View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7508_high_2 (Length: 798)

Name: NF7508_high_2
Description: NF7508
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7508_high_2
NF7508_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-790)||(304117-304894)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 304894 - 304117
Alignment:
Q  18 gatgattatggttagaggtatttactggttgatgatatttcatgttcgatattcggtccaagaaccgactaataaattaatctaggggatcaaccccacc 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  304894 gatgattatggttagagttatttactggttgatgatatttcatgttcggttcccggtccaagaacctactaatcaattaatctaggggatcaaccccacc 304795  T
Q  118 cagagcaaagctctatatggactagcccacataagttggcagattggaactaagaccgaggagcacgctctaaggtcacaagcctagactaggccaaccc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  304794 cagagcaaagctctatatggactaacccacataagttggcagattggaactaagaccgaggagcacgctctaaggtcacaagcctagactaggccaaccc 304695  T
Q  218 gtgtgggtttgttggttgatgattattgctccacttttgcatgttgttgttattacaatgtgggtcattataaattttttgttaggactttggtgattaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  304694 gtgtgggtttgttggttgatgattattgctccacttttgcatgttgttgttattacaatgtgggtcattataaattttttgttaggattttggtgattaa 304595  T
Q  318 tttatgaatttttggttatgtaccagggttgnnnnnnntttgaactgctgcatttggtttgtggatcaccaaatgattttttgggatatatttccgaata 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  304594 tttatgaatttttggttatgtaccagggttgaaaaaaatttgaactgctgcatttggtttgtggatcaccaaatgattttttgggatatatttccgtata 304495  T
Q  418 ttagataaatgtgttatattgaatttaacaaaggaaatggcttcttgttt---nnnnnnnnntaggaaatgaccttcatttctttagtagtaattgtaag 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||  || || || |||||||||    
T  304494 ttagataaatgtgttatattgaatttaacaaaggaaatggcttcttgtttaaaaaaaaaaaaaaggaaatgaccttcattgattgaggaggaattgtaag 304395  T
Q  515 gttttgcttgggatatgtttgaatattgtaaatttgtaatgttgagtgaagtgaaatggatgttgattgaaggaatggtgtgtcatgattctttggatat 614  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  304394 gttttgcttgcgagatgtttgaatgttgtaaatttgtaatgttgagtgaagtgaaatggatgttgattgaatgaatggtgtgtcatgattctttggatat 304295  T
Q  615 tgttattatggaatgaaag--nnnnnnnctggattatggaatggaataaaatggttctacaattcagaagaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt 712  Q
    | |||||||| |  |||||          ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||                         |    
T  304294 ttttattatgaatcgaaagaaaaaaaacttggattatggaatggaataaaatggttctaccattcagaagaaatgagaaggaggagggagagagggaggt 304195  T
Q  713 attggttggaatggactatcagatgcctttcatttccatattattttaatttttaaacaatccaagctgttgatgtcc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  304194 attggttggaatggactatcagatgcctttcatttccatattattttaatttttaaacaatccaagctgttgaggtcc 304117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University