgaagattatcctttgtagcaagtctattcagaaaaagccgccaaacaaaaa 2894399  T
Q  657 tgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  2894400 tattaacttttaagggaaccgctttaagccatagaaattgatcaaaatctgcagtgat 2894457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 246 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 7218820 - 7218368
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaa-atcttcaaattgcgatctt 344  Q
    |||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | || ||||||| |||| ||  ||  |||||||||||    
T  7218820 agtttgctttcaaccaccaatacgcttgaagtttaaccttttccaaaagagcttcaagatgaacaac-ctgtttttgaaatattctcctattgcgatctt 7218722  T
Q  345 tccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggata 444  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||  ||  | ||||  |||||||||| ||  | | |||||||||||||  |||||||| ||     
T  7218721 tccatataacatataaaaccgaaatccaaatgatagtaaacgctaccgtagacctctttgaaaacccgactaaagcacaaaactgagtagcatgagtatg 7218622  T
Q  445 taaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcc 544  Q
    |||  | ||||| ||  |||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||||    || |||  ||||||||| ||||| ||||| | |||||||    
T  7218621 taagctaccatgtaaggccgtaaaaataccaagccaccgcgataccaagagccataaccacccgtaatgatcacattggaaaaataaatggtctctttcc 7218522  T
Q  545 tcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagac 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |   ||   |||||| || ||||||||| || || |  || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7218521 tcctccttaccacacaaggccgcacaatatacattgttagcctcaaagacattccttttacgcaaattatcctttgtagcaagtctattcagaaaaagac 7218422  T
Q  645 gccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7218421 gccaaacaaaaatgttaacctttaacggaaccgccttaagccataaaaattgat 7218368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 335 - 714
Target Start/End: Original strand, 17227769 - 17228156
Alignment:
Q  335 ttgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattcttt--------gaaaaacctccaagagcacaaaa 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| || |  |||| || |||        ||||| |||||||||||| ||||    
T  17227769 ttgcgatctttccaaataacaaataacaccgaaatccaaataatagtaaaagctgttctagagttttttttttttttgaaaagcctccaagagcagaaaa 17227868  T
Q  427 ctgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaa 526  Q
    ||||| || ||||  || ||||| ||  || || || ||||||| |||||||||||  || | ||||| ||| ||  |||| ||    || || |  |||    
T  17227869 ctgattaggatgaatatttaaatcgcgctgtaaaactgtaacaataccaagccaatgtgagatcaagaaccacaaccgaccgtagtggtcgcacttgaaa 17227968  T
Q  527 aacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaa 626  Q
    |||||||| |  || |||||  ||| ||||||||||||||| ||||    |  || | | | |||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||    
T  17227969 aacaaatggtccctgtcctctacctcaccacacaaggccgcgcaagtcacaagtgaaacatcaaggacattccttttgcgcaaattgtcctttgtagcaa 17228068  T
Q  627 gtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||    
T  17228069 gtctatttagaaagagacgccagacaaatatgttcacatttaacggaactgctttaagccacaaaaaatgatgaaactcttcagtgat 17228156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 5391982 - 5391672
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaa 349  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | || || || |||||  ||   || | ||||||||||    
T  5391982 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagaagagcttcaagatgat-cagagtgattctgaaaaattctcctgtttctatctttccaa 5391884  T
Q  350 ataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaat 449  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||  |  ||  || || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||||||    
T  5391883 atgacgaataaaacagaaatccatataactgtaaatcctgtcctagacttttttgagaaacctccaagagcacaaaattgagtagcatgagagtataaat 5391784  T
Q  450 tgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcctc 549  Q
    | ||||  ||    ||||| | ||||||||| |  ||||  || ||||| |   | ||||||  |||||| | ||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  5391783 taccattcaaagttgtaactataccaagccactgagaaattaaaagccaaagacgcccataatgatcacaattaaaaaacaagtgatacctttcctcttc 5391684  T
Q  550 cttaccacacaa 561  Q
    ||||||||||||    
T  5391683 cttaccacacaa 5391672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 239 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 14223646 - 14223505
Alignment:
Q  239 gtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattg 337  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| || | || ||| |||||||  ||   |||    
T  14223646 gtgatgaagtttgcttttaaccaccaatacgtttgaagtttaaccgtttccataagagcttccagatgat-caaagtgatttcggaaaattctcttgttg 14223548  T
Q  338 cgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatag 380  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  14223547 cgatcattccatataacatataagaccaaaatccaaataatag 14223505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 5391616 - 5391535
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  5391616 tttgttgcaagtctattcagaaataagcgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggagccgctttcaaccataaaaattgat 5391535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 338 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 9759881 - 9759578
Alignment:
Q  338 cgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcat 437  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  ||  ||  |  || |||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||||    
T  9759881 cgatctttccaaataacaaataatgtcgaaatccatatagcagtaaagcccgtcctagagttctttgagaaacctccaagaggacaaaattggttagcat 9759782  T
Q  438 gaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgata 537  Q
    | || | |||||| ||||| || ||||| || | ||||| |||||  || | ||||||||| |   | || ||    || ||||||||||||| ||| |     
T  9759781 gtgggtgtaaattaccatgtaaaaccgtgacgataccaaaccaatgagagatcaagagccaaagccgcccgtagtggtcgcattgaaaaaacagatggtc 9759682  T
Q  538 tctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcaga 637  Q
     ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |   |   || |||| || ||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||| ||    
T  9759681 cctttcatcctccttaccacgcaaagccgcacaatacacaaaagtggcctcaaagacattccttttgcgcagattatcctttgtagcaagtctattcgga 9759582  T
Q  638 aaga 641  Q
    ||||    
T  9759581 aaga 9759578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 241 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 26078201 - 26077728
Alignment:
Q  241 gatggagtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcga 340  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||| | || | | || | | |  ||| ||||||||| ||   ||||||    
T  26078201 gatgtagttagctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgactctttcaagaagaacatccaaaagaacaatatggttatggaaaatcctcctgttgcga 26078102  T
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    ||||||||||||  | |||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  26078101 tctttccaaatagtatataagaccgagatccaaataatagaaaaagctttcatagaattctttgagaaccctcctagagcgcaaaactgattagcatgag 26078002  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatct 540  Q
     ||||||||||||||  |  |||||||||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| | || ||||| |||||||||||||  ||    
T  26078001 tatataaattgccattgagaaccgtaacaaaacctaaccaatcggataacataagccataagcgaccataatattcgcattggaaaaacaaatgatccct 26077902  T
Q  541 ttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 640  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||||||  ||  ||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26077901 ttcctcctccttaccacataaagcaccacaagaaacattggtagcctcaagaacattccttttgcgaagattgtcctttgtagcaagtctattcagaaag 26077802  T
Q  641 agacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgat 714  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26077801 agccgccaaacaaaaatattaacttttaagggtaccgctttaagccataaaaattgatcaaaatctgcagtgat 26077728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 176 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 31423760 - 31423430
Alignment:
Q  176 gacattacatggcaatctgtaaacaacttaaggaattttgtctccaaaaggga-----aaaactaaatgtgatggagtttgctttcatccaccaaaaagt 270  Q
    |||||||||||  | |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||     ||||   || ||| || |||||||||||| ||||||| ||||    
T  31423760 gacattacatgatagtctgtaaacaacataatggattttgtctccaaaagggatagtcaaaagcgaacgtgctgaagtttgctttcaaccaccaataagt 31423661  T
Q  271 ttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatc 370  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |    ||||||||||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  31423660 ttgaagtttaaccctttcaaaaagagcttcgagatgatcaatttggttttggaaaatcctcctgttgcgatcttttcaaataacaaataagaccgaaatc 31423561  T
Q  371 caaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaattgccatgaaacaccgtaacaa 470  Q
    || |||||||  |||  | || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||| | ||||||||||||||||    
T  31423560 catataatagtaaaagttgtcctagagttctttgagaaacctccaagagcacaaaactgattagcatgtgaatttaaattgtcgtgaaacaccgtaacaa 31423461  T
Q  471 aaccaagccaattcgaaaccaagagccataa 501  Q
     ||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  31423460 taccaaaccaattcgatatcaagagccataa 31423430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 250 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 26390707 - 26390260
Alignment:
Q  250 tgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaatcttcaaattgcgatctttcca 348  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| |||| | |||||| |||||| || |||||||| ||  || |||||||||||  ||   ||||||||||||||    
T  26390707 tgctttcaaccaccaaaacgtttgaagcttaatcctttcaagaagagcctctagatgatc-actgtgattttggaaaattctcctgttgcgatctttcca 26390609  T
Q  349 aataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatataaa 448  Q
     ||||||||||| || ||| ||||||||||||  |||  | || ||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| | ||||||   ||  ||     
T  26390608 tataacaaataagacagaagtccaaataatagtaaaagttgtcctagaattctttgagaaaccaccgagggcacaaaactggttagcatgtatatgcaat 26390509  T
Q  449 ttgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcctcct 548  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||| | | | ||||||||  ||| |||||||| ||||||||    ||||| ||||    
T  26390508 ttgccatgtaaaaccgtaacaataccaagtcaatgcgatatcaagagcaa-agtcgaccataatgatcgcattgaaagaacaaatggcccctttcgtcct 26390410  T
Q  549 ccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 648  Q
    |||||||||||||||||  | ||||  |||   ||||| |||||||||||||  |||  |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26390409 ccttaccacacaaggccatataagacatattattagccggaaggacattccttatgcttaaattgtccgttgtagcaagtctattcagaaagagacgcca 26390310  T
Q  649 aacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
     |||||||||||||| ||||| || |||||  ||||||||||||||||||    
T  26390309 gacaaaaatgttaacctttaatggtaccgccgtaagccataaaaattgat 26390260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 526 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 31423431 - 31423238
Alignment:
Q  526 aaacaaatgatatctttcctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagca 625  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||| | | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  31423431 aaacaaatggtccctttcctcctccttaccacacaaggccgcgcaagaaacattggtaccttcaaggacgttcctcttgcgaaggttgttctttgttgca 31423332  T
Q  626 agtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgatcaaactctgcagtgatattga 719  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  31423331 agtctattcagaaagagacgtcagacaaaaatattaacctttaagggaaccgctttaagccataaaaattgattaaactctgcagtgatgttga 31423238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 444 - 698
Target Start/End: Original strand, 29532307 - 29532561
Alignment:
Q  444 ataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttc 543  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| || |||||| | ||| | ||||||||| | | || |||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||    
T  29532307 ataaattgccatgtaaaaccgtaacaatactaagccagtgcgatatcaagagccaaagtcgatcataatgatcgcattgaaagaacaaatgatccctttc 29532406  T
Q  544 ctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagaga 643  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||  |||   ||||  ||||||||||||| ||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29532407 ctcctccttatcacacaaggccacacaagatatattattagctggaaggacattccttttgcttaaattgtcctttgtagcaagtctattcagaaagaga 29532506  T
Q  644 cgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  29532507 cgccagacaaaaatgttaacatttaatggtaccgctttaagccataaaaattgat 29532561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 246 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 2960060 - 2959748
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaaatcttcaaattgcgatcttt 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||| |||| | |||| | |    |||||| |||||| ||   || ||||||||    
T  2960060 agttcgctttcaaccaccaaaacgtttgaagtttgaccctttcaagaagaacttccatatgaacaatttcgttttgaaaaatcctcctgttacgatcttt 2959961  T
Q  346 ccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggatat 445  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  || |||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  2959960 ccaaatagaaaataagaccgaaatccaaataatagaaaaagtttacatagaatgctttgagaatcctccaagtgcacaaaactgattagcatgtgaatat 2959861  T
Q  446 aaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatctttcct 545  Q
    || || ||||  | | |||| |||||||| | |||||  || | ||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||| || ||||| | ||| ||||    
T  2959860 aagtttccattgagcgccgtgacaaaacctaaccaatctgatagcataagccataaccgaccataataatcacattgaaagaataaatggtctctgtcct 2959761  T
Q  546 cctccttaccaca 558  Q
    |||||||||||||    
T  2959760 cctccttaccaca 2959748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 617 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 10801779 - 10801698
Alignment:
Q  617 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  10801779 tttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaaccttcaacggaactgctttcaaccataaaaattgat 10801698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 438
Target Start/End: Original strand, 29529926 - 29530117
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactg-ttttggaaaa-tcttcaaattgcgatct 343  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||| || ||||||| |||  || |||||||||| |||||   || ||||||    
T  29529926 agtttgctttcaaccaccaaaatgtttgaagcttaaccctttcaagaagagcatctagatgat-cactgtgattttggaaaattcttc-tgttacgatct 29530023  T
Q  344 ttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatg 438  Q
    ||||| ||||||||||| || ||| |||| |||||||  |||  | || ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  29530024 ttccatataacaaataagacagaagtccagataatag-gaaagttgtcctagaattctttgagaaacctacaagggcacaaaactgattagcatg 29530117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 378
Target Start/End: Original strand, 18182126 - 18182166
Alignment:
Q  338 cgatctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataat 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18182126 cgatctttccaaataacaaataaaaccgaaattcaaataat 18182166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 251 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10802146 - 10802088
Alignment:
Q  251 gctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatc 309  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||||||    
T  10802146 gctttcagccaccaaaacgtttgaagtttaatcctttcaagcagagcgtcaagatgatc 10802088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 115; Significance: 5e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 246 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 225194 - 224744
Alignment:
Q  246 agtttgctttcatccaccaaaaagtttgaagtttaaccttttcaataagagcttcaagatgatccacactgttttggaaa-atcttcaaattgcgatctt 344  Q
    ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | || ||| ||| |||| ||  ||  |||||||||||    
T  225194 agtttgctttcaatcaccaatacgtttgaagtttaaccttttccaaaagagcttcaagatgaacaac-ctgcttttgaaatattctcctattgcgatctt 225096  T
Q  345 tccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgaggata 444  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||  | ||||  |||||||||| ||  | | ||||||||| |||  |||||||| ||     
T  225095 tccatataacaaataaaaccgaaatccaaatgatagtaaacgctaccgtagacctctttgaaaacccgactaaagcacaaaattgagtagcatgagtatg 224996  T
Q  445 taaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaa--gccaattcgaaaccaagagccataattgaccataaaaatcacattgaaaaaacaaatgatatcttt 542  Q
    ||| || ||||| ||  ||| | ||| |  ||  |||    ||| ||||||||||||||    ||||||  ||||||||| ||||| ||||| | |||||    
T  224995 taagttaccatgtaaggccgca-caatataaatggccg---cgataccaagagccataaccacccataatgatcacattggaaaaataaatggtctcttt 224900  T
Q  543 cctcctccttaccacacaaggccgcacaagaagtatctgtagcctgaaggacattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagag 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||   |||||| |||||||||||| || || |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  224899 cctcctccttaccacacaaggccgcacaatatacattgttagcctcaaggacattccttttacgcaaattgtcctttgtagcaagtctattcagaaaaag 224800  T
Q  643 acgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaaattgat 698  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  224799 acgccaaacaaaaatgttaacctttaacggaaccgccttaagccataaaaattgat 224744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 482
Target Start/End: Original strand, 10912 - 11053
Alignment:
Q  341 tctttccaaataacaaataaaaccgaaatccaaataatagacaaaactttcatagaattctttgaaaaacctccaagagcacaaaactgatgagcatgag 440  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||  | |  | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||||     
T  10912 tctttccagataacagataagaccgaaatccaaataatagagaaagttgtacttgaattttttgataaacctccaagagcacaaaattgatttgaatgat 11011  T
Q  441 gatataaattgccatgaaacaccgtaacaaaaccaagccaat 482  Q
     |||||||| ||||||||  || ||| | | |||||||||||    
T  11012 tatataaatcgccatgaagaactgtatcgataccaagccaat 11053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 593 - 698
Target Start/End: Original strand, 11164 - 11269
Alignment:
Q  593 acattcctcttgcgaaggttgtcctttgtagcaagtctattcagaaagagacgccaaacaaaaatgttaacttttaagggaaccgctttaagccataaaa 692  Q
    ||||| ||||| || || || |||||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||  |||| ||||    
T  11164 acatttctcttccgcagattatcctttgtagaaagtctattcaggaagagacatcatacaaatatattaacctttaacggaacctctttgtgccacaaaa 11263  T
Q  693 attgat 698  Q
    | ||||    
T  11264 aatgat 11269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University