View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7504_low_35 (Length: 369)

Name: NF7504_low_35
Description: NF7504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7504_low_35
NF7504_low_35
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-352)||(2787103-2787454)
chr2 (2-331)||(21797966-21798304)
chr2 (5-331)||(27737593-27737928)
chr2 (27-331)||(21803120-21803433)
chr2 (27-331)||(44801401-44801714)
chr2 (12-331)||(15010488-15010818)
chr2 (27-331)||(27635228-27635543)
chr2 (112-323)||(6068167-6068377)
chr2 (26-98)||(6068402-6068473)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (27-331)||(29515709-29516022)
chr8 (20-323)||(4168457-4168769)
chr8 (12-172)||(4168131-4168301)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (27-331)||(36183618-36183931)
chr4 (27-331)||(28378526-28378839)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (30-331)||(28393784-28394095)
chr7 (28-98)||(11610504-11610574)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (11-331)||(53127735-53128052)
chr3 (158-307)||(41119340-41119490)
chr3 (58-96)||(25089422-25089460)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (121-295)||(26472027-26472203)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (112-260)||(5958398-5958546)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2787454 - 2787103
Alignment:
Q  1 ttgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787454 ttgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccacacaataatctttaacctaagtgtaaattgcttaaattgagatagaaaatgaaggaaaatct 2787355  T
Q  101 nnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagat 200  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2787354 aaaaaaaatggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacaataagat 2787255  T
Q  201 caaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatc 300  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787254 cgaatcgcagatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatc 2787155  T
Q  301 aaagatttaaaatatcaaattgtattaaccttttagagtacttaacaacatt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787154 aaagatttaaaatatcaaattgtattaaccttttagagtacttaacaacatt 2787103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 21798304 - 21797966
Alignment:
Q  2 tgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat--- 98  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  21798304 tgataccacttgatgtggatccaagaaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgat 21798205  T
Q  99 -------ctnnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaa 191  Q
           ||       ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21798204 agaaaatctaagaaaattgaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaa 21798106  T
Q  192 caataagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctc 291  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21798105 cgataagatcgaatcgcggatccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctc 21798006  T
Q  292 cctttaatcaaagatttaaaatatcaaattgtattaacct 331  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21798005 ccttcaatcaaagattgaaaatatcaaattgtattaacct 21797966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 5 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 27737928 - 27737593
Alignment:
Q  5 taccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat------ 98  Q
    |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  27737928 taccacttgatgtggatccaacaaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatggtaga 27737829  T
Q  99 ----ctnnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaa 194  Q
        ||       ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  27737828 aaatctaagaaaattgaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaatgatcgccacattcaagatgaacga 27737730  T
Q  195 taagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccct 294  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27737729 taagatcgaatcgcggatccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccct 27737630  T
Q  295 ttaatcaaagatttaaaatatcaaattgtattaacct 331  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27737629 tcaatcaaagattgaaaatatcaaattgtattaacct 27737593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 21803433 - 21803120
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  21803433 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 21803334  T
Q  117 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 216  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  21803333 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 21803235  T
Q  217 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21803234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 21803135  T
Q  317 aaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  21803134 aaattgtattaacct 21803120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Original strand, 44801401 - 44801714
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  44801401 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgaaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 44801500  T
Q  117 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 216  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  44801501 ctagtaatagaaagaacacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 44801599  T
Q  217 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  44801600 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 44801699  T
Q  317 aaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  44801700 aaattgtattaacct 44801714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 331
Target Start/End: Original strand, 15010488 - 15010818
Alignment:
Q  12 tgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat-----------ct 100  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||           ||    
T  15010488 tgatgtggatccaataaggattcaccatacaagaatctttgacctaagtgtaaatttcttaaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaaatct 15010587  T
Q  101 nnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagat 200  Q
           ||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15010588 aagaaaatttaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaaatgggaagaacgatcgccacattcaagatgaactataagat 15010686  T
Q  201 caaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatc 300  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  15010687 cgaatcgcggatccactacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctccaatc 15010786  T
Q  301 aaagatt-taaaatatcaaattgtattaacct 331  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  15010787 aaagattgaaaaatatcaaattgtattaacct 15010818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Original strand, 27635228 - 27635543
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    |||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  27635228 aaggattcaccatacaagaatctttaacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 27635327  T
Q  117 ctaagaatagaaa--gaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatcc 214  Q
    ||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27635328 ctaggaatacaaaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaaatgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatcc 27635426  T
Q  215 gtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaata 314  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27635427 gccacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaatagcaattctaaatctcccttcaatcaaagattgaaaata 27635526  T
Q  315 tcaaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||| ||||||    
T  27635527 tcaaattgtactaacct 27635543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 112 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 6068377 - 6068167
Alignment:
Q  112 ccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgga 211  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| |||||||  ||| || ||    
T  6068377 ccaaattaggaatagaaagaaaacataaaaaatggaatta-atgagaagtgggaagaacaatcgtcacattcaagaagaacgataagattgaattgcaga 6068279  T
Q  212 tccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttt-aatcaaagatttaa 310  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || |    
T  6068278 tccgccacaagaatatgatgctcttgataaagatctaaatttggttcatcaaacaacctagaagagcaatactaactctcgctttcaatcaaaga-ttga 6068180  T
Q  311 aatatcaaattgt 323  Q
    |||||||||||||    
T  6068179 aatatcaaattgt 6068167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 6068473 - 6068402
Alignment:
Q  26 taaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat 98  Q
    |||||||||| || | || |||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6068473 taaggattcagcacataaggatctttgacctttgtgtaaatttcttgaa-tgagataaaaaatgaaggaaaat 6068402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Original strand, 29515709 - 29516022
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  29515709 aaggattcaccatataaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 29515808  T
Q  117 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 216  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  29515809 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 29515907  T
Q  217 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  29515908 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 29516007  T
Q  317 aaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  29516008 aaattgtattaacct 29516022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4168769 - 4168457
Alignment:
Q  20 atctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnntt 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||| || |||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||          ||       ||    
T  4168769 atctaataaggattcaccatacatggatctttaacctaagttataatttcttggattgagatagaaaatgaaggaaaatgattggaaatctaagaaaatt 4168670  T
Q  110 ggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcg 209  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||| ||    
T  4168669 gaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgagaagtggcaagaacgattgccacattcaagatgtacgataagatcgaatcacg 4168570  T
Q  210 gatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagattta 309  Q
    |||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||     
T  4168569 gattagccacaagaataaaatgctcttgataaggagctagatttggttcatccaataacctagaatagcaattctaactttttcttcaatcaaaga-ttg 4168471  T
Q  310 aaatatcaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||    
T  4168470 aaatatcaaattgt 4168457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 4168301 - 4168131
Alignment:
Q  12 tgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaag----------gaaaatctn 101  Q
    ||||||| ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| | || |||||  |||||||||||||||||||          ||||||||     
T  4168301 tgatgtggatcaaataaagattcaccatacaaagatctttgacctaagtttgaaattcttagattgagatagaaaatgaagaaaaatggtagaaaatcta 4168202  T
Q  102 nnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacga 172  Q
          ||  ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4168201 agaaaattaaccaaactagaaatacaaagaaaacatacaaaatggaattagatgagaagtgggaagaacga 4168131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 36183931 - 36183618
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaa----------tctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||       ||  |||||    
T  36183931 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaaaggtagaaaatctaagaaaattaaccaaa 36183832  T
Q  117 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 216  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  36183831 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaggtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgtagatccgt 36183733  T
Q  217 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36183732 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaatagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 36183633  T
Q  317 aaattgtattaacct 331  Q
    |||||||| ||||||    
T  36183632 aaattgtactaacct 36183618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 27 - 331
Target Start/End: Original strand, 28378526 - 28378839
Alignment:
Q  27 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaa----------atctnnnnnnnttggccaaa 116  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||       ||| |||||    
T  28378526 aaggatttactatacaaggatctttgatctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaacgaaggaaagtgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 28378625  T
Q  117 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 216  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||     
T  28378626 cgaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcacggatccgc 28378724  T
Q  217 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 316  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  28378725 aacaagaataagatgctcttgaaaaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactatcccttcaatcaaagattgaaaatatc 28378824  T
Q  317 aaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  28378825 aaattgtattaacct 28378839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 30 - 331
Target Start/End: Original strand, 28393784 - 28394095
Alignment:
Q  30 gattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaacta 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| ||||||||    
T  28393784 gattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaacta 28393883  T
Q  120 agaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcac 219  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||    
T  28393884 ggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgtcacattcaagatgaatgataagatcgaatcgcggatccgccac 28393982  T
Q  220 aagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatt-taaaatatcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  28393983 aagaataagatgctcttgataaggatctaggtttggttcatccaagaacctagaagagcaattttaactctcccttcaatcaaagattgaaaaatatcaa 28394082  T
Q  319 attgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||    
T  28394083 attgtattaacct 28394095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 11610574 - 11610504
Alignment:
Q  28 aggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat 98  Q
    |||||||| | ||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  11610574 aggattcatcgtacaatgatctttaatttaagtgtagatttcttgaattgagataacaaataaaggaaaat 11610504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 53128052 - 53127735
Alignment:
Q  11 ttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatctnnnnnnnttg 110  Q
    |||||||| ||| | |||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |       |||    
T  53128052 ttgatgtggatccaataaggattcatcatataaggatttttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaagaaaatttaagaaaattg 53127953  T
Q  111 gccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgg 210  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  53127952 accaaa-taggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcgg 53127855  T
Q  211 atccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaa 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| || |    
T  53127854 atccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagattcgattcatccaacaacctagaagagcaattctaactctctgttcaatcaaaga-ttga 53127756  T
Q  311 aatatcaaattgtattaacct 331  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  53127755 aatatcaaattgtattaacct 53127735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 41119490 - 41119340
Alignment:
Q  158 aagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataag-atgctcttgataaggatctagatttggt 256  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||| || |||  |||||||| | | ||||||||| |||||||||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  41119490 aagtgggaagaatgattgccacattcatgaagaatgataagatcgatt-gcggatccgccacaagaatacggatgttctagataaggatctagaattggt 41119392  T
Q  257 tcatcc-aagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatt 307  Q
    |||||| || |||||||| ||||||  ||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  41119391 tcatccaaataacctagaggagcaaaactagctctcacttcaatcgaagatt 41119340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 25089460 - 25089422
Alignment:
Q  58 agtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaa 96  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25089460 agtgtaaatttcttgaatgaagatagaaaatgaaggaaa 25089422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 8e-46; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 121 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 26472203 - 26472027
Alignment:
Q  121 gaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcaca 220  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||    
T  26472203 gaatagaaagaaaacatacaagatgaaataagatgagaaatgggaagaatgatcgtcacattcaagatgaacaataagatcgaatcgtagatccgccaca 26472104  T
Q  221 aga--ataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctt 295  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||    
T  26472103 agaatataagatgctcttgatacggatttagatttggttcatccaagaatctagtagagcaattccaactctacctt 26472027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 112 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 5958546 - 5958398
Alignment:
Q  112 ccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgga 211  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||| | ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5958546 ccaaattaggaatagaaagaaaacatacaaaacaaaattagatgagaagtggaaagaatgttcgtcacattcaagatgaacgataagatcaaatcacgga 5958447  T
Q  212 tccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcat 260  Q
     ||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5958446 cccgtcacaaaaataagatgttctttataaggatttagatttggttcat 5958398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University